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Análise de associação em todo o genoma
O estudo de associação genômica ampla (GWAS) visa identificar variantes genéticas (genótipo) associadas a características específicas (fenótipo).O estudo GWAS investiga marcadores genéticos que cruzam todo o genoma de um grande número de indivíduos e prevê associações genótipo-fenótipo por meio de análise estatística em nível populacional.Tem sido amplamente aplicado em pesquisas sobre doenças humanas e na mineração de genes funcionais em características complexas de animais ou plantas.
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Sequenciamento de RNA de núcleo único
O avanço na captura de células únicas e na técnica de construção de bibliotecas individuais combinada com sequenciamento de alto rendimento permite estudos de expressão gênica célula por célula.Ele permite uma análise de sistema mais profunda e completa em populações de células complexas, na qual evita em grande parte o mascaramento de sua heterogeneidade, calculando a média de todas as células.
No entanto, algumas células não são adequadas para serem transformadas em suspensão unicelular, portanto, são necessários outros métodos de preparação de amostras - extração de núcleo de tecidos, ou seja, o núcleo é extraído diretamente de tecidos ou células e preparado em suspensão de núcleo único para sequenciamento celular.
A BMK fornece serviço de sequenciamento de RNA unicelular baseado em 10× Genomics ChromiumTM.Este serviço tem sido amplamente utilizado em estudos relacionados a doenças, como diferenciação de células imunológicas, heterogeneidade tumoral, desenvolvimento de tecidos, etc.
Chip de transcriptoma espacial: 10× Genômica
Plataforma: Illumina NovaSeq 6000
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Sequenciamento do genoma completo de plantas/animais
O re-sequenciamento do genoma completo, também conhecido como WGS, permite a revelação de mutações comuns e raras em todo o genoma, incluindo Polimorfismo de Nucleotídeo Único (SNP), Deleção de Inserção (InDel), Variação de Estrutura (SV) e Variação de Número de Cópia (CNV). ).Os SVs constituem uma porção maior da base de variação do que os SNPs e têm um impacto maior no genoma, o que tem um efeito significativo nos organismos vivos.O ressequenciamento de leitura longa permite uma identificação mais precisa de fragmentos grandes e variações complicadas porque leituras longas facilitam muito o cruzamento cromossômico em regiões complicadas, como repetições em tandem, regiões ricas em GC/AT e regiões hipervariáveis.
Plataforma: Illumina, PacBio, Nanopore
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Transcriptoma Espacial BMKMANU S1000
A organização espacial das células desempenha um papel vital em vários processos biológicos, como infiltração imunológica, desenvolvimento embrionário, etc. O sequenciamento do transcriptoma espacial, que indica o perfil da expressão gênica enquanto retém informações da posição espacial, fornece ótimos insights sobre a arquitetura do tecido no nível do transcriptoma.Com o desenvolvimento da tecnologia, a morfologia do tecido ultraclaro e a real diferença estrutural da expressão molecular espacial precisam ser estudadas com maior resolução.BMKGENE fornece serviço abrangente e completo de sequenciamento de transcriptoma espacial, desde amostras até insights biológicos.
As tecnologias de transcriptômica espacial fortaleceram novas perspectivas em diversas áreas de pesquisa, resolvendo o perfil de expressão gênica com conteúdo espacial em amostras heterogêneas.
Chip de transcriptoma espacial: BMKMANU S1000
Plataforma: Illumina NovaSeq 6000
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10x Transcriptoma Espacial Visium Genomics
Visium Spatial Gene Expression é uma tecnologia convencional de sequenciamento de transcriptoma espacial para classificação de tecidos com base no mRNA total.Mapeie todo o transcriptoma com contexto morfológico para descobrir novos insights sobre o desenvolvimento normal, patologia de doenças e pesquisa clínica translacional.BMKGENE fornece serviço abrangente e completo de sequenciamento de transcriptoma espacial, desde amostras até insights biológicos.
As tecnologias de transcriptômica espacial possibilitaram novas perspectivas em diversas áreas de pesquisa, resolvendo o perfil de expressão gênica com conteúdo espacial em amostras heterogêneas.
Chip de transcriptoma espacial: 10x Genomics Visium
Plataforma:Illumina NovaSeq 6000
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Sequenciamento completo de mRNA-Nanopore
O sequenciamento de RNA tem sido uma ferramenta inestimável para análise abrangente do transcriptoma.Sem dúvida, o sequenciamento tradicional de leitura curta alcançou muitos desenvolvimentos importantes aqui.No entanto, muitas vezes encontra limitações na identificação de isoformas completas, quantificação e viés de PCR.
