Sequenciamento Metagenômico -NGS
Um metagenoma é uma coleção do material genético total de uma comunidade mista de organismos, como metagenomas ambientais e humanos. Ele contém genomas de microrganismos cultiváveis e não cultiváveis. O sequenciamento metagenômico shotgun com NGS permite o estudo dessas intrincadas paisagens genômicas incorporadas em amostras ambientais, fornecendo mais do que perfis taxonômicos, fornecendo também insights granulares sobre a diversidade de espécies, dinâmica de abundância e estruturas populacionais complexas. Além dos estudos taxonômicos, a metagenômica shotgun também oferece uma perspectiva genômica funcional, permitindo a exploração de genes codificados e seus supostos papéis em processos ecológicos. Finalmente, o estabelecimento de redes de correlação entre elementos genéticos e fatores ambientais contribui para uma compreensão holística da intrincada interação entre comunidades microbianas e seu contexto ecológico. Em conclusão, o sequenciamento metagenômico se destaca como um instrumento fundamental para desvendar as complexidades genômicas de diversas comunidades microbianas, iluminando as relações multifacetadas entre genética e ecologia dentro desses ecossistemas complexos.
Plataformas: Illumina NovaSeq e DNBSEQ-T7
Vantagens do serviço
●Método sem isolamento e cultivo para perfil de comunidade microbiana: Permitindo o sequenciamento de material genético de organismos não cultiváveis.
●Alta resolução: Detectar espécies de baixa abundância em amostras ambientais.
●Análise Bioinformática Abrangente:Focado não apenas na diversidade taxonômica, mas também na diversidade funcional da comunidade.
●Vasta experiência:Com um histórico de fechamento bem-sucedido de vários projetos de metagenômica em vários domínios de pesquisa e processamento de mais de 200.000 amostras, nossa equipe traz uma vasta experiência para cada projeto.
Especificações do serviço
| Plataforma de sequenciamento | Estratégia de Sequenciamento | Dados recomendados | Controle de qualidade |
| Illumina NovaSeq ou DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 GB | Q30≥85% |
Requisitos de serviço
| Concentração (ng/µL) | Quantidade total (ng) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Solo/lodo: 2-3g
● Conteúdo intestinal-animal: 0,5-2g
● Conteúdo intestinal - inseto: 0,1-0,25g
● Superfície da planta (sedimento enriquecido): 0,5-1g
● Caldo de fermentação enriquecido com sedimento): 0,2-0,5g
● Fezes (animais grandes): 0,5-2g
● Fezes (rato): 3-5 grãos
● Líquido de lavagem alveolar pulmonar: papel de filtro
● Cotonete vaginal: 5-6 cotonetes
● Cotonete de pele/genital/saliva/tecido mole oral/cotonete faríngeo/cotonete retal: 2-3 cotonetes
● Microrganismo de superfície: 5-6 cotonetes
● Corpo d'água/ar/biofilme: papel de filtro
● Endófitos: 2-3g
● Placa dentária: 0,5-1g
Fluxo de trabalho do serviço
Entrega de amostra
Construção de biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Serviços pós-venda
Inclui a seguinte análise:
● Controle de qualidade de dados de sequenciamento
● Montagem do metagenoma e predição genética
● Anotação genética
● Análise de diversidade alfa taxonômica
● Análise funcional da comunidade: função biológica, metabólica, resistência a antibióticos
● Análise da diversidade funcional e taxonômica:
Análise de diversidade beta
Análise intergrupal
Análise de correlação: entre fatores ambientais e composição e diversidade de OUT
Análise funcional: resistência a antibióticos CARD
Análise diferencial das vias metabólicas KEGG: mapa de calor das vias significativas
Diversidade alfa da distribuição taxonômica: índice ACE
Diversidade beta da distribuição taxonômica: PCoA
Explore os avanços facilitados pelos serviços de sequenciamento de metagenoma da BMKGene com a Illumina por meio de uma coleção selecionada de publicações.
Hai, Q. et al. (2023) 'Análise metagenômica e metabolômica de alterações no conteúdo intestinal de truta arco-íris (Oncorhynchus mykiss) infectada com vírus da necrose hematopoiética infecciosa em diferentes temperaturas da água de cultura',Fronteiras em Microbiologia, 14, pág. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Comunidades microbianas, genes de resistência e riscos de resistoma em lagos urbanos de diferentes estados tróficos: ligações internas e influências externas',Revista de Avanços em Materiais Perigosos, 9, pág. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Análise metagenômica revelou diferenças na composição e função entre microrganismos associados a líquidos e sólidos do rúmen de ovelhas',Fronteiras em Microbiologia, 13, pág. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'A microbiota derivada do porco Ningxiang obeso reconfigura o metabolismo da carnitina para promover a deposição de ácidos graxos musculares em porcos DLY magros',A Inovação, 4(5), pág. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Insights metagenômicos sobre os riscos potenciais de resíduos plásticos e não plásticos bio/não degradáveis representativos nos trechos superior e inferior do estuário de Haihe, China',Ciência do Meio Ambiente Total, 887, pág. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
