Teplotná mapa
Nástroj Heatmap prijíma ako vstup súbor s maticovými údajmi a umožňuje používateľom filtrovať, normalizovať a klastrovať údaje. Primárnym prípadom použitia tepelných máp je klastrová analýza úrovne génovej expresie medzi rôznymi vzorkami.
Anotácia génov
Nástroj na anotáciu génov vykonáva anotáciu génov na základe zarovnania sekvencií vstupných súborov FASTA s rôznymi databázami.
Základný nástroj na lokálne vyhľadávanie zarovnaní (BLAST)
Nástroj BLAST je integrovaná verzia nástroja NCBI BLAST s BMKCloud a možno ho použiť na vykonávanie rovnakých funkcií s použitím údajov nahraných do účtu BMKCloud.
Predikcia CDS_UTR
Nástroj na predikciu CDS_UTR je navrhnutý na predikciu kódujúcich oblastí (CDS) a nekódujúcich oblastí (UTR) v daných transkriptových sekvenciách na základe výsledkov BLAST oproti známym proteínovým databázam a výsledkom predikcie ORF.
Manhattanský pozemok
Nástroj Manhattan Plot umožňuje zobrazenie experimentov s vysokým počtom vzoriek a bežne sa používa v štúdiách celogenómovej asociácie (GWAS).
Diagram Circusu
Nástroj CIRCOS Diagram poskytuje efektívnu vizualizáciu rozloženia genomických prvkov v genóme. Medzi bežné prvky patria kvantitatívne lokusy, SNP, InDels, štrukturálne varianty a varianty počtu kópií.
Obohatenie génovej ontológie (GO)
Nástroj GO Enrichment poskytuje analýzu funkčného obohatenia. Primárnym softvérom v tomto nástroji je balík TopGO-Bioconductor, ktorý zahŕňa analýzu diferenciálnej expresie, analýzu obohatenia GO a vizualizáciu výsledkov.
Analýza váženej génovej koexpresnej siete (WGCNA)
WGCNA je široko používaná metóda dolovania dát na objavovanie modulov génovej koexpresie. Je použiteľná pre rôzne súbory údajov o expresii vrátane údajov o génovej expresii z microarray a NGS.
InterProScan
Nástroj InterProScan poskytuje analýzu a klasifikáciu proteínových sekvencií InterPro.
Obohatenie GO KEGG
Nástroj GO KEGG Enrichment je navrhnutý tak, aby generoval histogram obohatenia GO, histogram obohatenia KEGG a dráhu obohatenia KEGG na základe poskytnutej sady génov a zodpovedajúcej anotácie.