Sekvenovanie metatranskriptómov
Funkcie služby
● Deplécia rRNA nasledovaná riadenou prípravou knižnice mRNA.
● Sekvenovanie na Illumina NovaSeq.
Výhody služby
●Preštudujte si zmeny komplexných mikrobiálnych spoločenstiev:Toto sa deje na transkripčnej úrovni a skúma potenciálne nové gény.
●Vysvetlenie interakcií mikrobiálnej komunity s hostiteľom alebo prostredím.
●Komplexná bioinformatická analýza: Poskytuje prehľad o taxonomických a funkčných kompozíciách komunity, ako aj o diferenciálnej analýze génovej expresie.
●Rozsiahla anotácia génov:Využívanie aktuálnych databáz génových funkcií pre informatívne informácie o génovej expresii mikrobiálnych spoločenstiev.
●Podpora po predaji:Náš záväzok presahuje rámec dokončenia projektu s 3-mesačným obdobím popredajného servisu. Počas tohto obdobia ponúkame sledovanie projektu, pomoc pri riešení problémov a stretnutia otázok a odpovedí na riešenie akýchkoľvek otázok súvisiacich s výsledkami.
Špecifikácie služby
| Sekvenčná platforma | Stratégia sekvenovania | Odporúčané údaje | Kontrola kvality údajov |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 12 Gb | Q30 ≥ 85 % |
Vzorové požiadavky
| Koncentrácia (ng/µL) | Celkové množstvo (µg) | Objem (µL) | OD260/280 | OD260/230 | RIN |
| ≥50 | ≥1,0 | ≥20 | 1,8-2,0 | 1,0-2,5 | ≥6,5 |
Tok servisných prác
Doručenie vzorky
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Popredajné služby
Zahŕňa nasledujúcu analýzu:
● Kontrola kvality sekvenčných údajov
● Zhromaždenie prepisu
● Taxonomická anotácia a abundancia
● Funkčná anotácia a hojnosť
● Kvantifikácia výrazov a diferenciálna analýza
Taxonomické rozdelenie každej vzorky:
Analýza diverzity beta: UPGMA
Funkčná anotácia – GO abundance
Abundancia diferenciálnej taxonómie – LEFSE
Preskúmajte pokroky, ktoré umožňujú služby sekvenovania meta transkriptomiky BMKGene prostredníctvom kurátorskej zbierky publikácií.
Lu, Z. a kol. (2023) „Tolerancia baktérií využívajúcich laktát radu Bacteroidales voči kyselinám prispieva k prevencii bachorovej acidózy u kôz prispôsobených na vysoko koncentrovanú stravu“,Výživa zvierat, 14, s. 130–140. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.
Song, Z. a kol. (2017) „Rozlúštenie základnej funkčnej mikroflóry v tradičnej fermentácii v tuhom stave pomocou vysokovýkonných amplikónov a metatranskriptomického sekvenovania“,Hranice v mikrobiológii8 (júl). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL.
Wang, W. a kol. (2022) „Nové mykovírusy objavené z metatranskriptomického prieskumu fytopatogénnej huby Alternaria“,Vírusy14(11), str. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.
Wei, J. a kol. (2022) „Paralelná metatranskriptómová analýza odhaľuje degradáciu sekundárnych metabolitov rastlín chrobákmi a ich črevnými symbiontmi“,Molekulárna Ekológia31(15), s. 3999–4016. doi: 10.1111/MEC.16557.
