Sekvenovanie malých RNA – Illumina
Funkcie
● Príprava knižnice pre výber veľkosti.
● Bioinformatická analýza zameraná na predikciu a ciele miRNA.
Výhody služby
●Rozsiahle odborné znalostiSpracovali sme viac ako 300 vzoriek z rôznych typov. Do každého projektu prinášame bohaté odborné znalosti.
●Prísna kontrola kvalityZákladné kontrolné body implementujeme vo všetkých fázach, od prípravy vzoriek až po prípravu knižnice, sekvenovanie a bioinformatiku. Naše dôkladné monitorovanie zabezpečuje konzistentne vysoko kvalitné výsledky.
●Komplexná bioinformatická analýza:Umožňuje identifikáciu známych aj nových miRNA, identifikáciu cieľov miRNA a zodpovedajúcu funkčnú anotáciu a obohatenie o viacero databáz (KEGG, GO).
●Popredajná podporaChápeme, aké dôležité je byť prítomný, a preto náš záväzok presahuje rámec dokončenia projektu a poskytujeme 3-mesačný popredajný servis. Počas tejto doby ponúkame sledovanie projektu, pomoc s riešením problémov a stretnutia s otázkami a odpoveďami, aby sme zodpovedali akékoľvek otázky týkajúce sa výsledkov.
Požiadavky na vzorky a dodanie
| Knižnica | Platforma | Odporúčané údaje | Kontrola kvality údajov |
| Vybraná veľkosť | Illumina SE50 | 10 až 20 miliónov prečítaní | Q30≥85% |
Požiadavky na vzorku:
Nukleotidy:
| Konc. (ng/μl) | Množstvo (μg) | Čistota | Integrita |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na géli je viditeľná obmedzená alebo žiadna kontaminácia proteínmi alebo DNA. | RIN ≥ 6,0; 5,0 ≥ 28S/18S ≥ 1,0; obmedzená alebo žiadna elevácia základnej čiary |
● Rastliny:
Koreň, stonka alebo okvetný lístok: 450 mg
List alebo semeno: 300 mg
Ovocie: 1,2 g
● Zviera:
Srdce alebo črevo: 450 mg
Vnútornosti alebo mozog: 240 mg
Sval: 600 mg
Kosti, vlasy alebo koža: 1,5 g
● Článkonožce:
Hmyz: 9 g
Kôrovce: 450 mg
● Plná krv2 skúmavky
● Bunky: 106 bunky
● Sérum a plazma:6 ml
Odporúčané dodanie vzorky
Nádoba: 2 ml centrifugačná skúmavka (neodporúča sa cínová fólia)
Označenie vzorky: Skupina + replikácia, napr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásielka:
1. Suchý ľad: Vzorky je potrebné zabaliť do vriec a uložiť do suchého ľadu.
2. Skúmavky RNAstable: Vzorky RNA sa môžu sušiť v skúmavke na stabilizáciu RNA (napr. RNAstable®) a prepravovať pri izbovej teplote.
Pracovný postup služby
Návrh experimentu
Dodávka vzorky
Extrakcia RNA
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Popredajné služby
Bioinformatika
● Kontrola kvality surových údajov
● Klasifikácia malých RNA
● Analýza expresie miRNA a diferenciálnej expresie
● Anotácia cieľového génu miRNA a diferencovane exprimovaného cieľového génu miRNA
● Anotácia cieľového génu a obohatenie funkcie diferencovane exprimovaného miRNA génu
Identifikácia miRNA: štruktúra a hĺbka
Diferenciálna expresia miRNA – hierarchické zhlukovanie
Funkčná anotácia cieľa diferencovane exprimovaných miRNA
Preskúmajte výskumné pokroky, ktoré umožňujú služby sekvenovania sRNA od BMKGene, prostredníctvom kurátorsky vybranej kolekcie publikácií.
Chen, H. a kol. (2023) „Vírusové infekcie inhibujú biosyntézu saponínov a fotosyntézu u Panax notoginseng“,Fyziológia a biochémia rastlín, 203, s. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. a kol. (2023) „Rastlinný proteín FREE1 obsahujúci doménu FYVE sa spája s mikroprocesorovými komponentmi a potláča biogenézu miRNA“.Správy EMBO24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. a kol. (2023) „MikroRNA Ame-Bantam-3p riadi vývoj lariev kukiel cielením na gén megf8 (Multiple Epidermal Growth Factor-like Domains 8) u včely medonosnej, Apis mellifera“,Medzinárodný časopis molekulárnych vied, 24(6), s. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. a kol. (2018) „Integrovaná analýza MiRNA a génov spojených s kvalitou mäsa odhaľuje, že Gga-MiR-140-5p ovplyvňuje intramuskulárne ukladanie tuku u kurčiat“,Bunková fyziológia a biochémia, 46 (6), s. 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
