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Sequenciamento Metagenômico -NGS

Foto 62

Um metagenoma é uma coleção do material genético total de uma comunidade mista de organismos, como metagenomas ambientais e humanos. Ele contém genomas de microrganismos cultiváveis ​​e não cultiváveis. O sequenciamento metagenômico shotgun com NGS permite o estudo dessas intrincadas paisagens genômicas incorporadas em amostras ambientais, fornecendo mais do que perfis taxonômicos, fornecendo também insights granulares sobre a diversidade de espécies, dinâmica de abundância e estruturas populacionais complexas. Além dos estudos taxonômicos, a metagenômica shotgun também oferece uma perspectiva genômica funcional, permitindo a exploração de genes codificados e seus supostos papéis em processos ecológicos. Finalmente, o estabelecimento de redes de correlação entre elementos genéticos e factores ambientais contribui para uma compreensão holística da intricada interacção entre as comunidades microbianas e o seu contexto ecológico. Em conclusão, o sequenciamento metagenómico constitui um instrumento fundamental para desvendar os meandros genómicos de diversas comunidades microbianas, iluminando as relações multifacetadas entre genética e ecologia dentro destes ecossistemas complexos.

Plataformas: Illumina NovaSeq e DNBSEQ-T7


Detalhes do serviço

Bioinformática

Resultados de demonstração

Publicações em destaque

Vantagens do serviço

Método livre de isolamento e cultivo para perfil de comunidade microbiana: Permitir o sequenciamento de material genético de organismos não cultiváveis.

Alta resolução: Detecte espécies de baixa abundância em amostras ambientais.

Análise Abrangente de Bioinformática:Focado não apenas na diversidade taxonômica, mas também na diversidade funcional da comunidade.

Ampla experiência:Com um histórico de fechamento bem-sucedido de vários projetos de metagenômica em vários domínios de pesquisa e processamento de mais de 200.000 amostras, nossa equipe traz uma vasta experiência para cada projeto.

Especificações de serviço

Plataforma de sequenciamento

Estratégia de sequenciamento

Dados recomendados

Controle de qualidade

Illumina NovaSeq ou DNBSEQ-T7

PE150

6-20 GB

Q30≥85%

Requisitos de serviço

Concentração (ng/µL)

Quantidade total (ng)

Volume (µL)

≥1

≥30

≥20

● Solo/lodo: 2-3g
● Conteúdo intestinal-animal: 0,5-2g
● Conteúdo intestinal-inseto: 0,1-0,25g
● Superfície da planta (sedimento enriquecido): 0,5-1g
● Sedimento enriquecido com caldo de fermentação): 0,2-0,5g
● Fezes (animais grandes): 0,5-2g
● Fezes (rato): 3-5 grãos
● Líquido de lavagem alveolar pulmonar: papel de filtro
● Cotonete vaginal: 5-6 esfregaços
● Pele/esfregaço genital/saliva/tecido mole oral/esfregaço faríngeo/esfregaço retal: 2-3 esfregaços
● Microrganismo de superfície: 5-6 esfregaços
● Corpo d’água/ar/biofilme: papel filtro
● Endófitos: 2-3g
● Placa dentária: 0,5-1g

Fluxo de trabalho de serviço

entrega de amostra

Entrega de amostra

Preparação da Biblioteca

Construção de biblioteca

Sequenciamento

Sequenciamento

Análise de dados

Análise de dados

Serviços pós-venda

Serviços pós-venda


  • Anterior:
  • Próximo:

  • 流程图 贝贝第三版-01

    Inclui a seguinte análise:

    ● Sequenciamento do controle de qualidade dos dados

    ● Montagem de metagenoma e predição genética

    ● Anotação genética

    ● Análise taxonômica da diversidade alfa

    ● Análise funcional da comunidade: função biológica, metabólica, resistência a antibióticos

    ● Análise da diversidade funcional e taxonômica:

    Análise de diversidade beta

    Análise intergrupo

    Análise de correlação: entre fatores ambientais e composição e diversidade OUT

    Análise funcional: resistência aos antibióticos CARD

    Foto 63

    Análise diferencial das vias metabólicas KEGG: mapa térmico de vias significativas

     

    Foto 64

     Diversidade alfa da distribuição taxonômica: índice ACE

    65

     

    Diversidade beta da distribuição taxonômica: PCoA

    66

    Explore os avanços facilitados pelos serviços de sequenciamento de metagenoma da BMKGene com a Illumina por meio de uma coleção selecionada de publicações.

    Hai, Q. et al. (2023) 'Análise metagenômica e metabolômica das alterações no conteúdo intestinal da truta arco-íris (Oncorhynchus mykiss) infectada com o vírus da necrose hematopoiética infecciosa em diferentes temperaturas da água de cultura',Fronteiras em Microbiologia, 14, pág. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.

    Mao, C. et al. (2023) 'Comunidades microbianas, genes de resistência e riscos de resistoma em lagos urbanos de diferentes estados tróficos: ligações internas e influências externas',Jornal de avanços em materiais perigosos, 9, pág. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.

    Su, M. et al. (2022) 'A análise metagenômica revelou diferenças na composição e função entre microrganismos associados a líquidos e associados a sólidos do rúmen de ovelhas',Fronteiras em Microbiologia, 13, pág. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.

    Yin, J. et al. (2023) 'A microbiota derivada de porcos obesos Ningxiang reconfigura o metabolismo da carnitina para promover a deposição de ácidos graxos musculares em porcos DLY magros',A Inovação, 4(5), pág. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.

    Zhao, X. et al. (2023) 'Informações metagenômicas sobre os riscos potenciais de plásticos bio/não degradáveis ​​representativos e detritos não plásticos nos trechos superior e inferior do estuário de Haihe, China',Ciência do Meio Ambiente Total, 887, pág. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.

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