Metagenomické sekvenovanie (NGS)
Výhody služby
ØBez izolácie a kultivácie pre profilovanie mikrobiálnej komunity
ØVysoké rozlíšenie pri detekcii druhov s nízkym výskytom v environmentálnych vzorkách
ØMyšlienka „meta-“ integruje všetky biologické vlastnosti na funkčnej úrovni, na úrovni druhu a na úrovni génu, čo odráža dynamický pohľad, ktorý je bližšie k realite.
ØBMK hromadí rozsiahle skúsenosti s rôznymi typmi vzoriek s viac ako 10 000 spracovanými vzorkami.
Špecifikácie služby
| SekvenovaniePlošina | Knižnica | Odporúčaná výťažnosť údajov | Odhadovaný čas obratu |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K Tagy | 30 dní |
Bioinformatické analýzy
üKontrola kvality nespracovaných údajov
üZostava metagenómu
üNeredundantný génový súbor a anotácia
üAnalýza druhovej diverzity
üAnalýza diverzity genetických funkcií
üMedziskupinová analýza
üAsociačná analýza proti experimentálnym faktorom
Vzorové požiadavky a doručenie
Vzorové požiadavky:
PreDNA extrakty:
| Typ vzorky | Suma | Koncentrácia | Čistota |
| DNA extrakty | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Pre environmentálne vzorky:
| Typ vzorky | Odporúčaný postup odberu vzoriek |
| Pôda | Množstvo vzorky: cca.5 g;Zvyšnú uschnutú hmotu je potrebné z povrchu odstrániť;Veľké kusy pomelte a prefiltrujte cez 2 mm filter;Alikvotné vzorky v sterilnej EP-skúmavke alebo cyrotrubici na rezerváciu. |
| Výkaly | Množstvo vzorky: cca.5 g;Odoberte a alikvotné vzorky odoberte do sterilnej EP-skúmavky alebo kryoskúmavky na rezerváciu. |
| Črevný obsah | Vzorky je potrebné spracovať za aseptických podmienok.Odobraté tkanivo premyte PBS;Odstreďte PBS a zozbierajte precipitant do EP skúmaviek. |
| Kal | Množstvo vzorky: cca.5 g;Odoberte a alikvotne rozdeľte vzorku kalu do sterilnej EP-skúmavky alebo kryoskúmavky na rezerváciu |
| Vodný útvar | Pre vzorku s obmedzeným množstvom mikroorganizmov, ako je voda z vodovodu, voda zo studne atď., Odoberte aspoň 1 l vody a prefiltrujte cez 0,22 μm filter, aby ste obohatili mikrobiálne látky na membráne.Membránu skladujte v sterilnej skúmavke. |
| Koža | Opatrne zoškrabte povrch pokožky sterilným vatovým tampónom alebo chirurgickou čepeľou a vložte ju do sterilnej skúmavky. |
Odporúčané doručenie vzorky
Vzorky zmrazte v tekutom dusíku na 3-4 hodiny a uskladnite v tekutom dusíku alebo -80 stupňov pre dlhodobú rezerváciu.Vyžaduje sa odoslanie vzorky so suchým ľadom.
Tok servisných prác
Doručenie vzorky
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza dát
Popredajné služby
1.Histogram: Distribúcia druhov
2. Funkčné gény anotované KEGG metabolickým dráham
3. Tepelná mapa: Diferenciálne funkcie založené na relatívnej hojnosti génov
4. Obeh génov rezistencie na antibiotiká CARD
Prípad BMK
Prevalencia génov rezistencie na antibiotiká a bakteriálnych patogénov pozdĺž koreňového kontinua pôdy a mangrovníkov
Publikovaný:Journal of Hazardous Materials, 2021
Stratégia sekvenovania:
Materiály:DNA extrakty štyroch fragmentov vzoriek spojených s koreňmi mangrovníkov: nezasadená pôda, rizosféra, episféra a endosféra.
Platforma: Illumina HiSeq 2500
Ciele: Metagenóm
Oblasť V3-V4 génu 16S rRNA
Kľúčové výsledky
Metagenomické sekvenovanie a profilovanie metabarkódovania na pôdno-korenovom kontinuu mangrovových stromčekov bolo spracované s cieľom študovať šírenie génov rezistencie na antibiotiká (ARG) z pôdy do rastlín.Metagenomické údaje odhalili, že 91,4 % génov rezistencie na antibiotiká bolo bežne identifikovaných vo všetkých štyroch pôdnych kompartmentoch uvedených vyššie, čo ukazuje kontinuálny spôsob.Sekvenovanie amplikónu 16S rRNA vygenerovalo 29 285 sekvencií, čo predstavuje 346 druhov.V kombinácii s profilovaním druhov pomocou sekvenovania amplikónov sa zistilo, že toto šírenie je nezávislé od mikrobioty súvisiacej s koreňmi, mohlo by sa však uľahčiť mobilnými genetickými prvkami.Táto štúdia identifikovala tok ARG a patogénov z pôdy do rastlín cez vzájomne prepojené kontinuum pôda-koreň.
Odkaz
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L. .(2020).Prevalencia génov rezistencie na antibiotiká a bakteriálnych patogénov pozdĺž koreňového kontinua pôda-mangrovník.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
