Hi-C-gebaseerde genoomsamestelling
Diensvoordele
Oorsig van Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Wetenskap, 2009)
● Geen behoefte om genetiese populasie vir aaneenlopende ankering te konstrueer nie;
● Hoër merkerdigtheid wat lei tot hoër contigs-ankerverhouding by meer as 90%;
● Maak evaluering en regstellings op bestaande genoomsamestellings moontlik;
● Korter omkeertyd met hoër akkuraatheid in genoomsamestelling;
● Oorvloedige ervaring met meer as 1 000 Hi-C-biblioteke wat vir meer as 500 spesies gebou is;
● Meer as 100 suksesvolle gevalle met akkumulatiewe gepubliseerde impakfaktor van meer as 760;
● Hi-C-gebaseerde genoomsamestelling vir poliploïede genoom, 100% ankertempo is in vorige projek behaal;
● Interne patente en sagteware-kopieregte vir Hi-C-eksperimente en data-analise;
● Self-ontwikkelde gevisualiseerde data-instellingsagteware, maak dit moontlik om blokke met die hand te verskuif, om te keer, te herroep en oor te doen.
Diensspesifikasies
|
Biblioteek tipe
|
Platform | Lees Lengte | Beveel strategie aan |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Bioinformatika-ontledings
● Rou data kwaliteit beheer
● Hi-C biblioteek kwaliteit beheer
● Hi-C-gebaseerde genoomsamestelling
● Na-samestelling evaluering
Voorbeeldvereistes en aflewering
Voorbeeldvereistes:
| Dier | Swam | Plante
|
| Bevrore weefsel: 1-2g per biblioteek Selle: 1x 10^7 selle per biblioteek | Bevrore weefsel: 1g per biblioteek | Bevrore weefsel: 1-2g per biblioteek
|
| *Ons beveel sterk aan om ten minste 2 aliquots (1 g elk) vir die Hi-C eksperiment te stuur. | ||
Aanbevole voorbeeldaflewering
Houer: 2 ml sentrifugeerbuis (tinfoelie word nie aanbeveel nie)
Vir die meeste monsters beveel ons aan om nie in etanol te bewaar nie.
Voorbeeldetikettering: Monsters moet duidelik gemerk en identies wees aan ingediende voorbeeldinligtingsvorm.
Versending: Droë-ys: Monsters moet eers in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
Dienswerkvloei
Eksperiment ontwerp
Voorbeeld aflewering
DNA onttrekking
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
*Demo-resultate wat hier gewys word, is almal van genome wat met Biomarker Technologies gepubliseer is
1.Hi-C interaksie hitte kaart vanCamptotheca acuminatagenoom.Soos op die kaart getoon, is die intensiteit van interaksies negatief gekorreleer met die lineêre afstand, wat 'n hoogs-akkurate chromosoom-vlak samestelling aandui.(Ankerverhouding: 96,03%)
Kang M et al.,Natuur kommunikasie, 2021
2.Hi-C het die validering van inversies tussenGossypium hirsutumL. TM-1 A06 enG. arboreumChr06
Yang Z et al.,Nature Communications, 2019
3.Versameling en biallele differensiasie van die maniok genoom SC205.Hi-C hittekaart gewys duidelike verdeling in homoloë chromosome.
Hu W et al.,Molekulêre Plant, 2021
4.Hi-C hittekaart op twee Ficus spesies genoom samestelling:F.microcarpa(ankerverhouding: 99,3%) enF.hispida (ankerverhouding: 99,7%)
Zhang X et al.,Sel, 2020
BMK saak
Genome van die Banyan-boom en bestuiwer-wesp bied insig in vye-wesp-koevolusie
Gepubliseer: Sel, 2020
Opeenvolgingstrategie:
F. mikrokarpa genoom: ongeveer.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenoom: ongeveer.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenoom: ongeveer.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Sleutel resultate
1.Twee banianboomgenome en een bestuiwer-wesp-genoom is gekonstrueer met behulp van PacBio-volgordebepaling, Hi-C en koppelingskaart.
(1)F. mikrokarpagenoom: 'n Samestelling van 426 Mb (97.7% van geskatte genoomgrootte) is gevestig met aaneenlopende N50 van 908 Kb, BUSCO-telling van 95.6%.In totaal van 423 Mb-sekwensies is deur Hi-C aan 13 chromosome geanker.Genoomannotasie het 29 416 proteïenkoderende gene opgelewer.
(2)F. Hispidagenoom: 'n Samestelling van 360 Mb (97.3% van geskatte genoomgrootte) was opbrengs met aaneenlopende N50 van 492 Kb en BUSCO-telling van 97.4%.'n Totaal van 359 Mb-sekwensies is geanker op 14 chromosome deur Hi-C en hoogs identies aan hoë-digtheid koppelingskaart.
(3)Eupristina verticillatagenoom: 'n Samestelling van 387 Mb (Geskatte genoomgrootte: 382 Mb) is gevestig met aaneenlopende N50 van 3,1 Mb en BUSCO-telling van 97,7%.
2.Vergelykende genomika-analise het 'n groot aantal struktuurvariasies tussen twee aan die lig gebringFicusgenome, wat onskatbare genetiese hulpbron verskaf het vir aanpasbare evolusiestudies.Hierdie studie het vir die eerste keer insigte in Fig-wesp-koevolusie op genomiese vlak verskaf.
 Circosdiagram oor genomiese kenmerke van tweeFicusgenome, insluitend chromosome, segmentele duplisering (SD's), transposons (LTR, TE's, DNA TE's), geenuitdrukking en sintenie |  Identifikasie van die Y-chromosoom- en geslagsbepalingskandidaatgeen |
Zhang, X., et al."Genome van die Banyan-boom en bestuiwer-wesp bied insig in vye-wesp-koevolusie."Sel 183.4(2020).
