mRNA-seq (NGS) s referenčným genómom

mRNA-seq (NGS) s referenčným genómom

RNA-seq je štandardný nástroj v biologických a kultúrnych vedách, ktorý preklenuje priepasť medzi genómami a proteómami. Jeho silnou stránkou je objavovanie nových transkriptov a kvantifikácia ich expresie v jednom teste. Je široko používaný na porovnávacie transkriptomické štúdie, ktoré objasňujú gény súvisiace s rôznymi znakmi alebo fenotypmi, ako je porovnávanie mutantov s divokými typmi alebo odhaľovanie génovej expresie za špecifických podmienok. Aplikácia BMKCloud mRNA(Reference) integruje kvantifikáciu expresie, analýzu diferenciálnej expresie (DEG) a analýzy štruktúry sekvencií do bioinformatického kanála mRNA-seq(NGS) a spája silné stránky podobného softvéru, čím zaisťuje pohodlie a užívateľskú prívetivosť. Používatelia môžu nahrať svoje údaje RNA-seq do cloudu, kde aplikácia ponúka komplexné riešenie bioinformatickej analýzy na jednom mieste. Okrem toho uprednostňuje zákaznícku skúsenosť a ponúka personalizované operácie prispôsobené špecifickým potrebám používateľov. Používatelia si môžu sami nastaviť parametre a odoslať úlohu kanála, skontrolovať interaktívnu správu, zobraziť údaje/diagramy a dokončiť dolovanie údajov, ako napríklad: výber cieľového génu, funkčné zhlukovanie, diagramovanie atď.

Výsledky ukážky

Dolovanie dát

Požiadavka na dovoz

Hlavná analýza

Referencia

Výsledky ukážky

Dolovanie dát

Požiadavka na dovoz

Platforma:Illumina, MGI
Stratégia:RNA-Sekvenovanie
Rozloženie: Spárované, čisté dáta.
Typ knižnice:fr-neviazané, fr-prvé vlákno alebo fr-druhé vlákno
Dĺžka čítania:150 bázických bodov
Typ súboru:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz alebo *.fq.gz. Systém budeautomaticky spárovať súbory .fastq podľa ich názvov súborov,napr. *_1.fastq spárované s *._2.fastq.
Počet vzoriek:Neexistujú žiadne obmedzenia týkajúce sa počtuvzoriek, ale čas analýzy sa bude zvyšovať s počtomvzorky rastú.
Odporúčané množstvo dát:6G na vzorku

Hlavná analýza

Hlavné analytické a bioinformatické nástroje mRNA-seq (referencia)potrubie je nasledovné:

1. Kontrola kvality surových dát:

• Odstránenie nekvalitných sekvencií, adaptérových sekvencií,atď.;

•Nástroje: interne vyvinutý proces;

2. Zarovnanie údajov s referenčným genómom:

• Zarovnanie čítaní pomocou algoritmu s ohľadom na zostrih sreferenčný genóm.

•Náradie:HISAT2, samtools

3. Analýza kvality knižnice:

• Analýza dĺžky vložených prvkov, analýza saturácie sekvencií atď.;

•Náradie:samtools;

4. Analýza štruktúry sekvencií:

• Analýza alternatívneho zostrihu, optimalizácia génovej štruktúry,predikcia nových génov atď.;

•Náradie:Šnúrka na kravatu, gffcompare, GATK,DIAMANT, InterProScanaHMMER.

5. Analýza diferenciálnej expresie:

• Skríning DEG, analýza korelácií, funkčnéobohacovanie;

•Rôzne výsledky vizualizácie;

•RsSEGseq, DESeq2, ggplot2, DEXSeq

Referencia

1. Kim, Daehwan a kol. „Zarovnanie genómu na základe grafov agenotypizácia s HISAT2 a HISAT-genotypom.“PrírodaBiotechnológia37 (2019): 907 – 915.

2. McKenna, Aaron a kol. „Súprava nástrojov na analýzu genómu:Rámec MapReduce na analýzu DNA novej generáciesekvenčné údaje.“Výskum genómu209 (2010): 1297 – 303.

3. Li, Heng a kol. „Formát zarovnania/mapy sekvencií aNástroje SAM.“Bioinformatika25 (2009): 2078 – 2079.

4. Perțea, Mihaela a kol. „StringTie umožňuje vylepšenierekonštrukcia transkriptómu z RNA-seq čítaní.“PrírodaBiotechnológia33 (2015): 290 – 295.

5. Love, Michael I. a kol. „Moderovaný odhad násobnej zmeny adisperzia pre dáta RNA-seq s DESeq2.“GenómBiológia15 (2014): pozn. na str.

6. Eddy, Sean R.. „Zrýchlené vyhľadávanie profilov pomocou HMM.“PLoS Výpočtová biológia7 (2011): pozn. na str.

mRNA-seq (NGS) s referenčným genómom

mRNA-seq (NGS) s referenčným genómom

získať cenovú ponuku

Pošlite nám svoju správu: