-
Analýza asociácie celého genómu
Štúdia asociácie celého genómu (GWAS) sa zameriava na identifikáciu genetických variantov (genotyp), ktoré súvisia so špecifickými znakmi (fenotyp).Štúdia GWAS skúma genetické markery prechádzajúce celým genómom veľkého počtu jedincov a predpovedá asociácie genotyp-fenotyp štatistickou analýzou na úrovni populácie.Široko sa používa pri výskume ľudských chorôb a funkčnej ťažbe génov na komplexných znakoch zvierat alebo rastlín.
-
Jednojadrové sekvenovanie RNA
Pokrok v zachytávaní jednotlivých buniek a technike konštrukcie jednotlivých knižníc v kombinácii s vysokovýkonným sekvenovaním umožňuje štúdie génovej expresie na báze bunky po bunke.Umožňuje hlbšiu a kompletnú systémovú analýzu komplexných bunkových populácií, v ktorej sa do značnej miery vyhýba maskovaniu ich heterogenity priemerovaním všetkých buniek.
Niektoré bunky však nie sú vhodné na výrobu jednobunkovej suspenzie, preto sú potrebné iné metódy prípravy vzoriek – extrakcia jadra z tkanív, to znamená, že jadro sa priamo extrahuje z tkanív alebo bunky a pripraví sa na suspenziu s jedným jadrom pre jednobunkové sekvenovanie buniek.
BMK poskytuje službu sekvenovania jednobunkovej RNA na báze 10× Genomics ChromiumTM.Táto služba bola široko používaná v štúdiách štúdií súvisiacich s chorobami, ako je diferenciácia imunitných buniek, heterogenita nádorov, vývoj tkaniva atď.
Priestorový transkriptómový čip: 10× Genomics
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekvenovanie celého genómu rastlín/zvierat
Resekvenovanie celého genómu, tiež známe ako WGS, umožňuje odhaliť bežné aj zriedkavé mutácie na celom genóme vrátane jednonukleotidového polymorfizmu (SNP), inzerčnej delécie (InDel), variácie štruktúry (SV) a variácie počtu kópií (CNV). ).SV tvoria väčšiu časť variačnej bázy ako SNP a majú väčší vplyv na genóm, čo má významný vplyv na živé organizmy.Resekvenovanie s dlhým čítaním umožňuje presnejšiu identifikáciu veľkých fragmentov a komplikovaných variácií, pretože dlhé čítania značne uľahčujú kríženie chromozómov cez komplikované oblasti, ako sú tandemové opakovania, oblasti bohaté na GC/AT a hypervariabilné oblasti.
Platforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Priestorový prepis BMKMANU S1000
Priestorová organizácia buniek hrá zásadnú úlohu v rôznych biologických procesoch, ako je imunitná infiltrácia, vývoj embrya atď. Priestorové sekvenovanie transkriptómu, ktoré indikuje profilovanie génovej expresie pri zachovaní informácie o priestorovej polohe, poskytuje skvelý pohľad na tkanivovú architektúru na úrovni transkriptómu.S rozvojom technológie je potrebné študovať ultračistú morfológiu tkaniva a skutočný štrukturálny rozdiel priestorovej molekulárnej expresie s vyšším rozlíšením.BMKGENE poskytuje komplexnú službu sekvenovania priestorového transkriptómu na jednom mieste od vzoriek až po biologické poznatky.
Technológie priestorovej transkriptomiky umožnili nové perspektívy v rôznych oblastiach výskumu vyriešením profilu génovej expresie s priestorovým obsahom v heterogénnych vzorkách.
Čip priestorového prepisu: BMKMANU S1000
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
10x priestorový transkriptóm Genomics Visium
Visium Spatial Gene Expression je hlavná technológia priestorového transkriptómového sekvenovania na klasifikáciu tkaniva na základe celkovej mRNA.Zmapujte celý transkriptóm s morfologickým kontextom, aby ste objavili nové pohľady na normálny vývoj, patológiu chorôb a klinický translačný výskum.BMKGENE poskytuje komplexnú službu sekvenovania priestorového transkriptómu na jednom mieste od vzoriek až po biologické poznatky.
Technológie priestorovej transkriptomiky umožnili nové perspektívy v rôznych oblastiach výskumu vyriešením profilu génovej expresie s priestorovým obsahom v heterogénnych vzorkách.
Priestorový transkriptómový čip: 10x Genomics Visium
Plošina:Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekvenovanie mRNA s plnou dĺžkou - nanopór
Sekvenovanie RNA bolo neoceniteľným nástrojom pre komplexnú analýzu transkriptómov.Tradičné sekvenovanie krátkeho čítania tu nepochybne dosiahlo početný dôležitý vývoj.Napriek tomu sa často stretáva s obmedzeniami v identifikácii izoforiem v plnej dĺžke, kvantifikácii, skreslení PCR.
