Sequenciamento Metagenômico (NGS)
Vantagens do serviço
ØIsolamento e sem cultivo para perfis de comunidades microbianas
ØAlta resolução na detecção de espécies de baixa abundância em amostras ambientais
ØA ideia de “meta-” integra todas as características biológicas em nível funcional, nível de espécie e nível de gene, o que reflete uma visão dinâmica mais próxima da realidade.
ØA BMK acumula grande experiência em diversos tipos de amostras com mais de 10.000 amostras processadas.
Especificações de serviço
| SequenciamentoPlataforma | Biblioteca | Rendimento de dados recomendado | Tempo estimado de retorno |
| Illumina Nova Seq 6000 | PE250 | Etiquetas de 50K/100K/300K | 30 dias |
Análises de bioinformática
üControle de qualidade de dados brutos
üMontagem do metagenoma
üConjunto de genes não redundante e anotação
üAnálise de diversidade de espécies
üAnálise de diversidade de funções genéticas
üAnálise intergrupo
üAnálise de associação contra fatores experimentais
Requisitos de Amostra e Entrega
Requisitos de amostra:
PorExtratos de DNA:
| Tipo de amostra | Resultar | Concentração | Pureza |
| Extratos de DNA | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Para amostras ambientais:
| Tipo de amostra | Procedimento de amostragem recomendado |
| Solo | Quantidade de amostragem: aprox.5g;A substância murcha restante precisa ser removida da superfície;Triture pedaços grandes e passe por filtro de 2 mm;Amostras alíquotas em tubo EP estéril ou cyrotube para reserva. |
| Fezes | Quantidade de amostragem: aprox.5g;Colete e alíquota de amostras em tubo EP estéril ou criotubo para reserva. |
| Conteúdo intestinal | As amostras precisam ser processadas em condições assépticas.Lave o tecido coletado com PBS;Centrifugue o PBS e colete o precipitante em tubos EP. |
| Lodo | Quantidade de amostragem: aprox.5g;Coleta e alíquota da amostra de lodo em tubo EP estéril ou tubo criogênico para reserva |
| Corpo d'água | Para amostras com quantidade limitada de micróbios, como água da torneira, água de poço, etc., colete pelo menos 1 L de água e passe por um filtro de 0,22 μm para enriquecer o micróbio na membrana.Armazenar a membrana em tubo estéril. |
| Pele | Raspe cuidadosamente a superfície da pele com cotonete estéril ou lâmina cirúrgica e coloque-o em tubo estéril. |
Entrega de amostra recomendada
Congele as amostras em nitrogênio líquido por 3-4 horas e armazene em nitrogênio líquido ou -80 graus para reserva de longo prazo.É necessário o envio de amostras com gelo seco.
Fluxo de trabalho de serviço
Entrega de amostra
Construção de biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Serviços pós-venda
1.Histograma: Distribuição de espécies
2. Genes funcionais anotados nas vias metabólicas de KEGG
3.Mapa de calor: funções diferenciais com base na abundância relativa de genes
4.Circos de genes de resistência a antibióticos CARD
Caso BMK
Prevalência de genes de resistência a antibióticos e patógenos bacterianos ao longo do contínuo solo-raiz de mangue
Publicados:Jornal de Materiais Perigosos, 2021
Estratégia de sequenciamento:
Materiais:Extratos de DNA de quatro fragmentos de amostras associadas a raízes de mangue: solo não plantado, compartimentos da rizosfera, episfera e endosfera
Plataforma: Illumina HiSeq 2500
Alvos: Metagenoma
Região V3-V4 do gene 16S rRNA
Principais resultados
O sequenciamento metagenômico e o perfil do metabarcoding no contínuo solo-raiz de mudas de mangue foram processados para estudar a disseminação de genes de resistência a antibióticos (ARGs) do solo para as plantas.Dados metagenômicos revelaram que 91,4% dos genes de resistência a antibióticos foram comumente identificados em todos os quatro compartimentos do solo mencionados acima, que mostraram uma forma contínua.O sequenciamento do amplicon 16S rRNA gerou 29.285 sequências, representando 346 espécies.Combinando com o perfil de espécies por sequenciamento de amplicon, essa disseminação foi considerada independente da microbiota associada à raiz, no entanto, pode ser facilitada pela mobilidade de elementos genéticos.Este estudo identificou o fluxo de ARGs e patógenos do solo para as plantas através de um continuum solo-raiz interconectado.
Referência
Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Prevalência de genes de resistência a antibióticos e patógenos bacterianos ao longo do contínuo solo-raiz de mangue.Jornal de Materiais Perigosos, 408, 124985.
