Tepelná mapa
Súbor maticových údajov sa používa na kreslenie tepelnej mapy, ktorá dokáže filtrovať, normalizovať a zoskupovať maticové údaje.Väčšinou sa používa na zhlukovú analýzu úrovne génovej expresie medzi rôznymi vzorkami.
Anotácia génov
Anotácia génovej funkcie sa vykonáva mapovaním sekvencií v súbore FASTA proti rôznym databázam.
Anotácia génov
Základný nástroj na vyhľadávanie miestnych zarovnaní
CDS_UTR_Prediction
Tento nástroj je navrhnutý tak, aby predpovedal kódujúce oblasti (CDS) a nekódujúce oblasti (UTR) v daných transkriptových sekvenciách na základe blastingu proti známej proteínovej databáze a predikcii ORF.
Sprisahanie Manhattanu
Graf Manhattan umožňuje zobrazenie údajov s veľkým počtom údajových bodov.Bežne sa používa v celogenómových asociačných štúdiách (GWAS).
Circos
Diagram CIRCOS umožňuje priamu prezentáciu distribúcií SNP, InDeL, SV, CNV na genóme.
GO_Enrichment
TopGO je nástroj určený na funkčné obohatenie.Balík TopGO-Bioconductor pozostáva z diferenciálnej expresnej analýzy, analýzy obohatenia GO a vizualizácie výsledkov.Vygeneruje priečinok s výstupom s názvom „Graph“, ktorý obsahuje výsledky pre topGO_BP, topGO_CC a topGO_MF.
WGCNA
WGCNA je široko používaná metóda dolovania údajov na objavovanie modulov koexpresie génov.Je použiteľný pre rôzne súbory údajov o expresii vrátane údajov z mikročipov a údajov o génovej expresii pochádzajúcich zo sekvenovania ďalšej generácie.
InterProScan
InterPro proteínová sekvenčná analýza a klasifikácia
GO_KEGG_Enrichment
Tento nástroj je navrhnutý tak, aby generoval histogram obohatenia GO, histogram obohatenia KEGG a dráhu obohatenia KEGG na základe poskytnutej sady génov a zodpovedajúcej anotácie.