mRNA-seq (NGS) met verwysingsgenoom
RNA-seq is 'n standaard hulpmiddel in lewens- en gewaswetenskappe wat die gaping tussen genome en proteome oorbrug. Die sterkte daarvan lê in die ontdekking van nuwe transkripsies en die kwantifisering van hul uitdrukking in een toets. Dit word wyd gebruik vir vergelykende transkriptomiese studies, wat lig werp op gene wat verband hou met verskeie eienskappe of fenotipes, soos om mutante met wilde tipes te vergelyk of geenuitdrukking onder spesifieke toestande te openbaar. BMKCloud mRNA(Reference) APP integreer uitdrukkingskwantifisering, differensiële uitdrukkingsanalise (DEG) en volgordestruktuurontledings in die mRNA-seq(NGS) bioinformatika-pyplyn en kombineer die sterk punte van soortgelyke sagteware, wat gerief en gebruikersvriendelikheid verseker. Gebruikers kan hul RNA-seq-data na die wolk oplaai, waar die toepassing 'n omvattende, eenstop-bioinformatiese analise-oplossing bied. Daarbenewens prioritiseer dit kliënte-ervaring en bied gepersonaliseerde bedrywighede wat op gebruikers se spesifieke behoeftes afgestem is. Gebruikers kan parameters stel en die pyplynmissie self indien, die interaktiewe verslag nagaan, data/diagramme bekyk en data-ontginning voltooi, soos: teikengeenseleksie, funksionele groepering, diagramme, ens.
Platform:Illumina, MGI
Strategie:RNA-Volg
Uitleg: Gepaard, skoon data.
Biblioteek tipe:fr-ongestrengeld, fr-eerstestring of fr-tweedestring
Leeslengte:150 bp
Lêertipe:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz of *.fq.gz. Die stelsel salkoppel outomaties die .fastq-lêers volgens hul lêernaam,bv. *_1.fastq gepaar met *._2.fastq.
Aantal monsters:Daar is geen beperkings op die aantal nievan monsters, maar die ontledingstyd sal toeneem namate die aantalmonsters groei.
Aanbevole datahoeveelheid:6G per monster