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Análise de associação em todo o genoma
O estudo de associação ampla do genoma (GWAS) visa identificar variantes genéticas (genótipo) que se associam a características específicas (fenótipo).O estudo GWAS investiga marcadores genéticos que cruzam todo o genoma de um grande número de indivíduos e prevê associações genótipo-fenótipo por análise estatística em nível populacional.Tem sido amplamente aplicado em pesquisas sobre doenças humanas e mineração funcional de genes em características complexas de animais ou plantas.
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Sequenciamento de RNA de núcleo único
O avanço na captura de células individuais e na técnica de construção de bibliotecas individuais combinada com o sequenciamento de alto rendimento permite estudos de expressão gênica célula por célula.Ele permite uma análise de sistema mais profunda e completa em populações de células complexas, nas quais evita em grande parte mascarar sua heterogeneidade ao tirar a média de todas as células.
No entanto, algumas células não são adequadas para serem transformadas em suspensão de célula única, portanto, outros métodos de preparação de amostras são necessários - extração de núcleo de tecidos, ou seja, o núcleo é extraído diretamente de tecidos ou células e preparado em suspensão de núcleo único para sequenciamento celular.
A BMK fornece serviço de sequenciamento de RNA de célula única baseado em 10× Genomics ChromiumTM.Este serviço tem sido amplamente utilizado em estudos relacionados a doenças, como diferenciação de células imunes, heterogeneidade tumoral, desenvolvimento de tecidos, etc.
Chip de transcritoma espacial: 10× Genômica
Plataforma: Illumina NovaSeq 6000
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Sequenciamento completo do genoma vegetal/animal
O resequenciamento completo do genoma, também conhecido como WGS, permite a revelação de mutações comuns e raras em todo o genoma, incluindo polimorfismo de nucleotídeo único (SNP), deleção de inserção (InDel), variação de estrutura (SV) e variação de número de cópia (CNV). ).Os SVs constituem uma porção maior da base de variação do que os SNPs e têm um impacto maior no genoma, o que tem um efeito significativo nos organismos vivos.O resequenciamento de leitura longa permite uma identificação mais precisa de grandes fragmentos e variações complicadas porque as leituras longas facilitam muito o cruzamento cromossômico em regiões complicadas, como repetições em tandem, regiões ricas em GC/AT e regiões hipervariáveis.
Plataforma: Illumina, PacBio, Nanopore
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Transcrição Espacial BMKMANU S1000
A organização espacial das células desempenha um papel vital em vários processos biológicos, como infiltração imune, desenvolvimento embrionário, etc.Com o desenvolvimento da tecnologia, a morfologia tecidual ultraclara e a real diferença estrutural da expressão molecular espacial precisam ser estudadas com maior resolução.O BMKGENE fornece um serviço de sequenciamento de transcriptoma espacial abrangente e completo, desde amostras até insights biológicos.
As tecnologias de transcriptômica espacial capacitaram novas perspectivas em diversas áreas de pesquisa, resolvendo o perfil de expressão gênica com conteúdo espacial em amostras heterogêneas.
Chip de transcriptoma espacial: BMKMANU S1000
Plataforma: Illumina NovaSeq 6000
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10x Transcritome Espacial Visium Genomics
Visium Spatial Gene Expression é uma tecnologia de sequenciamento de transcriptoma espacial dominante para classificar tecidos com base no mRNA total.Mapeie todo o transcriptoma com contexto morfológico para descobrir novos insights sobre o desenvolvimento normal, patologia da doença e pesquisa translacional clínica.O BMKGENE fornece um serviço de sequenciamento de transcriptoma espacial abrangente e completo, desde amostras até insights biológicos.
As tecnologias de transcriptômica espacial capacitaram novas perspectivas em diversas áreas de pesquisa, resolvendo o perfil de expressão gênica com conteúdo espacial em amostras heterogêneas.
Chip de transcriptoma espacial: 10x Genomics Visium
Plataforma:Illumina NovaSeq 6000
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Sequenciamento de mRNA completo - Nanoporo
O sequenciamento de RNA tem sido uma ferramenta inestimável para a análise abrangente do transcriptoma.Sem dúvida, o sequenciamento tradicional de leitura curta alcançou muitos desenvolvimentos importantes aqui.No entanto, muitas vezes encontra limitações em identificações de isoformas de comprimento total, quantificação, viés de PCR.
O sequenciamento de nanoporos se distingue de outras plataformas de sequenciamento, pois os nucleotídeos são lidos diretamente sem síntese de DNA e geram longas leituras em dezenas de kilobases.Isso capacita a leitura direta cruzando transcrições completas e enfrentando os desafios em estudos de nível de isoforma.
Plataforma：Nanopore PromethION
Biblioteca:cDNA-PCR
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Sequenciamento de mRNA completo -PacBio
De novosequenciamento completo do transcriptoma, também conhecido comoDe novoO Iso-Seq aproveita as vantagens do sequenciador PacBio no comprimento de leitura, o que permite o sequenciamento de moléculas de cDNA de comprimento total sem interrupções.Isso evita completamente quaisquer erros gerados nas etapas de montagem da transcrição e constrói conjuntos unigênicos com resolução em nível de isoforma.Esses conjuntos unigênicos fornecem informações genéticas poderosas como “genoma de referência” no nível do transcriptoma.Além disso, combinando com dados de sequenciamento de próxima geração, esse serviço possibilita uma quantificação precisa da expressão em nível de isoforma.
Plataforma: PacBio Sequel IIBiblioteca: biblioteca de sinos SMRT -
Sequenciamento de mRNA eucariótico-Illumina
O sequenciamento de mRNA permite o perfil de todos os mRNAs transcritos de células sob condições específicas.É uma tecnologia poderosa para revelar o perfil de expressão gênica, estruturas gênicas e mecanismos moleculares de certos processos biológicos.Até o momento, o sequenciamento de mRNA tem sido amplamente empregado em pesquisas fundamentais, diagnósticos clínicos, desenvolvimento de medicamentos, etc.
Plataforma: Illumina NovaSeq 6000
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Sequenciamento de mRNA não baseado em referência-Illumina
O sequenciamento de mRNA adota a técnica de sequenciamento de próxima geração (NGS) para capturar a forma de RNA mensageiro (mRNA) eucariota em um período específico que algumas funções especiais estão ativando.O transcrito mais longo spliced foi chamado de 'Unigene' e usado como a sequência de referência para análise posterior, que é um meio eficaz para estudar o mecanismo molecular e a rede regulatória das espécies sem referência.
Após a montagem dos dados do transcriptoma e anotação funcional unigênica
(1) Análise de SSR, predição de CDS e estrutura gênica serão realizadas.
(2) Será realizada a quantificação da expressão unigênica em cada amostra.
(3) Unigenes expressos diferencialmente entre amostras (ou grupos) serão descobertos com base na expressão unigênica
(4) Agrupamento, anotação funcional e análise de enriquecimento de unigenes diferencialmente expressos serão realizados
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Sequenciamento longo sem codificação - Illumina
Os RNAs não codificantes longos (lncRNAs) são um tipo de moléculas de RNA com comprimento superior a 200 nt, que se caracterizam por um potencial de codificação extremamente baixo.O LncRNA, como um membro chave em RNAs não codificantes, é encontrado principalmente no núcleo e no plasma.O desenvolvimento da tecnologia de sequenciamento e da bioinformática permite a identificação de inúmeros novos lncRNAs e a associação com funções biológicas.Evidências acumuladas sugerem que o lncRNA está amplamente envolvido na regulação epigenética, regulação da transcrição e regulação pós-transcritiva.
