Производи

Секвенцирање прокариотске РНК

Истакнута слика за секвенционирање прокариотске РНК

Секвенцирање прокариотске РНК користи секвенцирање следеће генерације (НГС) да открије присуство и количину РНК у датом тренутку, анализом променљивог ћелијског транскриптома.Секвенцирање прокариотске РНК наше компаније, посебно има за циљ прокариоте са референтним геномима, пружајући вам профилисање транскриптома, анализу структуре гена, итд. Широко се примењује у основним научним истраживањима, истраживању и развоју лекова и још много тога.

Платформа: Иллумина НоваСек платформа

Контактирајте нас

Детаљи услуге

Спецификације услуге

Платформа: Иллумина НоваСек платформа, ПЕ150

Тип библиотеке: 350бп инсерт цДНК библиотека (зависи од вршне дистрибуције)

Стратегија секвенцирања: упарени крај 150 бп

Препоручена количина података: 2 Гб необрађених података/узорак

Биоинформатика

(1) Контрола квалитета података секвенцирања: дистрибуција нуклеотида, дистрибуција базног квалитета, процена односа рРНА;

(2) Анализа поравнања секвенци: Статистика резултата поравнања, Засићеност секвенцирања, Покривеност секвенцирања;

(3) Референтна анотација генома (НР, Свисс-Прот, Пфам, ЦОГ, ГО, КЕГГ);

(4) Анализа експресије: Расподела експресије (са два или више узорака), Анализа експресије између узорака (Венова анализа, Корелациона анализа, ПЦА анализа);

(5) Анализа диференцијалне експресије (са два или више узорака);

(6) Анализа скупа гена: Венова анализа, Кластер анализа, Анализа анотације функције (ЦОГ, ГО, КЕГГ), Анализа обогаћивања функције (ГО, КЕГГ), Хордални граф обогаћивања функције, Ипатх анализа;

(7) анализа сРНА: предвиђање сРНА, анотација сРНА (Бласт, сРНАМап, сРНАТарБасе, СИПХТ, Рфам), предвиђање секундарне структуре сРНА, предвиђање циљног гена сРНА;

(8) Анализа структуре транскрипта: анализа оперона, предвиђање почетне и крајње локације транскрипције, УТР анотација и анализа, предвиђање секвенце промотера, СНП/ИнДел анализа (СНП/ИнДел анотација, СНП/ИнДел регионална дистрибуција, СНП статистика).