Дуго некодирајуће секвенцирање-Иллумина
Предности услуге
● Предности услуге
● Специфичне ћелије и ткива
● Специфична фаза изражава и представља динамичку промену израза
● Прецизни обрасци изражавања времена и простора
● Заједничка анализа са подацима о мРНК.
● Испорука резултата заснована на БМКЦлоуд-у: Прилагођено рударење података доступно на платформи.
● Услуге након продаје важе 3 месеца по завршетку пројекта
Захтеви за узорке и достава
| Библиотека | Платформа | Препоручени подаци | КЦ података |
| исцрпљивање рРНА | Иллумина ПЕ150 | 10 Гб | К30≥85% |
| Конц. (нг/μл) | Количина (μг) | Чистоћа | Интегритет |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | ОД260/280=1,7-2,5 ОД260/230=0,5-2,5 Ограничена или никаква контаминација протеина или ДНК приказана на гелу. | За биљке: РИН≥6,5; За животиње: РИН≥7,0; 5.0≥28С/18С≥1.0; ограничена или никаква почетна висина |
нуклеотиди:
Ткиво: Тежина (суво): ≥1 г
*За ткиво мање од 5 мг, препоручујемо да пошаљете флеш замрзнут (у течном азоту) узорак ткива.
Суспензија ћелија: Број ћелија = 3×107
*Препоручујемо да пошаљете замрзнути ћелијски лизат.У случају да та ћелија броји мањи од 5×105, препоручује се брзо замрзавање у течном азоту.
Узорци крви:
ПА×генеБлоодРНАТубе;
6мЛТРИзола и 2мЛ крви (ТРИзол:Крв=3:1)
Препоручена достава узорка
Контејнер: епрувета за центрифугирање од 2 мл (не препоручује се лимена фолија)
Означавање узорка: Група+репликација нпр. А1, А2, А3;Б1, Б2, Б3 ... ...
испорука:
1. Суви лед: Узорци се морају спаковати у вреће и закопати у суви лед.
2. РНК стабилне епрувете: Узорци РНК се могу осушити у епрувети за стабилизацију РНК (нпр. РНАстабле®) и послати на собној температури.
Ток рада услуге
Дизајн експеримента
Испорука узорка
Екстракција РНК
Изградња библиотеке
Секуенцинг
Анализа података
Услуге након продаје
Биоинформатика
1.ЛнцРНА класификација
ЛнцРНА предвиђена помоћу четири горња софтвера класификована је у 4 категорије: линцРНА, анти-сенсе-ЛнцРНА, интрониц-ЛнцРНА;смисао-ЛнцРНА.Класификација ЛнцРНА је приказана на хистограму испод.
ЛнцРНА класификација
2.Цис-циљани гени анализе обогаћивања ДЕ-лнцРНА
ЦлустерПрофилер је коришћен у анализи ГО обогаћивања на цис-циљаним генима различито експримиране лнцРНА (ДЕ-лнцРНА), у смислу биолошких процеса, молекуларних функција и ћелијских компоненти.Анализа обогаћивања ГО је процес за идентификацију значајно обогаћених ГО термина усмерених на ДЕГ у поређењу са целим геномом.Обогаћени термини су представљени у хистограму, балон графикону, итд. као што је приказано испод.
Цис-циљани гени анализе обогаћивања ДЕ-лнцРНА - Буббле цхарт
3. Упоређујући дужину, број егзона, ОРФ и количину експресије мРНК и лнцРНК, можемо разумети разлике у структури, секвенци и тако даље између њих, као и да проверимо да ли је нова лнцРНА коју смо предвидели у складу са општим карактеристикама.
БМК Цасе
Дерегулисани профил експресије лнцРНА у аденокарциномима плућа миша са мутацијом КРАС-Г12Д и нокаутом П53
Објављено:Часопис за ћелијску и молекуларну медицину,2019
Стратегија секвенцирања
Иллумина
Узимање узорака
НОНММУТ015812-кноцкдовн КП (схРНА-2) ћелије и ћелије негативне контроле (сх-Сцр) су добијене 6. дана специфичне вирусне инфекције.
Кључни резултати
Ова студија истражује аберантно експримиране лнцРНА у аденокарциному плућа миша са нокаутом П53 и мутацијом КрасГ12Д.
1,6424 лнцРНА је различито експримирано (≥ 2-струка промена, П < 0,05).
2. Међу свих 210 лнцРНА (ФЦ≥8), експресија 11 лнцРНА је регулисана П53, 33 лнцРНА помоћу КРАС и 13 лнцРНА хипоксијом у примарним КП ћелијама, респективно.
3.НОНММУТ015812, који је значајно повећан у аденокарциному плућа миша и негативно регулисан реекспресијом П53, откривен је да би се анализирала његова ћелијска функција.
4. Обарање НОНММУТ015812 од стране схРНА смањило је способност пролиферације и миграције КП ћелија.НОНММУТ015812 је био потенцијални онкоген.
 Анализа КЕГГ пута диференцијално експримираних гена у НОНММУТ015812-кноцкдовн КП ћелијама |  Анализа генске онтологије диференцијално експримираних гена у НОНММУТ015812-кноцкдовн КП ћелијама |
Референца
Дерегулисани профил експресије лнцРНА у аденокарциномима плућа миша са мутацијом КРАС-Г12Д и нокаутом П53 [Ј].Часопис за ћелијску и молекуларну медицину, 2019, 23(10).ДОИ: 10.1111/јцмм.14584