O sequenciamento Nanopore se diferencia de outras plataformas de sequenciamento, pois os nucleotídeos são lidos diretamente sem síntese de DNA e geram leituras longas em dezenas de quilobases.Isso permite a leitura direta cruzando transcrições completas e enfrentando os desafios em estudos em nível de isoformas.
Plataforma：Nanopore PromethION
Biblioteca:PCR-ADNc
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Sequenciamento completo de mRNA -PacBio
De novosequenciamento completo do transcriptoma, também conhecido comoDe novoO Iso-Seq aproveita as vantagens do sequenciador PacBio no comprimento de leitura, o que permite o sequenciamento de moléculas de cDNA completas sem quebras.Isso evita completamente quaisquer erros gerados nas etapas de montagem da transcrição e constrói conjuntos unigênicos com resolução em nível de isoforma.Esses conjuntos unigênicos fornecem informações genéticas poderosas como “genoma de referência” no nível do transcriptoma.Além disso, combinado com dados de sequenciamento de próxima geração, este serviço permite uma quantificação precisa da expressão em nível de isoforma.
Plataforma: PacBio Sequel IIBiblioteca: biblioteca de sinos SMRT -
Sequenciamento de mRNA eucariótico-Illumina
O sequenciamento de mRNA permite o perfil de todos os mRNAs transcritos de células sob condições específicas.É uma tecnologia poderosa para revelar o perfil de expressão gênica, estruturas genéticas e mecanismos moleculares de determinados processos biológicos.Até o momento, o sequenciamento de mRNA tem sido amplamente empregado em pesquisas fundamentais, diagnósticos clínicos, desenvolvimento de medicamentos, etc.
Plataforma: Illumina NovaSeq 6000
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Sequenciamento de mRNA sem referência-Illumina
O sequenciamento de mRNA adota a técnica de sequenciamento de próxima geração (NGS) para capturar o RNA mensageiro (mRNA) do eucarioto em um período específico em que algumas funções especiais estão sendo ativadas.O transcrito mais longo emendado foi denominado 'Unigene' e usado como sequência de referência para análise posterior, o que é um meio eficaz para estudar o mecanismo molecular e a rede regulatória da espécie sem referência.
Após montagem de dados do transcriptoma e anotação funcional unigênica
(1) Análise SSR, predição de CDS e estrutura genética serão pré-formadas.
(2) Será realizada a quantificação da expressão unigênica em cada amostra.
(3) Unigenes expressos diferencialmente entre amostras (ou grupos) serão descobertos com base na expressão unigênica
(4) Agrupamento, anotação funcional e análise de enriquecimento de unigenes diferencialmente expressos serão realizados
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Sequenciamento longo não codificado-Illumina
RNAs não codificantes longos (lncRNAs) são um tipo de moléculas de RNA com comprimento superior a 200 nt, que são caracterizados por um potencial de codificação extremamente baixo.O LncRNA, como membro chave nos RNAs não codificantes, é encontrado principalmente no núcleo e no plasma.O desenvolvimento da tecnologia de sequenciamento e da bioinformática permite a identificação de numerosos novos lncRNAs e associá-los a funções biológicas.Evidências acumulativas sugerem que o lncRNA está amplamente envolvido na regulação epigenética, na regulação da transcrição e na regulação pós-transcrição.
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Sequenciamento de RNA pequeno-Illumina
RNA pequeno refere-se a uma classe de moléculas de RNA não codificantes que geralmente têm menos de 200 nt de comprimento, incluindo micro RNA (miRNA), RNA de interferência pequeno (siRNA) e RNA de interação com piwi (piRNA).
MicroRNA (miRNA) é uma classe de pequeno RNA endógeno com comprimento de cerca de 20-24nt, que desempenha uma variedade de funções reguladoras importantes nas células.miRNA envolvido em muitos processos vitais que revelam expressão específica de tecido e estágio específico e altamente conservado em diferentes espécies.
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Sequenciamento de circRNA-Illumina
O sequenciamento do transcriptoma completo é projetado para traçar o perfil de todos os tipos de moléculas de RNA, incluindo RNAs codificantes (mRNA) e não codificadores (incluindo lncRNA, circRNA e miRNA) que são transcritos por células específicas em um determinado momento.O sequenciamento completo do transcriptoma, também conhecido como “sequenciamento total de RNA”, visa revelar redes regulatórias abrangentes no nível do transcriptoma.Aproveitando a tecnologia NGS, sequências de produtos inteiros do transcriptoma estão disponíveis para análise de ceRNA e análise conjunta de RNA, o que fornece o primeiro passo para a caracterização funcional.Revelando rede regulatória de ceRNA baseado em circRNA-miRNA-mRNA.
