Metagenomiese Volgordebepaling-TGS
'n Metagenoom is 'n versameling van die genetiese materiaal van 'n gemengde gemeenskap van organismes, soos omgewings- en menslike metagenome. Dit bevat genome van beide kweekbare en onkweekbare mikroörganismes. Metagenomiese volgordebepaling maak die studie van hierdie ingewikkelde genomiese landskappe wat in ekologiese monsters ingebed is, moontlik deur meer as net taksonomiese profilering te bied. Dit bied ook 'n funksionele genomiese perspektief deur die geënkodeerde gene en hul vermeende rolle in omgewingsprosesse te verken. Terwyl tradisionele haelgeweerbenaderings met Illumina-volgordebepaling wyd gebruik is in metagenomiese studies, het die koms van Nanopore- en PacBio-langleesvolgordebepaling die veld verander. Nanopore- en PacBio-tegnologie verbeter stroomaf bioinformatiese ontledings, veral metagenoomsamestelling, wat meer deurlopende samestellings verseker. Verslae dui daarop dat Nanopore-gebaseerde en PacBio-gebaseerde metagenomika suksesvol volledige en geslote bakteriële genome uit komplekse mikrobiome gegenereer het (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Die integrasie van Nanopore-lesings met Illumina-lesings bied 'n strategiese benadering vir foutkorreksie, wat Nanopore se inherente lae akkuraatheid verminder. Hierdie sinergistiese kombinasie benut die sterk punte van elke volgordebepalingsplatform en bied 'n robuuste oplossing om potensiële beperkings te oorkom en die presisie en betroubaarheid van metagenomiese ontledings te bevorder.
Platform: Nanopore PromethION 48, Illumia en PacBio Revio
Dienskenmerke
● Langleesvolgordebepaling op Nanopore P48 (10Kb-biblioteek); PacBio Revio (8Kb-biblioteek)
● Foutkorreksie: volgordebepaling op Illumina NovaSeq (PE150-biblioteek)
Diensvoordele
●Hoë-gehalte Metagenoom-samestelling:Met minder kontigs wat hoër kontinuïteit het.
●Hoër akkuraatheid:Spesie-identifikasie en funksionele geenvoorspelling.
●Verbeterde SamestellingFasilitering van bakteriese genoomisolasie en vergelykende metagenoomanalise.
●Omvattende Bioinformatika-analise:Ons analise fokus nie net op taksonomiese diversiteit nie, maar ook op die gemeenskap se funksionele diversiteit.
●Uitgebreide ervaringOns span bring 'n rykdom van ervaring na elke projek, met 'n rekord van die suksesvolle afhandeling van verskeie metagenomika-projekte in verskeie navorsingsdomeine en die verwerking van meer as 200 000 monsters, bring ons span 'n rykdom van ervaring na elke projek.
Diensspesifikasies
| Volgordebepalingsplatform | Volgordebepalingstrategie | Aanbevole data |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 6 Gb |
| Nanoporie P48 | 10 kb | 6 / 10 Gb |
| PacBio Revio | 8 kb | 10 / 20 Gb |
Voorbeeldvereistes
| Konsentrasie (ng/µL) | Totale hoeveelheid (µg) | Volume (µL) | |
| Illumina PE150 Biblioteek | ≥1 | ≥0.03 | ≥20 |
| Nanopore 10 kb biblioteek | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| PacBio 8 kb biblioteek | ≥50 | 10 µg/sel | ≥20 |
Dienswerkvloei
Voorbeeld aflewering
Biblioteekkonstruksie
Volgordebepaling
Data-analise
Na-verkope dienste
Sluit die volgende ontleding in:
● Kwaliteitsbeheer van volgordedata
● Metagenoomsamestelling en geenvoorspelling
● Geenannotasie
● Taksonomiese Alfa Diversiteitsanalise
● Funksionele Analise van die Gemeenskap: Biologiese Funksie, Metabolisme, Antibiotiese Weerstand
● Analise van beide Funksionele en Taksonomiese Diversiteit:
Beta-diversiteitsanalise
Intergroepanalise
Korrelasie-analise: tussen omgewingsfaktore en OUT-samestelling en -diversiteit
Nie-oorbodige geenstelverspreiding:
Geenannotasie: KEGG-roete
Geen-annotasie: eggNOG
Geen-annotasie: KASY koolhidrate
Spesies korrelasienetwerk:
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se metagenomika-volgordebepalingsdiens met Nanopore + Illumina moontlik gemaak word met hierdie uitgeligte publikasie:
Jin, H. et al. (2023) ''n Hoëgehalte-genoomkompendium van die menslike dermmikrobioom van Binne-Mongole', Nature Microbiology 2023 8:1, 8(1), pp. 150–161. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
