Metagenomiese Volgordebepaling -NGS
'n Metagenoom is 'n versameling van die totale genetiese materiaal van 'n gemengde gemeenskap van organismes, soos omgewings- en menslike metagenome. Dit bevat genome van beide kweekbare en onkweekbare mikroörganismes. Haelgeweer-metagenomiese volgordebepaling met NGS maak die studie van hierdie ingewikkelde genomiese landskappe wat in omgewingsmonsters ingebed is, moontlik deur meer as net taksonomiese profilering te verskaf, wat ook gedetailleerde insigte in spesiediversiteit, oorvloeddinamika en komplekse populasiestrukture gee. Benewens taksonomiese studies, bied haelgeweer-metagenomika ook 'n funksionele genomiese perspektief, wat die verkenning van gekodeerde gene en hul vermeende rolle in ekologiese prosesse moontlik maak. Laastens dra die vestiging van korrelasienetwerke tussen genetiese elemente en omgewingsfaktore by tot 'n holistiese begrip van die ingewikkelde wisselwerking tussen mikrobiese gemeenskappe en hul ekologiese agtergrond. Ten slotte staan metagenomiese volgordebepaling as 'n sentrale instrument vir die ontrafeling van die genomiese ingewikkeldhede van diverse mikrobiese gemeenskappe, wat die veelvlakkige verhoudings tussen genetika en ekologie binne hierdie komplekse ekosisteme belig.
Platforms: Illumina NovaSeq en DNBSEQ-T7
Diensvoordele
●Isolasie- en kweekvrye metode vir mikrobiese gemeenskapsprofileringMaak die volgordebepaling van genetiese materiaal van onbewerkbare organismes moontlik.
●Hoë Resolusie: Bespeur spesies met 'n lae oorvloed in omgewingsmonsters.
●Omvattende Bioinformatika-analise:Fokus nie net op taksonomiese diversiteit nie, maar ook op die funksionele diversiteit van die gemeenskap.
●Uitgebreide ervaring:Met 'n rekord van die suksesvolle afhandeling van verskeie metagenomika-projekte in verskeie navorsingsdomeine en die verwerking van meer as 200 000 monsters, bring ons span 'n rykdom van ervaring na elke projek.
Diensspesifikasies
| Volgordebepalingsplatform | Volgordebepalingstrategie | Aanbevole data | Gehaltebeheer |
| Illumina NovaSeq of DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
Diensvereistes
| Konsentrasie (ng/µL) | Totale bedrag (ng) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Grond/slyk: 2-3g
● Derminhoud-dier: 0.5-2g
● Derminhoud-insekte: 0.1-0.25g
● Plantoppervlak (verrykte sediment): 0.5-1g
● Fermentasiebouillonverrykte sediment): 0.2-0.5g
● Ontlasting (groot diere): 0.5-2g
● Ontlasting (muis): 3-5 korrels
● Pulmonale alveolêre lavagevloeistof: filterpapier
● Vaginale depper: 5-6 deppers
● Vel-/genitale depper/speeksel/mond sagteweefsel/faringeale depper/rektale depper: 2-3 deppers
● Oppervlakmikroörganisme: 5-6 deppers
● Waterliggaam/lug/biofilm: filterpapier
● Endofiete: 2-3g
● Tandplak: 0.5-1g
Dienswerkvloei
Voorbeeld aflewering
Biblioteekkonstruksie
Volgordebepaling
Data-analise
Na-verkope dienste
Sluit die volgende ontleding in:
● Kwaliteitsbeheer van volgordedata
● Metagenoomsamestelling en geenvoorspelling
● Geenannotasie
● Taksonomiese alfa-diversiteitsanalise
● Funksionele analise van die gemeenskap: biologiese funksie, metabolies, antibiotikaweerstand
● Analise van beide funksionele en taksonomiese diversiteit:
Beta-diversiteitsanalise
Intergroepanalise
Korrelasie-analise: tussen omgewingsfaktore en OUT-samestelling en -diversiteit
Funksionele analise: CARD antibiotikaweerstand
Differensiële analise van KEGG metaboliese bane: hittekaart van belangrike bane
Alfa-diversiteit van taksonomiese verspreiding: ACE-indeks
Beta-diversiteit van taksonomiese verspreiding: PCoA
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se metagenoom-volgordebepalingsdienste met Illumina moontlik gemaak word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Hai, Q. et al. (2023) 'Metagenomiese en metabolomiese analise van veranderinge in die derminhoud van reënboogforel (Oncorhynchus mykiss) besmet met aansteeklike hematopoïetiese nekrosevirus by verskillende kweekwatertemperature',Grense in Mikrobiologie, 14, bl. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Mikrobiese gemeenskappe, weerstandsgene en weerstandsrisiko's in stedelike mere van verskillende trofiese toestande: Interne skakels en eksterne invloede',Tydskrif vir Gevaarlike Materiale Vooruitgang, 9, bl. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Metagenomiese Analise het Verskille in Samestelling en Funksie tussen Vloeistof-Geassosieerde en Vastestof-Geassosieerde Mikroörganismes van Skaappens aan die lig gebring',Grense in Mikrobiologie, 13, bl. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Obese Ningxiang-vark-afgeleide mikrobiota herbedraad karnitienmetabolisme om spiervetsuurafsetting in maer DLY-varke te bevorder',Die Innovasie, 4(5), bl. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Metagenomiese insigte in die potensiële risiko's van verteenwoordigende bio-/nie-afbreekbare plastiek en nie-plastiese puin in die boonste en onderste dele van die Haihe-riviermonding, China',Wetenskap van die Totale Omgewing, 887, bl. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
