Lang nie-koderende volgorde-Illumina
Diensvoordele
●Gesamentlike analise van mRNA en lncRNA: deur die kwantifisering van mRNA-transkripsies te kombineer met die studie van lncRNA en hul teikens, is dit moontlik om 'n in-diepte oorsig te kry van die regulatoriese meganisme onderliggend aan die sellulêre respons.
●Uitgebreide kundigheid: Ons span bring 'n magdom ervaring na elke projek, met 'n rekord van verwerking van meer as 23 000 monsters by BMK wat uiteenlopende monstertipes en lncRNA-projekte strek.
●Streng kwaliteitbeheer: Ons implementeer kernbeheerpunte oor alle stadiums, van monster- en biblioteekvoorbereiding tot volgordebepaling en bioinformatika. Hierdie noukeurige monitering verseker die lewering van konsekwent hoë kwaliteit resultate.
●Ondersteuning na verkope: Ons verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolging, probleemoplossingshulp en V&A-sessies aan om enige navrae wat met die resultate verband hou, aan te spreek.
Voorbeeldvereistes en aflewering
| Biblioteek | Platform | Aanbevole data | Data QC |
| rRNA uitgeput rigting biblioteek | Illumina PE150 | 10-16 Gb | Q30≥85% |
Nukleotiede:
| Kons.(ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Reinheid | Integriteit |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNA-kontaminasie word op gel gewys. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; beperkte of geen basislyn hoogte nie |
● Plante:
Wortel, stingel of blomblaar: 450 mg
Blaar of saad: 300 mg
Vrugte: 1,2 g
● Dier:
Hart of Ingewande: 450 mg
Ingewande of brein: 240 mg
Spier: 600 mg
Bene, hare of vel: 1,5 g
● Geledpotiges:
Insekte: 9g
Skaaldiere: 450 mg
● Volbloed:2 buise
● Selle: 106 selle
● Serum en Plasma: 6 ml
Aanbevole voorbeeldaflewering
Houer: 2 ml sentrifugeerbuis (tinfoelie word nie aanbeveel nie)
Monsteretikettering: Groep+repliseer bv. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Versending:
1. Droë-ys: Monsters moet in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
2. RNA-stabiele buise: RNA-monsters kan in RNA-stabiliseringsbuise (bv. RNAstable®) gedroog word en in kamertemperatuur versend word.
Dienswerkvloei
Eksperiment ontwerp
Voorbeeld aflewering
RNA-ekstraksie
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
Bioinformatika
Differensiële geenuitdrukking (DEG's) analise
Kwantifisering van lncRNA-uitdrukking – groepering
Verryking van lncRNA teikengene
Gesamentlike mRNA- en lncRNA-posisie-analise – Circos-plot (middelsirkel is mRNA en binnekring is lncRNA)
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se lncRNA-equencing-dienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Ji, H. et al. (2020) 'Identifisering, funksionele voorspelling en sleutel-lncRNA-verifikasie van koue stresverwante lncRNA's in rotte lewer', Scientific Reports 2020 10:1, 10(1), pp. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) 'Integrative Transcriptomic Analysis Reveals the Immune Mechanism for a CyHV-3-Resistant Common Carp Strain', Frontiers in Immunology, 12, p. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) 'Multi-Omics-integrasie-gebaseerde prioritisering van mededingende endogene RNA-reguleringsnetwerke in kleinsel-longkanker: molekulêre kenmerke en geneesmiddelkandidate', Frontiers in Oncology, 12, p. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) 'Genetiese disseksie van die geen-ko-uitdrukkingnetwerk onderliggend aan fotosintese in Populus', Plant Biotechnology Journal, 18(4), pp. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) 'A Global Regulatory Network for Disregulated Gene Expression and Abnormal Metabolic Signaling in Immune Cells in the Micro-omgewing of Graves' Disease and Hashimoto's Thyroiditis', Frontiers in Immunology, 13, p. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
