Sequenciamento do genoma completo de plantas/animais
1. Vantagens do serviço
Ampla experiência em sequenciamento de genoma para mais de 1000 espécies.
Mais de 800 casos publicados com fator de impacto acumulativo superior a 4.000.
Análise abrangente de bioinformática em chamada de variação e análise de função.
2. Especificações de serviço
| Plataforma | Biblioteca | Profundidade de sequência recomendada | |
| Iluminar | PE 150 | Para SNP, chamada InDel ≥ 10x Para chamadas SV, CNY ≥ 30x
| |
| Nanoporo
| 8kb | Para chamadas SV, CNY ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 KB | Para chamadas SNP, InDel, SV, CNY ≥ 10x |
3. Requisitos de amostra
| Plataforma | Conc.(ng/μL)
| Quantidade (ng)
| Pureza
| Gel de agarose
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Banda principal clara sem ou limitadadegradação observada no gel. 2. Nenhuma ou limitada contaminação por RNA ou proteína
| ||||
| Iluminar | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanoporo
| ≥30 | Depende do rendimento dos dados 10μg/célula | 1,7-2,2 | ≥1,5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1,7-2,2 | 1,8-2,5 | ||
4. Análise de Bioinformação
5. Fluxo de trabalho de serviço
Entrega de amostra
Extração de DNA
Construção de biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Entrega de dados
1) Estatísticas de mapeamento do genoma
Tabela 1 Estatísticas do resultado do mapeamento
Figura 1 Distribuição do tamanho do inserto e cobertura de leituras.
2) Detecção de Variações
Figura 2 Estatísticas e anotação de SNP/INDEL/SV entre amostras
Figura 3 Distribuição de variações em todo o genoma
3) Anotação funcional de variações
| 2019 | Comunicações da natureza | O resequenciamento do genoma completo revela a origem da Brassica napus e os loci genéticos envolvidos no seu melhoramento |
| 2020 | PNAS | A origem evolutiva e a história da domesticação do peixinho dourado (Carassius auratus) |
| 2021 | Revista de Biotecnologia Vegetal | Genomas de referência das duas espécies cultivadas de juta |
| 2021 | Revista de Biotecnologia Vegetal | Assinaturas genômicas de Brassicajuncea alopoliplóides vegetais e oleaginosas e loci genéticos que controlam o acúmulo de glucosinolatos |
| 2019 | Planta Molecular | O resequenciamento do genoma completo de uma coleção mundial de acessos de colza revela a base genética de sua divergência de ecótipos |
| 2022 | Pesquisa em Horticultura | A análise de associação de todo o genoma fornece insights moleculares sobre a variação natural do tamanho da semente de melancia |
| 2021 | Jornal de Botânica Experimental | Estudo de associação de todo o genoma identifica variantes do GhSAD1 que conferem tolerância ao frio no algodão |
| 2021 | Jornal de Botânica Experimental | Estudo de associação de todo o genoma e comparação de transcriptoma revelam novos QTL e genes candidatos que controlam o tamanho das pétalas em colza |
