Lang nie-koderende volgorde-Illumina
Diensvoordele
● Diensvoordele
● Sellulêr en weefselspesifiek
● Spesifieke stadium druk dinamiese uitdrukkingsverandering uit en bied dit aan
● Presiese patrone van tyd- en ruimteuitdrukking
● Gesamentlike analise met mRNA-data.
● BMKCloud-gebaseerde resultaatlewering: Pasgemaakte data-ontginning beskikbaar op platform.
● Na-verkope dienste geldig vir 3 maande na projek voltooiing
Voorbeeldvereistes en aflewering
| Biblioteek | Platform | Aanbevole data | Data QC |
| rRNA-uitputting | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Kons.(ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Reinheid | Integriteit |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNA-kontaminasie word op gel gewys. | Vir plante: RIN≥6.5; Vir diere: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; beperkte of geen basislyn hoogte nie |
Nukleotiede:
Weefsel: Gewig (droog): ≥1 g
*Vir weefsel kleiner as 5 mg, beveel ons aan om flitsbevrore (in vloeibare stikstof) weefselmonster te stuur.
Selsuspensie: Seltelling = 3×107
*Ons beveel aan om bevrore sellisaat te stuur.As daardie sel kleiner as 5×10 tel5, blitsbevrore in vloeibare stikstof word aanbeveel.
Bloedmonsters:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol en 2mL bloed (TRIzol:Bloed=3:1)
Aanbevole voorbeeldaflewering
Houer: 2 ml sentrifugeerbuis (tinfoelie word nie aanbeveel nie)
Monsteretikettering: Groep+repliseer bv. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Versending:
1. Droë-ys: Monsters moet in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
2. RNA-stabiele buise: RNA-monsters kan in RNA-stabiliseringsbuis gedroog word (bv. RNAstable®) en in kamertemperatuur verskeep word.
Dienswerkvloei
Eksperiment ontwerp
Voorbeeld aflewering
RNA-ekstraksie
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
Bioinformatika
1.LncRNA klassifikasie
LncRNA wat deur die vier sagteware hierbo voorspel is, is in 4 kategorieë geklassifiseer: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;sin-LncRNA.LncRNA-klassifikasie is in die histogram hieronder getoon.
LncRNA klassifikasie
2.Cis-geteikende gene van DE-lncRNA-verrykingsanalise
ClusterProfiler is gebruik in GO-verrykingsanalise op cis-geteikende gene van differensieel uitgedrukte lncRNA (DE-lncRNA), in terme van biologiese prosesse, molekulêre funksies en sellulêre komponente.GO-verrykingsanalise is 'n proses om DEG-gerigte betekenisvol verrykte GO-terme te identifiseer in vergelyking met heelgenoom.Die verrykte terme is aangebied in histogram, borrelkaart, ens. soos hieronder getoon.
Cis-geteikende gene van DE-lncRNA-verrykingsanalise -Borrelkaart
3. Deur die lengte, eksongetal, ORF en uitdrukkingshoeveelheid van mRNA en lncRNA te vergelyk, kan ons die verskille in struktuur, volgorde ensovoorts tussen hulle verstaan, en ook verifieer of die nuwe lncRNA wat deur ons voorspel is, ooreenstem met die algemene kenmerke.
BMK saak
Gedereguleerde lncRNA uitdrukkingsprofiel in die muis long adenokarsinome met KRAS-G12D mutasie en P53 uitklophou
Gepubliseer:Tydskrif vir Sellulêre en Molekulêre Geneeskunde，2019
Opeenvolgingstrategie
Illumina
Monsterversameling
Die NONMMUT015812-afslaan KP (shRNA-2) selle en negatiewe kontrole (sh-Scr) selle is verkry op dag 6 van 'n spesifieke virale infeksie.
Sleutel resultate
Hierdie studie ondersoek die afwykende uitgedrukte lncRNA's in die muis long adenokarsinoom met P53 uitklophou en die KrasG12D mutasie.
1,6424 lncRNA's is differensieel uitgedruk (≥ 2-voudige verandering, P < 0,05).
2.Tussen al 210 lncRNA's (FC≥8), is 11 lncRNA's se uitdrukking gereguleer deur P53, 33 lncRNA's deur KRAS en 13 lncRNA's deur hipoksie in die primêre KP-selle, onderskeidelik.
3.NONMMUT015812, wat merkwaardig opgereguleer is in die muis long adenokarsinoom en negatief gereguleer is deur die P53 heruitdrukking, is opgespoor om sy sellulêre funksie te analiseer.
4.Knockdown van NONMMUT015812 deur shRNA's het proliferasie- en migrasievermoëns van KP-selle verminder.NONMMUT015812 was 'n potensiële onkogeen.
 KEGG-weganalise van die differensieel uitgedrukte gene in die NONMMUT015812-afslaan-KP-selle |  Gene Ontologie-analise van die differensieel uitgedrukte gene in die NONMMUT015812-afslaan KP-selle |
Verwysing
Gedereguleerde lncRNA uitdrukkingsprofiel in die muis long adenokarsinome met KRAS-G12D mutasie en P53 uitklop [J].Tydskrif vir Sellulêre en Molekulêre Geneeskunde, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
