mRNA-seq (NGS) com genoma de referência
O RNA-seq é uma ferramenta padrão em ciências da vida e ciências agrícolas, preenchendo a lacuna entre genomas e proteomas. Sua força reside na descoberta de novos transcritos e na quantificação de sua expressão em um único ensaio. É amplamente utilizado para estudos transcriptômicos comparativos, elucidando genes relacionados a diversas características ou fenótipos, como a comparação de mutantes com tipos selvagens ou a revelação da expressão gênica sob condições específicas. O aplicativo BMKCloud mRNA(Reference) integra a quantificação da expressão, a análise de expressão diferencial (DEG) e as análises de estrutura de sequência ao pipeline bioinformático de mRNA-seq (NGS) e combina os pontos fortes de softwares similares, garantindo conveniência e facilidade de uso. Os usuários podem enviar seus dados de RNA-seq para a nuvem, onde o aplicativo oferece uma solução completa de análise bioinformática. Além disso, prioriza a experiência do cliente, oferecendo operações personalizadas e adaptadas às necessidades específicas de cada usuário. Os usuários podem definir parâmetros e submeter a missão do pipeline por conta própria, verificar o relatório interativo, visualizar dados/diagramas e realizar mineração de dados, como: seleção de genes-alvo, agrupamento funcional, diagramação, etc.
Plataforma:Illumina, MGI
Estratégia:RNA-Seq
Layout: Dados limpos e pareados.
Tipo de biblioteca:fr-não-encadeado, fr-primeira-encadeamento ou fr-segunda-encadeamento
Comprimento da leitura:150 bp
Tipo de arquivo:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz ou *.fq.gz. O sistema iráEmparelhar automaticamente os arquivos .fastq de acordo com seus nomes de arquivo.Exemplo: *_1.fastq emparelhado com *._2.fastq.
Número de amostras:Não há restrições quanto ao número.de amostras, mas o tempo de análise aumentará conforme o número deas amostras crescem.
Quantidade de dados recomendada:6G por amostra
