Sekvenovanie amplifikovaných fragmentov so špecifickým lokusom (SLAF-Seq)
Pracovný postup
Služba má určitý predbežný návrh in silico, aby sa zaručil optimálny výber enzýmu pri príprave knižnice.
Technická schéma
Funkcie služby
● Sekvenovanie na NovaSeq s PE150.
● Príprava knižnice s dvojitým čiarovým kódovaním, ktorá umožňuje zhromažďovanie viac ako 1 000 vzoriek.
● Nezávisle od referenčného genómu:
S referenčným genómom: objav SNP a InDel
Bez referenčného genómu: zhlukovanie vzoriek a objavovanie SNP
● Vin-silicoV štádiu pred návrhom sa skrínujú viaceré kombinácie reštrikčných enzýmov, aby sa našli tie, ktoré generujú rovnomerné rozloženie SLAF značiek pozdĺž genómu.
● Počas predexperimentu sa testujú tri kombinácie enzýmov v 3 vzorkách na vytvorenie 9 SLAF knižníc a tieto informácie sa používajú na výber optimálnej kombinácie reštrikčných enzýmov pre projekt.
Výhody služby
●Objav vysokých genetických markerovIntegrujeme vysokovýkonný systém dvojitých čiarových kódov, ktorý umožňuje simultánne sekvenovanie veľkých populácií a zvyšuje účinnosť amplifikácie špecifickej pre dané miesto, čím zabezpečujeme, že čísla značiek spĺňajú rozmanité požiadavky rôznych výskumných otázok.
● Nízka závislosť od genómuMôže sa aplikovať na druhy s referenčným genómom alebo bez neho.
●Flexibilný návrh schémyPre rôzne výskumné ciele alebo druhy je možné vybrať jednoenzýmové, dvojenzýmové, viacenzýmové trávenie a rôzne typy enzýmov.
● Vysoká účinnosť pri enzymatickom tráveníVedeniein-silicoPredbežný návrh a predbežný experiment zabezpečujú optimálny návrh s rovnomerným rozložením SLAF značiek na chromozóme (1 SLAF značka/4 Kb) a zníženou repetitívnou sekvenciou (<5 %).
●Rozsiahle odborné znalostiDo každého projektu prinášame bohaté skúsenosti s úspešným dokončením viac ako 5 000 projektov SLAF-Seq na stovkách druhov vrátane rastlín, cicavcov, vtákov, hmyzu a vodných organizmov.
● Vlastný bioinformatický pracovný postupVyvinuli sme integrovaný bioinformatický pracovný postup pre SLAF-Seq, aby sme zabezpečili spoľahlivosť a presnosť konečného výstupu.
Špecifikácie služieb
| Typ analýzy | Odporúčaná mierka populácie | Stratégia sekvencovania | |
| Hĺbka sekvencovania značiek | Číslo značky | ||
| Genetické mapy | 2 rodičia a >150 potomkov | Rodičia: 20x WGS Potomstvo: 10x | Veľkosť genómu: <400 Mb: Odporúča sa WGS <1 GB: 100 000 značiek 1 – 2 GB: 200 000 značiek >2 GB: 300 000 značiek Maximálne 500 tisíc značiek |
| Štúdie celogenómovej asociácie (GWAS) | ≥200 vzoriek | 10x | |
| Genetická evolúcia | ≥30 vzoriek, s >10 vzorkami z každej podskupiny | 10x | |
Požiadavky na službu
Koncentrácia ≥ 5 ng/µl
Celkové množstvo ≥ 80 ng
Nanokvapka OD260/280=1,6-2,5
Agarózový gél: žiadna alebo obmedzená degradácia alebo kontaminácia
Odporúčané dodanie vzorky
Nádoba: 2 ml centrifugačná skúmavka
(Pre väčšinu vzoriek odporúčame nekonzervovať v etanole.)
Označovanie vzoriek: Vzorky musia byť jasne označené a identické s predloženým formulárom s informáciami o vzorke.
Preprava: Suchý ľad: Vzorky je potrebné najskôr zabaliť do vriec a uložiť do suchého ľadu.
