-
Анализа асоцијација на нивоу генома
Циљ Геноме-Виде Ассоциатион Студиес (ГВАС) је да идентификује генетске варијанте (генотипове) повезане са специфичним особинама (фенотиповима). Испитујући генетске маркере у целом геному код великог броја појединаца, ГВАС екстраполира асоцијације генотип-фенотип кроз статистичке анализе на нивоу популације. Ова методологија налази широку примену у истраживању људских болести и истраживању функционалних гена повезаних са сложеним особинама животиња или биљака.
У БМКГЕНЕ-у, нудимо два начина за спровођење ГВАС-а на великим популацијама: коришћење секвенцирања целог генома (ВГС) или одабир методе секвенцирања генома смањене репрезентације, интерно развијеног специфичног локусног амплификованог фрагмента (СЛАФ). Док ВГС одговара мањим геномима, СЛАФ се појављује као исплатива алтернатива за проучавање већих популација са дужим геномима, ефективно минимизирајући трошкове секвенцирања, док гарантује високу ефикасност откривања генетских маркера.
-
Секвенцирање целог генома биљке/животиње
Секвенцирање целог генома (ВГС), такође познато као поновно секвенцирање, односи се на секвенционирање целог генома различитих индивидуа врста са познатим референтним геномима. На основу тога се могу даље идентификовати геномске разлике појединаца или популација. ВГС омогућава идентификацију полиморфизма једног нуклеотида (СНП), брисања уметања (ИнДел), варијације структуре (СВ) и варијације броја копија (ЦНВ). СВ обухватају већи део базе варијација од СНП-а и имају већи утицај на геном, значајно утичући на живе организме. Док је поновно секвенцирање кратког читања ефикасно у идентификацији СНП-ова и ИнДелс-а, поновно секвенцирање дугог читања омогућава прецизнију идентификацију великих фрагмената и компликованих варијација.
-
Еволуциона генетика
Еволуциона генетика је свеобухватна услуга секвенцирања дизајнирана да понуди проницљиво тумачење еволуције унутар велике групе појединаца, на основу генетских варијација, укључујући СНП, ИнДелс, СВ и ЦНВ. Ова услуга обухвата све суштинске анализе потребне за разјашњавање еволуционих померања и генетских карактеристика популација, укључујући процене структуре популације, генетске разноврсности и филогенетских односа. Штавише, он се бави студијама о протоку гена, омогућавајући процене ефективне величине популације и времена дивергенције. Студије еволуционе генетике дају вредан увид у порекло и адаптације врста.
У БМКГЕНЕ-у нудимо две могућности за спровођење еволуционих генетичких студија на великим популацијама: коришћење секвенцирања целог генома (ВГС) или одабирање методе секвенцирања генома смањене репрезентације, интерно развијеног Специфиц-Лоцус Амплифиед Фрагмента (СЛАФ). Док ВГС одговара мањим геномима, СЛАФ се појављује као исплатива алтернатива за проучавање већих популација са дужим геномима, ефективно минимизирајући трошкове секвенцирања.
-
Цомпаративе Геномицс
Компаративна геномика укључује испитивање и поређење целих секвенци и структура генома међу различитим врстама. Ово поље настоји да открије еволуцију врста, декодира функције гена и разјасни генетске регулаторне механизме идентификацијом очуваних или дивергентних структура секвенци и елемената у различитим организмима. Свеобухватна компаративна студија геномике обухвата анализе као што су породице гена, еволутивни развој, догађаји дупликације целог генома и утицај селективних притисака.
-
Склоп генома заснован на Хи-Ц
Хи-Ц је метода дизајнирана да ухвати конфигурацију хромозома комбиновањем сондирања интеракција заснованих на близини и секвенцирања високе пропусности. Верује се да је интензитет ових интеракција у негативној корелацији са физичком раздаљином на хромозомима. Због тога се Хи-Ц подаци користе за вођење груписања, поређања и оријентације састављених секвенци у нацрту генома и сидрења оних на одређени број хромозома. Ова технологија оснажује склоп генома на нивоу хромозома у одсуству генетске мапе засноване на популацији. Сваки појединачни геном треба Хи-Ц.
-
Секвенцирање генома биљака/животиња Де Ново
Де Новосеквенцирање се односи на изградњу целог генома врсте коришћењем технологија секвенцирања у одсуству референтног генома. Увођење и широко усвајање секвенцирања треће генерације, са дужим читањем, значајно је побољшало састављање генома повећањем преклапања између читања. Ово побољшање је посебно важно када се ради о изазовним геномима, као што су они који показују високу хетерозиготност, висок однос репетитивних региона, полиплоида и региона са репетитивним елементима, абнормалним садржајем ГЦ или високе сложености који су обично лоше састављени коришћењем секвенцирања кратког читања сама.
Наше решење на једном месту пружа интегрисане услуге секвенцирања и биоинформатичке анализе које испоручују висококвалитетни де ново састављени геном. Иницијална анкета генома са Иллумина даје процене величине и сложености генома, а ове информације се користе за вођење следећег корака дуго читаног секвенцирања помоћу ПацБио ХиФи, а затимде новосклапање контига. Накнадна употреба ХиЦ склопа омогућава сидрење контига за геном, добијајући склоп на нивоу хромозома. Коначно, геном је обележен предвиђањем гена и секвенцирањем експримираних гена, прибегавајући транскриптомима са кратким и дугим читањем.
-
Секвенцирање целог егзома човека
Секвенцирање целог егзома човека (хВЕС) је широко признато као исплатив и моћан приступ секвенцирању за прецизно одређивање мутација које изазивају болест. Упркос томе што чине само око 1,7% целокупног генома, егзони играју кључну улогу тако што директно одражавају профил укупних функција протеина. Приметно је да се у људском геному преко 85% мутација повезаних са болестима манифестује унутар региона који кодирају протеине. БМКГЕНЕ нуди свеобухватну и флексибилну услугу секвенцирања целог егзома човека са две различите стратегије хватања егзона које су доступне за испуњавање различитих истраживачких циљева.
-
Специфично локусно појачано секвенцирање фрагмената (СЛАФ-Сек)
Генотипизација високе пропусности, посебно на великим популацијама, је фундаментални корак у студијама генетских асоцијација и пружа генетску основу за функционално откривање гена, еволуциону анализу, итд. Уместо дубоког поновног секвенцирања целог генома,Секвенцирање генома смањене заступљености (РРГС)се често користи у овим студијама како би се минимизирали трошкови секвенцирања по узорку уз одржавање разумне ефикасности у откривању генетских маркера. РРГС ово постиже варењем ДНК рестрикцијским ензимима и фокусирањем на одређени опсег величине фрагмената, чиме се секвенцира само део генома. Међу различитим РРГС методологијама, секвенционирање појачаног фрагмента са специфичним локусом (СЛАФ) је прилагодљив и висококвалитетан приступ. Овај метод, који је независно развио БМКГене, оптимизује сет рестрикцијских ензима за сваки пројекат. Ово обезбеђује генерисање значајног броја СЛАФ ознака (400-500 бпс региона генома који се секвенцирају) који су равномерно распоређени по геному док се ефикасно избегавају региони који се понављају, чиме се обезбеђује најбоље откриће генетског маркера.
