Metagenômica (NGS)

A metagenômica Shotgun com Illumina é uma ferramenta popular para o estudo de microbiomas por meio do sequenciamento direto de DNA de amostras complexas, permitindo o estudo da diversidade taxonômica e funcional. O pipeline metagenômico (NGS) do BMKCloud começa com o controle de qualidade e a montagem do metagenoma, a partir dos quais os genes são previstos e agrupados em conjuntos de dados não redundantes, anotados quanto à função e taxonomia usando múltiplos bancos de dados. Essas informações são usadas para analisar a diversidade taxonômica dentro da amostra (diversidade alfa) e a diversidade entre amostras (diversidade beta). A análise diferencial entre grupos encontra OTUs e funções biológicas que diferem entre os dois grupos usando testes paramétricos e não paramétricos, enquanto a análise de correlação relaciona essas diferenças a fatores ambientais.