lncrna

Dolge nekodirajoče RNA (lncRNA) so RNA, daljše od 200 nukleotidov, z nizkim kodirnim potencialom, vendar s kritičnimi regulatornimi funkcijami. Cevovod lncRNA BMKCloud je zasnovan za analizo knjižnic z osiromašeno rRNA z visokokakovostnim, dobro označenim referenčnim genomom, tako da skupaj analizira izražanje lncRNA in mRNA. Po obrezovanju odčitkov in kontroli kakovosti se odčitki poravnajo z referenčnim genomom, da se sestavijo transkripti, nadaljnja analiza genske strukture pa razkrije alternativno spajanje in nove gene. Transkripti so identificirani kot mRNA ali lncRNA, analiza diferencialne ekspresije pa identificira diferencialno izražene lncRNA, njihove tarče in diferencialno izražene gene (DEGS). Tako DEG kot diferencialno izražene tarče lncRNA so funkcionalno označene, da se najdejo obogatene funkcionalne kategorije.