Sekvenovanie nanopórov sa odlišuje od iných sekvenčných platforiem tým, že nukleotidy sa čítajú priamo bez syntézy DNA a generujú dlhé čítanie v desiatkach kilobáz.To umožňuje priame čítanie krížením prepisov v plnej dĺžke a riešenie problémov v štúdiách na úrovni izoforiem.
Plošina：Nanopore PromethION
Knižnica:cDNA-PCR
-
Sekvenovanie mRNA plnej dĺžky - PacBio
De novosekvenovanie transkriptómu v plnej dĺžke, tiež známe akoDe novoIso-Seq využíva výhody sekvenátora PacBio v dĺžke čítania, ktorý umožňuje sekvenovanie molekúl cDNA plnej dĺžky bez akýchkoľvek prestávok.Tým sa úplne zabráni akýmkoľvek chybám generovaným v krokoch zostavovania prepisu a vytvorí sa unigénne sady s rozlíšením na úrovni izoforiem.Tieto unigénne sady poskytujú výkonnú genetickú informáciu ako „referenčný genóm“ na úrovni transkriptómu.Okrem toho, v kombinácii s údajmi o sekvenovaní ďalšej generácie, táto služba umožňuje presnú kvantifikáciu expresie na úrovni izoforiem.
Platforma: PacBio Sequel IIKnižnica: SMRT zvonková knižnica -
Sekvenovanie eukaryotickej mRNA - Illumina
Sekvenovanie mRNA umožňuje profilovanie všetkých mRNA transkriptovaných z buniek za špecifických podmienok.Je to výkonná technológia na odhalenie profilu génovej expresie, génových štruktúr a molekulárnych mechanizmov určitých biologických procesov.K dnešnému dňu sa sekvenovanie mRNA široko používa v základnom výskume, klinickej diagnostike, vývoji liekov atď.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Nereferenčné sekvenovanie mRNA-Illumina
Sekvenovanie mRNA využíva techniku sekvenovania novej generácie (NGS) na zachytenie messengerovej RNA (mRNA) z eukaryota v špecifickom období, ktoré aktivujú niektoré špeciálne funkcie.Najdlhší zostrihaný transkript sa nazval „Unigene“ a použil sa ako referenčná sekvencia pre následnú analýzu, čo je účinný prostriedok na štúdium molekulárneho mechanizmu a regulačnej siete druhu bez referencie.
Po zostavení transkriptómových údajov a unigénnej funkčnej anotácii
(1) Vykoná sa analýza SSR, predikcia CDS a génová štruktúra.
(2) Vykoná sa kvantifikácia unigénovej expresie v každej vzorke.
(3) Rozdielne exprimované unigény medzi vzorkami (alebo skupinami) budú objavené na základe unigénovej expresie
(4) Vykoná sa zhlukovanie, funkčná anotácia a analýza obohatenia rozdielne exprimovaných unigénov
-
Dlhé nekódujúce sekvenovanie - Illumina
Dlhé nekódujúce RNA (lncRNA) sú typom molekúl RNA s dĺžkou presahujúcou 200 nt, ktoré sa vyznačujú extrémne nízkym kódovacím potenciálom.LncRNA, ako kľúčový člen v nekódujúcich RNA, sa nachádza hlavne v jadre a plazme.Vývoj technológie sekvenovania a bioinformtiky umožňuje identifikáciu mnohých nových lncRNA a spája ich s biologickými funkciami.Kumulatívne dôkazy naznačujú, že lncRNA sa široko podieľa na epigenetickej regulácii, regulácii transkripcie a regulácii po transkripcii.
-
Malé sekvenovanie RNA-Illumina
Malá RNA označuje triedu nekódujúcich molekúl RNA, ktoré sú zvyčajne kratšie ako 200 nt, vrátane mikro RNA (miRNA), malej interferenčnej RNA (siRNA) a RNA interagujúcej s piwi (piRNA).
MikroRNA (miRNA) je trieda endogénnej malej RNA s dĺžkou približne 20-24 nt, ktorá hrá v bunkách rôzne dôležité regulačné úlohy.miRNA sa podieľa na mnohých životných procesoch, ktoré odhaľujú tkanivovo – špecifickú a fázovú – špecifickú expresiu a sú vysoko konzervované u rôznych druhov.
-
sekvenovanie circRNA-Illumina
CircRNA (Kruhové RNA) sú jednou triedou nekódujúcich molekúl RNA, ktoré nemajú 5' koncový uzáver a 3' koncový poly(A) chvost.CircRNA vykonávajú kruhovú štruktúru pomocou kovalentnej väzby, čo je stav proti štiepeniu RNA exonukleázou.circRNA hrá dôležitú úlohu pri raste a vývoji organizmov a ich odolnosti voči vonkajšiemu prostrediu.
CircRNA má mnoho funkcií, ktoré môžu kompetitívne viazať miRNA, vykonávať regulačnú funkciu ceRNA, regulovať expresiu génov.V posledných rokoch sa tiež zistilo, že úzko súvisí s výskytom a vývojom chorôb a má veľkú aplikačnú perspektívu v smere markerov diagnostiky chorôb a pod.
