Amplikon-volgordebepaling (16S/18S/ITS)

Amplikon (16S/18S/ITS) volgordebepaling met Illumina is 'n metode om mikrobiese diversiteit te analiseer deur mikrobiese profiele volgens hul volgordes te identifiseer en dan te probeer om gemeenskapsrykdom en diversiteit binne elke monster en tussen monsters te ontsyfer. Die BMKCloud Amplikon (NGS) pyplyn maak die analise van 16S, 18S, ITS en veelvuldige funksionele gene moontlik. Dit begin met leesafsnyding, gepaarde-einde leessamestelling en kwaliteitsassessering, gevolg deur groepering van soortgelyke lesings om Operasionele Taksonomiese Eenhede (OTU's) te genereer wat in ses verskillende analise-afdelings gebruik word. Taksonomiese annotasie verskaf inligting oor die relatiewe oorvloed en samestelling van elke monster, terwyl alfa- en beta-diversiteitsanalises fokus op mikrobiese diversiteit binne en tussen monsters, onderskeidelik. Differensiële analise tussen groepe vind OTU's wat verskil deur beide parametriese en nie-parametriese toetse te gebruik, terwyl korrelasie-analise hierdie verskille met omgewingsfaktore verbind. Laastens word funksionele geen-oorvloed voorspel op grond van merkergeen-oorvloed, wat insig gee in funksie en ekologie in elke monster.