-
T2T Genoomsamestelling | Ultra Lang Volgordebepaling
T2T (Telomeer-tot-Telomeer) Genoom is die goue standaard vir hoëgehalte genoomsamestelling, wat verwys na gapingsvrye of gapinglose, chromosoomskaalse genoomrekonstruksie wat van een telomeer na die ander strek, en die fragmentasielimiete van konvensionele genoomsamestelling oortree.
Aangedryf deur kern ONT ultra-lang leesvolgordebepaling en geïntegreer met multi-platform diep volgordebepaling en geoptimaliseerde bioinformatika pyplyne, teiken BMKGENE T2T Genoom-oplossing die mees hardnekkige genomiese "donker streke" - telomere (gespesialiseerde nukleoproteïenkomplekse aan eukariotiese chromosoom-eindpunte), hoër organisme-sentromere (massiewe tandem-herhalingsskikkings), en ander komplekse herhalende en heterosigotiese haplotipe-streke, wat lank reeds onoplosbaar is vir standaard lang leesvolgordebepaling. Anders as konvensionele lang lesings wat nie hierdie streke oorsteek nie en volgorde-ineenstorting of chimeriese contigs veroorsaak, kan ONT ultra-lang lesings onassembleerbare gapings en komplekse streke oorsteek. BMKGene is daartoe verbind om gapingsvrye of gapinglose, hoëgehalte T2T-genome vir diverse spesies te lewer.
Die konstruksie van 'n T2T-genoom ontsluit voorheen ontoeganklike komplekse genomiese streke, vul kritieke navorsingsgapings en verskaf soliede, hoogs akkurate fundamentele data vir diepgaande studies, insluitend spesie-evolusie, funksionele geenontginning, molekulêre teling, presisie-geneeskunde en ander baanbrekende wetenskaplike navorsing.
-
Proteomika
Proteomika fokus op proteïene—die uitvoerders van lewensaktiwiteite wat 'n belangrike rol speel in die regulering van organismes se transkripsie. Dit analiseer die samestelling, ekspressievlakke en modifikasietoestande van alle dinamies veranderende proteïene in weefsels of selle, en spreek die beduidende impak van proteoom-oorvloeddinamika op verskeie lewensprosesse aan. Wyd toegepas in medisyne, landbou en veeteelt. Kwalitatiewe Proteomika gebruik HPLC-MS/MS proteïenidentifikasietegnologie om monsters te identifiseer, insluitend gelstrokies, IP en CO-IP/Pull-down monsters. Kwantitatiewe Proteomika bereik akkurate kwantifisering en identifikasie van alle proteïene wat deur 'n genoom of in 'n komplekse gemengde stelsel uitgedruk word. Huidige kwantitatiewe proteomikategnologieë word hoofsaaklik gekategoriseer in gemerkte (TMT) en etiketvrye (Etiketvry, DIA, PRM) benaderings. BMKGENE bied multi-platform en multi-tegnologie proteomika-oplossings.
-
Metabolomika
Metabolomika, 'n afwaartse dissipline van genomika, teiken hoofsaaklik kleinmolekulêre stowwe met 'n molekulêre gewig van minder as 1500 Da. Dit stel metaboliete in staat om organismes se reaksies op eksterne stimuli en fisiologiese/patologiese veranderinge meer sensitief te weerspieël. Veranderinge in metabolietvlak wat deur genetiese variasies veroorsaak word, val ook binne die navorsingsbestek daarvan, wat 'n nuwe navorsingsperspektief bied.
BMKGENE bied 'n volledige reeks metabolomika-dienste, insluitend nie-geteikende metabolomika, wyd geteikende metabolomika en geteikende metabolomika. Deur vloeistofchromatografie-massaspektrometrie (LC-MS) of gaschromatografie-massaspektrometrie (GC-MS) te gebruik, kan die dinamiese veranderinge in die meeste kleinmolekule-metaboliete in organismes voor en na eksterne stimulasie opgespoor word. Die kern van hierdie dienste lê in die identifisering van metaboliete met beduidende verskille tussen eksperimentele en kontrolegroepe en die verdere ondersoek van hul korrelasie met fisiologiese/patologiese veranderinge en die onderliggende meganismes.
