Дуго некодирајуће секвенцирање - Илумина
Предности услуге
●Заједничка анализа мРНК и днРНККомбиновањем квантификације иРНК транскрипата са проучавањем дугих не-цРНК и њихових мета, могуће је добити детаљан преглед регулаторног механизма који лежи у основи ћелијског одговора.
●Опсежна стручностОбрадили смо преко 230.000 узорака, обухватајући различите узорке и циљеве пројеката. У сваки пројекат доносимо богатство стручности.
●Заједничка анализа мРНК и днРНККомбинујемо квантификацију иРНК транскрипата са проучавањем дугих не-линијских РНК (lncRNA) и њихових мета, омогућавајући добијање детаљног прегледа регулаторног механизма који лежи у основи ћелијског одговора.
●Ригорозна контрола квалитетаПримењујемо основне контролне тачке у свим фазама, од припреме узорака до припреме библиотеке, секвенцирања и биоинформатике. Наше пажљиво праћење осигурава константно добијање висококвалитетних резултата.
●Свеобухватна анотацијаКористимо више база података за функционално анотирање диференцијално експресованих гена (DEG) и спровођење одговарајућих анализа обогаћивања. Овај свеобухватни приступ пружа увид у ћелијске и молекуларне процесе који леже у основи транскриптомског одговора, осигуравајући да добијете све могуће информације о подацима вашег експеримента.
●Постпродајна подршкаРазумемо колико је важно бити присутан, зато се наша посвећеност протеже и након завршетка пројекта, уз тромесечни постпродајни период услуге. Током овог периода, нудимо праћење пројекта, помоћ у решавању проблема и сесије питања и одговора како бисмо одговорили на сва питања у вези са резултатима.
Захтеви за узорке и испорука
| Библиотека | Платформа | Препоручени подаци | Контрола квалитета података |
| усмерена библиотека са осиромашеном рРНК | Илумина ПЕ150 | 10-16 Гб | К30≥85% |
Нуклеотиди:
| Конц. (нг/μл) | Количина (μг) | Чистоћа | Интегритет |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ограничена или никаква контаминација протеинима или ДНК приказана на гелу. | РИН≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; ограничена или никаква елевација основне основе |
● Биљке:
Корен, стабљика или латица: 450 мг
Лист или семе: 300 мг
Воће: 1,2 г
● Животиња:
Срце или црева: 450 мг
Унутрашњи органи или мозак: 240 мг
Мишић: 600 мг
Кости, коса или кожа: 1,5 г
● Артроподи:
Инсекти: 9 г
Ракови: 450 мг
● Пуна крв:2 цеви
● Ћелије: 106 ћелије
● Серум и плазма6 мл
Препоручена испорука узорка
Посуда: епрувета за центрифугирање од 2 мл (алуминијумска фолија се не препоручује)
Пример обележавања: Груписање + понављање, нпр. А1, А2, А3; Б1, Б2, Б3.
Пошиљка:
1. Суви лед: Узорке треба спаковати у вреће и закопати у суви лед.
2. РНК стабилне епрувете: РНК узорци се могу сушити у РНК стабилизационој епрувети (нпр. RNAstable®) и транспортовати на собној температури.
Ток рада услуге
Дизајн експеримента
Испорука узорка
Екстракција РНК
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Постпродајне услуге
Биоинформатика
- Необрађени подаци
- Контрола квалитета података
- Поравнање генома
- Структура гена (алтернативно сплајсовање, оптимизација структуре гена и предвиђање нових гена)
- Квантификација експресије гена
- Анализа диференцијалне експресије
- DEG анотација и обогаћивање + Диференцијално експресовани циљни гени lncRNA
- Идентификација транскрипта
- Идентификација дуге некротичне РНК (конзервација дуге некротичне РНК и позната дуга некротична РНК)
- Предвиђање циљних гена lncRNA
- Квантификација експресије lncRNA
- Заједничка анализа са подацима мРНК
Анализа диференцијалне експресије гена (DEG)
Квантификација експресије дуге некротичне РНК – груписање
Обогаћивање циљних гена lncRNA
Анализа заједничког положаја мРНК и дуге некротичне РНК – Circos дијаграм (средњи круг је мРНК, а унутрашњи круг је дуга некротична РНК)
Истражите напредак који су омогућиле BMKGene-ове услуге секвенцирања дугих неурођених РНК кроз курирану колекцију публикација.
Ји, Х. и др. (2020) „Идентификација, функционално предвиђање и кључна верификација дугих некротичних РНК (lncRNA) повезаних са хладним стресом у јетри пацова“,Научни извештаји2020 10:1, 10(1), стр. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Јиа, З. и др. (2021) „Интегративна транскриптомска анализа открива имуни механизам за сој шарана отпоран на CyHV-3“,Границе у имунологији, 12, стр. 687151. дои: 10.3389/ФИММУ.2021.687151/БИБТЕКС.
Ванг, XJ и др. (2022) „Приоритизација конкурентских ендогених РНК регулационих мрежа заснована на интеграцији више омика код малих ћелија рака плућа: Молекуларне карактеристике и кандидати за лекове“,Границе у онкологији, 12, стр. 904865. дои: 10.3389/ФОНЦ.2022.904865/БИБТЕКС.
Сјао, Л. и др. (2020) „Генетска дисекција мреже коекспресије гена која је у основи фотосинтезе код Populus-а“,Часопис за биљну биотехнологију, 18(4), стр. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Женг, Х. и др. (2022) „Глобална регулаторна мрежа за дисрегулисану експресију гена и абнормалну метаболичку сигнализацију у имуним ћелијама у микроокружењу Грејвсове болести и Хашимотовог тиреоидитиса“,Границе у имунологији, 13, стр. 879824. дои: 10.3389/ФИММУ.2022.879824/БИБТЕКС.
