Metagenomiese volgordebepaling-TGS
'n Metagenoom is 'n versameling van die genetiese materiaal van 'n gemengde gemeenskap van organismes, soos omgewings- en menslike metagenome. Dit bevat genome van beide kweekbare en onkweekbare mikroörganismes. Metagenomiese volgordebepaling maak die studie van hierdie ingewikkelde genomiese landskappe wat in ekologiese monsters ingebed is moontlik deur meer as taksonomiese profilering te verskaf. Dit bied ook 'n funksionele genomika-perspektief deur die gekodeerde gene en hul vermoedelike rolle in omgewingsprosesse te ondersoek. Terwyl tradisionele haelgeweerbenaderings met Illumina-volgordebepaling wyd gebruik is in metagenomiese studies, het die koms van Nanopore en PacBio langleesvolgordebepaling die veld verander. Nanopore- en PacBio-tegnologie verbeter stroomaf bioinformatiese ontledings, veral metagenoomsamestelling, wat meer deurlopende samestellings verseker. Verslae dui daarop dat Nanopore-gebaseerde en PacBio-gebaseerde metagenomika suksesvol volledige en geslote bakteriese genome uit komplekse mikrobiome gegenereer het (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Die integrasie van Nanopore-lees met Illumina-lees bied 'n strategiese benadering vir foutkorreksie, wat Nanopore se inherente lae akkuraatheid versag. Hierdie sinergistiese kombinasie maak gebruik van die sterkpunte van elke volgordebepalingsplatform, en bied 'n robuuste oplossing om potensiële beperkings te oorkom en die akkuraatheid en betroubaarheid van metagenomiese ontledings te bevorder.
Platform: Nanopore PromethION 48, Illumia en PacBio Revio
Dienskenmerke
● Langlees-volgordebepaling op Nanopore P48 (10Kb-biblioteek); PacBio Revio (8Kb biblioteek)
● Foutregstelling: volgordebepaling op Illumina NovaSeq (PE150-biblioteek)
Diensvoordele
●Hoë kwaliteit metagenoom samestelling:Met minder contigs wat hoër kontinuïteit het.
●Hoër akkuraatheid:Spesie-identifikasie en funksionele geenvoorspelling.
●Verbeterde samestelling: Fasilitering van bakteriële genoomisolasie en vergelykende metagenoomanalise.
●Omvattende bioinformatika-analise:Ons ontleding is nie net op taksonomiese diversiteit gefokus nie, maar ook op die gemeenskap se funksionele diversiteit.
●Uitgebreide ondervinding: Ons span bring 'n magdom ervaring na elke projek, met 'n rekord van die suksesvolle sluiting van verskeie metagenomika-projekte in verskeie navorsingsdomeine en die verwerking van meer as 200 000 monsters, ons span bring 'n magdom ervaring na elke projek.
Diensspesifikasies
| Volgorde-platform | Opeenvolgingstrategie | Data aanbeveel |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 6 Gb |
| Nanopore P48 | 10 kb | 6 / 10 Gb |
| PacBio Revio | 8 kb | 10 / 20 Gb |
Voorbeeldvereistes
| Konsentrasie (ng/µL) | Totale hoeveelheid (µg) | Volume (µL) | |
| Illumina PE150-biblioteek | ≥1 | ≥0,03 | ≥20 |
| Nanopore 10 kb biblioteek | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| PacBio 8 kb biblioteek | ≥50 | 10 µg/sel | ≥20 |
Dienswerkvloei
Voorbeeld aflewering
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
Sluit die volgende ontleding in:
● Opeenvolging van datakwaliteitbeheer
● Metagenoomsamestelling en geenvoorspelling
● Geneannotasie
● Taksonomiese alfa-diversiteitsanalise
● Funksionele Analise van die Gemeenskap: Biologiese Funksie, Metaboliese, Antibiotiese Weerstand
● Ontleding van beide funksionele en taksonomiese diversiteit:
Beta Diversiteit Analise
Intergroep Analise
Korrelasie-analise: tussen omgewingsfaktore en OUT samestelling en diversiteit
Nie-oortollige genestelverspreiding:
Geen-aantekening: KEGG-pad
Geenaantekening: eierNOG
Geen-aantekening: CAZY koolhidrate
Spesie korrelasie netwerk:
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se metagenomika-volgordediens met Nanopore + Illumina gefasiliteer word met hierdie uitgesproke publikasie:
Jin, H. et al. (2023) ''n Genoomkompendium van hoë gehalte van die menslike dermmikrobioom van Inner Mongolians', Nature Microbiology 2023 8:1, 8(1), pp. 150–161. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
