page_head_bg

Производи

Метагеномско секвенцирање-Нанопоре

Метагеномика је молекуларни алат који се користи за анализу мешовитих геномских материјала екстрахованих из узорака животне средине, који пружа детаљне информације о разноликости и бројности врста, структури популације, филогенетском односу, функционалним генима и корелационој мрежи са факторима животне средине, итд. Платформе за секвенцирање нанопора су недавно уведене на метагеномске студије.Његове изванредне перформансе у дужини читања у великој мери су побољшале низводну метагеномску анализу, посебно склапање метагенома.Користећи предности дужине читања, метагеномска студија заснована на Нанопореу је у стању да постигне континуиранији склоп у поређењу са метагеномиком сачмарица.Објављено је да је метагеномика заснована на Нанопоре успешно генерисала комплетне и затворене бактеријске геноме из микробиома (Мосс, ЕЛ, ет. ал,Натуре Биотецх, 2020)

Платформа:Нанопоре ПрометхИОН П48


Детаљи услуге

Демо Ресултс

БМК Цасе

Предности услуге

ØВисококвалитетно склапање - Повећање тачности идентификације врста и функционалног предвиђања гена

ØЗатворена изолација бактеријског генома

ØМоћнија и поузданија примена у различитим областима, нпр. детекција патогених микроорганизама или гена повезаних са резистенцијом на антибиотике

ØКомпаративна анализа метагенома

Спецификације услуге

СеквенцирањеПлатформа

Библиотека

Препоручени принос података

Процењено време обраде

Иллумина НоваСек 6000

ПЕ250

50К/100К/300К ознаке

30 дана

Биоинформатичке анализе

üКонтрола квалитета сирових података

üСклоп метагенома

üНередундантни скуп гена и анотација

üАнализа диверзитета врста

üАнализа диверзитета генетичке функције

üМеђугрупна анализа

üАнализа асоцијације у односу на експерименталне факторе

2

Захтеви за узорке и достава

Захтеви за узорке и испорука

Захтеви за пример:   

ЗаДНК екстракти:

Тип узорка

Износ

Концентрација

Чистоћа

ДНК екстракти

> 30 нг

> 1 нг/μл

ОД260/280= 1,6-2,5

За узорке животне средине:

Тип узорка

Препоручена процедура узорковања

Земљиште

Количина узорковања: прибл.5 г;Преосталу осушену материју треба уклонити са површине;Самељите велике комаде и прођите кроз филтер од 2 мм;Аликвотни узорци у стерилној ЕП-епрувети или циротуби за резервацију.

Измет

Количина узорковања: прибл.5 г;Сакупите и аликвотне узорке у стерилну ЕП-епрувету или криоепрувету за резервацију.

Интестинални садржај

Узорке је потребно обрадити у асептичним условима.Опрати прикупљено ткиво са ПБС;Центрифугирајте ПБС и сакупите талог у ЕП-епрувете.

Муљ

Количина узорковања: прибл.5 г;Сакупите и аликвотни узорак муља у стерилну ЕП-епрувету или криоепрувету за резервисање

Водено тело

За узорак са ограниченом количином микроба, као што је вода из чесме, вода из бунара, итд., Сакупите најмање 1 Л воде и прођите кроз филтер од 0,22 μм да бисте обогатили микроби на мембрани.Чувајте мембрану у стерилној епрувети.

Скин

Пажљиво остружите површину коже стерилним памучним штапићем или хируршким сечивом и ставите је у стерилну епрувету.

Препоручена достава узорка

Замрзните узорке у течном азоту 3-4 сата и чувајте у течном азоту или -80 степени на дуготрајну резервацију.Потребна је испорука узорка са сувим ледом.

Ток рада услуге

logo_02

Испорука узорка

logo_04

Изградња библиотеке

logo_05

Секвенцирање

logo_06

Анализа података

logo_07

Услуге након продаје


  • Претходна:
  • Следећи:

  • 1.Хеатмап: Груписање богатства врста32. Функционални гени означени КЕГГ метаболичким путевима43. Мрежа корелације врста54.Цирцос гена отпорности на антибиотике ЦАРД
    6

    БМК Цасе

    Нанопоре метагеномика омогућава брзу клиничку дијагнозу бактеријске инфекције доњих респираторних органа

    Објављено:Биотехнологија природе, 2019

    Тецхницал Хигхлигхтс
    Секвенцирање: Нанопоре МинИОН
    Клиничка метагеномска биоинформатика: исцрпљивање ДНК домаћина, ВИМП и АРМА анализа
    Брзо откривање: 6 сати
    Висока осетљивост: 96,6%

    Кључни резултати

    У 2006. години, инфекција доњих респираторних органа (ЛР) изазвала је 3 милиона смрти људи широм света.Типичан метод за детекцију ЛР1 патогена је култивација, која има слабу осетљивост, дуго време преокрета и недостатак смерница у раној антибиотској терапији.Брза и прецизна микробна дијагноза дуго је била хитна потреба.Др Џастин са Универзитета Источне Англије и његови партнери су успешно развили метагеномску методу засновану на Нанопоре за детекцију патогена.Према њиховом току рада, 99,99% ДНК домаћина може бити исцрпљено.Детекција у патогенима и генима отпорним на антибиотике може се завршити за 6 сати.

    Референца
    Цхаралампоус, Т., Каи, ГЛ, Рицхардсон, Х., Аидин, А., & О'Гради, Ј.(2019).Нанопоре метагеномика омогућава брзу клиничку дијагнозу бактеријске инфекције доњих респираторних органа.Природна биотехнологија, 37(7), 1.

    добили Цитат

    Напишите своју поруку овде и пошаљите нам је

    Пошаљите нам своју поруку: