BMKCloud Log in
条形banner-03

Produkte

Vergelykende genomika

Vergelykende genomika beteken letterlik om die volledige genoomvolgorde en strukture van verskillende spesies te vergelyk.Hierdie dissipline het ten doel om spesie-evolusie, geenfunksie, geenreguleringsmeganisme op genoomvlak te openbaar deur die volgordestrukture en -elemente wat oor verskillende spesies bewaar of gedifferensieer het, te identifiseer.Tipiese vergelykende genomikastudie sluit ontledings in geenfamilie, evolusionêre ontwikkeling, heelgenoomduplisering, selektiewe druk, ens.


Diensbesonderhede

Demo resultate

Gevallestudie

Diensvoordele

1Vergelykende genomika

● Omvattende ontledingspakket, wat die agt mees vereiste ontledings bevat

● Hoë betroubaarheid in analise met gedetailleerde en maklik verstaanbare interpretasie van resultate

● Goed ontwerpte syfers wat gereed is om te publiseer

● Hoogs-geskoolde bioinformatika-span voldoen aan uiteenlopende persoonlike analise-vereistes

● Korter omkeertyd met hoër akkuraatheid in analise

● Oorvloedige ondervinding met meer as 90 suksesvolle gevalle met 'n akkumulatiewe gepubliseerde impakfaktor van meer as 900

Diensspesifikasies

Geskatte omkeertyd

Aantal spesies

Ontleed

30 werksdae

6 - 12

Gene familie groepering

Gene familie uitbreiding en sametrekking

Filogenetiese boomkonstruksie

Divergensie tyd skatting (fossiel kalibrasie vereis)

LTR-invoegtyd (Vir plante)

Heel genoom duplisering (vir plante)

Selektiewe druk

Sinteny analise

Bioinformatika-ontledings

● Gene familie

● Filogenetika

● Divergensie tyd

● Selektiewe druk

● Syntenie-analise

流程图Vergelykende genomika

Voorbeeldvereistes en aflewering

Voorbeeldvereistes:

Weefsel of DNA vir genoomvolgordebepaling en samestelling

Vir Weefsel

Spesies

Sneesdoekie

Opname

PacBio CCS

Dier

Viscerale weefsel

0,5 ~ 1g

≥ 3,5 g

Spierweefsel

≥ 5.0g

≥ 5,0 ml

Soogdier bloed

≥ 0,5 ml

Pluimvee/visbloed

Plant

Vars Blaar

1 ~ 2g

≥ 5.0g

 

Blomblaar/Stengel

1 ~ 2g

≥ 10.0g

 

Wortel/Saad

1 ~ 2g

≥ 20.0g

Selle

Gekultiveerde sel

-

≥ 1 x 108

Data

Genoomvolgordelêers (.fasta) en annotasielêers (.gff3) van naverwante spesies

Dienswerkvloei

Voorbeeld QC

Eksperiment ontwerp

monster aflewering

Voorbeeld aflewering

Biblioteekvoorbereiding

Biblioteek konstruksie

Opeenvolging

Opeenvolging

Data-analise

Data-analise

Na verkope Dienste

Na-verkope dienste


  • Vorige:
  • Volgende:

  • *Demo-resultate wat hier gewys word, is almal van genome wat met Biomarker Technologies gepubliseer is

    1.LTR-insetsietydberaming: Die figuur het 'n unieke bimodale verspreiding in LTR-RTs invoegtye in Weining-roggenoom getoon, in vergelyking met ander spesies.Die mees onlangse piek het ongeveer 0,5 miljoen jaar gelede verskyn.

    3LTR-invoeg-tyd-skatting-in-Weining-rog

    Li Guang et al.,Natuur Genetika, 2021

     

     

    2. Filogenie en geenfamilie-analise op chayote (Sechium edule): Deur chayote en die ander 13 verwante spesies in geenfamilie te ontleed, is gevind dat Chayote die naaste verwant is aan slangkalbas (Trichosanthes anguina).Chayote afkomstig van slangkalbas in ongeveer 27-45 Mya en heelgenoomduplisering (WGD) is waargeneem in chayote in 25±4 Mya, wat die derde WGD-gebeurtenis in cucuibitaceae is.

    4 Filogenetiese-boom-van-chayote

    Fu A et al.,Tuinbounavorsing, 2021

     

     

    3.Syntenie-analise: Sommige gene wat verband hou met fitohormone in vrugontwikkeling is gevind in chayote, slangkalbas en skorsies.Korrelasie tussen chayote en stampmielies is effens hoër as dié tussen chayote en slangkalbas.

    4 Filogenetiese-boom-van-chayote

    Fu A et al.,Tuinbounavorsing, 2021

     

     

    4.Geenfamilie-analise: KEGG-verryking op geenfamilie-uitbreiding en sametrekking in G.thurberi- en G.davidsonii-genome het getoon dat steroïedbiosintese en brassinosteroïedbiosinteseverwante gene uitgebrei is.

    4 Filogenetiese-boom-van-chayote

    Yang Z et al.,BMC Biologie, 2021

     

     

    5. Hele genoom duplisering analise: 4DTV en Ks verspreiding analise getoon heel genoom duplisering gebeurtenis.Pieke van intraspesies het dupliseringsgebeure getoon.Pieke van interspesie het spesiasiegebeure getoon.Die analise het aangedui dat in vergelyking met die ander drie nouverwante spesies, O. europaea meer onlangs deur 'n grootskaalse geenduplisering gegaan het.

    4 Filogenetiese-boom-van-chayote

    Rao G et al.,Tuinbounavorsing, 2021

    BMK saak

    Roos sonder prikkel: genomiese insigte gekoppel aan vogaanpassing

    Gepubliseer: Nasionale Wetenskapoorsig, 2021

    Opeenvolgingstrategie:

    'Basye s'nDoringloos' (R.Wichurainan) genoom:
    Ongeveer.93 X PacBio + ongeveer.90 X Nanopore + 267 X Illumina

    Sleutel resultate

    1. Hoë kwaliteit R.wichuraiana genoom is gekonstrueer deur gebruik te maak van langleesvolgordebepalingstegnieke, wat 'n samestelling van 530.07 Mb oplewer (Geskatte genoomgrootte was ongeveer 525.9 Mb deur vloeisitometrie en 525.5 deur genoomopname; Heterosigositeit was ongeveer 1.03%).BUSCO se geskatte telling was 93,9%.In vergelyking met “Ou bloos” (haploOB), is die kwaliteit en volledigheid van hierdie genoom bevestig deur basis enkel-basis akkuraatheid en LTR samestelling indeks (LAI=20.03).R.wichuraiana-genoom bevat 32 674 proteïenkoderende gene.

    2.Multi-omics gesamentlike analise, bestaande uit vergelykende genomika, transcriptomics, QTL analise van genetiese populasie, het die deurslaggewende spesiasie tussen R. wichuraiana en Rosa chinensis aan die lig gebring.Ook, uitdrukkingsvariasie van verwante gene in QTL sou waarskynlik geassosieer word met stamprikpatroonvorming.

    7KEGG-verryking-op-geen-familie-uitbreiding-en-sametrekking

    Vergelykende genomika-analise tussen Basye se Doringlose en Rosa chinensis, insluitend sintenie-analise, geenfamilie-kluster, uitbreiding en sametrekking-analise, het 'n groot aantal variasies aan die lig gebring, wat verband hou met belangrike eienskappe in rose.Die unieke uitbreiding in NAC en FAR1/FRS geenfamilie sou heel waarskynlik geassosieer word met weerstand teen swartvlek.

    81Vergelykende-genomika-ontledings-tussen-BT-en-OB 82Vergelykende-genomika-ontledings-tussen-BT-en-OB 83Vergelykende-genomika-ontledings-tussen-BT-en-OB

    Vergelykende genomika-analise tussen BT- en haploOB-genome.

    Verwysing

    Zhong, M., et al."Roos sonder prikkel: genomiese insigte gekoppel aan vogaanpassing"Nasionale Wetenskapoorsig, 2021;, nwab092.

    kry 'n kwotasie

    Skryf jou boodskap hier en stuur dit vir ons

    Stuur jou boodskap aan ons: