page_head_bg

Производи

Де ново секвенцирање генома биљака/животиња

Де новосеквенцирање се односи на изградњу целог генома врсте коришћењем технологија секвенцирања, нпр. ПацБио, Нанопоре, НГС, итд., у одсуству референтног генома.Изванредно побољшање дужине читања технологије секвенцирања треће генерације донело је нове могућности у састављању сложених генома, као што су они са високом хетерозиготношћу, високим односом репетитивних региона, полиплоидима, итд. Са дужином читања на нивоу десетина килобаза, ова очитавања секвенцирања омогућавају решавање репетитивних елемената, региона са абнормалним садржајем ГЦ и других веома сложених региона.

Платформа: ПацБио Секуел ИИ /Нанопоре ПрометхИОН П48/ Иллумина НоваСек6000


Детаљи услуге

Демо Ресултс

Истраживање случаја

Предности услуге

1Development-of-sequencing-and-bioinformatics-in-de-novo-genome-assembly

Развој платформи за секвенцирање и биоинформатике уде новосклапање генома

(Амарасингхе СЛ ет ал.,Геноме Биологи, 2020)

ØКонструисање нових генома и побољшање постојећег референтног генома за врсте од интереса.
ØВећа тачност, континуитет и комплетност у монтажи
ØКонструисање фундаменталних ресурса за истраживање полиморфизма секвенци, КТЛ-ова, уређивања гена, узгоја итд.
ØОпремљен пуним спектром платформи за секвенцирање треће генерације: решење за склапање генома на једном месту
ØФлексибилне стратегије секвенцирања и састављања које испуњавају различите геноме са различитим карактеристикама
ØВисококвалифицирани биоинформатичарски тим са великим искуством у сложеним склоповима генома, укључујући полиплоиде, џиновске геноме итд.
ØПреко 100 успешних случајева са акумулативним објављеним фактором утицаја од преко 900
ØВреме преокрета до 3 месеца за састављање генома на нивоу хромозома.
ØСолидна техничка подршка са низом патената и софтверских ауторских права како на експерименталној страни тако и на биоинформатици.

Спецификације услуге

Секуенцинг Моде

Библиотека

Препоручена дубина

Процењено време обраде

Скупштина

ПацБио ХиФи

15 до 30 кб

Једноставан геном ≥ 30 Кс

Комплексни геном ≥ 60 Кс

3-6 месеци за склапање и означавање генома (у зависности од врсте)

Цонтиг Н50 ≥ 2 Мб (у зависности од врсте)

ПацБио ЦЛР

20 кб, 30 кб

Једноставан геном ≥ 100 Кс

Комплексни геном ≥ 150 Кс

Нанопоре

20-50 кб

Биоинформатичке анализе

üпоновно секвенцирање генома
üБасе Цаллинг
üКонтрола квалитета и исправљање грешака
üДе ново скупштина
üМонтажна префињеност
üПредвиђање гена
üАнотација генома
üНизводне анализе

2Plant-or-Animal-De-novo-genome-assembly-work-flow

Захтеви за узорке и достава

Захтеви за пример:

Врсте

Ткиво

За ПацБио

За Нанопоре

Животиње

Висцерални органи (јетра, слезина, итд.)

≥ 1,0 г

≥ 3,5 г

Мусцле

≥ 1,5 г

≥ 5,0 г

Крв сисара

≥ 1,5 мЛ

≥ 5,0 мЛ

Крв риба или птица

≥ 0,2 мЛ

≥ 0,5 мЛ

Биљке

Свеже лишће

≥ 1,5 г

≥ 5,0 г

Латица или стабљика

≥ 3,5 г

≥ 10,0 г

Корени или семе

≥ 7,0 г

≥ 20,0 г

Ћелије

Ћелијска култура

≥ 3×107

≥ 1×108

Препоручена достава узорка

Контејнер: епрувета за центрифугу од 2 мл (не препоручује се лимена фолија)
За већину узорака препоручујемо да се не чувају у етанолу.
Означавање узорка: Узорци морају бити јасно означени и идентични обрасцу са информацијама о достављеном узорку.
Испорука: Суви лед: Узорци се прво морају спаковати у вреће и закопати у суви лед.

