Lang Nie-koderende Volgordebepaling-Illumina
Diensvoordele
●Gesamentlike analise van mRNA en lncRNADeur die kwantifisering van mRNA-transkripte te kombineer met die studie van lncRNA en hul teikens, is dit moontlik om 'n diepgaande oorsig te kry van die regulatoriese meganisme onderliggend aan die sellulêre reaksie.
●Uitgebreide kundigheidOns het meer as 230 000 monsters verwerk, wat uiteenlopende monster- en projekte se doelwitte dek. Ons bring die rykdom van kundigheid na elke projek.
●Gesamentlike analise van mRNA en lncRNAOns kombineer die kwantifisering van mRNA-transkripte met die studie van lncRNA en hul teikens, wat dit moontlik maak om 'n diepgaande oorsig te kry van die regulatoriese meganisme onderliggend aan die sellulêre reaksie.
●Streng gehaltebeheerOns implementeer kernkontrolepunte oor alle stadiums, van monstervoorbereiding tot biblioteekvoorbereiding, volgordebepaling en bioinformatika. Ons noukeurige monitering verseker die lewering van konsekwent hoëgehalte-resultate.
●Omvattende AnnotasieOns gebruik verskeie databasisse om die Differensieel Uitgedrukte Gene (DEG's) funksioneel te annoteer en ooreenstemmende verrykingsontledings uit te voer. Hierdie omvattende benadering bied insigte in die sellulêre en molekulêre prosesse onderliggend aan die transkriptoomrespons, wat verseker dat u al die moontlike inligting oor u eksperiment se data kry.
●Na-verkope ondersteuningOns verstaan hoe belangrik dit is om teenwoordig te wees, daarom strek ons verbintenis verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolg, hulp met probleemoplossing en vraag-en-antwoordsessies om enige navrae rakende die resultate te beantwoord.
Voorbeeldvereistes en aflewering
| Biblioteek | Platform | Aanbevole data | Data-kwaliteitskontrole |
| rRNA-uitgeputte rigtingbiblioteek | Illumina PE150 | 10-16 Gb | Q30≥85% |
Nukleotiede:
| Kons. (ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Suiwerheid | Integriteit |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNS-kontaminasie op gel getoon nie. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; beperkte of geen basislynhoogte |
● Plante:
Wortel, Stingel of Blaar: 450 mg
Blaar of Saad: 300 mg
Vrugte: 1.2 g
● Dier:
Hart of ingewande: 450 mg
Ingewande of Brein: 240 mg
Spier: 600 mg
Bene, hare of vel: 1.5g
● Geleedpotiges:
Insekte: 9g
Skaaldiere: 450 mg
● Volbloed:2 buise
● Selle: 106 selle
● Serum en Plasma: 6 ml
Aanbevole monsteraflewering
Houer: 2 ml sentrifugebuis (Foelie word nie aanbeveel nie)
Voorbeeldbenoeming: Groep+herhaal bv. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Versending:
1. Droë-ys: Monsters moet in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
2. RNAstable-buise: RNA-monsters kan in RNA-stabiliseringsbuise (bv. RNAstable®) gedroog word en by kamertemperatuur verskeep word.
Dienswerkvloei
Eksperimentontwerp
Voorbeeld aflewering
RNA-ekstraksie
Biblioteekkonstruksie
Volgordebepaling
Data-analise
Na-verkope dienste
Bioinformatika
- Rou data
- Data-kwaliteitskontrole
- Genoombelyning
- Geenstruktuur (Alternatiewe splitsing, geenstruktuuroptimalisering en nuwe geenvoorspelling)
- Geenekspressie kwantifisering
- Differensiële uitdrukkingsanalise
- DEG-annotasie en -verryking + Differensiële uitgedrukte lncRNA-teikengene
- Transkripsie-identifikasie
- lncRNA-identifikasie (lncRNA-bewaring en bekende lncRNA)
- lncRNA teikengene voorspelling
- lncRNA-ekspressiekwantifisering
- Gesamentlike analise met mRNA-data
Differensiële Geenekspressie (DEG's) analise
Kwantifisering van lncRNA-uitdrukking – groepering
Verryking van lncRNA-teikengene
Gesamentlike mRNA- en lncRNA-posisie-analise – Circos-plot (middelste sirkel is mRNA en binneste sirkel is lncRNA)
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se lncRNA-volgordebepalingsdienste vergemaklik word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Ji, H. et al. (2020) 'Identifikasie, funksionele voorspelling en belangrike lncRNA-verifikasie van koue stresverwante lncRNA's in rotte se lewer',Wetenskaplike Verslae2020 10:1, 10(1), pp. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) 'Integrerende Transkriptomiese Analise Onthul die Immuunmeganisme vir 'n CyHV-3-Weerstandige Gewone Karpstam',Grense in Immunologie, 12, bl. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) 'Multi-Omika Integrasie-Gebaseerde Prioritisering van Kompeterende Endogene RNA Reguleringsnetwerke in Kleinsellongkanker: Molekulêre Eienskappe en Geneesmiddelkandidate',Grense in Onkologie, 12, bl. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) 'Genetiese disseksie van die geenko-ekspressienetwerk onderliggend aan fotosintese in Populus',Plantbiotegnologie Tydskrif, 18(4), bl. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) 'n Globale Regulatoriese Netwerk vir Gedisreguleerde Geenuitdrukking en Abnormale Metaboliese Seintransduksie in Immuunselle in die Mikro-omgewing van Graves se Siekte en Hashimoto se Tiroïeditis',Grense in Immunologie, 13, bl. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
