16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Výhody služby
● Dlhé čítania odhaľujúce celú sekvenciu 16S/18S/ITS
● Vysoko presné volanie základne so sekvenovaním v režime PacBio CCS
● Rozlíšenie na úrovni druhu v anotácii OTU/ASV
● Najnovší tok analýzy QIIME2 s rôznymi analýzami z hľadiska databázy, anotácií, OTU/ASV.
● Aplikovateľné na štúdie rôznych mikrobiálnych spoločenstiev
● BMK má rozsiahle skúsenosti s viac ako 100 000 vzorkami/rok, pokrývajúcimi pôdu, vodu, plyn, kal, výkaly, črevá, kožu, fermentačný vývar, hmyz, rastliny atď.
● BMKCloud uľahčil interpretáciu údajov obsahujúci 45 personalizovaných analytických nástrojov
Špecifikácie služby
| SekvenovaniePlošina | Knižnica | Odporúčané údaje | Doba obratu |
| Pokračovanie PacBio II | SMRT-zvonček | Značky 5K/10K/20K | 44 pracovných dní |
Bioinformatické analýzy
● Kontrola kvality nespracovaných údajov
● Klastrovanie OTU/Znižovanie šumu (ASV)
● Anotácia OTU
● Alfa rozmanitosť
● Rozmanitosť beta
● Medziskupinová analýza
● Asociačná analýza voči experimentálnym faktorom
● Predikcia funkčných génov
Vzorové požiadavky a doručenie
Vzorové požiadavky:
PreDNA extrakty:
| Typ vzorky | Suma | Koncentrácia | Čistota |
| DNA extrakty | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Pre environmentálne vzorky:
| Typ vzorky | Odporúčaný postup odberu vzoriek |
| Pôda | Množstvo vzorky: cca.5 g;Zvyšnú uschnutú hmotu je potrebné z povrchu odstrániť;Rozdrvte veľké kusy a prefiltrujte cez 2 mm filter;Alikvótne vzorky v sterilnej EP-skúmavke alebo cyrotrubici na rezerváciu. |
| Výkaly | Množstvo vzorky: cca.5 g;Odoberte a alikvótne vzorky do sterilnej EP-skúmavky alebo kryoskúmavky na rezerváciu. |
| Črevný obsah | Vzorky je potrebné spracovať za aseptických podmienok.Odobraté tkanivo premyte PBS;Odstreďte PBS a zozbierajte precipitant do EP skúmaviek. |
| Kal | Množstvo vzorky: cca.5 g;Odoberte a alikvotne rozdeľte vzorku kalu do sterilnej EP-skúmavky alebo kryoskúmavky na rezerváciu |
| Vodný útvar | V prípade vzorky s obmedzeným množstvom mikroorganizmov, ako je voda z vodovodu, voda zo studne atď., Odoberte aspoň 1 l vody a nechajte prejsť cez 0,22 μm filter, aby sa obohatili mikrobiálne látky na membráne.Membránu uchovávajte v sterilnej skúmavke. |
| Koža | Opatrne zoškrabte povrch pokožky sterilným vatovým tampónom alebo chirurgickou čepeľou a vložte ju do sterilnej skúmavky. |
Odporúčané doručenie vzorky
Vzorky zmrazte v tekutom dusíku na 3-4 hodiny a skladujte v tekutom dusíku alebo -80 stupňov pre dlhodobú rezerváciu.Vyžaduje sa odoslanie vzorky so suchým ľadom.
Tok servisných prác
Doručenie vzorky
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza dát
Popredajné služby
1. Miera anotácií profilovania mikrobiálnej komunity založenej na V3+V4 (Illumina) vs. profilovanie založené na plnej dĺžke (PacBio).
(Pre štatistiku boli použité údaje 30 náhodne vybraných projektov)
2.Anotačná rýchlosť sekvenovania amplikónov s plnou dĺžkou na úrovni druhov v rôznych typoch vzoriek
3. Distribúcia druhov
4.Fylogenetický strom
Prípad BMK
Expozícia arzénu indukuje poškodenie črevnej bariéry a následnú aktiváciu osi čreva a pečene, čo vedie k zápalu a pyroptóze pečene u kačíc
Publikovaný:Veda o celkovom životnom prostredí,2021
Stratégia sekvenovania:
Vzorky: Kontrola verzus skupina vystavená ATO 8 mg/kg
Výťažok sekvenčných údajov: celkovo 102 583 nespracovaných sekvencií CCS
Kontrola: 54 518 ± 747 efektívnych CCS
Exponované ATO: 45 050 ± 1 675 efektívnych CCS
Kľúčové výsledky
Alfa rozmanitosť:Expozícia ATO významne zmenila črevnú mikrobiálnu bohatosť a diverzitu u kačíc.
Metastatická analýza:
Na úrovni kmeňa: 2 bakteriálne kmene zistené iba v kontrolných skupinách
Na úrovni rodu: Zistilo sa, že 6 rodov sa výrazne líšilo v relatívnej početnosti
Na úrovni druhov: celkovo bolo identifikovaných 36 druhov, pričom 6 z nich sa výrazne líšilo v relavivnej abundancii
Odkaz
Thingholm, LB, a kol."Obézni jedinci s diabetom 2. typu a bez neho vykazujú rozdielnu funkčnú kapacitu a zloženie črevných mikróbov."Bunkový hostiteľ a mikrób26.2 (2019).
