Metagenomiese volgorde -NGS
'N Metagenoom is 'n versameling van die totale genetiese materiaal van 'n gemengde gemeenskap van organismes, soos omgewings- en menslike metagenome. Dit bevat genome van beide bewerkbare en onkultivatbare mikroörganismes. Metagenomiese opeenvolging van haelgeweer met NGS maak dit moontlik om hierdie ingewikkelde genomiese landskappe wat in omgewingsmonsters ingebed is, te bestudeer deur meer as taksonomiese profilering te bied, en ook korrelige insigte te gee in spesiesdiversiteit, oorvloeddinamika en komplekse bevolkingsstrukture. Behalwe taksonomiese studies, bied die metagenomika van haelgeweer ook 'n funksionele genomika -perspektief, wat die verkenning van gekodeerde gene en hul vermeende rolle in ekologiese prosesse moontlik maak. Laastens dra die vestiging van korrelasienetwerke tussen genetiese elemente en omgewingsfaktore by tot 'n holistiese begrip van die ingewikkelde wisselwerking tussen mikrobiese gemeenskappe en hul ekologiese agtergrond. Ten slotte, metagenomiese volgorde is 'n belangrike instrument om die genomiese verwikkeldhede van verskillende mikrobiese gemeenskappe te ontrafel, wat die veelvlakkige verwantskappe tussen genetika en ekologie binne hierdie komplekse ekosisteme belig.
Platforms: Illumina Novasq en DNBSEQ-T7
Diensvoordele
●Isolasie en verbouingsvrye metode vir mikrobiese gemeenskapsprofiel: Aktiveer opeenvolging van genetiese materiaal van onbewerkbare organismes.
●Hoë resolusie: Spesel 'n lae-oorvloed spesie in omgewingsmonsters.
●Uitgebreide bioinformatika -analise:Gefokus nie net op taksonomiese diversiteit nie, maar ook op die funksionele diversiteit van die gemeenskap.
●Uitgebreide ervaring:Met 'n goeie rekord van die suksesvolle sluiting van verskeie metagenomika -projekte in verskillende navorsingsdomeine en meer as 200,000 monsters verwerk, bring ons span 'n magdom ervaring aan elke projek.
Dienspesifikasies
| Volgorde platform | Volgorde -strategie | Data aanbeveel | Kwaliteitskontrole |
| Illumina Novasq of DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 GB | Q30≥85% |
Diensvereistes
| Konsentrasie (ng/µl) | Totale bedrag (NG) | Volume (µl) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Grond/slyk: 2-3g
● Intestinale inhoud-Animaal: 0,5-2G
● Intestinale inhoud-insek: 0.1-0.25g
● Plantoppervlak (verrykte sediment): 0,5-1g
● Fermentasie-sous verrykte sediment): 0.2-0.5g
● Fekelde (groot diere): 0,5-2g
● Fekelde (muis): 3-5graan
● Pulmonale alveolêre spoelvloeistof: filterpapier
● Vaginale depper: 5-6 deppers
● Vel/geslags depper/speeksel/orale sagte weefsel/faringeale depper/rektale depper: 2-3 deppers
● Oppervlakmikro-organisme: 5-6 deppers
● Waterliggaam/lug/biofilm: filterpapier
● Endofiete: 2-3g
● Tandheelkundige gedenkplaat: 0,5-1g
Dienswerkvloei
Monster aflewering
Biblioteekbou
Volgorde
Data -analise
Na-verkoop dienste
Sluit die volgende ontleding in:
● Opeenvolging van datakwaliteitskontrole
● Metagenoom -samestelling en geenvoorspelling
● Gene -aantekening
● Taksonomiese alfa -diversiteitsanalise
● Funksionele analise van die gemeenskap: biologiese funksie, metaboliese, antibiotiese weerstand
● Analise oor funksionele sowel as taksonomiese diversiteit:
Beta -diversiteitsanalise
Intergroepanalise
Korrelasie -analise: tussen omgewingsfaktore en outsamestelling en diversiteit
Funksionele analise: Kaart antibiotiese weerstandigheid
Differensiële analise van KEGG -metaboliese weë: hittekaart van beduidende weë
Alfa -diversiteit van taksonomiese verspreiding: ACE -indeks
Beta -diversiteit van taksonomiese verspreiding: PCOA
Ontdek die vooruitgang wat deur BMKGene se Metagenome -volgorde -dienste met Illumina vergemaklik word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Hai, Q. et al. (2023) 'Metagenomiese en metabolomiese analise van veranderinge in die derminhoud van reënboogforel (Oncorhynchus mykiss) besmet met aansteeklike hematopoietiese nekrose -virus by verskillende kultuurwatertemperature',Grense in mikrobiologie, 14, p. 1275649. DOI: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Mikrobiese gemeenskappe, weerstandsgene en weerstandsrisiko's in stedelike mere van verskillende trofiese toestande: interne skakels en eksterne invloede',Tydskrif vir gevaarlike materiaal vooruitgang, 9, p. 100233. Doi: 10.1016/j.hazadv.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Metagenomiese analise het die verskille in samestelling en funksie tussen vloeistof-geassosieerde en vaste-geassosieerde mikroörganismes van skape rumen aan die lig gebring',Grense in mikrobiologie, 13, p. 851567. Doi: 10.3389/fmicb.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Vetsugtige Ningxiang Pig-afgeleide mikrobiota herskryf karnitienmetabolisme om spiervetsuurneerslag in maer varke te bevorder',Die innovasie, 4 (5), p. 100486. Doi: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Metagenomiese insigte in die potensiële risiko's van verteenwoordigende bio/nie-afbreekbare plastiek en nie-plastiese puin in die boonste en onderste bereik van Haihe-riviermonding, China',Wetenskap van die totale omgewing, 887, p. 164026. Doi: 10.1016/j.scitotenv.2023.164026.
