Секвенцирање генома биљака/животиња Де Ново
Предности услуге
Развој платформи за секвенцирање и биоинформатике уде новосклапање генома
(Амарасингхе СЛ ет ал.,Геноме Биологи, 2020)
● Конструисање нових генома и побољшање постојећих референтних генома за врсте од интереса.
● Већа тачност, континуитет и комплетност у монтажи
● Израда фундаменталних ресурса за истраживање полиморфизма секвенци, КТЛ-ова, уређивања гена, узгоја, итд.
● Опремљен пуним спектром платформи за секвенцирање треће генерације: решење за склапање генома на једном месту
● Флексибилне стратегије секвенцирања и састављања које испуњавају различите геноме са различитим карактеристикама
● Високо квалификован тим биоинформатичара са великим искуством у сложеним склоповима генома, укључујући полиплоиде, џиновске геноме итд.
● Преко 100 успешних случајева са акумулативним објављеним фактором утицаја од преко 900
● Време преокрета до 3 месеца за састављање генома на нивоу хромозома.
● Солидна техничка подршка са низом патената и софтверских ауторских права како на експерименталној страни тако и на биоинформатици.
Спецификације услуге
|
Садржај
|
Платформа
|
Реад Ленгтх
|
Покривеност
|
| Геноме Сурвеи
| Иллумина НоваСек
| ПЕ150
| ≥ 50Кс
|
| Секвенцирање генома
| ПацБио Ревио
| 15 кб ХиФи читања
| ≥ 30Кс
|
| Хи-Ц
| Иллумина НоваСек
| ПЕ150
| ≥100X
|
Процес рада
Захтеви за узорке и достава
Захтеви за пример:
| Врсте | Ткиво | За ПацБио | За Нанопоре |
| Животиње | Висцерални органи (јетра, слезина, итд.) | ≥ 1,0 г | ≥ 3,5 г |
| Мусцле | ≥ 1,5 г | ≥ 5,0 г | |
| Крв сисара | ≥ 1,5 мЛ | ≥ 5,0 мЛ | |
| Крв риба или птица | ≥ 0,2 мЛ | ≥ 0,5 мЛ | |
| Биљке | Свеже лишће | ≥ 1,5 г | ≥ 5,0 г |
| Латица или стабљика | ≥ 3,5 г | ≥ 10,0 г | |
| Корени или семе | ≥ 7,0 г | ≥ 20,0 г | |
| Ћелије | Ћелијска култура | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Препоручена достава узорка
Контејнер: епрувета за центрифугирање од 2 мл (не препоручује се лимена фолија)
За већину узорака препоручујемо да се не чувају у етанолу.
Означавање узорка: Узорци морају бити јасно означени и идентични са достављеним обрасцима са информацијама о узорку.
Испорука: Суви лед: Узорци се прво морају спаковати у вреће и закопати у суви лед.
Ток рада услуге
Дизајн експеримента
Испорука узорка
Екстракција ДНК
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Услуге након продаје
*Демо резултати приказани овде су сви из генома објављених са Биомаркер Тецхнологиес
1.Цирцос на састављању генома на нивоу хромозомаГ. ротундифолиумпомоћу Нанопоре платформе за секвенцирање
Ванг М ет ал.,Молекуларна биологија и еволуција, 2021
2.Статистика састављања генома Веининг ражи и анотација
Ли Г и др.,Природна генетика, 2021
3. Предвиђање гена заСецхиум едулегеном, изведен из три методе предвиђања:Де новопредвиђање, предвиђање засновано на хомологији и предвиђање засновано на РНА-Сек подацима
Фу А ет ал.,Хортицултуре Ресеарцх, 2021
4. Идентификација нетакнутих дугих терминалних понављања у три генома памука
Ванг М ет ал.,Молекуларна биологија и еволуција, 2021
5.Хи-Ц топлотна картаЦ. ацуминатагеном који показује све-по-све интеракције у целом геному.Интензитет Хи-Ц интеракција је пропорционалан линеарној удаљености између контига.Чиста равна линија на овој топлотној мапи указује на високо прецизно сидрење контига на хромозомима.(Однос сидрења контига: 96,03%)
канг М ет ал.,Натуре Цоммуницатионс,2021
БМК Цасе
Висококвалитетни склоп генома истиче карактеристике генома ражи и агрономски важне гене
Објављено: Природна генетика, 2021
Стратегија секвенцирања:
Склоп генома: ПацБио ЦЛР режим са библиотеком од 20 кб (497 Гб, приближно 63×)
Корекција секвенце: НГС са библиотеком ДНК од 270 бп (430 Гб, приближно 54×) на платформи Иллумина
Цонтигс анцхоринг: Хи-Ц библиотека (560 Гб, приближно 71×) на Иллумина платформи
Оптичка мапа: (779,55 Гб, приближно 99×) на Бионано Ирис
Кључни резултати
1. Објављен је скуп Веининг генома ражи са укупном величином генома од 7,74 Гб (98,74% процењене величине генома помоћу проточне цитометрије).Сцаффолд Н50 овог склопа је постигао 1,04 Гб.93,67% контига је успешно усидрено на 7 псеудохромозома.Овај склоп је оцењен помоћу мапе повезивања, ЛАИ и БУСЦО, што је резултирало високим оценама у свим евалуацијама.
2. На основу овог генома вршена су даља истраживања компаративне геномике, мапе генетичке везе, транскриптомске студије.Откривено је низ геномских карактеристика повезаних са особинама укључујући дупликације гена у целом геному и њихов утицај на гене биосинтезе скроба;физичка организација сложених проламинских локуса, карактеристике експресије гена које су у основи раних особина главе и наводни хромозомски региони и локуси у ражи повезани са припитомљавањем.
 Цирцос дијаграм о геномским карактеристикама генома Веининг ражи |  Еволуциона и хромозомска синтезна анализа генома ражи |
Ли, Г., Ванг, Л., Ианг, Ј.ет ал.Висококвалитетни склоп генома истиче карактеристике генома ражи и агрономски важне гене.Нат Генет 53,574–584 (2021).
хттпс://дои.орг/10.1038/с41588-021-00808-з
