Metagenomiese volgordebepaling -NGS
Diensvoordele
● Isolasie en verbouingsvry vir mikrobiese gemeenskapsprofilering
● Hoë resolusie in die opsporing van spesies met 'n lae oorvloed in omgewingsmonsters
● Die idee van "meta-" integreer alle biologiese kenmerke op funksionele vlak, spesievlak en geenvlak, wat 'n dinamiese siening weerspieël wat nader aan die werklikheid is.
● BMK versamel massiewe ervaring in diverse monstertipes met meer as 10 000 monsters wat verwerk is.
Diensspesifikasies
| Platform | Opeenvolging | Aanbevole data | Omkeertyd |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 Werksdae |
Bioinformatika-ontledings
● Rou data kwaliteit beheer
● Metagenoomsamestelling
● Nie-oortollige geenstel en annotasie
● Spesiediversiteitsontleding
● Genetiese funksie diversiteit analise
● Intergroepanalise
● Assosiasie-analise teen eksperimentele faktore
Voorbeeldvereistes en aflewering
Voorbeeldvereistes:
VirDNA-ekstrakte:
| Voorbeeld tipe | Bedrag | Konsentrasie | Reinheid |
| DNA-ekstrakte | ＞ 100 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Vir omgewingsmonsters:
| Voorbeeld tipe | Aanbevole monsternemingsprosedure |
| Grond | Monsterneming hoeveelheid: ongeveer.5 g;Oorblywende verdorde stof moet van oppervlak verwyder word;Maal groot stukke en gaan deur 2 mm filter;Aliquot monsters in steriele EP-buis of cyrotube vir bespreking. |
| Ontlasting | Monsterneming hoeveelheid: ongeveer.5 g;Versamel en verdeel monsters in steriele EP-buis of kriobuis vir bespreking. |
| Derminhoud | Monsters moet onder aseptiese toestand verwerk word.Was versamelde weefsel met PBS;Sentrifugeer die PBS en versamel die neerslagmiddel in EP-buise. |
| Slyk | Monsterneming hoeveelheid: ongeveer.5 g;Versamel en verdeel slykmonster in steriele EP-buis of kriobuis vir bespreking |
| Waterliggaam | Vir monster met beperkte hoeveelheid mikrobiese, soos kraanwater, putwater, ens., Versamel ten minste 1 L water en gaan deur 0.22 μm filter om mikrobiese op die membraan te verryk.Berg die membraan in steriele buis. |
| Vel | Skraap veloppervlak versigtig met steriele watte depper of chirurgiese lem en plaas dit in steriele buis. |
Aanbevole voorbeeldaflewering
Vries die monsters in vloeibare stikstof vir 3-4 uur en stoor in vloeibare stikstof of -80 grade tot langtermyn bespreking.Monsterversending met droë-ys word vereis.
Dienswerkvloei
Voorbeeld aflewering
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
1.Histogram: Spesieverspreiding
2.Funksionele gene wat aan KEGG metaboliese weë geannoteer is
3. Hittekaart: Differensiële funksies gebaseer op relatiewe geen oorvloed
4.Circos van CARD antibiotika weerstand gene
BMK saak
Voorkoms van antibiotika weerstandigheid gene en bakteriële patogene langs die grond-mangrove wortel kontinuum
Gepubliseer:Tydskrif vir Gevaarlike Materiale, 2021
Opeenvolgingstrategie:
Materiaal: DNA-ekstrakte van vier fragmente van mangrove-wortel-geassosieerde monsters: ongeplante grond, risosfeer, episfeer en endosfeer kompartemente
Platform: Illumina HiSeq 2500
Teikens: Metagenoom
16S rRNA geen V3-V4 streek
Sleutel resultate
Metagenomiese volgordebepaling en metabarcoding profilering op grond-wortel kontinuum van mangrove boompies is verwerk ten einde die verspreiding van antibiotika weerstand gene (ARGs) vanaf grond na plante te bestudeer.Metagenomiese data het aan die lig gebring dat 91.4% van antibiotika-weerstandsgene algemeen geïdentifiseer is in al vier grondkompartemente hierbo genoem, wat 'n deurlopende mode getoon het.16S rRNA amplikon volgordebepaling het 29 285 rye gegenereer, wat 346 spesies verteenwoordig.Gekombineer met spesie-profilering deur amplikon-volgordebepaling, is gevind dat hierdie verspreiding onafhanklik van wortel-geassosieerde mikrobiota is, maar dit kan gefasiliteer word deur mobiele genetiese elemente.Hierdie studie het die vloei van ARG's en patogene vanaf grond na die plante deur onderling verbind grond-wortel kontinuum geïdentifiseer.
Verwysing
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L. .(2020).Voorkoms van antibiotika weerstandigheid gene en bakteriële patogene langs die grond-mangrove wortel kontinuum.Tydskrif vir Gevaarlike Materiale, 408, 124985.
