Metagenomické sekvenovanie -NGS
Výhody služby
● Bez izolácie a kultivácie pre profilovanie mikrobiálnej komunity
● Vysoké rozlíšenie pri detekcii druhov s nízkym výskytom v environmentálnych vzorkách
● Myšlienka „meta-“ integruje všetky biologické vlastnosti na funkčnej úrovni, na úrovni druhu a na úrovni génu, čo odráža dynamický pohľad, ktorý je bližšie k realite.
● BMK hromadí rozsiahle skúsenosti s rôznymi typmi vzoriek s viac ako 10 000 spracovanými vzorkami.
Špecifikácie služby
| Plošina | Sekvenovanie | Odporúčané údaje | Doba obratu |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 pracovných dní |
Bioinformatické analýzy
● Kontrola kvality nespracovaných údajov
● Zostava metagenómu
● Neredundantný súbor génov a anotácia
● Analýza druhovej diverzity
● Analýza diverzity genetických funkcií
● Medziskupinová analýza
● Asociačná analýza voči experimentálnym faktorom
Vzorové požiadavky a doručenie
Vzorové požiadavky:
PreDNA extrakty:
| Typ vzorky | Suma | Koncentrácia | Čistota |
| DNA extrakty | ＞ 100 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Pre environmentálne vzorky:
| Typ vzorky | Odporúčaný postup odberu vzoriek |
| Pôda | Množstvo vzorky: cca.5 g;Zvyšnú uschnutú hmotu je potrebné z povrchu odstrániť;Rozdrvte veľké kusy a prefiltrujte cez 2 mm filter;Alikvótne vzorky v sterilnej EP-skúmavke alebo cyrotrubici na rezerváciu. |
| Výkaly | Množstvo vzorky: cca.5 g;Odoberte a alikvótne vzorky do sterilnej EP-skúmavky alebo kryoskúmavky na rezerváciu. |
| Črevný obsah | Vzorky je potrebné spracovať za aseptických podmienok.Odobraté tkanivo premyte PBS;Odstreďte PBS a zozbierajte precipitant do EP skúmaviek. |
| Kal | Množstvo vzorky: cca.5 g;Odoberte a alikvotne rozdeľte vzorku kalu do sterilnej EP-skúmavky alebo kryoskúmavky na rezerváciu |
| Vodný útvar | V prípade vzorky s obmedzeným množstvom mikroorganizmov, ako je voda z vodovodu, voda zo studne atď., Odoberte aspoň 1 l vody a nechajte prejsť cez 0,22 μm filter, aby sa obohatili mikrobiálne látky na membráne.Membránu uchovávajte v sterilnej skúmavke. |
| Koža | Opatrne zoškrabte povrch pokožky sterilným vatovým tampónom alebo chirurgickou čepeľou a vložte ju do sterilnej skúmavky. |
Odporúčané doručenie vzorky
Vzorky zmrazte v tekutom dusíku na 3-4 hodiny a skladujte v tekutom dusíku alebo -80 stupňov pre dlhodobú rezerváciu.Vyžaduje sa odoslanie vzorky so suchým ľadom.
Tok servisných prác
Doručenie vzorky
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza dát
Popredajné služby
1.Histogram: Distribúcia druhov
2. Funkčné gény anotované KEGG metabolickým dráham
3. Tepelná mapa: Diferenciálne funkcie založené na relatívnej hojnosti génov
4. Obeh génov rezistencie na antibiotiká CARD
Prípad BMK
Prevalencia génov rezistencie na antibiotiká a bakteriálnych patogénov pozdĺž koreňového kontinua pôda-mangrovník
Publikovaný:Journal of Hazardous Materials, 2021
Stratégia sekvenovania:
Materiály: DNA extrakty štyroch fragmentov vzoriek spojených s koreňmi mangrovníkov: nezasadená pôda, rizosféra, episféra a endosféra.
Platforma: Illumina HiSeq 2500
Ciele: Metagenóm
Oblasť V3-V4 génu 16S rRNA
Kľúčové výsledky
Metagenomické sekvenovanie a profilovanie metabarkódovania na pôdo-korenovom kontinuu mangrovových stromčekov bolo spracované s cieľom študovať šírenie génov rezistencie na antibiotiká (ARG) z pôdy do rastlín.Metagenomické údaje odhalili, že 91,4 % génov rezistencie na antibiotiká bolo bežne identifikovaných vo všetkých štyroch pôdnych kompartmentoch uvedených vyššie, čo ukazuje kontinuálny spôsob.Sekvenovanie amplikónu 16S rRNA vygenerovalo 29 285 sekvencií, čo predstavuje 346 druhov.V kombinácii s profilovaním druhov sekvenovaním amplikónov sa zistilo, že toto šírenie je nezávislé od mikrobioty súvisiacej s koreňmi, mohlo by ho však uľahčiť mobilné genetické prvky.Táto štúdia identifikovala tok ARG a patogénov z pôdy do rastlín prostredníctvom vzájomne prepojeného kontinua pôda-koreň.
Odkaz
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L. .(2020).Prevalencia génov rezistencie na antibiotiká a bakteriálnych patogénov pozdĺž koreňového kontinua pôdy a mangrovníkov.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
