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Produtos

Sequenciamento Metagenômico (NGS)

Metagenoma refere-se a uma coleção de material genético total de uma comunidade mista de organismos, como metagenoma ambiental, metagenoma humano, etc. Ele contém genomas de microrganismos cultiváveis ​​e não cultiváveis.O sequenciamento metagenômico é uma ferramenta molecular utilizada para analisar os materiais genômicos mistos extraídos de amostras ambientais, que fornece informações detalhadas sobre diversidade e abundância de espécies, estrutura populacional, relação filogenética, genes funcionais e rede de correlação com fatores ambientais.

Plataforma:Illumina NovaSeq6000


Detalhes do serviço

Resultados de demonstração

Estudo de caso

Vantagens do serviço

ØIsolamento e sem cultivo para perfis de comunidades microbianas

ØAlta resolução na detecção de espécies de baixa abundância em amostras ambientais

ØA ideia de “meta-” integra todas as características biológicas em nível funcional, nível de espécie e nível de gene, o que reflete uma visão dinâmica mais próxima da realidade.

ØA BMK acumula grande experiência em diversos tipos de amostras com mais de 10.000 amostras processadas.

Especificações de serviço

SequenciamentoPlataforma

Biblioteca

Rendimento de dados recomendado

Tempo estimado de retorno

Illumina Nova Seq 6000

PE250

Etiquetas de 50K/100K/300K

30 dias

Análises de bioinformática

üControle de qualidade de dados brutos

üMontagem do metagenoma

üConjunto de genes não redundante e anotação

üAnálise de diversidade de espécies

üAnálise de diversidade de funções genéticas

üAnálise intergrupo

üAnálise de associação contra fatores experimentais

2

Requisitos de Amostra e Entrega

Requisitos de amostra:

PorExtratos de DNA:

Tipo de amostra

Resultar

Concentração

Pureza

Extratos de DNA

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Para amostras ambientais:

Tipo de amostra

Procedimento de amostragem recomendado

Solo

Quantidade de amostragem: aprox.5g;A substância murcha restante precisa ser removida da superfície;Triture pedaços grandes e passe por filtro de 2 mm;Amostras alíquotas em tubo EP estéril ou cyrotube para reserva.

Fezes

Quantidade de amostragem: aprox.5g;Colete e alíquota de amostras em tubo EP estéril ou criotubo para reserva.

Conteúdo intestinal

As amostras precisam ser processadas em condições assépticas.Lave o tecido coletado com PBS;Centrifugue o PBS e colete o precipitante em tubos EP.

Lodo

Quantidade de amostragem: aprox.5g;Coleta e alíquota da amostra de lodo em tubo EP estéril ou tubo criogênico para reserva

Corpo d'água

Para amostras com quantidade limitada de micróbios, como água da torneira, água de poço, etc., colete pelo menos 1 L de água e passe por um filtro de 0,22 μm para enriquecer o micróbio na membrana.Armazenar a membrana em tubo estéril.

Pele

Raspe cuidadosamente a superfície da pele com cotonete estéril ou lâmina cirúrgica e coloque-o em tubo estéril.

Entrega de amostra recomendada

Congele as amostras em nitrogênio líquido por 3-4 horas e armazene em nitrogênio líquido ou -80 graus para reserva de longo prazo.É necessário o envio de amostras com gelo seco.

Fluxo de trabalho de serviço

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Entrega de amostra

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Construção de biblioteca

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Sequenciamento

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Análise de dados

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Serviços pós-venda


  • Anterior:
  • Próximo:

  • 1.Histograma: Distribuição de espécies

    3

    2. Genes funcionais anotados nas vias metabólicas de KEGG

    4

    3.Mapa de calor: funções diferenciais com base na abundância relativa de genes54.Circos de genes de resistência a antibióticos CARD

    6

    Caso BMK

    Prevalência de genes de resistência a antibióticos e patógenos bacterianos ao longo do contínuo solo-raiz de mangue

    Publicados:Jornal de Materiais Perigosos, 2021

    Estratégia de sequenciamento:

    Materiais:Extratos de DNA de quatro fragmentos de amostras associadas a raízes de mangue: solo não plantado, compartimentos da rizosfera, episfera e endosfera
    Plataforma: Illumina HiSeq 2500
    Alvos: Metagenoma
    Região V3-V4 do gene 16S rRNA

    Principais resultados

    O sequenciamento metagenômico e o perfil do metabarcoding no contínuo solo-raiz de mudas de mangue foram processados ​​para estudar a disseminação de genes de resistência a antibióticos (ARGs) do solo para as plantas.Dados metagenômicos revelaram que 91,4% dos genes de resistência a antibióticos foram comumente identificados em todos os quatro compartimentos do solo mencionados acima, que mostraram uma forma contínua.O sequenciamento do amplicon 16S rRNA gerou 29.285 sequências, representando 346 espécies.Combinando com o perfil de espécies por sequenciamento de amplicon, essa disseminação foi considerada independente da microbiota associada à raiz, no entanto, pode ser facilitada pela mobilidade de elementos genéticos.Este estudo identificou o fluxo de ARGs e patógenos do solo para as plantas através de um continuum solo-raiz interconectado.

    Referência

    Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Prevalência de genes de resistência a antibióticos e patógenos bacterianos ao longo do contínuo solo-raiz de mangue.Jornal de Materiais Perigosos, 408, 124985.

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