Sequenciamento de DNA/RNA - Sequenciador PacBio
Características
Dois modos de sequenciamento no sequenciador PacBio: Continuous Long Read (CLR) e Circular Consensus Read (CCS)
| Modo de sequenciamento | Tamanho da biblioteca | Dados TeóricosRendimento (por célula) | Base únicaPrecisão | Formulários |
| CLR | 20 KB, 30 KB, etc. | 80GB a 130GB | Aproximadamente.85% | De novo, chamada SV, etc. |
| CCS | 15-20 KB | 14 a 40 Gb/Célula (Sequel II) 70 a 110 Gb/Célula (Revio) Depende das amostras | Aproximadamente.99% | De novo, Chamada SNP/Indel/SV, Iso-Seq, |
Comparação do desempenho e recursos do Revio e Sequel II
| Termos | Sistema Sequela II | Sistema Revio | Aumentar |
| Maior densidade | 8 milhões de ZMWs | 25 milhões de ZMWs | 3x |
| Estágios independentes | 1 | 4 | 4x |
| Tempos de execução mais curtos | 30 horas | 24 horas | 1,25x |
| 30X genomas humanos HiFi/ano | 88 | 1.300 | 15x no geral |
Vantagens do serviço
● Mais de 8 anos de experiência na plataforma de sequenciamento PacBio com milhares de projetos fechados com diversas espécies.
● Totalmente equipado com as mais recentes plataformas de sequenciamento PacBio, Revio garante rendimento de sequenciamento suficiente.
● Tempo de resposta mais rápido, maior rendimento de dados e dados mais precisos.
● Contribuiu em centenas de publicações de alto impacto baseadas no PacBio.
Requisitos de amostra
| Tipo de amostra | Quantia | Concentração （Qubit®） | Volume | Pureza | Outros |
| DNA genômico | Depende da exigência de dados | ≥50 ng/μl | ≥15μl | DO260/280=1,7-2,2; OD260/230 = 1,8-2,5; Pico claro em 260 nm,sem contaminações | A concentração precisa ser medida por Qubit e Qubit/Nanopore = 0,8-2,5 |
| ARN total | ≥1,2 μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | DO260/280=1,7-2,5; OD260/230 = 0,5-2,5;sem contaminações | Valor RIN ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Fluxo de trabalho de serviço
Preparação de amostra
Construção de biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Entrega de projeto
1. Rendimento interno de dados
Dados gerados a partir de 63 células CCS (de 26 espécies)
| DADOS-PacBio-CCS-15 Kb | Média | Máx. | Mínimo | Mediana |
| Rendimento - subleituras (Gb) | 421.12 | 544,27 | 221,38 | 426,58 |
| Yiled - CCS(Gb) | 25,93 | 38,59 | 10,86 | 25.43 |
| Polimerase N50 | 145.651 | 175.430 | 118.118 | 144.689 |
| Subleituras N50 | 17.509 | 23.924 | 12.485 | 17.584 |
| CCS N50 | 14.490 | 19.034 | 9.876 | 14.747 |
| Comprimento médio-polimerase | 67.995 | 89.379 | 49.664 | 66.433 |
| Comprimento médio-Subreads | 15.866 | 21.036 | 11.657 | 16.012 |
| Comprimento médio-CCS | 14.489 | 19.074 | 8.575 | 14.655 |
Dados gerados a partir de 16 células CLR (de 76 espécies)
| DADOS-PacBio-CLR-30Kb | Média | Máx. | Mínimo | Mediana |
| Rendimento - subleituras (Gb) | 142,20 | 291,40 | 50,55 | 142,49 |
| Polimerase N50 | 39.456 | 121.191 | 15.389 | 35.231 |
| Subleituras N50 | 28.490 | 41.012 | 14.430 | 29.063 |
| Comprimento médio-polimerase | 22.063 | 48.886 | 8.747 | 21.555 |
| Comprimento médio-Subreads | 17.720 | 27.225 | 8.293 | 17.779 |
2. Controle de qualidade de dados – DemonstraçãoEstatísticas sobre produção de dados
| Amostra | ccs lê número | Bases totais de ccs (pb) | ccs lê N50 (bp) | Comprimento Médio ccs (bp) | ccs leitura mais longa (bp) | subleituras Bases (bp) | taxa de CCS (%) |
| PB_BMKxxx | 3.444.159 | 54.164.122.586 | 15.728 | 15.726 | 36.110 | 863.326.330.465 | 6.27 |
