page_head_bg

Производи

16С/18С/ИТС ампликонско секвенцирање-НГС

Секвенцирање 16С/18С/ИТС ампликона има за циљ откривање филогеније, таксономије и обиља врста у микробној заједници истраживањем ПЦР производа кућних генетских маркера који садрже и високо конвертоване и хиперваријабилне делове.Увођење ових савршених молекуларних отисака прстију од стране Воесес ет ал, (1977) омогућава профилисање микробиома без изолације.Секвенцирање 16С (бактерије), 18С (гљиве) и интерног транскрибованог размакнице (ИТС, гљиве) омогућава идентификацију како распрострањених врста, тако и ретких и неидентификованих врста.Ова технологија је постала широко примењено и главно средство у идентификацији диференцијалног микробног састава у различитим срединама, као што су људска уста, црева, измет итд.

Платформа:Иллумина НоваСек6000


Детаљи услуге

Демо Ресултс

Истраживање случаја

Предности услуге

ØБрза идентификација микробног састава у узорцима животне средине без изолације

ØВисока резолуција у компонентама са малом количином у узорцима животне средине

ØНајновији КИИМЕ2 ток анализе са различитим анализама у смислу базе података, напомена, ОТУ/АСВ.

ØВисока пропусност, већа прецизност

ØПрименљиво на различите студије микробне заједнице

ØБМК поседује велико искуство са преко 100.000 узорака годишње, покривајући земљиште, воду, гас, муљ, измет, црева, кожу, ферментациону супу, инсекте, биљке итд.

ØБМКЦлоуд је олакшао тумачење података који садржи 45 персонализованих алата за анализу

Спецификације услуге

СеквенцирањеПлатформа

Библиотека

Препоручени принос података

Процењено време обраде

Иллумина НоваСек 6000

ПЕ250

50К/100К/300К ознаке

30 дана

Биоинформатичке анализе

üКонтрола квалитета сирових података

üОТУ груписање/уклањање шума (АСВ)

üОТУ анотација

üАлфа разноликост

üБета разноврсност

üМеђугрупна анализа

üАнализа асоцијације у односу на експерименталне факторе

üПредвиђање функције гена

2

Захтеви за узорке и достава

Захтеви за пример:

ЗаДНК екстракти:

Тип узорка

Износ

Концентрација

Чистоћа

ДНК екстракти

> 30 нг

> 1 нг/μл

ОД260/280= 1,6-2,5

За узорке животне средине:

Тип узорка

Препоручена процедура узорковања

Земљиште

Количина узорковања: прибл.5 г;Преосталу осушену материју треба уклонити са површине;Самељите велике комаде и прођите кроз филтер од 2 мм;Аликвотни узорци у стерилној ЕП-епрувети или циротуби за резервацију.

Измет

Количина узорковања: прибл.5 г;Сакупите и аликвотне узорке у стерилну ЕП-епрувету или криоепрувету за резервацију.

Интестинални садржај

Узорке је потребно обрадити у асептичним условима.Опрати прикупљено ткиво са ПБС;Центрифугирајте ПБС и сакупите талог у ЕП-епрувете.

Муљ

Количина узорковања: прибл.5 г;Сакупите и аликвотни узорак муља у стерилну ЕП-епрувету или криоепрувету за резервисање

Водено тело

За узорак са ограниченом количином микроба, као што је вода из чесме, вода из бунара, итд., Сакупите најмање 1 Л воде и прођите кроз филтер од 0,22 μм да бисте обогатили микроби на мембрани.Чувајте мембрану у стерилној епрувети.

Скин

Пажљиво остружите површину коже стерилним памучним штапићем или хируршким сечивом и ставите је у стерилну епрувету.

Препоручена достава узорка

Замрзните узорке у течном азоту 3-4 сата и чувајте у течном азоту или -80 степени на дуготрајну резервацију.Потребна је испорука узорка са сувим ледом.

Ток рада услуге

logo_02

Испорука узорка

logo_04

Изградња библиотеке

logo_05

Секвенцирање

logo_06

Анализа података

logo_07

Услуге након продаје


  • Претходна:
  • Следећи:

  • 1. Дистрибуција врста

    3

    2.Хеат мап: Груписање богатства врста

    4

    3. Крива ретке фракције

    5

    4.НМДС анализа

    6

    5.Лефсе анализа

    7

     

     

     

    БМК Цасе

    Гојазни појединци са и без дијабетеса типа 2 показују различите функционалне капацитете и састав цревних микроба

    Објављено:Целл Хост & Мицробе, 2019

    Стратегија секвенцирања:

    Мршави не-дијабетес (н=633);Гојазни недијабетес (н=494);Гојазни дијабетес типа 2 (н=153);
    Циљни регион: 16С рДНК В1-В2
    Платформа: Иллумина Мисек (секвенцирање ампликона засновано на НГС)
    Подскуп ДНК екстраката је подвргнут метагеномском секвенцирању на Иллумина Хисек

    Кључни резултати

    Микробни профили ових метаболичких болести су успешно диференцирани.
    Упоређивањем микробних карактеристика генерисаних секвенцирањем 16С, утврђено је да је гојазност повезана са променама у микробном саставу, појединачним карактеристикама, посебно значајно смањењем Аккермансиа, Фаецалибацтериум, Осциллибацтер, Алистипес, итд. Поред тога, Т2Д је пронађен повезан са повећањем Есцхерицхиа/схигелла .

    Референца

    Тхингхолм, ЛБ, ет ал.„Гојазни појединци са и без дијабетеса типа 2 показују различите функционалне капацитете и састав цревних микроба.“Ћелијски домаћин и микроб26.2 (2019).

     

    добили Цитат

    Напишите своју поруку овде и пошаљите нам је

    Пошаљите нам своју поруку: