-
BMKMANU S3000_Ruimtelike Transkriptoom
Ruimtelike transkriptomika is 'n tegniek wat ons toelaat om geen-ekspressie binne weefsels vas te lê en te visualiseer. Dit kan van kritieke belang wees om te verstaan hoe selle interaksie het.
Daar is verskillende platforms vir hierdie benadering. In hierdie verband het BMKGene die BMKManu 3000 Spatial transcriptome Chip ontwikkel, 'n platform wat die tegniekprestasie verbeter, subsellulêre resolusie bereik en 'n multivlak-resolusie-instelling moontlik maak.
Hierdie mikroskyfie omsluit 4.2 miljoen kolle met behulp van 'n gepatenteerde tegnologie van mikroputjies gelaag met krale gelaai met ruimtelik strepieskode-probes. Met hierdie metode verkry ons, na die vaslegging en amplifikasie, 'n cDNA-biblioteek verryk met die strepieskode-monsters wat Illumina-versoenbaar is.
Op die data verseker die kombinasie van ruimtelike strepieskode en UMI's die akkuraatheid en spesifisiteit van die gegenereerde data. Deur al die bogenoemde te kombineer, bied BMKManu 'n uiters veelsydige data-instelling.
-
Enkelkern-RNA-volgordebepaling
Die ontwikkeling van enkelsel-vaslegging en pasgemaakte biblioteekkonstruksietegnieke, tesame met hoë-deurset-volgordebepaling, het geenekspressiestudies op selvlak gerevolusioneer. Hierdie deurbraak maak voorsiening vir dieper en meer omvattende analise van komplekse selpopulasies, wat die beperkings wat verband hou met die gemiddelde van geenekspressie oor alle selle, oorkom en die ware heterogeniteit binne hierdie populasies behou. Terwyl enkelsel-RNA-volgordebepaling (scRNA-seq) onmiskenbare voordele het, ondervind dit uitdagings in sekere weefsels waar die skep van 'n enkelsel-suspensie moeilik blyk te wees en vars monsters vereis. By BMKGene spreek ons hierdie hindernis aan deur enkelkern-RNA-volgordebepaling (snRNA-seq) aan te bied met behulp van die nuutste 10X Genomics Chromium-tegnologie. Hierdie benadering verbreed die spektrum van monsters wat vatbaar is vir transkriptoomanalise op enkelselvlak.
Die isolasie van kerne word bewerkstellig deur die innoverende 10X Genomics Chromium-skyfie, met 'n agtkanaal-mikrofluidika-stelsel met dubbelkruisings. Binne hierdie stelsel word gelkrale wat strepieskodes, primers, ensieme en 'n enkele kern insluit, in nanoliter-grootte oliedruppels ingekapsuleer, wat Gel Bead-in-Emulsion (GEM) vorm. Na GEM-vorming vind sellise en strepieskodevrystelling binne elke GEM plaas. Vervolgens ondergaan mRNA-molekules omgekeerde transkripsie in cDNA's, wat 10X-strepieskodes en Unieke Molekulêre Identifiseerders (UMI's) insluit. Hierdie cDNA's word dan onderwerp aan standaard volgordebepalingsbiblioteekkonstruksie, wat 'n robuuste en omvattende verkenning van geenekspressieprofiele op enkelselvlak vergemaklik.
Platform: 10× Genomics Chromium en Illumina NovaSeq Platform
