Nie-verwysingsgebaseerde mRNA-volgordebepaling-NGS
Kenmerke
● Vaslegging van poli-mRNA voor biblioteekvoorbereiding
● Onafhanklik van enige verwysingsgenoom: gebaseer op de novo-samestelling van transkripsies, genereer 'n lys van unigene wat geannoteer is met verskeie databasisse (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Omvattende bioinformatiese analise van geenekspressie en transkripsiestruktuur
Diensvoordele
●Uitgebreide kundigheidMet 'n rekord van die verwerking van meer as 600 000 monsters by BMKGENE, wat uiteenlopende monstertipes soos selkulture, weefsels en liggaamsvloeistowwe dek, bring ons span 'n rykdom van ervaring na elke projek. Ons het meer as 100 000 mRNA-Seq-projekte in verskeie navorsingsdomeine suksesvol afgesluit.
●Streng gehaltebeheerOns implementeer kernkontrolepunte oor alle stadiums, van monster- en biblioteekvoorbereiding tot volgordebepaling en bioinformatika. Hierdie noukeurige monitering verseker die lewering van konsekwent hoëgehalte-resultate.
● Omvattende AnnotasieOns gebruik verskeie databasisse om die Differensieel Uitgedrukte Gene (DEG's) funksioneel te annoteer en die ooreenstemmende verrykingsanalise uit te voer, wat insigte bied oor die sellulêre en molekulêre prosesse onderliggend aan die transkriptoomrespons.
●Na-verkope ondersteuningOns verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolg, hulp met probleemoplossing en vraag-en-antwoordsessies om enige navrae rakende die resultate te beantwoord.
Voorbeeldvereistes en aflewering
| Biblioteek | Volgordebepalingstrategie | Aanbevole data | Gehaltebeheer |
| Poli A verryk | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Voorbeeldvereistes:
Nukleotiede:
| Kons. (ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Suiwerheid | Integriteit |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNS-kontaminasie op gel getoon nie. | Vir plante: RIN≥4.0; Vir diere: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; beperkte of geen basislynhoogte |
● Plante:
Wortel, Stingel of Blaar: 450 mg
Blaar of Saad: 300 mg
Vrugte: 1.2 g
● Dier:
Hart of ingewande: 300 mg
Ingewande of Brein: 240 mg
Spier: 450 mg
Bene, hare of vel: 1g
● Geleedpotiges:
Insekte: 6g
Skaaldiere: 300 mg
● Volbloed1 buis
● Selle: 106 selle
Aanbevole monsteraflewering
Houer: 2 ml sentrifugebuis (Foelie word nie aanbeveel nie)
Voorbeeldbenoeming: Groep+herhaal bv. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Versending:
1. Droë-ys: Monsters moet in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
2. RNAstable-buise: RNA-monsters kan in RNA-stabiliseringsbuise (bv. RNAstable®) gedroog word en by kamertemperatuur verskeep word.
Dienswerkvloei
Eksperimentontwerp
Voorbeeld aflewering
RNA-ekstraksie
Biblioteekkonstruksie
Volgordebepaling
Data-analise
Na-verkope dienste
Bioinformatika
Transkriptoomsamestelling en unike seleksie
Unigene-annotasie
Monsterkorrelasie en assessering van biologiese replikate
Differensieel Uitgedrukte Gene (DEG's)
Funksionele Annotasie van DEG's
Funksionele Verryking van DEG's
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se eukariotiese NGS mRNA-volgordebepalingsdienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Shen, F. et al. (2020) 'De novo transkriptoomsamestelling en geslagsbevooroordeelde geenekspressie in die gonades van Amur-baber (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), pp. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Transkriptoomanalise van sukrosemetabolisme tydens bolswelling en -ontwikkeling in ui (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7(September), bl. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'De novo samestelling, karakterisering en annotasie vir die transkriptoom van Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'De novo transkriptoomanalise bied insigte in die souttoleransie van Podocarpus macrophyllus onder soutstres', BMC Plant Biology, 21(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
