Hittekaart
Die Heatmap-instrument aanvaar 'n matriksdatalêer as invoer en laat gebruikers toe om data te filter, normaliseer en groepeer. Die primêre gebruiksgeval vir hittekaarte is groepontleding van geenuitdrukkingsvlak tussen verskillende monsters.
Gene Annotasie
Die Gene Annotation-instrument voer geen-annotasie uit gebaseer op volgordebelyning van insette FASTA-lêers teen verskeie databasisse.
Basiese Plaaslike Belyning Soek Gereedskap (BLAST)
Die BLAST-instrument is 'n BMKCloud-geïntegreerde weergawe van NCBI BLAST en kan gebruik word om dieselfde funksies uit te voer met behulp van data wat na die BMKCloud-rekening opgelaai is.
CDS_UTR Voorspelling
Die CDS_UTR-voorspellingsinstrument is ontwerp om koderende streke (CDS) en nie-koderende streke (UTR) in gegewe transkripsievolgordes te voorspel, gebaseer op BLAST-resultate teen bekende proteïendatabasisse en ORF-voorspellingsuitkomste.
Manhattan plot
Die Manhattan Plot-instrument maak die vertoon van hoë monster-eksperimente moontlik en word algemeen in genoomwye assosiasiestudies (GWAS) gebruik.
Circos Diagram
Die CIRCOS Diagram-instrument bied doeltreffende visualisering van hoe genomiese kenmerke oor die genoom versprei word. Algemene kenmerke sluit in kwantitatiewe lokusse, SNP's, InDels, strukturele en kopiegetalvariante.
Gene Ontologie (GO) Verryking
Die GO Enrichment-instrument verskaf funksionele verrykingsanalise. Die primêre sagteware in hierdie instrument is die TopGO-Bioconductor-pakket, wat differensiële uitdrukkingsanalise, GO-verrykingsanalise en visualisering van die resultate insluit.
Geweegde Gene Co-uitdrukking Netwerk Analise (WGCNA)
WGCNA is 'n wyd gebruikte data-ontginningsmetode vir die ontdekking van geenko-uitdrukkingsmodules. Dit is van toepassing op verskeie uitdrukkingsdatastel insluitend mikroskikking en NGS geenuitdrukking data.
InterProScan
Die InterProScan-instrument verskaf InterPro-proteïenvolgorde-analise en klassifikasie.
GO KEGG Verryking
Die GO KEGG-verrykingsinstrument is ontwerp om 'n GO-verrykingshistogram, KEGG-verrykingshistogram en KEGG-verrykingsroete te genereer, gebaseer op 'n verskafde geenstel en ooreenstemmende annotasie.