Metagenomiese volgordebepaling-Nanopore
Diensvoordele
● Hoë-gehalte samestelling - Verbetering van akkuraatheid van spesie-identifikasie en funksionele geenvoorspelling
● Geslote bakteriële genoom isolasie
● Kragtiger en betroubaarder toepassing in diverse gebiede, bv. opsporing van patogeniese mikroörganismes of antibiotika-weerstandverwante gene
● Vergelykende metagenoomanalise
Diensspesifikasies
| Platform | Opeenvolging | Aanbevole data | Omkeertyd |
| Nanopore | ONT | 6 G/10 G | 65 Werksdae |
Bioinformatika-ontledings
● Rou data kwaliteit beheer
● Metagenoomsamestelling
● Nie-oortollige geenstel en annotasie
● Spesiediversiteitsontleding
● Genetiese funksie diversiteit analise
● Intergroepanalise
● Assosiasie-analise teen eksperimentele faktore
Voorbeeldvereistes en aflewering
Voorbeeldvereistes en aflewering
Voorbeeldvereistes:
VirDNA-ekstrakte:
| Voorbeeld tipe | Bedrag | Konsentrasie | Reinheid |
| DNA-ekstrakte | 1-1,5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Vir omgewingsmonsters:
| Voorbeeld tipe | Aanbevole monsternemingsprosedure |
| Grond | Monsterneming hoeveelheid: ongeveer.5 g;Oorblywende verdorde stof moet van oppervlak verwyder word;Maal groot stukke en gaan deur 2 mm filter;Aliquot monsters in steriele EP-buis of cyrotube vir bespreking. |
| Ontlasting | Monsterneming hoeveelheid: ongeveer.5 g;Versamel en verdeel monsters in steriele EP-buis of kriobuis vir bespreking. |
| Derminhoud | Monsters moet onder aseptiese toestand verwerk word.Was versamelde weefsel met PBS;Sentrifugeer die PBS en versamel die neerslagmiddel in EP-buise. |
| Slyk | Monsterneming hoeveelheid: ongeveer.5 g;Versamel en verdeel slykmonster in steriele EP-buis of kriobuis vir bespreking |
| Waterliggaam | Vir monster met beperkte hoeveelheid mikrobiese, soos kraanwater, putwater, ens., Versamel ten minste 1 L water en gaan deur 0.22 μm filter om mikrobiese op die membraan te verryk.Berg die membraan in steriele buis. |
| Vel | Skraap veloppervlak versigtig met steriele watte depper of chirurgiese lem en plaas dit in steriele buis. |
Aanbevole voorbeeldaflewering
Vries die monsters in vloeibare stikstof vir 3-4 uur en stoor in vloeibare stikstof of -80 grade tot langtermyn bespreking.Monsterversending met droë-ys word vereis.
Dienswerkvloei
Voorbeeld aflewering
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
1. Hittekaart: Spesierykdomgroepering
2.Funksionele gene wat aan KEGG metaboliese weë geannoteer is
3.Spesies korrelasie netwerk
4. Circos van CARD antibiotika weerstand gene
BMK saak
Nanopore metagenomics maak 'n vinnige kliniese diagnose van bakteriële laer respiratoriese infeksie moontlik
Gepubliseer:Natuurbiotegnologie, 2019
Tegniese Hoogtepunte
Volgorde: Nanopore MinION
Kliniese metagenomika bioinformatika: Gasheer DNA uitputting, WIMP en ARMA analise
Vinnige opsporing: 6 uur
Hoë sensitiwiteit: 96,6%
Sleutel resultate
In 2006 het laer respiratoriese infeksie (LR) wêreldwyd 3 miljoen menslike dood veroorsaak.Die tipiese metode vir LR1-patogeenopsporing is verbouing, wat swak sensitiwiteit, lang omkeertyd het en 'n gebrek aan leiding in vroeë antibiotikaterapie is.'n Vinnige en akkurate mikrobiese diagnose is lank reeds 'n dringende behoefte.Dr. Justin van die Universiteit van Oos-Anglia en sy vennote het 'n Nanopore-gebaseerde metagenomiese metode vir patogeenopsporing suksesvol ontwikkel.Volgens hul werkvloei kan 99,99% van gasheer-DNA uitgeput word.Opsporing in patogene en antibiotika-weerstandige gene kan binne 6 uur voltooi word.
Verwysing
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J..(2019).Nanopore metagenomics maak 'n vinnige kliniese diagnose van bakteriële laer respiratoriese infeksie moontlik.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