Ток рада услуге

logo_01

Дизајн експеримента

logo_02

Испорука узорка

logo_03

Екстракција ДНК

logo_04

Изградња библиотеке

logo_05

Секвенцирање

logo_06

Анализа података

logo_07

Услуге након продаје


  • Претходна:
  • Следећи:

  • *Демо резултати приказани овде су сви из генома објављених са Биомаркер Тецхнологиес

    1.Цирцос на састављању генома на нивоу хромозомаГ. ротундифолиумпомоћу Нанопоре платформе за секвенцирање

    3Circos-on-genomic-features-of-cotton-genome

    Ванг М ет ал.,Молекуларна биологија и еволуција, 2021 

    2.Статистика састављања генома Веининг ражи и анотација

    4Statistics-of-genome-assembly-and-annotation

    Ли Г и др.,Природна генетика, 2021

    3. Предвиђање гена заСецхиум едулегеном, изведен из три методе предвиђања:Де новопредвиђање, предвиђање засновано на хомологији и предвиђање засновано на РНА-Сек подацима

    5Gene-prediction

    Фу А ет ал.,Хортицултуре Ресеарцх, 2021

    4. Идентификација нетакнутих дугих терминалних понављања у три генома памука

    6Identification-of-genome-repetitive-elements

    Ванг М ет ал.,Молекуларна биологија и еволуција, 2021

    5.Хи-Ц топлотна мапаЦ. ацуминатагеном који показује све-по-све интеракције у целом геному.Интензитет Хи-Ц интеракција је пропорционалан линеарној удаљености између контига.Чиста равна линија на овој топлотној мапи указује на високо прецизно сидрење контига на хромозомима.(Однос сидрења контига: 96,03%)

    7Hi-C-heat-map-on-assembled-sequencing-anchoring

    канг М ет ал.,Натуре Цоммуницатионс,2021

     

    БМК Цасе

    Висококвалитетни склоп генома наглашава карактеристике генома ражи и агрономски важне гене

    Објављено: Природна генетика, 2021

    Стратегија секвенцирања:

    Склапање генома: ПацБио ЦЛР режим са библиотеком од 20 кб (497 Гб, приближно 63×)
    Корекција секвенце: НГС са библиотеком ДНК од 270 бп (430 Гб, приближно 54×) на платформи Иллумина
    Контигс сидрење: Хи-Ц библиотека (560 Гб, приближно 71×) на Иллумина платформи
    Оптичка мапа: (779,55 Гб, приближно 99×) на Бионано Ирис

    Кључни резултати

    1. Објављен је скуп Веининг генома ражи са укупном величином генома од 7,74 Гб (98,74% процењене величине генома помоћу проточне цитометрије).Сцаффолд Н50 овог склопа је постигао 1,04 Гб.93,67% контига је успешно усидрено на 7 псеудохромозома.Овај склоп је оцењен помоћу мапе повезивања, ЛАИ и БУСЦО, што је резултирало високим оценама у свим евалуацијама.

    2. На основу овог генома урађена су даља истраживања о компаративној геномици, мапи генетске везе, транскриптомичким студијама.Откривено је низ геномских карактеристика повезаних са особинама укључујући дупликације гена у целом геному и њихов утицај на гене биосинтезе скроба;физичка организација сложених проламинских локуса, карактеристике експресије гена које су у основи раних особина главе и наводни хромозомски региони и локуси у ражи повезани са припитомљавањем.

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Цирцос дијаграм о геномским карактеристикама генома Веининг ражи

    PB-full-length-RNA-alternative-splicing

    Еволуциона и хромозомска синтенија анализа генома ражи

    Референца

    Ли, Г., Ванг, Л., Ианг, Ј.ет ал.Висококвалитетни склоп генома наглашава карактеристике генома ражи и агрономски важне гене.Нат Генет 53,574–584 (2021).

    хттпс://дои.орг/10.1038/с41588-021-00808-з

    добили Цитат

    Напишите своју поруку овде и пошаљите нам је

    Пошаљите нам своју поруку: