-
Hi-C-gebaseerde chromatieninteraksie
Hi-C is 'n metode wat ontwerp is om genomiese konfigurasie vas te lê deur die kombinering van ondersoekende nabyheidsgebaseerde interaksies en hoë-deurset volgordebepaling. Die metode is gebaseer op chromatien-kruisbinding met formaldehied, gevolg deur vertering en herligasie op so 'n manier dat slegs fragmente wat kovalent gekoppel is, ligasieprodukte sal vorm. Deur hierdie ligasieprodukte te volgordebepaling, is dit moontlik om die 3D-organisasie van die genoom te bestudeer. Hi-C maak dit moontlik om die verspreiding van die gedeeltes van die genoom wat liggies gepak is (A-kompartemente, euchromatien) en meer geneig is om transkripsie aktief te wees, en die streke wat digter gepak is (B-kompartemente, Heterochromatien) te bestudeer. Hi-C kan ook gebruik word om Topologies Geassosieerde Domeine (TAD's) vas te stel, streke van die genoom wat gevoude strukture het en waarskynlik soortgelyke uitdrukkingspatrone het, en om chromatienlusse te identifiseer, DNA-streke wat deur proteïene aan mekaar veranker is en wat dikwels verryk is met regulatoriese elemente. BMKGene se Hi-C volgordebepalingsdiens bemagtig navorsers om die ruimtelike dimensies van genomika te verken, wat nuwe paaie oopmaak vir die begrip van genoomregulering en die implikasies daarvan in gesondheid en siekte.
-
Chromatien Immunopresipitasie Volgordebepaling (ChIP-seq)
Chromatien-immunopresipitasie (CHIP) is 'n tegniek wat teenliggaampies gebruik om DNA-bindende proteïene en hul ooreenstemmende genomiese teikens selektief te verryk. Die integrasie daarvan met NGS maak die genoomwye profilering van DNA-teikens wat met histoonmodifikasie, transkripsiefaktore en ander DNA-bindende proteïene geassosieer word, moontlik. Hierdie dinamiese benadering maak vergelykings van bindingsplekke oor diverse seltipes, weefsels of toestande moontlik. ChIP-Seq se toepassings strek van die bestudering van transkripsieregulering en ontwikkelingspaaie tot die opheldering van siektemeganismes, wat dit 'n onontbeerlike instrument maak vir die begrip van genomiese reguleringslandskappe en die bevordering van terapeutiese insigte.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Volledige genoombisulfietvolgordebepaling (WGBS)
Hierdie tegniek, gebaseer op die bisulfietbehandeling van DNS om die omskakeling van ongemetileerde sitosiene na urasiel (C na U) te veroorsaak, terwyl gemetileerde sitosiene onveranderd gelaat word, staan as die goue standaardmetodologie vir diepgaande ondersoek van DNS-metilering, spesifiek die vyfde posisie in sitosien (5-mC), 'n sentrale reguleerder van geen-ekspressie en sellulêre aktiwiteit.
Hierdie tegniek bied enkelbasis-resolusie, wat navorsers in staat stel om die metiloom omvattend te ondersoek en abnormale metileringspatrone binne die monsters te ontdek. Deur WGBS te gebruik, kan wetenskaplikes ongeëwenaarde insigte in genoomwye metileringslandskappe verkry, wat 'n genuanseerde begrip bied van die epigenetiese meganismes wat onderliggend is aan diverse biologiese prosesse en siektes.
-
Toets vir Transposase-Toeganklike Chromatien met Hoë Deurset Volgordebepaling (ATAC-volgordebepaling)
ATAC-seq is 'n hoë-deurset volgordebepalingstegniek wat gebruik word vir genoomwye chromatien toeganklikheidsanalise. Die gebruik daarvan bied 'n dieper begrip van die komplekse meganismes van globale epigenetiese beheer oor geen-ekspressie. Die metode gebruik 'n hiperaktiewe Tn5 transposase om oop chromatienstreke gelyktydig te fragmenteer en te merk deur volgordebepalingsadapters in te voeg. Daaropvolgende PCR-amplifikasie lei tot die skepping van 'n volgordebepalingsbiblioteek, wat die omvattende identifisering van oop chromatienstreke onder spesifieke ruimte-tyd toestande moontlik maak. ATAC-seq bied 'n holistiese siening van toeganklike chromatienlandskappe, anders as metodes wat uitsluitlik fokus op transkripsiefaktorbindingsplekke of spesifieke histon-gemodifiseerde streke. Deur hierdie oop chromatienstreke te volgordebepaling, onthul ATAC-seq streke wat meer geneig is tot aktiewe regulatoriese volgordes en potensiële transkripsiefaktorbindingsplekke, wat waardevolle insigte bied in die dinamiese modulasie van geen-ekspressie oor die genoom.
-
Verminderde Verteenwoordiging Bisulfiet Volgordebepaling (RRBS)
Verminderde verteenwoordiging van bisulfietvolgordebepaling (RRBS) berus op die verryking van CpG-eilandryke streke deur MspI-splitsing, gevolg deur grootteseleksie van 200-500/600 bps-fragmente. Gevolglik word slegs streke proksimaal aan CpG-eilande georden, terwyl dié met verafgeleë CpG-eilande van die analise uitgesluit word. Hierdie proses, gekombineer met bisulfietvolgordebepaling, maak voorsiening vir hoëresolusie-opsporing van DNS-metilering, en die volgordebepalingsbenadering, PE150, fokus spesifiek op die punte van die inserts eerder as die middel, wat die doeltreffendheid van metileringsprofilering verhoog.
Hierdie tegniek het na vore gekom as 'n koste-effektiewe en doeltreffende alternatief vir Volledige Genoombisulfietvolgordebepaling (WGBS) in DNS-metileringsnavorsing. Terwyl WGBS omvattende insigte bied deur die hele genoom teen enkelbasisresolusie te ondersoek, kan die hoë koste daarvan 'n beperkende faktor wees, wat RRBS strategies verminder deur 'n verteenwoordigende gedeelte van die genoom selektief te analiseer. Hierdie metodologie is 'n onskatbare hulpmiddel wat koste-effektiewe DNS-metileringsnavorsing moontlik maak en kennis van epigenetiese meganismes bevorder.
