Метагеномско секвенцирање-Нанопоре
Предности услуге
● Висококвалитетно склапање – Повећање тачности идентификације врста и функционалног предвиђања гена
● Затворена изолација бактеријског генома
● Моћнија и поузданија примена у различитим областима, нпр. детекција патогених микроорганизама или гена повезаних са резистенцијом на антибиотике
● Компаративна анализа метагенома
Спецификације услуге
| Платформа | Секвенцирање | Препоручени подаци | Смањено |
| Нанопоре | ОНТ | 6 Г/10 Г | 65 радних дана |
Биоинформатичке анализе
● Контрола квалитета сирових података
● Склоп метагенома
● Нередундантни скуп гена и анотација
● Анализа диверзитета врста
● Анализа диверзитета генетичке функције
● Међугрупна анализа
● Анализа асоцијације у односу на експерименталне факторе
Захтеви за узорке и достава
Захтеви за узорке и испорука
Захтеви за пример:
ЗаДНК екстракти:
| Тип узорка | Износ | Концентрација | Чистоћа |
| ДНК екстракти | 1-1,5 μг | > 20 нг/μл | ОД260/280= 1,6-2,5 |
За узорке животне средине:
| Тип узорка | Препоручена процедура узорковања |
| Земљиште | Количина узорковања: прибл.5 г;Преосталу осушену материју треба уклонити са површине;Самељите велике комаде и прођите кроз филтер од 2 мм;Аликвотни узорци у стерилној ЕП-епрувети или циротуби за резервацију. |
| Измет | Количина узорковања: прибл.5 г;Сакупите и аликвотне узорке у стерилну ЕП-епрувету или криоепрувету за резервацију. |
| Интестинални садржај | Узорке је потребно обрадити у асептичним условима.Опрати прикупљено ткиво са ПБС;Центрифугирајте ПБС и сакупите талог у ЕП-епрувете. |
| Муљ | Количина узорковања: прибл.5 г;Сакупите и аликвотни узорак муља у стерилну ЕП-епрувету или криоепрувету за резервисање |
| Водено тело | За узорак са ограниченом количином микроба, као што је вода из чесме, вода из бунара, итд., Сакупите најмање 1 Л воде и прођите кроз филтер од 0,22 μм да бисте обогатили микроби на мембрани.Чувајте мембрану у стерилној епрувети. |
| Кожа | Пажљиво остружите површину коже стерилним памучним штапићем или хируршким сечивом и ставите је у стерилну епрувету. |
Препоручена достава узорка
Замрзните узорке у течном азоту 3-4 сата и чувајте у течном азоту или -80 степени до дуготрајне резервације.Потребна је испорука узорка са сувим ледом.
Ток рада услуге
Испорука узорка
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Услуге након продаје
1.Хеатмап: Груписање богатства врста
2. Функционални гени означени КЕГГ метаболичким путевима
3. Мрежа корелације врста
4.Цирцос гена резистенције на антибиотике ЦАРД
БМК Цасе
Нанопоре метагеномика омогућава брзу клиничку дијагнозу бактеријске инфекције доњих респираторних органа
Објављено:Биотехнологија природе, 2019
Тецхницал Хигхлигхтс
Секвенцирање: Нанопоре МинИОН
Клиничка метагеномска биоинформатика: исцрпљивање ДНК домаћина, ВИМП и АРМА анализа
Брзо откривање: 6 сати
Висока осетљивост: 96,6%
Кључни резултати
У 2006. години, инфекција доњих респираторних органа (ЛР) изазвала је 3 милиона смрти људи широм света.Типичан метод за детекцију ЛР1 патогена је култивација, која има слабу осетљивост, дуго време преокрета и недостатак смерница у раној антибиотској терапији.Брза и прецизна микробна дијагноза дуго је била хитна потреба.Др Џастин са Универзитета Источне Англије и његови партнери су успешно развили метагеномску методу засновану на Нанопоре за откривање патогена.Према њиховом току рада, 99,99% ДНК домаћина може бити исцрпљено.Детекција патогена и гена отпорних на антибиотике може се завршити за 6 сати.
Референце
Цхаралампоус, Т., Каи, ГЛ, Рицхардсон, Х., Аидин, А., & О'Гради, Ј.(2019).Нанопоре метагеномика омогућава брзу клиничку дијагнозу бактеријске инфекције доњих респираторних органа.Природна биотехнологија, 37(7), 1.
