●Метода без изолације и култивације за профилисање микробне заједнице: Омогућавање секвенцирања генетског материјала од некултурних организама.
●Висока резолуција: Откријте врсте са малом заступљеношћу у узорцима животне средине.
●Свеобухватна биоинформатичка анализа:Фокусиран не само на таксономску разноликост већ и на функционалну разноликост заједнице.
●Велико искуство:Са евиденцијом успешног затварања више метагеномских пројеката у различитим истраживачким доменима и обрадом преко 200.000 узорака, наш тим доноси богато искуство у сваки пројекат.
Платформа за секвенцирање | Стратегија секвенцирања | Подаци се препоручују | Контрола квалитета |
Иллумина НоваСек или ДНБСЕК-Т7 | ПЕ150 | 6-20Гб | К30≥85% |
Концентрација (нг/µЛ) | Укупна количина (нг) | Запремина (µЛ) |
≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Земља/муљ: 2-3г
● Садржај црева-животиња: 0,5-2г
● Цревни садржај-инсект: 0,1-0,25г
● Површина биљке (обогаћени седимент): 0,5-1г
● Ферментациони бујон обогаћен талогом): 0,2-0,5г
● Измет (велике животиње): 0,5-2г
● Измет (миш): 3-5 зрна
● Течност за испирање плућне алвеоле: филтер папир
● Вагинални брис: 5-6 брисева
● Брис коже/гениталних органа/пљувачке/оралног меког ткива/брис ждрела/ректални брис: 2-3 бриса
● Површински микроорганизам: 5-6 брисева
● Водено тело/ваздух/биофилм: филтер папир
● Ендофити: 2-3 г
● Зубни плак: 0,5-1г
Укључује следећу анализу:
● Контрола квалитета података секвенционирања
● Састављање метагенома и предвиђање гена
● Гене анотација
● Анализа таксономске алфа диверзитета
● Функционална анализа заједнице: биолошка функција, метаболичка, резистенција на антибиотике
● Анализа функционалне и таксономске разноликости:
Бета анализа разноврсности
Међугрупна анализа
Анализа корелације: између фактора средине и састава и разноликости ОУТ
Функционална анализа: ЦАРД резистенција на антибиотике
Диференцијална анализа КЕГГ метаболичких путева: топлотна мапа значајних путева
Алфа разноврсност таксономске дистрибуције: АЦЕ индекс
Бета разноврсност таксономске дистрибуције: ПЦоА
Истражите напредак који омогућава БМКГене-ове услуге секвенцирања метагенома са Иллумином кроз одабрану колекцију публикација.
Хаи, К. ет ал. (2023) 'Метагеномска и метаболомска анализа промена у цревном садржају калифорнијске пастрмке (Онцорхинцхус микисс) инфициране вирусом инфективне хематопоетске некрозе при различитим температурама воде у култури',Границе у микробиологији, 14, стр. 1275649. дои: 10.3389/ФМИЦБ.2023.1275649.
Мао, Ц. ет ал. (2023) 'Микробне заједнице, гени отпорности и ризици отпорности у урбаним језерима различитих трофичких стања: унутрашње везе и спољни утицаји',Јоурнал оф Хазардоус Материалс Адванцес, 9, стр. 100233. дои: 10.1016/Ј.ХАЗАДВ.2023.100233.
Су, М. ет ал. (2022) 'Метагеномска анализа открила разлике у саставу и функцији између течно-повезаних и чврстих-повезаних микроорганизама овчијег румена',Границе у микробиологији, 13, стр. 851567. дои: 10.3389/ФМИЦБ.2022.851567.
Иин, Ј. ет ал. (2023) „Микробиота гојазних свиња из Нингкианг-а обнавља метаболизам карнитина да би се подстакло таложење масних киселина у мишићима код мршавих ДЛИ свиња“,Тхе Инноватион, 4(5), стр. 100486. дои: 10.1016/Ј.КСИНН.2023.100486.
Зхао, Кс. ет ал. (2023) „Метагеномски увиди у потенцијалне ризике репрезентативних био/неразградивих пластичних и непластичних остатака у горњем и доњем току ушћа Хаихе, Кина“,Наука о тоталној животној средини, 887, стр. 164026. дои: 10.1016/Ј.СЦИТОТЕНВ.2023.164026.