page_head_bg

Produkty

Metagenomické sekvenovanie (NGS)

Metagenóm označuje súbor celkového genetického materiálu zmiešaného spoločenstva organizmov, ako je environmentálny metagenóm, ľudský metagenóm atď. Obsahuje genómy kultivovateľných aj nekultivovateľných mikroorganizmov.Metagenomické sekvenovanie je molekulárny nástroj používaný na analýzu zmiešaných genómových materiálov extrahovaných zo vzoriek životného prostredia, ktorý poskytuje podrobné informácie o druhovej diverzite a početnosti, štruktúre populácie, fylogenetickom vzťahu, funkčných génoch a korelačnej sieti s environmentálnymi faktormi.

Plošina:Illumina NovaSeq6000


Podrobnosti o službe

Demo výsledky

Prípadová štúdia

Výhody služby

ØBez izolácie a kultivácie pre profilovanie mikrobiálnej komunity

ØVysoké rozlíšenie pri detekcii druhov s nízkym výskytom v environmentálnych vzorkách

ØMyšlienka „meta-“ integruje všetky biologické vlastnosti na funkčnej úrovni, na úrovni druhu a na úrovni génu, čo odráža dynamický pohľad, ktorý je bližšie k realite.

ØBMK hromadí rozsiahle skúsenosti s rôznymi typmi vzoriek s viac ako 10 000 spracovanými vzorkami.

Špecifikácie služby

SekvenovaniePlošina

Knižnica

Odporúčaná výťažnosť údajov

Odhadovaný čas obratu

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K/100K/300K Tagy

30 dní

Bioinformatické analýzy

üKontrola kvality nespracovaných údajov

üZostava metagenómu

üNeredundantný génový súbor a anotácia

üAnalýza druhovej diverzity

üAnalýza diverzity genetických funkcií

üMedziskupinová analýza

üAsociačná analýza proti experimentálnym faktorom

2

Vzorové požiadavky a doručenie

Vzorové požiadavky:

PreDNA extrakty:

Typ vzorky

Suma

Koncentrácia

Čistota

DNA extrakty

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Pre environmentálne vzorky:

Typ vzorky

Odporúčaný postup odberu vzoriek

Pôda

Množstvo vzorky: cca.5 g;Zvyšnú uschnutú hmotu je potrebné z povrchu odstrániť;Veľké kusy pomelte a prefiltrujte cez 2 mm filter;Alikvotné vzorky v sterilnej EP-skúmavke alebo cyrotrubici na rezerváciu.

Výkaly

Množstvo vzorky: cca.5 g;Odoberte a alikvotné vzorky odoberte do sterilnej EP-skúmavky alebo kryoskúmavky na rezerváciu.

Črevný obsah

Vzorky je potrebné spracovať za aseptických podmienok.Odobraté tkanivo premyte PBS;Odstreďte PBS a zozbierajte precipitant do EP skúmaviek.

Kal

Množstvo vzorky: cca.5 g;Odoberte a alikvotne rozdeľte vzorku kalu do sterilnej EP-skúmavky alebo kryoskúmavky na rezerváciu

Vodný útvar

Pre vzorku s obmedzeným množstvom mikroorganizmov, ako je voda z vodovodu, voda zo studne atď., Odoberte aspoň 1 l vody a prefiltrujte cez 0,22 μm filter, aby ste obohatili mikrobiálne látky na membráne.Membránu skladujte v sterilnej skúmavke.

Koža

Opatrne zoškrabte povrch pokožky sterilným vatovým tampónom alebo chirurgickou čepeľou a vložte ju do sterilnej skúmavky.

Odporúčané doručenie vzorky

Vzorky zmrazte v tekutom dusíku na 3-4 hodiny a uskladnite v tekutom dusíku alebo -80 stupňov pre dlhodobú rezerváciu.Vyžaduje sa odoslanie vzorky so suchým ľadom.

Tok servisných prác

logo_02

Doručenie vzorky

logo_04

Výstavba knižnice

logo_05

Sekvenovanie

logo_06

Analýza dát

logo_07

Popredajné služby


  • Predchádzajúce:
  • Ďalšie:

  • 1.Histogram: Distribúcia druhov

    3

    2. Funkčné gény anotované KEGG metabolickým dráham

    4

    3. Tepelná mapa: Diferenciálne funkcie založené na relatívnej hojnosti génov54. Obeh génov rezistencie na antibiotiká CARD

    6

    Prípad BMK

    Prevalencia génov rezistencie na antibiotiká a bakteriálnych patogénov pozdĺž koreňového kontinua pôdy a mangrovníkov

    Publikovaný:Journal of Hazardous Materials, 2021

    Stratégia sekvenovania:

    Materiály:DNA extrakty štyroch fragmentov vzoriek spojených s koreňmi mangrovníkov: nezasadená pôda, rizosféra, episféra a endosféra.
    Platforma: Illumina HiSeq 2500
    Ciele: Metagenóm
    Oblasť V3-V4 génu 16S rRNA

    Kľúčové výsledky

    Metagenomické sekvenovanie a profilovanie metabarkódovania na pôdno-korenovom kontinuu mangrovových stromčekov bolo spracované s cieľom študovať šírenie génov rezistencie na antibiotiká (ARG) z pôdy do rastlín.Metagenomické údaje odhalili, že 91,4 % génov rezistencie na antibiotiká bolo bežne identifikovaných vo všetkých štyroch pôdnych kompartmentoch uvedených vyššie, čo ukazuje kontinuálny spôsob.Sekvenovanie amplikónu 16S rRNA vygenerovalo 29 285 sekvencií, čo predstavuje 346 druhov.V kombinácii s profilovaním druhov pomocou sekvenovania amplikónov sa zistilo, že toto šírenie je nezávislé od mikrobioty súvisiacej s koreňmi, mohlo by sa však uľahčiť mobilnými genetickými prvkami.Táto štúdia identifikovala tok ARG a patogénov z pôdy do rastlín cez vzájomne prepojené kontinuum pôda-koreň.

    Odkaz

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L. .(2020).Prevalencia génov rezistencie na antibiotiká a bakteriálnych patogénov pozdĺž koreňového kontinua pôda-mangrovník.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.

    dostat ponuku

    Tu napíšte svoju správu a pošlite nám ju

    Pošlite nám svoju správu: