Montagem de genoma baseada em Hi-C
Hi-C é um método desenvolvido para capturar a configuração cromossômica combinando a análise de interações baseadas na proximidade e o sequenciamento de alto rendimento. Acredita-se que a intensidade dessas interações seja inversamente proporcional à distância física entre os cromossomos. Portanto, os dados de Hi-C são usados para orientar o agrupamento, a ordenação e a orientação das sequências montadas em um genoma preliminar, ancorando-as em um determinado número de cromossomos. Essa tecnologia possibilita a montagem de genomas em nível cromossômico mesmo na ausência de um mapa genético populacional. Todo genoma precisa de um sequenciamento Hi-C.
Funcionalidades do serviço
● Sequenciamento em Illumina NovaSeq com PE150.
● O serviço requer amostras de tecido, em vez de ácidos nucleicos extraídos, para reticulação com formaldeído e conservação das interações DNA-proteína.
● O experimento Hi-C envolve restrição e reparo das extremidades coesivas com biotina, seguido pela circularização das extremidades rombas resultantes, preservando as interações. O DNA é então isolado com esferas de estreptavidina e purificado para posterior preparação da biblioteca.
Vantagens do serviço
Visão geral do Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Ciência, 2009)
●Eliminar a necessidade de dados genéticos populacionais:O Hi-C substitui as informações essenciais necessárias para a ancoragem de contigs.
●Alta densidade de marcadores:resultando em uma alta taxa de ancoragem de contigs, acima de 90%.
●Ampla experiência e histórico de publicações:A BMKGene possui vasta experiência com mais de 2000 casos de montagem de genomas Hi-C de 1000 espécies diferentes e diversas patentes. Mais de 200 casos publicados têm um fator de impacto acumulado superior a 2000.
●Equipe de bioinformática altamente qualificada:Com patentes próprias e direitos autorais de software para experimentos Hi-C e análise de dados, o software de visualização de dados desenvolvido internamente permite mover, inverter, revogar e refazer blocos manualmente.
●Suporte pós-venda:Nosso compromisso vai além da conclusão do projeto, com um período de serviço pós-venda de 3 meses. Durante esse período, oferecemos acompanhamento do projeto, assistência na resolução de problemas e sessões de perguntas e respostas para esclarecer quaisquer dúvidas relacionadas aos resultados.
●Anotação abrangenteUtilizamos diversas bases de dados para anotar funcionalmente os genes com variações identificadas e realizar a análise de enriquecimento correspondente, fornecendo informações para múltiplos projetos de pesquisa.
Especificações de serviço
| Preparação da biblioteca | Estratégia de sequenciamento | Saída de dados recomendada | Controle de qualidade |
| Biblioteca Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Requisitos de amostra
| Tecido | Quantidade necessária |
| Vísceras de animais | ≥ 2 g |
| Músculo Animal | |
| Sangue de mamíferos | ≥ 2 mL |
| Sangue de aves/peixes | |
| Planta - Folha Fresca | ≥ 3 g |
| Células cultivadas | ≥ 1x107 |
| Inseto | ≥ 2 g |
Fluxo de trabalho do serviço
Desenho experimental
Entrega de amostras
Construção de biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Serviços pós-venda
1) Controle de qualidade dos dados brutos
2) Controle de qualidade da biblioteca Hi-C: estimativa de interações Hi-C válidas
3) Montagem Hi-C: agrupamento de contigs em grupos, seguido pela ordenação dos contigs dentro de cada grupo e atribuição da orientação dos contigs.
4) Avaliação Hi-C
Controle de qualidade da biblioteca Hi-C – estimativa de pares de interação Hi-C válidos
Montagem Hi-C – estatísticas
Avaliação pós-montagem – mapa de calor da intensidade do sinal entre os intervalos.
Explore os avanços proporcionados pelos serviços de montagem Hi-C da BMKGene por meio de uma coleção selecionada de publicações.
Tian, T. et al. (2023) 'Montagem do genoma e dissecção genética de um germoplasma de milho resistente à seca proeminente', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'Uma montagem em escala cromossômica do genoma da abelha asiática Apis cerana', Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Revelando a evolução da biossíntese de alcaloides tropânicos pela análise de dois genomas na família Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Genomas da figueira-de-bengala e da vespa polinizadora fornecem informações sobre a coevolução entre a figueira e a vespa', Cell, 183(4), pp. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
