Sekvenovanie zosilneného fragmentu špecifického lokusu (SLAF-Seq)
Podrobnosti o službe
Technická schéma
Pracovný tok
Výhody služby
Vysoká účinnosť objavovania markerov- Technológia vysokovýkonného sekvenovania pomáha SLAF-Seq pri objavovaní stoviek tisíc značiek v celom genóme.
Nízka závislosť od genómu- Môže sa použiť na druhy s referenčným genómom alebo bez neho.
Dizajn flexibilnej schémy- Jednoenzýmové, duálne enzýmové, multienzýmové trávenie a rôzne typy enzýmov, všetky môžu byť vybrané tak, aby vyhovovali rôznym výskumným cieľom alebo druhom.Predbežné hodnotenie in silico sa používa na zabezpečenie optimálneho dizajnu enzýmov.
Efektívne enzymatické trávenie- Predexperiment bol vykonaný na optimalizáciu podmienok, vďaka čomu je formálny experiment stabilný a spoľahlivý.Účinnosť zberu fragmentov môže dosiahnuť viac ako 95%.
Rovnomerne rozmiestnené značky SLAF- Tagy SLAF sú v najväčšej miere rovnomerne rozložené vo všetkých chromozómoch a dosahujú priemerne 1 SLAF na 4 kb.
Efektívne zamedzenie opakovania- Opakovaná sekvencia v údajoch SLAF-Seq je znížená na menej ako 5 %, najmä pri druhoch s vysokou úrovňou opakovaní, ako je pšenica, kukurica atď.
Rozsiahle skúsenosti-Viac ako 2000 uzavretých projektov SLAF-Seq na stovkách druhov rastlín, cicavcov, vtákov, hmyzu, vodných organizmov atď.
Samostatne vyvinutý bioinformatický pracovný postup- Integrovaný bioinformatický pracovný postup pre SLAF-Seq bol vyvinutý spoločnosťou BMKGENE na zabezpečenie spoľahlivosti a presnosti konečného výstupu.
Špecifikácie služby
| Plošina | Konc. (ng/gl) | Celkom (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Zväzok>15μl) | 1,6-2,5 |
Odporúčaná stratégia sekvenovania
Hĺbka sekvencie: 10X/Tag
| Veľkosť genómu | Odporúčané značky SLAF |
| < 500 Mb | 100K alebo WGS |
| 500 Mb – 1 Gb | 100 tis |
| 1 Gb – 2 Gb | 200 tis |
| Obrie alebo zložité genómy | 300 - 400 tis |
| Aplikácie
| Odporúčané Populačná mierka
| Stratégia a hĺbka sekvenovania
| |
| Hĺbka
| Číslo značky
| ||
| GWAS
| Číslo vzorky ≥ 200
| 10X
|
Podľa veľkosť genómu
|
| Genetická evolúcia
| Jednotlivci každého podskupina ≥ 10; celkový počet vzoriek ≥ 30
| 10X
| |
Odporúčané doručenie vzorky
Nádoba: 2 ml centrifugačná skúmavka
Pri väčšine vzoriek odporúčame nekonzervovať v etanole.
Označenie vzoriek: Vzorky musia byť jasne označené a identické s odoslaným formulárom informácií o vzorke.
Zásielka: Suchý ľad: Vzorky je potrebné najskôr zabaliť do vriec a pochovať v suchom ľade.
Pracovný postup služby
Vzorová kontrola kvality
Pilotný experiment
SLAF-experiment
Príprava knižnice
Sekvenovanie
Analýza dát
Popredajné služby
1. Štatistika výsledku mapy
2. Vývoj markerov SLAF
3. Anotácia variácie
| rok | Denník | IF | Názov | Aplikácie |
| 2022 | Prírodné komunikácie | 17,694 | Genomický základ giga-chromozómov a giga-genómu stromovej pivonky Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nový fytológ | 7,433 | Stopy domestikácie ukotvujú genómové oblasti agronomického významu v sójové bôby | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12,822 | Umelé introgresie Gossypium barbadense v celom genóme do G. hirsutum odhaľujú vynikajúce lokusy pre súčasné zlepšenie kvality bavlneného vlákna a výnosu vlastnosti | SLAF-Evolučná genetika |
| 2019 | Molekulárna rastlina | 10,81 | Populačná genomická analýza a De Novo Assembly odhaľujú pôvod Weedy Ryža ako evolučná hra | SLAF-Evolučná genetika |
| 2019 | Prírodná genetika | 31,616 | Sekvencia genómu a genetická diverzita kapra obyčajného, Cyprinus carpio | Mapa spojenia SLAF |
| 2014 | Prírodná genetika | 25,455 | Genóm pestovaných arašidov poskytuje pohľad na karyotypy strukovín, polyploidné evolúcia a domestikácia plodín. | Mapa spojenia SLAF |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9,803 | Identifikácia ST1 odhaľuje selekciu zahŕňajúcu stopovanie morfológie semien a obsah oleja počas domestikácie sóje | Vývoj SLAF-Marker |
| 2022 | International Journal of Molecular Sciences | 6.208 | Identifikácia a vývoj DNA markerov pre Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Dizomická chromozómová substitúcia | Vývoj SLAF-Marker |
