Metagenomické sekvenovanie -NGS
Metagenóm je súbor celkového genetického materiálu zmiešaného spoločenstva organizmov, ako sú environmentálne a ľudské metagenómy. Obsahuje genómy kultivovateľných aj nekultivovateľných mikroorganizmov. Shotgun metagenomické sekvenovanie s NGS umožňuje štúdium týchto zložitých genómových krajín zabudovaných do environmentálnych vzoriek tým, že poskytuje viac než len taxonomické profilovanie, pričom poskytuje aj podrobné informácie o druhovej diverzite, dynamike hojnosti a zložitých populačných štruktúrach. Okrem taxonomických štúdií ponúka metagenomika brokovnice aj funkčnú genomickú perspektívu, ktorá umožňuje skúmanie kódovaných génov a ich predpokladaných úloh v ekologických procesoch. Napokon, vytvorenie korelačných sietí medzi genetickými prvkami a environmentálnymi faktormi prispieva k holistickému pochopeniu zložitej súhry medzi mikrobiálnymi spoločenstvami a ich ekologickým pozadím. Záverom možno povedať, že metagenomické sekvenovanie predstavuje kľúčový nástroj na odhalenie genómových zložitostí rôznych mikrobiálnych spoločenstiev, ktoré osvetľujú mnohostranné vzťahy medzi genetikou a ekológiou v rámci týchto zložitých ekosystémov.
Platformy: Illumina NovaSeq a DNBSEQ-T7
Výhody služby
●Metóda bez izolácie a kultivácie na profilovanie mikrobiálnej komunity: Umožnenie sekvenovania genetického materiálu z nekultivovateľných organizmov.
●Vysoké rozlíšenie: V environmentálnych vzorkách zistite druhy s nízkym výskytom.
●Komplexná bioinformatická analýza:Zamerané nielen na taxonomickú diverzitu, ale aj na funkčnú diverzitu komunity.
●Rozsiahle skúsenosti:Vďaka záznamom o úspešnom uzavretí viacerých projektov metagenomiky v rôznych oblastiach výskumu a spracovaní viac ako 200 000 vzoriek náš tím prináša do každého projektu bohaté skúsenosti.
Špecifikácie služby
| Sekvenčná platforma | Stratégia sekvenovania | Odporúčané údaje | Kontrola kvality |
| Illumina NovaSeq alebo DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 Gb | Q30 ≥ 85 % |
Požiadavky na služby
| Koncentrácia (ng/µL) | Celková suma (ng) | Objem (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Pôda/kal: 2-3g
● Črevný obsah-zviera: 0,5-2g
● Črevný obsah-hmyz: 0,1-0,25g
● Povrch rastliny (obohatený sediment): 0,5-1g
● Sediment obohatený fermentačným bujónom): 0,2-0,5g
● Výkaly (veľké zvieratá): 0,5-2g
● Výkaly (myš): 3-5 zŕn
● Pľúcna alveolárna laváž: filtračný papier
● Vaginálny tampón: 5-6 tampónov
● Kožný/genitálny tampón/sliny/ústne mäkké tkanivo/faryngeálny tampón/rektálny tampón: 2-3 tampóny
● Povrchový mikroorganizmus: 5-6 tampónov
● Vodné teleso/vzduch/biofilm: filtračný papier
● Endofyty: 2-3g
● Zubný povlak: 0,5-1g
Tok servisných prác
Doručenie vzorky
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Popredajné služby
Zahŕňa nasledujúcu analýzu:
● Kontrola kvality sekvenčných údajov
● Zostavenie metagenómu a predikcia génov
● Génová anotácia
● Taxonomická analýza diverzity alfa
● Funkčná analýza komunity: biologická funkcia, metabolická, antibiotická rezistencia
● Analýza funkčnej aj taxonomickej diverzity:
Beta analýza diverzity
Medziskupinová analýza
Korelačná analýza: medzi environmentálnymi faktormi a zložením a diverzitou OUT
Funkčná analýza: rezistencia na antibiotiká CARD
Diferenciálna analýza metabolických dráh KEGG: teplotná mapa významných dráh
Alfa diverzita taxonomickej distribúcie: ACE index
Beta diverzita taxonomickej distribúcie: PCoA
Preskúmajte pokroky, ktoré umožňujú služby sekvenovania metagenómov BMKGene s Illumina prostredníctvom kurátorskej zbierky publikácií.
Hai, Q. a kol. (2023) „Metagenomická a metabolomická analýza zmien črevného obsahu pstruha dúhového (Oncorhynchus mykiss) infikovaného vírusom infekčnej hematopoetickej nekrózy pri rôznych teplotách kultivačnej vody“,Hranice v mikrobiológii, 14, str. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. a kol. (2023) „Mikrobiálne spoločenstvá, gény rezistencie a riziká rezistencie v mestských jazerách rôznych trofických stavov: vnútorné väzby a vonkajšie vplyvy“,Journal of Hazardous Materials Advances, 9, str. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. a kol. (2022) „Metagenomická analýza odhalila rozdiely v zložení a funkcii medzi mikroorganizmami ovčieho bachora asociovanými s tekutinou a tuhou látkou“,Hranice v mikrobiológii, 13, str. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. a kol. (2023) „Mikrobiota pochádzajúca z obéznych prasiat Ningxiang obnovuje metabolizmus karnitínu, aby podporila ukladanie mastných kyselín vo svaloch u chudých ošípaných DLY“,Inovácia4(5), str. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. a kol. (2023) „Metagenomické poznatky o potenciálnych rizikách reprezentatívnych bio/nedegradovateľných plastových a neplastových zvyškov v hornom a dolnom toku ústia rieky Haihe, Čína“,Veda o celkovom životnom prostredí, 887, s. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
