Топлотна мапа
Датотека матричних података се користи за цртање топлотне карте, која може филтрирати, нормализовати и груписати матричне податке.Углавном се користи за кластер анализу нивоа експресије гена између различитих узорака.
Гене Аннотатион
Анотација функције гена се врши мапирањем секвенци у ФАСТА датотеци према различитим базама података.
Гене Аннотатион
Основни алат за претрагу локалног поравнања
ЦДС_УТР_Предицтион
Овај алат је дизајниран да предвиди кодирајуће регионе (ЦДС) и некодирајуће регионе (УТР) у датим секвенцама транскрипта на основу експлозије у односу на познату базу података протеина и предвиђања ОРФ.
Манхаттан Плот
Манхаттан плот омогућава приказ података са великим бројем тачака података.Обично се користи у студијама асоцијација на нивоу генома (ГВАС).
Цирцос
ЦИРЦОС дијаграм омогућава директну презентацију СНП, ИнДеЛ, СВ, ЦНВ дистрибуција на геному.
ГО_Енрицхмент
ТопГО је алат дизајниран за функционално обогаћивање.ТопГО-Биоцондуцтор пакет се састоји од анализе диференцијалне експресије, анализе ГО обогаћивања и визуелизације резултата.Генерисаће фасциклу са излазом под називом „Граф“, која садржи резултате за топГО_БП, топГО_ЦЦ и топГО_МФ.
ВГЦНА
ВГЦНА је широко коришћен метод рударења података за откривање модула коекспресије гена.Применљив је на различите скупове података о експресији, укључујући податке о микромрежама и податке о експресији гена који потичу из секвенцирања следеће генерације.
ИнтерПроСцан
ИнтерПро анализа секвенце протеина и класификација
ГО_КЕГГ_Енрицхмент
Овај алат је дизајниран за генерисање хистограма обогаћивања ГО, хистограма обогаћивања КЕГГ и путање обогаћивања КЕГГ на основу обезбеђеног скупа гена и одговарајуће напомене.