Hittekaart
Die Hittekaart-instrument aanvaar 'n matriksdatalêer as invoer en laat gebruikers toe om data te filter, te normaliseer en te groepeer. Die primêre gebruiksgeval vir hittekaarte is groepontleding van geenekspressievlak tussen verskillende monsters.
Geenannotasie
Die Geenannotasie-instrument voer geenannotasie uit gebaseer op volgordebelyning van invoer-FASTA-lêers teen verskeie databasisse.
Basiese Lokale Belyning Soekinstrument (BLAST)
Die BLAST-instrument is 'n BMKCloud-geïntegreerde weergawe van NCBI BLAST en kan gebruik word om dieselfde funksies uit te voer deur data wat na die BMKCloud-rekening opgelaai is, te gebruik.
CDS_UTR Voorspelling
Die CDS_UTR-voorspellingsinstrument is ontwerp om koderingstreke (CDS) en nie-koderende streke (UTR) in gegewe transkripsie-reekse te voorspel gebaseer op BLAST-resultate teen bekende proteïendatabasisse en ORF-voorspellingsuitkomste.
Manhattan-plot
Die Manhattan Plot-instrument maak die vertoon van hoësteekproefeksperimente moontlik en word algemeen in genoomwye assosiasiestudies (GWAS) gebruik.
Sirkusdiagram
Die CIRCOS Diagram-instrument bied doeltreffende visualisering van hoe genomiese kenmerke oor die genoom versprei is. Algemene kenmerke sluit in kwantitatiewe loki, SNP's, InDels, strukturele en kopienommervariante.
Geenontologie (GO) Verryking
Die GO-verrykingsinstrument bied funksionele verrykingsanalise. Die primêre sagteware in hierdie instrument is die TopGO-Bioconductor-pakket, wat differensiële ekspressie-analise, GO-verrykingsanalise en visualisering van die resultate insluit.
Geweegde Geen Ko-ekspressie Netwerk Analise (WGCNA)
WGCNA is 'n wydgebruikte data-ontginningsmetode vir die ontdekking van geen-ko-ekspressiemodules. Dit is van toepassing op verskeie ekspressiedatastelle, insluitend mikroarray- en NGS-geen-ekspressiedata.
InterProScan
Die InterProScan-instrument bied InterPro-proteïenvolgorde-analise en -klassifikasie.
GO KEGG Verryking
Die GO KEGG-verrykingsinstrument is ontwerp om 'n GO-verrykingshistogram, KEGG-verrykingshistogram en KEGG-verrykingsroete te genereer gebaseer op 'n verskafde geenstel en ooreenstemmende annotasie.
