Produkte

Nie-verwysingsgebaseerde mRNA-volgordebepaling-Illumina

mRNA-volgordebepaling neem die volgende generasie volgordebepalingstegniek (NGS) aan om die boodskapper-RNA(mRNA) van Eukariote vas te vang op spesifieke tydperk wat sommige spesiale funksies aktiveer.Die langste transkripsie wat gesplits is, is 'Unigene' genoem en gebruik as die verwysingsvolgorde vir daaropvolgende analise, wat 'n effektiewe manier is om die molekulêre meganisme en regulatoriese netwerk van die spesie sonder verwysing te bestudeer.

Na transkripsiedatasamestelling en unigeen funksionele annotasie

(1)SSR-analise, CDS-voorspelling en geenstruktuur sal vooraf gevorm word.

(2) Kwantifisering van unigene uitdrukking in elke monster sal uitgevoer word.

(3) Differensieel uitgedrukte unigenes tussen monsters (of groepe) sal ontdek word gebaseer op unigeen uitdrukking

(4) Groepering, funksionele annotasie en verrykingsanalise van differensieel uitgedrukte unigenene sal uitgevoer word

Kontak Ons

Diensbesonderhede

Bioinformatika

Demo resultate

Gevallestudie

Kenmerke

● Onafhanklik van enige verwysingsgenoom,

● Die data kan gebruik word om die struktuur en uitdrukking van transkripsies te ontleed

● Identifiseer veranderlike knipplekke

Diensvoordele

● BMKCloud-gebaseerde resultaatlewering: Resultate word gelewer as datalêer en interaktiewe verslag via BMKCloud-platform, wat gebruikersvriendelike lees van komplekse analise-uitsette en pasgemaakte data-ontginning moontlik maak op grond van standaard bioinformatika-analise.

● Na-verkope dienste: Na-verkope dienste geldig vir 3 maande na projek voltooiing, insluitend projekte opvolg, foutsporing, resultate V&A, ens.

Voorbeeldvereistes en aflewering

Voorbeeldvereistes:

Nukleotiede:

Kons.(ng/μl)

Hoeveelheid (μg)

Reinheid

Integriteit

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Beperkte of geen proteïen- of DNA-kontaminasie word op gel gewys.

Vir plante: RIN≥6.5;

Vir diere: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

beperkte of geen basislyn hoogte nie

Weefsel: Gewig (droog): ≥1 g
*Vir weefsel kleiner as 5 mg, beveel ons aan om flitsbevrore (in vloeibare stikstof) weefselmonster te stuur.

Selsuspensie: Seltelling = 3×10⁷
*Ons beveel aan om bevrore sellisaat te stuur.As daardie sel kleiner as 5×10 tel⁵, blitsbevrore in vloeibare stikstof word aanbeveel.

Bloedmonsters:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol en 2mL bloed (TRIzol:Bloed=3:1)

Aanbevole voorbeeldaflewering

Houer:
2 ml sentrifugeerbuis (tinfoelie word nie aanbeveel nie)
Monsteretikettering: Groep+repliseer bv. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...

Versending:
1. Droë-ys: Monsters moet in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
2. RNA-stabiele buise: RNA-monsters kan in RNA-stabiliseringsbuis gedroog word (bv. RNAstable®) en in kamertemperatuur verskeep word.

Dienswerkvloei

Eksperiment ontwerp

Voorbeeld aflewering

RNA-ekstraksie

Biblioteek konstruksie

Opeenvolging

Data-analise

Na-verkope dienste

Vorige: Lang nie-koderende volgorde-Illumina

Volgende: Eukariotiese mRNA-volgordebepaling-Illumina

Bioinformatika

1.mRNA(denovo) Beginsel van samestelling

Deur Trinity word leesstukke in kleiner stukke gefragmenteer, bekend as K-mer.Hierdie K-mere word dan as sade gebruik om uitgebrei te word in contigs en dan komponent gebaseer op contig oorvleuelings.Ten slotte is De Bruijn hier aangewend om transkripsies in die komponente te herken.

mRNA-(De-novo)-Oorsig-van-Triniteit

mRNA (De novo) Oorsig van Drie-eenheid

2.mRNA (De novo) Verspreiding van geenuitdrukkingsvlak

RNA-Seq is in staat om 'n hoogs sensitiewe skatting van geenuitdrukking te bereik.Normaalweg wissel die waarneembare reeks transkripsies uitdrukking FPKM van 10^-2 tot 10^6

mRNA-(De-novo)-Verspreiding-van-FPKM-digtheid-in-elke-monster

mRNA (De novo) Verspreiding van FPKM-digtheid in elke monster

3.mRNA (De novo) GO Verrykingsanalise van DEG's

GO (Gene Ontology) databasis is 'n gestruktureerde biologiese annotasie stelsel wat 'n standaard woordeskat van geen en geen produkte funksies bevat.Dit bevat veelvuldige vlakke, waar hoe laer die vlak is, hoe meer spesifiek is die funksies.

mRNA-(De-novo)-GO-klassifikasie-van-DEG's-op-tweede-vlak

mRNA (De novo) GO klassifikasie van DEG's op tweede vlak

BMK saak

Transkriptoomanalise van sukrosemetabolisme tydens bolswelling en ontwikkeling in ui (Allium cepa L.)

Gepubliseer: grense in plantwetenskap, 2016

Opeenvolgingstrategie

Illumina HiSeq2500

Monsterversameling

Die Utah Yellow Sweet Spain kultivar "Y1351" is in hierdie studie gebruik.Die aantal monsters wat ingesamel is was
15de dag na swelling (DAS) van gloeilamp (2-cm deursnee en 3–4 g gewig), 30ste DAS (5-cm deursnee en 100–110 g gewig), en ~3 op die 40ste DAS (7-cm deursnee en 260-300 gram).

Sleutel resultate

1. in die Venn-diagram is 'n totaal van 146 DEG oor al drie pare ontwikkelingstadia opgespoor
2. "Koolhidraatvervoer en -metabolisme" is verteenwoordig deur slegs 585 unigenene (dws 7% van die geannoteerde COG).
3. Unigenes wat suksesvol aan die GO-databasis geannoteer is, is in drie hoofkategorieë geklassifiseer vir die drie verskillende stadiums van gloeilampontwikkeling.Die meeste verteenwoordig in die hoofkategorie "biologiese proses" was "metaboliese proses", gevolg deur "sellulêre proses".In die hoofkategorie van "molekulêre funksie" was die twee kategorieë wat die meeste verteenwoordig is "bindend" en "katalitiese aktiwiteit".

PB-vollengte-RNA-volgordebepaling-gevallestudie

Histogram van groeperings van ortoloë groepe (COG) klassifikasie

Histogram van geenontologie (GO) klassifikasie vir unigenene afgelei van bolle in drie ontwikkelingstadia

Venn-diagram wat gene wys wat differensieel uitgedruk word in enige twee stadiums van uiebolontwikkeling

Verwysing

Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Transkriptoomanalise van sukrosemetabolisme tydens bolswelling en ontwikkeling in ui (Allium cepa L.)[J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425