page_head_bg

Производи

Дуго некодирајуће секвенцирање-Иллумина

Дуге некодирајуће РНК (лнцРНА) су врста молекула РНК дужине преко 200 нт, које карактерише изузетно низак потенцијал кодирања.ЛнцРНА, као кључни члан некодирајућих РНК, углавном се налази у језгру и плазми.Развој технологије секвенцирања и биоинформтике омогућава идентификацију бројних нових лнцРНА и њихово повезивање са биолошким функцијама.Акумулативни докази сугеришу да је лнцРНА широко укључена у епигенетску регулацију, регулацију транскрипције и пост-транскрипциону регулацију.


Детаљи услуге

Биоинформатика

Демо Ресултс

Истраживање случаја

Предности услуге

ØПредности услуге
ØСпецифичне ћелије и ткива
ØСпецифична фаза изражава и представља динамичку промену израза
ØПрецизни обрасци временског и просторног изражавања
ØЗаједничка анализа са подацима о мРНК.
ØИспорука резултата заснована на БМКЦлоуд-у: Прилагођено рударење података доступно на платформи.
ØУслуге након продаје важе 3 месеца по завршетку пројекта

Захтеви за узорке и достава

Захтеви за пример:

нуклеотиди:

Ткиво: Тежина (суво): ≥1 г
*За ткиво мање од 5 мг, препоручујемо да пошаљете флеш замрзнут (у течном азоту) узорак ткива.

Суспензија ћелија: Број ћелија = 3×107
*Препоручујемо да пошаљете замрзнути лизат ћелија.У случају да та ћелија броји мањи од 5×105, препоручује се брзо замрзавање у течном азоту.

Узорци крви:
ПА×генеБлоодРНАТубе;
6мЛТРИзола и 2мЛ крви (ТРИзол:Крв=3:1)

Препоручена достава узорка
Контејнер: епрувета за центрифугу од 2 мл (не препоручује се лимена фолија)
Означавање узорка: Група+репликација нпр. А1, А2, А3;Б1, Б2, Б3... ...

испорука:
1. Суви лед: Узорци се морају спаковати у вреће и закопати у суви лед.
3. РНК стабилне епрувете: Узорци РНК се могу осушити у епрувети за стабилизацију РНК (нпр. РНАстабле®) и послати на собној температури.

Ток рада услуге

logo_01

Дизајн експеримента

logo_02

Испорука узорка

logo_03

Екстракција РНК

logo_04

Изградња библиотеке

logo_05

Секвенцирање

logo_06

Анализа података

logo_07

Услуге након продаје


  • Претходна:
  • Следећи:

  • Биоинформатика

    CircRNA-sequencing-analysis-workflow
    CircRNA-sequencing-analysis-workflow

    1.ЛнцРНА класификација

    ЛнцРНА предвиђена помоћу четири горња софтвера класификована је у 4 категорије: линцРНА, анти-сенсе-ЛнцРНА, интрониц-ЛнцРНА;смисао-ЛнцРНА.Класификација ЛнцРНА је приказана на хистограму испод.

    LncRNA-classification

    ЛнцРНА класификација

    2.Цис-циљани гени анализе обогаћивања ДЕ-лнцРНА

    ЦлустерПрофилер је коришћен у анализи ГО обогаћивања на цис-циљаним генима различито експримиране лнцРНА (ДЕ-лнцРНА), у смислу биолошких процеса, молекуларних функција и ћелијских компоненти.Анализа обогаћивања ГО је процес за идентификацију значајно обогаћених ГО термина усмерених на ДЕГ у поређењу са целим геномом.Обогаћени термини су представљени у хистограму, балон графикону, итд. као што је приказано испод.

    Cis-targeted-genes-of-DE-lncRNA-enrichment-analysis--Bubble-chartЦис-циљани гени анализе обогаћивања ДЕ-лнцРНА - Буббле цхарт

    БМК Цасе

    Дерегулисани профил експресије лнцРНА у аденокарциномима плућа код миша са мутацијом КРАС-Г12Д и нокаутом П53

    Објављено:Часопис за ћелијску и молекуларну медицину,2019

    Стратегија секвенцирања

    Иллумина

    Узимање узорака

    НОНММУТ015812-кноцкдовн КП (схРНА-2) ћелије и ћелије негативне контроле (сх-Сцр) су добијене 6. дана специфичне вирусне инфекције.

    Кључни резултати

    Ова студија истражује аберантно експримиране лнцРНА у аденокарциному плућа миша са нокаутом П53 и мутацијом КрасГ12Д.
    1,6424 лнцРНА је различито експримирано (≥ 2-струка промена, П < 0,05).
    2. Међу свих 210 лнцРНА (ФЦ≥8), експресија 11 лнцРНА је регулисана П53, 33 лнцРНА помоћу КРАС и 13 лнцРНА хипоксијом у примарним КП ћелијама, респективно.
    3.НОНММУТ015812, који је био значајно повећан у аденокарциному плућа миша и негативно регулисан реекспресијом П53, откривен је да би се анализирала његова ћелијска функција.
    4. Обарање НОНММУТ015812 од стране схРНА смањило је способност пролиферације и миграције КП ћелија.НОНММУТ015812 је био потенцијални онкоген.

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Анализа КЕГГ пута диференцијално експримираних гена у НОНММУТ015812-кноцкдовн КП ћелијама

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Анализа онтологије гена диференцијално експримираних гена у НОНММУТ015812-нокдауну КП ћелијама

    Референца

    Дерегулисани профил експресије лнцРНА у аденокарциномима плућа миша са мутацијом КРАС-Г12Д и нокаутом П53 [Ј].Часопис за ћелијску и молекуларну медицину, 2019, 23(10).ДОИ: 10.1111/јцмм.14584

    добили Цитат

    Напишите своју поруку овде и пошаљите нам је

    Пошаљите нам своју поруку: