●Uitgebreide kundigheid en publikasierekords: Met opgehoopte het BMKGene meer as 90 vergelykende genomika -projekte voltooi, met 'n kumulatiewe impakfaktor 900.
●Omvattende bioinformatika -analise: Die ontledingspakket bevat die agt mees algemene ontledings, wat goed ontwerpte gereed-vir-publiek-syfers bied en 'n maklike interpretasie van die resultate moontlik maak
●Hoogs bekwame bioinformatika -span en kort analise -siklus: Met groot ervaring in vergelykende genomika-analise, voldoen BMKGene se span in 'n kort omdraaityd uiteenlopende verpersoonlikte ontledingsvereistes
●Ondersteuning na verkope:Ons verbintenis strek verder as die voltooiing van die projek met 'n 3-maande-nasale diensperiode. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolging, probleemoplossing van hulp en vrae en vrae aan om enige vrae wat met die resultate verband hou, aan te spreek.
Geskatte ommekeertyd | Aantal spesies | Ontledings |
30 Werksdae | 6 - 12 | Genesfamilie -groepering Genesgesinsuitbreiding en sametrekking Filogenetiese boomkonstruksie Divergensie tydberaming (fossielkalibrasie benodig) LTR -invoegtyd (vir plante) Hele genoom duplisering (vir plante) Selektiewe druk Synteny -analise |
● Genesfamilie
● Filogenetika
● Divergensie tyd
● Selektiewe druk
● Synteny -analise
Vir weefsel
Spesie | Weefsel | Opmeet | Pacbio CCS |
Dier | Viscerale weefsel | 0.5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
Spierweefsel | |||
≥ 5,0 g | |||
≥ 5,0 ml | |||
Soogdierbloed | |||
≥ 0,5 ml | |||
Pluimvee/visbloed | |||
Plant | Vars blaar | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
Petal/Stam | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
Wortel/saad | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
Selle | Gekweekte sel | - | ≥ 1 x 108 |
Genoomvolgorde -lêers (.fasta) en annotasielêers (.gff3) van nou verwante spesies
*Demo -resultate wat hier getoon word, is alles van genome wat met Biomarker Technologies gepubliseer is
1.LTR Voeg tydskatting in: die figuur het 'n unieke bimodale verdeling in LTR-RTS-invoegingstye in Weining Rye Genome getoon, in vergelyking met ander spesies. Die mees onlangse piek het ongeveer 0,5 miljoen jaar gelede verskyn.
Li Guang et al.,Natuurgenetika, 2021
2. Filogenie en geengesinsanalise oor Chayote (Sechium Edule): Deur die ontleding van Chayote en die ander 13 verwante spesies in geenfamilie, is gevind dat Chayote die beste verband hou met slangbas (Trichosanthes anguina). Chayote afgelei van slangbaas in ongeveer 27-45 MYA en die hele genoom-duplisering (WGD) is in Chayote waargeneem in 25 ± 4 MYA, wat die derde WGD-gebeurtenis in Cucuibitaceae is.
Fu a et al.,Tuinbounavorsing, 2021
3. Synteny -analise: Sommige gene wat verband hou met fitohormone in vrugontwikkeling is gevind in chayote, slangbas en pampoen. Korrelasie tussen chayote en pampoen is effens hoër as tussen chayote en slangpalebas.
Fu a et al.,Tuinbounavorsing, 2021
4. Gene Gesinsanalise: KEGG -verryking op genetiese gesinsuitbreiding en sametrekking in G.Thurberi en G.Davidsonii -genome het getoon dat steroïedbiosintese en brassinosteroïede biosintese -verwante gene uitgebrei is.
Yang Z et al.,BMC Biologie, 2021
5.WHOLE GENOME DUPLIKASIE -ANALISE: 4DTV en KS verspreidingsanalise het die hele genoom -dupliseringsgebeurtenis getoon. Pieke van intraspesies het dupliseringsgebeurtenisse getoon. Pieke van interspesieë wat gespesialiseer word. Die ontleding het aangedui dat O. europaea, vergelyking met die ander drie nou verwante spesies, meer onlangs deur 'n grootskaalse geen duplisering deurgemaak het.
Rao G et al.,Tuinbounavorsing, 2021
BMK -saak
Rose sonder prikel: Genomiese insigte gekoppel aan vogaanpassing
Gepubliseer: Nasionale wetenskaplike oorsig, 2021
Volgorde -strategie:
'Basye s'nDoringloos'(R.Wichurainan) Genoom:
Ongeveer. 93 x Pacbio + ongeveer 90 x nanopore + 267 x illumina
Belangrike resultate
1. Hoogkwaliteit R.Wichuraiana-genoom is gebou met behulp van langle geleesde volgorde-tegnieke, wat 'n samestelling van 530,07 Mb oplewer (die geskatte genoomgrootte was ongeveer 525,9 Mb deur vloeisitometrie en 525,5 deur genoomopname ; Heterozigositeit was ongeveer 1,03%). Die beraamde telling van Busco was 93,9%. In vergelyking met “Old Blush” (Haploob), is die kwaliteit en volledigheid van hierdie genoom bevestig deur die basis-basis-akkuraatheid en die LTR-monteerindeks (LAI = 20.03). R.Wichuraiana -genoom bevat 32.674 proteïenkoderende gene.
2. Multi-omics-gesamentlike analise, bestaande uit vergelykende genomika, transkriptomika, QTL-analise van genetiese populasie, het die belangrike spesiasie tussen R. wichuraiana en rosa chinensis aan die lig gebring. Ook sou die uitdrukkingsvariasie van verwante gene in QTL waarskynlik geassosieer word met stamproppatroon.
Vergelykende genomika -anaysis tussen Basye; s Thornless en Rosa Chinensis, insluitend sintetiese analise, geenfamilie -groep, uitbreidings- en sametrekkingsanalise, het 'n groot aantal variasies geopenbaar, wat verband hou met belangrike eienskappe in rose. Die unieke uitbreiding in NAC en FAR1/FRS -geenfamilie sou waarskynlik geassosieer word met weerstand teen swartvlek.
Vergelykende genomika -analise tussen BT- en Haploob -genome.
Zhong, M., et al. “Rose sonder prikel: genomiese insigte gekoppel aan vogaanpassing”Nasionale wetenskaplike oorsig, 2021;, NWAB092.