Eukariotiese mRNA-analise (Verwysingsgebaseerde en de novo-opsies beskikbaar)
Hierdie pyplyn gebruik NGS RNA-Seq-data as invoer en lewer resultate van verskeie stroomaf-ontledings, insluitend maar nie beperk tot: assessering van die kwaliteit van volgordebepalingsdata,van nuuts aftranskripsieplek-annotasie, veranderlike splitsingsanalise, differensiële uitdrukkingsanalise, funksie-annotasie en verrykingsanalise.
Lang nie-koderende RNA-analise
Lang nie-koderende RNS'e (lncRNA) is nie-koderende transkripsies met lengtes langer as 200 nt en bekend daarvoor dat hulle rolle speel in chromatienorganisasie en -regulering. Hoë-deurset-volgordebepalingstegnologieë en bioinformatika het ons begrip van lncRNA-volgordes en posisioneringsinligting bemagtig om lncRNA's met belangrike regulatoriese funksies te identifiseer. Hierdie pyplyn bied lncRNA-analise benewens ontledings wat in die Eukariotiese mRNA-analisepyplyn genoem word.
16S/18S/ITS amplikon-volgordebepaling
Die Amplicon Sequencing mikrobiese diversiteitsanalisepipelyn is ontwikkel op grond van jare se ondervinding in mikrobiese diversiteitsprojekanalise. Die pyplyn bevat gestandaardiseerde basiese analise, wat die hoofstroomanalise-inhoud van huidige mikrobiese navorsing en gepersonaliseerde analise dek. Die analiseverslag is ryk en omvattend, met die opsie om diverse persoonlike analise uit te voer. Daarbenewens kan monsters en groepe onmiddellik gewysig word vir addisionele aanpassing en beheer.
Haelgeweer Metagenomika Analise
Die Hagelgeweer-Metagenomiese Analise-pyplyn gebruik NGS-data van gemengde genomiese materiale wat uit omgewingsmonsters onttrek is. Ingesluite ontledings verskaf gedetailleerde inligting oor spesiediversiteit en -oorvloed, populasiestruktuur, filogenetiese verwantskap, funksionele gene en korrelasienetwerke met omgewingsfaktore.
NGS-WGS Variant Analise
Die NGS-WGS Variant Analise is 'n geïntegreerde variantopsporingspyplyn wat datakwaliteitsbeheer, volgordebelyning, annotasie en geenmutasie-analise uitvoer. Die pyplyn volg GATK se beste praktyke vir SNP- en InDel-opsporing en gebruik Manta vir strukturele variantoproeping.
Genoomwye Assosiasiestudie (GWAS)
Die GWAS-pyplyn is 'n afwaartse analise wat voorheen gegenereerde VCF-lêers en ooreenstemmende fenotipe-data vir 'n kohort individue as invoer gebruik. Deur spesifieke statistiese metodologieë te gebruik, poog GWAS om genoomwye nukleotiedvariasies wat gekorreleer is met fenotipiese verskille, te ontdek. Dit speel 'n deurslaggewende rol in die verkenning van funksionele gene wat verband hou met komplekse menslike siektes en ingewikkelde eienskappe in plante en diere.
Grootmaat Segregasie Analise (BSA)
BSA-analise behels die samevoeging van individue met uiterste fenotipiese eienskappe uit 'n segregerende populasie. Deur differensiële loki tussen die saamgevoegde monsters te vergelyk, identifiseer hierdie benadering vinnig nou gekoppelde molekulêre merkers wat met teikengene geassosieer word. Dit word wyd gebruik in die genetiese kartering van plante en diere en is 'n waardevolle instrument vir merker-ondersteunde teling.
Evolusionêre Genetiese Analise
Die Evolusionêre Genetiese Analise-werkvloei maak gebruik van BMKGENE se uitgebreide ervaring in genetiese evolusieprojekte en sluit in filogenetiese boomkonstruksie, skakel-ewewigsanalise, genetiese diversiteitsassessering, selektiewe sweep-identifikasie, verwantskapsanalise, hoofkomponentanalise en populasiestruktuurkarakterisering.