Pracovný postup služby
Kontrola kvality vzorky
Pilotný experiment
SLAF-experiment
Príprava knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Popredajné služby
Naša bioinformatická analýza zahŕňa:
Kontrola kvality dát a orezávanie dát na odstránenie čítaní bohatých na N, čítaní adaptérov alebo čítaní nízkej kvality.
Druhá kontrola kvality čistých údajov na kontrolu distribúcie báz, kvality sekvencií a vyhodnotenia údajov, ale aj na kontrolu účinnosti trávenia a získaných inzertov.
Po skontrolovaní čítaní existujú dve možnosti:
- Mapovanie na referenčný genóm
- Bez referenčného genómu: zhlukovanie
Následne sa analýza SLAF značiek použije na vykonanie volania variantov, ktoré pomôžu s objavením markerov: volanie SNP, InDel, SNV, CV a anotácia.
Distribúcia SLAF značiek na chromozómoch:
Distribúcia SNP na chromozómoch:
Anotácia SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X a Shi C (2023) Mapovanie QTL a transkriptómová analýza obsahu cukru počas dozrievania plodovPyrus pyrifolia.Predná strana. Veda o rastlinách.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C. a Sun, L. (2022). Identifikácia st1 odhaľuje selekciu zahŕňajúcu zmenu morfológie semien a obsahu oleja počas domestikácie sóje.Časopis o rastlinnej biotechnológii, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.a kol.Genómová sekvencia a genetická diverzita kapra obyčajného,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.a kol.Genóm pestovaných arašidov poskytuje prehľad o karyotypoch strukovín, polyploidnej evolúcii a domestikácii plodín.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Rok | Denník | IF | Názov | Aplikácie |
| 2022 | Prírodná komunikácia | 17,694 | Genomický základ gigachromozómov a gigagenómu stromovej pivonky Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nový fytológ | 7,433 | Domestikačné stopy ukotvujú genomické oblasti agronomického významu v sójové bôby | SLAF-GWAS |
| 2022 | Časopis pokročilého výskumu | 12 822 | Umelé introgresie Gossypium barbadense do G. hirsutum v celom genóme odhaľujú vynikajúce lokusy pre súčasné zlepšenie kvality a výťažnosti bavlneného vlákna vlastnosti | SLAF - Evolučná genetika |
| 2019 | Molekulárna rastlina | 10,81 | Analýza populačného genómu a De Novo zostavenie odhaľujú pôvod buriny Ryža ako evolučná hra | SLAF - Evolučná genetika |
| 2019 | Prírodná genetika | 31,616 | Genómová sekvencia a genetická diverzita kapra obyčajného, Cyprinus carpio | Mapa prepojení SLAF |
| 2014 | Prírodná genetika | 25,455 | Genóm pestovaných arašidov poskytuje pohľad na karyotypy strukovín, polyploidy evolúcia a domestikácia plodín. | Mapa prepojení SLAF |
| 2022 | Časopis o rastlinnej biotechnológii | 9,803 | Identifikácia ST1 odhaľuje selekciu zahŕňajúcu stopovanie morfológie semien a obsah oleja počas domestikácie sóje | Vývoj SLAF-Markera |
| 2022 | Medzinárodný časopis molekulárnych vied | 6.208 | Identifikácia a vývoj DNA markerov pre pšenicu Leymus mollis 2Ns (2D) Disomická chromozómová substitúcia | Vývoj SLAF-Markera |
| Rok | Denník | IF | Názov | Aplikácie |
| 2023 | Hranice vedy o rastlinách | 6,735 | Mapovanie QTL a transkriptómová analýza obsahu cukru počas dozrievania plodov Pyrus pyrifolia | Genetická mapa |
| 2022 | Časopis o rastlinnej biotechnológii | 8.154 | Identifikácia ST1 odhaľuje selekciu zahŕňajúcu stopovanie morfológie semien a obsahu oleja počas domestikácie sóje
| Volanie SNP |
| 2022 | Hranice vedy o rastlinách | 6,623 | Mapovanie celogenómových asociácií fenotypov Hulless Barely v prostredí sucha.
| GWAS |
