Produkty

Jednojadrové sekvenovanie RNA

Odporúčaný obrázok sekvenovania RNA s jedným jadrom

Pokrok v zachytávaní jednotlivých buniek a technike konštrukcie jednotlivých knižníc v kombinácii s vysokovýkonným sekvenovaním umožňuje štúdie génovej expresie na báze bunky po bunke.Umožňuje hlbšiu a kompletnú systémovú analýzu komplexných bunkových populácií, v ktorej sa do značnej miery vyhýba maskovaniu ich heterogenity priemerovaním všetkých buniek.

Niektoré bunky však nie sú vhodné na výrobu jednobunkovej suspenzie, preto sú potrebné iné metódy prípravy vzoriek – extrakcia jadra z tkanív, to znamená, že jadro sa priamo extrahuje z tkanív alebo bunky a pripraví sa na suspenziu s jedným jadrom pre jednobunkové sekvenovanie buniek.

BMK poskytuje službu sekvenovania jednobunkovej RNA na báze 10× Genomics ChromiumTM.Táto služba bola široko používaná v štúdiách štúdií súvisiacich s chorobami, ako je diferenciácia imunitných buniek, heterogenita nádorov, vývoj tkaniva atď.

Priestorový transkriptómový čip: 10× Genomics

Platforma: Platforma Illumina NovaSeq

Kontaktuj nás

Podrobnosti o službe

Bioinformatika

Demo výsledky

Technický princíp

Izolácia jadier je dosiahnutá pomocou 10× Genomics ChromiumTM, ktorý pozostáva z osemkanálového mikrofluidného systému s dvojitým krížením.V tomto systéme sú gélové guľôčky s čiarovými kódmi a primérom, enzýmy a jedno jadro zapuzdrené v nanolitrových kvapkách oleja, čím sa vytvorí gélová guľôčka v emulzii (GEM).Po vytvorení GEM sa v každom GEM uskutoční bunková lýza a uvoľnenie čiarových kódov.mRNA sú reverzne transkribované do cDNA molekúl s 10x čiarovými kódmi a UMI, ktoré sú ďalej predmetom štandardnej konštrukcie sekvenčnej knižnice.

Tkanivo nie je vhodné na prípravu jednobunkovej suspenzie

Bunka / tkanivo	Dôvod
Nečerstvé zmrazené tkanivo	Nie je možné získať nové alebo dlho uložené organizácie
Svalové bunky, megakaryocyty, tuk...	Priemer bunky je príliš veľký na to, aby sa dostal do prístroja
Pečeň…	Príliš krehký na to, aby sa zlomil, nedokáže rozlíšiť jednotlivé bunky
Neurónová bunka, mozog…	Citlivejší, ľahko stresovateľný, zmení výsledky sekvenovania
Pankreas, štítna žľaza…	Bohaté na endogénne enzýmy ovplyvňujúce produkciu suspenzie jednotlivých buniek

Jednojadro vs jednobunkové

Jednojadrový	Jednobunková
Neobmedzený priemer bunky	Priemer bunky: 10-40 μm
Materiálom môže byť zmrazené tkanivo	Materiál musí byť čerstvý papier
Nízky stres zmrazených buniek	Enzýmová liečba môže spôsobiť bunkovú stresovú reakciu
Nie je potrebné odstraňovať žiadne červené krvinky	Je potrebné odstrániť červené krvinky
Jadrové vyjadruje bioinformácie	Celá bunka exprimuje bioinformácie