Metagenomické sekvenovanie – nanopór
Výhody služby
● Vysoko kvalitná montáž - Zvýšenie presnosti identifikácie druhov a predikcie funkčných génov
● Uzavretá izolácia bakteriálneho genómu
● Výkonnejšia a spoľahlivejšia aplikácia v rôznych oblastiach, napr. detekcia patogénnych mikroorganizmov alebo génov súvisiacich s rezistenciou na antibiotiká
● Porovnávacia metagenómová analýza
Špecifikácie služby
| Plošina | Sekvenovanie | Odporúčané údaje | Doba obratu |
| Nanopore | ONT | 6 G/10 G | 65 pracovných dní |
Bioinformatické analýzy
● Kontrola kvality nespracovaných údajov
● Zostava metagenómu
● Neredundantný súbor génov a anotácia
● Analýza druhovej diverzity
● Analýza diverzity genetických funkcií
● Medziskupinová analýza
● Asociačná analýza voči experimentálnym faktorom
Vzorové požiadavky a doručenie
Vzorové požiadavky a doručenie
Vzorové požiadavky:
PreDNA extrakty:
| Typ vzorky | Suma | Koncentrácia | Čistota |
| DNA extrakty | 1-1,5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Pre environmentálne vzorky:
| Typ vzorky | Odporúčaný postup odberu vzoriek |
| Pôda | Množstvo vzorky: cca.5 g;Zvyšnú uschnutú hmotu je potrebné z povrchu odstrániť;Rozdrvte veľké kusy a prefiltrujte cez 2 mm filter;Alikvótne vzorky v sterilnej EP-skúmavke alebo cyrotrubici na rezerváciu. |
| Výkaly | Množstvo vzorky: cca.5 g;Odoberte a alikvótne vzorky do sterilnej EP-skúmavky alebo kryoskúmavky na rezerváciu. |
| Črevný obsah | Vzorky je potrebné spracovať za aseptických podmienok.Odobraté tkanivo premyte PBS;Odstreďte PBS a zozbierajte precipitant do EP skúmaviek. |
| Kal | Množstvo vzorky: cca.5 g;Odoberte a alikvotne rozdeľte vzorku kalu do sterilnej EP-skúmavky alebo kryoskúmavky na rezerváciu |
| Vodný útvar | V prípade vzorky s obmedzeným množstvom mikroorganizmov, ako je voda z vodovodu, voda zo studne atď., Odoberte aspoň 1 l vody a nechajte prejsť cez 0,22 μm filter, aby sa obohatili mikrobiálne látky na membráne.Membránu uchovávajte v sterilnej skúmavke. |
| Koža | Opatrne zoškrabte povrch pokožky sterilným vatovým tampónom alebo chirurgickou čepeľou a vložte ju do sterilnej skúmavky. |
Odporúčané doručenie vzorky
Vzorky zmrazte v tekutom dusíku na 3-4 hodiny a skladujte v tekutom dusíku alebo -80 stupňov pre dlhodobú rezerváciu.Vyžaduje sa odoslanie vzorky so suchým ľadom.
Tok servisných prác
Doručenie vzorky
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza dát
Popredajné služby
1. Heatmap: Zhlukovanie druhovej bohatosti
2. Funkčné gény anotované KEGG metabolickým dráham
3. Druhová korelačná sieť
4. Obeh génov rezistencie na antibiotiká CARD
Prípad BMK
Nanopore metagenomics umožňuje rýchlu klinickú diagnostiku bakteriálnej infekcie dolných dýchacích ciest
Publikovaný:Prírodná biotechnológia, 2019
Technické výhody
Sekvenovanie: Nanopore MinION
Klinická metagenomická bioinformatika: Deplécia hostiteľskej DNA, analýza WIMP a ARMA
Rýchla detekcia: 6 hodín
Vysoká citlivosť: 96,6%
Kľúčové výsledky
V roku 2006 infekcia dolných dýchacích ciest (LR) spôsobila celosvetovú smrť 3 miliónom ľudí.Typickou metódou na detekciu patogénu LR1 je kultivácia, ktorá má slabú citlivosť, dlhý čas obratu a chýba jej usmernenie pri včasnej antibiotickej terapii.Rýchla a presná mikrobiálna diagnostika je už dlho naliehavou potrebou.Dr. Justin z University of East Anglia a jeho partneri úspešne vyvinuli metagenomickú metódu založenú na Nanopore na detekciu patogénov.Podľa ich pracovného postupu môže byť 99,99 % hostiteľskej DNA vyčerpaných.Detekcia patogénov a génov rezistentných na antibiotiká môže byť dokončená za 6 hodín.
Odkaz
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J..(2019).Nanopore metagenomics umožňuje rýchlu klinickú diagnostiku bakteriálnej infekcie dolných dýchacích ciest.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