-
Eksosomale mRNA/LncRNA/CircRNA Volgordebepaling-Illumina
Eksosome is klein vesikels wat deur selle afgeskei word, tipies met 'n deursnee van 30 tot 100 nanometer. Hierdie vesikels bevat verskeie RNA. Daar word geglo dat eksosome belangrike rolle speel in intersellulêre kommunikasie, immuunresponse en siekte-ontwikkeling, en kan deur liggaamsvloeistowwe soos plasma, speeksel en urine na ander dele van die liggaam versprei word. Hulle dra spesifieke biomolekules om die funksies van ontvangerselle te reguleer, wat sellulêre fisiologiese toestande beïnvloed. Eksosome word ook beskou as sleutelrolle in siekte-ontwikkeling, insluitend kankers, neurodegeneratiewe siektes en inflammatoriese toestande. Navorsing oor eksosome bied nuwe insigte en metodes vir die diagnose, behandeling en voorkoming van siektes.
-
Eksosomale Klein RNA Volgordebepaling-Illumina
Eksosome is klein vesikels wat deur selle afgeskei word, tipies met 'n deursnee van 30 tot 100 nanometer. Hierdie vesikels bevat verskeie RNA. Onder die RNA-tipes in eksosome is die mees algemene en breedvoerig bestudeerde mikroRNA (miRNA). miRNA is 'n klas nie-koderende klein RNA's van ongeveer 18-25 nukleotiede lank. Hulle bemiddel post-transkripsionele geenstilmaak deur te bind aan die 3'-onvertaalde streek (3' UTR) van teiken-mRNA's, waardeur geenekspressie gereguleer word. Byvoorbeeld, eksosome wat deur sekere tumorselle afgeskei word, bevat spesifieke miRNA's, soos miR-126 en miR-92a. Hierdie miRNA's kan geenekspressie in ontvangerselle beïnvloed en tumorangiogenese bevorder (Tomohiro Umezu, et al., Oncogene, 2012).
-
BMKMANU S3000_Ruimtelike Transkriptoom
Ruimtelike transkriptomika is 'n tegniek wat ons toelaat om geen-ekspressie binne weefsels vas te lê en te visualiseer. Dit kan van kritieke belang wees om te verstaan hoe selle interaksie het.
Daar is verskillende platforms vir hierdie benadering. In hierdie verband het BMKGene die BMKManu 3000 Spatial transcriptome Chip ontwikkel, 'n platform wat die tegniekprestasie verbeter, subsellulêre resolusie bereik en 'n multivlak-resolusie-instelling moontlik maak.
Hierdie mikroskyfie omsluit 4.2 miljoen kolle met behulp van 'n gepatenteerde tegnologie van mikroputjies gelaag met krale gelaai met ruimtelik strepieskode-probes. Met hierdie metode verkry ons, na die vaslegging en amplifikasie, 'n cDNA-biblioteek verryk met die strepieskode-monsters wat Illumina-versoenbaar is.
Op die data verseker die kombinasie van ruimtelike strepieskode en UMI's die akkuraatheid en spesifisiteit van die gegenereerde data. Deur al die bogenoemde te kombineer, bied BMKManu 'n uiters veelsydige data-instelling.
-
DNBSEQ voorafgemaakte biblioteke
DNBSEQ, ontwikkel deur MGI, is 'n innoverende NGS-tegnologie wat daarin geslaag het om die volgordebepalingskoste verder te verlaag en deurset te verhoog. Die voorbereiding van DNBSEQ-biblioteke behels DNA-fragmentering, voorbereiding van ssDNA en rollende sirkelamplifikasie om die DNA-nanoballetjies (DNB) te verkry. Hierdie word dan op 'n soliede oppervlak gelaai en vervolgens georden deur kombinatoriese Probe-Anchor Sintese (cPAS). DNBSEQ-tegnologie kombineer die voordele van 'n lae amplifikasiefoutkoers met die gebruik van hoëdigtheidsfoutpatrone met nanoballetjies, wat lei tot volgordebepaling met hoër deurset en akkuraatheid.
Ons voorafgemaakte biblioteekvolgordebepalingsdiens stel kliënte in staat om Illumina-volgordebepalingsbiblioteke uit diverse bronne (mRNA, hele genoom, amplikon, 10x-biblioteke, onder andere) voor te berei, wat in ons laboratoriums na MGI-biblioteke omgeskakel word om in DNBSEQ-T7 georden te word, wat hoë datahoeveelhede teen laer koste moontlik maak.
