Дуго некодирајуће секвенцирање-Иллумина
Предности услуге
ØПредности услуге
ØСпецифичне ћелије и ткива
ØСпецифична фаза изражава и представља динамичку промену израза
ØПрецизни обрасци временског и просторног изражавања
ØЗаједничка анализа са подацима о мРНК.
ØИспорука резултата заснована на БМКЦлоуд-у: Прилагођено рударење података доступно на платформи.
ØУслуге након продаје важе 3 месеца по завршетку пројекта
Захтеви за узорке и достава
Захтеви за пример:
нуклеотиди:
Ткиво: Тежина (суво): ≥1 г
*За ткиво мање од 5 мг, препоручујемо да пошаљете флеш замрзнут (у течном азоту) узорак ткива.
Суспензија ћелија: Број ћелија = 3×107
*Препоручујемо да пошаљете замрзнути лизат ћелија.У случају да та ћелија броји мањи од 5×105, препоручује се брзо замрзавање у течном азоту.
Узорци крви:
ПА×генеБлоодРНАТубе;
6мЛТРИзола и 2мЛ крви (ТРИзол:Крв=3:1)
Препоручена достава узорка
Контејнер: епрувета за центрифугу од 2 мл (не препоручује се лимена фолија)
Означавање узорка: Група+репликација нпр. А1, А2, А3;Б1, Б2, Б3... ...
испорука:
1. Суви лед: Узорци се морају спаковати у вреће и закопати у суви лед.
3. РНК стабилне епрувете: Узорци РНК се могу осушити у епрувети за стабилизацију РНК (нпр. РНАстабле®) и послати на собној температури.
Ток рада услуге
Дизајн експеримента
Испорука узорка
Екстракција РНК
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Услуге након продаје
Биоинформатика
 |
 |
1.ЛнцРНА класификација
ЛнцРНА предвиђена помоћу четири горња софтвера класификована је у 4 категорије: линцРНА, анти-сенсе-ЛнцРНА, интрониц-ЛнцРНА;смисао-ЛнцРНА.Класификација ЛнцРНА је приказана на хистограму испод.
ЛнцРНА класификација
2.Цис-циљани гени анализе обогаћивања ДЕ-лнцРНА
ЦлустерПрофилер је коришћен у анализи ГО обогаћивања на цис-циљаним генима различито експримиране лнцРНА (ДЕ-лнцРНА), у смислу биолошких процеса, молекуларних функција и ћелијских компоненти.Анализа обогаћивања ГО је процес за идентификацију значајно обогаћених ГО термина усмерених на ДЕГ у поређењу са целим геномом.Обогаћени термини су представљени у хистограму, балон графикону, итд. као што је приказано испод.
Цис-циљани гени анализе обогаћивања ДЕ-лнцРНА - Буббле цхарт
БМК Цасе
Дерегулисани профил експресије лнцРНА у аденокарциномима плућа код миша са мутацијом КРАС-Г12Д и нокаутом П53
Објављено:Часопис за ћелијску и молекуларну медицину,2019
Стратегија секвенцирања
Иллумина
Узимање узорака
НОНММУТ015812-кноцкдовн КП (схРНА-2) ћелије и ћелије негативне контроле (сх-Сцр) су добијене 6. дана специфичне вирусне инфекције.
Кључни резултати
Ова студија истражује аберантно експримиране лнцРНА у аденокарциному плућа миша са нокаутом П53 и мутацијом КрасГ12Д.
1,6424 лнцРНА је различито експримирано (≥ 2-струка промена, П < 0,05).
2. Међу свих 210 лнцРНА (ФЦ≥8), експресија 11 лнцРНА је регулисана П53, 33 лнцРНА помоћу КРАС и 13 лнцРНА хипоксијом у примарним КП ћелијама, респективно.
3.НОНММУТ015812, који је био значајно повећан у аденокарциному плућа миша и негативно регулисан реекспресијом П53, откривен је да би се анализирала његова ћелијска функција.
4. Обарање НОНММУТ015812 од стране схРНА смањило је способност пролиферације и миграције КП ћелија.НОНММУТ015812 је био потенцијални онкоген.
 Анализа КЕГГ пута диференцијално експримираних гена у НОНММУТ015812-кноцкдовн КП ћелијама |  Анализа онтологије гена диференцијално експримираних гена у НОНММУТ015812-нокдауну КП ћелијама |
Референца
Дерегулисани профил експресије лнцРНА у аденокарциномима плућа миша са мутацијом КРАС-Г12Д и нокаутом П53 [Ј].Часопис за ћелијску и молекуларну медицину, 2019, 23(10).ДОИ: 10.1111/јцмм.14584
