Metagenomika (NGS)

Metagenomika metódou Shotgun s technológiou Illumina je populárny nástroj na štúdium mikrobiómov priamym sekvenovaním DNA z komplexných vzoriek, čo umožňuje štúdium taxonomickej aj funkčnej diverzity. Proces metagenomiky (NGS) v BMKCloud začína kontrolou kvality a zostavením metagenómu, z ktorého sa gény predpovedajú a zoskupujú do neredundantných súborov údajov, ktoré sú anotované z hľadiska funkcie a taxonómie pomocou viacerých databáz. Tieto informácie sa používajú na analýzu taxonomickej diverzity v rámci vzorky (alfa diverzita) a diverzity medzi vzorkami (beta diverzita). Diferenciálna analýza medzi skupinami nachádza OTU a biologické funkcie, ktoré sa medzi týmito dvoma skupinami líšia, pomocou parametrických aj neparametrických testov, zatiaľ čo korelačná analýza spája tieto rozdiely s faktormi prostredia.