-
Hi-C-gebaseerde chromatieninteraksie
Hi-C is 'n metode wat ontwerp is om genomiese konfigurasie vas te lê deur die kombinering van ondersoekende nabyheidsgebaseerde interaksies en hoë-deurset volgordebepaling. Die metode is gebaseer op chromatien-kruisbinding met formaldehied, gevolg deur vertering en herligasie op so 'n manier dat slegs fragmente wat kovalent gekoppel is, ligasieprodukte sal vorm. Deur hierdie ligasieprodukte te volgordebepaling, is dit moontlik om die 3D-organisasie van die genoom te bestudeer. Hi-C maak dit moontlik om die verspreiding van die gedeeltes van die genoom wat liggies gepak is (A-kompartemente, euchromatien) en meer geneig is om transkripsie aktief te wees, en die streke wat digter gepak is (B-kompartemente, Heterochromatien) te bestudeer. Hi-C kan ook gebruik word om Topologies Geassosieerde Domeine (TAD's) vas te stel, streke van die genoom wat gevoude strukture het en waarskynlik soortgelyke uitdrukkingspatrone het, en om chromatienlusse te identifiseer, DNA-streke wat deur proteïene aan mekaar veranker is en wat dikwels verryk is met regulatoriese elemente. BMKGene se Hi-C volgordebepalingsdiens bemagtig navorsers om die ruimtelike dimensies van genomika te verken, wat nuwe paaie oopmaak vir die begrip van genoomregulering en die implikasies daarvan in gesondheid en siekte.
-
PacBio 2+3 Volle Lengte mRNA Oplossing
Terwyl NGS-gebaseerde mRNA-volgordebepaling 'n veelsydige instrument is vir die kwantifisering van geenekspressie, beperk die afhanklikheid van kort lesings die doeltreffendheid daarvan in komplekse transkriptomiese ontledings. Aan die ander kant gebruik PacBio-volgordebepaling (Iso-Seq) langleestegnologie, wat die volgordebepaling van vollengte mRNA-transkripte moontlik maak. Hierdie benadering fasiliteer 'n omvattende verkenning van alternatiewe splitsing, geenfusies en poliadenilering, hoewel dit nie die primêre keuse vir geenekspressiekwantifisering is nie. Die 2+3-kombinasie oorbrug die gaping tussen Illumina en PacBio deur staat te maak op PacBio HiFi-lesings om die volledige stel transkripsie-isovorme te identifiseer en NGS-volgordebepaling om die identiese isovorme te kwantifiseer.
Platforms: PacBio Revio en Illumina NovaSeq
-
Genoomwye Assosiasie-analise
Die doel van Genoomwye Assosiasiestudies (GWAS) is om genetiese variante (genotipes) te identifiseer wat gekoppel is aan spesifieke eienskappe (fenotipes). Deur genetiese merkers oor die hele genoom in 'n groot aantal individue te ondersoek, ekstrapoleer GWAS genotipe-fenotipe-assosiasies deur middel van statistiese ontledings op populasievlak. Hierdie metodologie vind uitgebreide toepassings in die navorsing van menslike siektes en die verkenning van funksionele gene wat verband hou met komplekse eienskappe in diere of plante.
By BMKGENE bied ons twee moontlikhede vir die uitvoering van GWAS op groot populasies: die gebruik van Whole-Genoom Sequencing (WGS) of die keuse van 'n genoomvolgordebepalingsmetode met verminderde verteenwoordiging, die intern ontwikkelde Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). Terwyl WGS geskik is vir kleiner genome, tree SLAF op as 'n koste-effektiewe alternatief vir die bestudering van groter populasies met langer genome, wat volgordebepalingskoste effektief verminder, terwyl 'n hoë genetiese merker-ontdekkingsdoeltreffendheid gewaarborg word.
