Hi-C-gebaseerde genoomsamestelling
Hi-C is 'n metode wat ontwerp is om chromosoomkonfigurasie vas te lê deur die kombinering van ondersoekende nabyheidsgebaseerde interaksies en hoë-deurset-volgordebepaling. Daar word geglo dat die intensiteit van hierdie interaksies negatief gekorreleer is met fisiese afstand op chromosome. Daarom word Hi-C-data gebruik om die groepering, ordening en oriëntasie van saamgestelde volgordes in 'n konsepgenoom te lei en dit op 'n sekere aantal chromosome te anker. Hierdie tegnologie bemagtig 'n chromosoomvlak-genoomsamestelling in die afwesigheid van 'n populasie-gebaseerde genetiese kaart. Elke enkele genoom benodig 'n Hi-C.
Dienskenmerke
● Volgordebepaling op Illumina NovaSeq met PE150.
● Diens vereis weefselmonsters, in plaas van geëkstraheerde nukleïensure, om met formaldehied te kruisbind en die DNS-proteïen-interaksies te bewaar.
● Die Hi-C-eksperiment behels restriksie en eindherstel van die klewerige punte met biotien, gevolg deur sirkularisering van die gevolglike stomp punte terwyl die interaksies behoue bly. Die DNS word dan met streptavidienkrale afgetrek en gesuiwer vir daaropvolgende biblioteekvoorbereiding.
Diensvoordele
Oorsig van Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Wetenskap, 2009)
●Eliminasie van die behoefte aan genetiese populasiedata:Hi-C vervang die noodsaaklike inligting wat benodig word vir contig-verankering.
●Hoë merkerdigtheid:wat lei tot 'n hoë contig-verankeringsverhouding van bo 90%.
●Uitgebreide kundigheid en publikasierekords:BMKGene het uitgebreide ervaring met meer as 2000 gevalle van Hi-C Genoomsamestelling van 1000 verskillende spesies en verskeie patente. Meer as 200 gepubliseerde gevalle het 'n kumulatiewe impakfaktor van meer as 2000.
●Hoogs bekwame bioinformatika-span:Met interne patente en sagteware-kopieregte vir Hi-C-eksperimente en data-analise, maak die selfontwikkelde visualiseringsdatasagteware dit moontlik om bloke handmatig te skuif, om te keer, te herroep en oor te doen.
●Na-verkope ondersteuning:Ons verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolg, hulp met probleemoplossing en vraag-en-antwoordsessies om enige navrae rakende die resultate te beantwoord.
●Omvattende AnnotasieOns gebruik verskeie databasisse om die gene met geïdentifiseerde variasies funksioneel te annoteer en die ooreenstemmende verrykingsanalise uit te voer, wat insigte oor verskeie navorsingsprojekte bied.
Diensspesifikasies
| Biblioteekvoorbereiding | Volgordebepalingstrategie | Aanbevole data-uitvoer | Gehaltebeheer |
| Hi-C-biblioteek | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Voorbeeldvereistes
| Weefsel | Vereiste bedrag |
| Dierlike ingewande | ≥ 2 g |
| Dierspier | |
| Soogdierbloed | ≥ 2 ml |
| Pluimvee/Visbloed | |
| Plant - Vars Blaar | ≥ 3 g |
| Gekweekte selle | ≥ 1x107 |
| Insek | ≥ 2 g |
Dienswerkvloei
Eksperimentontwerp
Voorbeeld aflewering
Biblioteekkonstruksie
Volgordebepaling
Data-analise
Na-verkope dienste
1) Rou data-kwaliteitskontrole
2) Hi-C biblioteek QC: beraming van geldige Hi-C interaksies
3) Hi-C-samestelling: groepering van contigs in groepe, gevolg deur contig-ordening binne elke groep en die toeken van contig-oriëntasie
4) Hi-C evaluering
Hi-C Biblioteek QC – beraming van Hi-C geldige interaksiepare
Hi-C Montering – statistieke
Na-samestelling evaluering – hittekaart van seinintensiteit tussen bins
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se Hi-C-monteringsdienste moontlik gemaak word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Tian, T. et al. (2023) 'Genoomsamestelling en genetiese disseksie van 'n prominente droogtebestande mieliekiemplasma', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) ''n Chromosoomskaal-samestelling van die Asiatiese heuningby Apis cerana-genoom', Frontiers in Genetics, 11, bl. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Onthulling van die evolusie van tropaanalkaloïedbiosintese deur twee genome in die Solanaceae-familie te analiseer', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Genome van die Banyanboom en Bestuiwerwesp bied insigte in Fig-Wesp Ko-evolusie', Cell, 183(4), pp. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
