Metagenomika (NGS)

Haelgeweer-metagenomika met Illumina is 'n gewilde hulpmiddel vir die bestudering van mikrobiome deur DNS direk opeenvolging van komplekse monsters, wat die studie van beide taksonomiese en funksionele diversiteit moontlik maak. Die BMKCloud metagenomiese (NGS) pyplyn begin met gehaltebeheer en metagenoomsamestelling, waaruit gene voorspel en saamgevoeg word in nie-oortollige datastelle wat vir funksie en taksonomie geannoteer word deur gebruik te maak van veelvuldige databasisse. Hierdie inligting word gebruik om binne-steekproef taksonomiese diversiteit (alfa diversiteit) en tussen-steekproef diversiteit (beta diversiteit) te ontleed. Differensiële analise tussen groepe vind OTU's en biologiese funksies wat verskil tussen die twee groepe deur beide parametriese en nie-parametriese toetse te gebruik, terwyl korrelasie-analise hierdie verskille in verband bring met omgewingsfaktore.