16С/18С/ИТС Амплицон Секуенцинг-ПацБио
Предности услуге
ØДуго читање открива секвенцу пуне дужине 16С/18С/ИТС
ØВеома прецизно базно позивање са секвенцирањем ПацБио ЦЦС режима
ØРезолуција на нивоу врсте у ОТУ/АСВ напомени
ØНајновији КИИМЕ2 ток анализе са различитим анализама у смислу базе података, напомена, ОТУ/АСВ.
ØПрименљиво на различите студије микробне заједнице
ØБМК поседује велико искуство са преко 100.000 узорака годишње, покривајући земљиште, воду, гас, муљ, измет, црева, кожу, ферментациону супу, инсекте, биљке итд.
ØБМКЦлоуд је олакшао тумачење података који садржи 45 персонализованих алата за анализу
Спецификације услуге
| СеквенцирањеПлатформа | Библиотека | Препоручени принос података | Процењено време обраде |
| ПацБио Секуел ИИ | СМРТ-звоно | 5К/10К/30К ЦЦС | 30 дана |
Биоинформатичке анализе
üКонтрола квалитета сирових података
üОТУ груписање/уклањање шума (АСВ)
üОТУ анотација
üАлфа разноликост
üБета разноврсност
üМеђугрупна анализа
üАнализа асоцијације у односу на експерименталне факторе
üПредвиђање функције гена
Захтеви за узорке и достава
Захтеви за пример:
ЗаДНК екстракти:
| Тип узорка | Износ | Концентрација | Чистоћа |
| ДНК екстракти | > 1 μг | > 20 нг/μл | ОД260/280= 1,6-2,5 |
За узорке животне средине:
| Тип узорка | Препоручена процедура узорковања |
| Земљиште | Количина узорковања: прибл.5 г;Преосталу осушену материју треба уклонити са површине;Самељите велике комаде и прођите кроз филтер од 2 мм;Аликвотни узорци у стерилној ЕП-епрувети или циротуби за резервацију. |
| Измет | Количина узорковања: прибл.5 г;Сакупите и аликвотне узорке у стерилну ЕП-епрувету или криоепрувету за резервацију. |
| Интестинални садржај | Узорке је потребно обрадити у асептичним условима.Опрати прикупљено ткиво са ПБС;Центрифугирајте ПБС и сакупите талог у ЕП-епрувете. |
| Муљ | Количина узорковања: прибл.5 г;Сакупите и аликвотни узорак муља у стерилну ЕП-епрувету или криоепрувету за резервисање |
| Водено тело | За узорак са ограниченом количином микроба, као што је вода из чесме, вода из бунара, итд., Сакупите најмање 1 Л воде и прођите кроз филтер од 0,22 μм да бисте обогатили микроби на мембрани.Чувајте мембрану у стерилној епрувети. |
| Скин | Пажљиво остружите површину коже стерилним памучним штапићем или хируршким сечивом и ставите је у стерилну епрувету. |
Препоручена достава узорка
Замрзните узорке у течном азоту 3-4 сата и чувајте у течном азоту или -80 степени на дуготрајну резервацију.Потребна је испорука узорка са сувим ледом.
Ток рада услуге
Испорука узорка
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Услуге након продаје
1. Стопа анотације профилисања микробне заједнице засноване на В3+В4(Иллумина) у односу на профилисање засновано на пуној дужини (ПацБио).
(За статистику су пријављени подаци од 30 насумично одабраних пројеката)
2. Стопа анотације секвенцирања ампликона пуне дужине на нивоу врсте у различитим типовима узорака
3. Дистрибуција врста
4. Филогенетско дрво
БМК Цасе
Излагање арсену изазива оштећење цревне баријере и последичну активацију осовине црево-јетра што доводи до упале и пироптозе јетре код патака
Објављено:Наука о тоталној животној средини,2021
Стратегија секвенцирања:
Узорци: Контрола наспрам 8 мг/кг групе изложене АТО
Принос података секвенцирања: укупно 102,583 необрађених ЦЦС секвенци
Контрола: 54,518 ± 747 ефективних ЦЦС
Изложено АТО: 45,050 ± 1675 ефективних ЦЦС
Кључни резултати
Алфа разноликост:Изложеност АТО значајно је променила богатство цревних микроба и разноврсност код патака.
Анализа метастата:
На нивоу типа: 2 бактеријска фила откривена само у контролним групама
На нивоу рода: нађено је 6 родова који се значајно разликују у релативној бројности
На нивоу врста: идентификовано је укупно 36 врста, од којих се 6 значајно разликују у релативној бројности
Референца
Тхингхолм, ЛБ, ет ал.„Гојазни појединци са и без дијабетеса типа 2 показују различите функционалне капацитете и састав цревних микроба.“Ћелијски домаћин и микроб26.2 (2019).