-
Enkelkern-RNA-volgordebepaling
Die ontwikkeling van enkelsel-vaslegging en pasgemaakte biblioteekkonstruksietegnieke, tesame met hoë-deurset-volgordebepaling, het geenekspressiestudies op selvlak gerevolusioneer. Hierdie deurbraak maak voorsiening vir dieper en meer omvattende analise van komplekse selpopulasies, wat die beperkings wat verband hou met die gemiddelde van geenekspressie oor alle selle, oorkom en die ware heterogeniteit binne hierdie populasies behou. Terwyl enkelsel-RNA-volgordebepaling (scRNA-seq) onmiskenbare voordele het, ondervind dit uitdagings in sekere weefsels waar die skep van 'n enkelsel-suspensie moeilik blyk te wees en vars monsters vereis. By BMKGene spreek ons hierdie hindernis aan deur enkelkern-RNA-volgordebepaling (snRNA-seq) aan te bied met behulp van die nuutste 10X Genomics Chromium-tegnologie. Hierdie benadering verbreed die spektrum van monsters wat vatbaar is vir transkriptoomanalise op enkelselvlak.
Die isolasie van kerne word bewerkstellig deur die innoverende 10X Genomics Chromium-skyfie, met 'n agtkanaal-mikrofluidika-stelsel met dubbelkruisings. Binne hierdie stelsel word gelkrale wat strepieskodes, primers, ensieme en 'n enkele kern insluit, in nanoliter-grootte oliedruppels ingekapsuleer, wat Gel Bead-in-Emulsion (GEM) vorm. Na GEM-vorming vind sellise en strepieskodevrystelling binne elke GEM plaas. Vervolgens ondergaan mRNA-molekules omgekeerde transkripsie in cDNA's, wat 10X-strepieskodes en Unieke Molekulêre Identifiseerders (UMI's) insluit. Hierdie cDNA's word dan onderwerp aan standaard volgordebepalingsbiblioteekkonstruksie, wat 'n robuuste en omvattende verkenning van geenekspressieprofiele op enkelselvlak vergemaklik.
Platform: 10× Genomics Chromium en Illumina NovaSeq Platform
-
Plant/Dier Volledige Genoomvolgordebepaling
Volledige Genoomvolgordebepaling (WGS) is 'n tegniek wat gebruik word om die volledige DNS-volgorde van 'n organisme se genoom op 'n enkele tydstip te bepaal.
Gewoonlik word die diens in twee verskillende groepe verdeel, afhangende van die bestaan van 'n verwysingsgenoom:
- De novohele genoomvolgordebepaling.In hierdie situasie het die genoom wat georden moet word nie 'n verwysingsgenoom beskikbaar nie, en daarom is die doel van hierdie volgordebepaling om dit te genereer (of om 'n bestaande een te verbeter). Hierdie tegniek moet beide Illumina-data en langleesvolgordebepaling gebruik om die genoomsamestelling te verbeter deur 'n oorvleueling tussen lesings te skep.
- Hervolgordebepaling.Dit verwys na die volledige genoomvolgordebepaling van verskillende individue van spesies met bekende verwysingsgenome. Op grond hiervan kan die genomiese verskille van individue of populasies verder geïdentifiseer word.
-
Volle lengte mRNA-volgordebepaling - Nanopore
Terwyl NGS-gebaseerde mRNA-volgordebepaling 'n veelsydige instrument is vir die kwantifisering van geenekspressie, beperk die afhanklikheid van kort lesings die doeltreffendheid daarvan in komplekse transkriptomiese ontledings. Aan die ander kant gebruik nanoporie-volgordebepaling langleestegnologie, wat die volgordebepaling van vollengte mRNA-transkripte moontlik maak. Hierdie benadering fasiliteer 'n omvattende verkenning van alternatiewe splitsing, geenfusies, poliadenilering en die kwantifisering van mRNA-isovorme.
Nanoporie-volgordebepaling, 'n metode wat staatmaak op nanoporie-enkelmolekule-intydse elektriese seine, lewer resultate intyds. Gelei deur motorproteïene, bind dubbelstrengs DNS aan nanoporieproteïene wat in 'n biofilm ingebed is, en ontvou soos dit deur die nanoporiekanaal onder 'n spanningsverskil beweeg. Die kenmerkende elektriese seine wat deur verskillende basisse op die DNS-string gegenereer word, word intyds opgespoor en geklassifiseer, wat akkurate en deurlopende nukleotiedvolgordebepaling vergemaklik. Hierdie innoverende benadering oorkom korttermynbeperkings en bied 'n dinamiese platform vir ingewikkelde genomiese analise, insluitend komplekse transkriptomiese studies, met onmiddellike resultate.
Platform: Nanopore PromethION 48
