mRNA-seq (NGS) са референтним геномом
РНК-секвенцирање је стандардни алат у наукама о животу и пољопривреди, премошћујући јаз између генома и протеома. Његова снага лежи у откривању нових транскрипата и квантификацији њихове експресије у једном тесту. Широко се користи за упоредне транскриптомске студије, бацајући светло на гене повезане са различитим особинама или фенотиповима, као што је поређење мутаната са дивљим типовима или откривање експресије гена под одређеним условима. BMKCloud mRNA(Reference) апликација интегрише квантификацију експресије, анализу диференцијалне експресије (DEG) и анализе структуре секвенци у mRNA-sekvencирање (NGS) биоинформатички цевовод и обједињује снаге сличног софтвера, обезбеђујући практичност и једноставност коришћења. Корисници могу да отпреме своје РНК-секвенциране податке у облак, где апликација нуди свеобухватно, јединствено решење за биоинформатичку анализу. Поред тога, даје приоритет корисничком искуству, нудећи персонализоване операције прилагођене специфичним потребама корисника. Корисници могу сами да подесе параметре и поднесу мисију цевовода, провере интерактивни извештај, прегледају податке/дијаграме и заврше анализу података, као што су: избор циљног гена, функционално груписање, дијаграмирање итд.
Платформа:Илумина, МГИ
Стратегија:РНК секвенцирање
Распоред: Упарени, чисти подаци.
Тип библиотеке:fr-неуланчани, fr-први ланац или fr-други ланац
Дужина читања:150 базних парова
Тип датотеке:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz или *.fq.gz. Систем ћеаутоматски упари .fastq датотеке према њиховим именима датотека,нпр. *_1.fastq упарено са *._2.fastq.
Број узорака:Нема ограничења у бројуузорака, али време анализе ће се повећавати са бројемузорци расту.
Препоручена количина података:6G по узорку
