-
Vienkodolu RNS sekvencēšana
Vienšūnu RNS sekvencēšanas un pielāgotu bibliotēku veidošanas metožu izstrāde apvienojumā ar augstas caurlaidības sekvencēšanu ir revolucionizējusi gēnu ekspresijas pētījumus šūnu līmenī. Šis sasniegums ļauj veikt dziļāku un visaptverošāku sarežģītu šūnu populāciju analīzi, pārvarot ierobežojumus, kas saistīti ar gēnu ekspresijas vidējošanu visās šūnās, un saglabājot patieso heterogenitāti šajās populācijās. Lai gan vienšūnu RNS sekvencēšanai (scRNA-seq) ir nenoliedzamas priekšrocības, tā saskaras ar izaicinājumiem noteiktos audos, kur vienšūnu suspensijas izveide ir sarežģīta un prasa svaigus paraugus. BMKGene mēs pārvaram šo šķērsli, piedāvājot vienkodolu RNS sekvencēšanu (snRNA-seq), izmantojot modernāko 10X Genomics Chromium tehnoloģiju. Šī pieeja paplašina paraugu spektru, kas ir piemēroti transkriptomas analīzei vienšūnu līmenī.
Kodolu izolēšana tiek veikta, izmantojot inovatīvo 10X Genomics Chromium mikroshēmu, kas ietver astoņu kanālu mikrofluidikas sistēmu ar dubultu krustošanu. Šajā sistēmā gēla lodītes, kas ietver svītrkodus, praimerus, enzīmus un vienu kodolu, tiek iekapsulētas nanolitra lieluma eļļas pilienos, veidojot gēla lodītes emulsijā (GEM). Pēc GEM veidošanās katrā GEM notiek šūnu līze un svītrkoda atbrīvošana. Pēc tam mRNS molekulas tiek pakļautas reversai transkripcijai kDNS, iekļaujot 10X svītrkodus un unikālus molekulāros identifikatorus (UMI). Šīs kDNS pēc tam tiek pakļautas standarta sekvencēšanas bibliotēkas konstruēšanai, veicinot stabilu un visaptverošu gēnu ekspresijas profilu izpēti atsevišķu šūnu līmenī.
Platforma: 10× Genomics Chromium un Illumina NovaSeq platforma
-
10x Genomics Visium telpiskais transkriptoms
Telpiskā transkriptomika ir visprogresīvākā tehnoloģija, kas ļauj pētniekiem pētīt gēnu ekspresijas modeļus audos, vienlaikus saglabājot to telpisko kontekstu. Viena spēcīga platforma šajā jomā ir 10x Genomics Visium apvienojumā ar Illumina sekvencēšanu. 10X Visium princips balstās uz specializētu mikroshēmu ar noteiktu uztveršanas zonu, kur tiek ievietotas audu sekcijas. Šajā uztveršanas zonā ir svītrkodu punkti, katrs no kuriem atbilst unikālai telpiskajai atrašanās vietai audos. No audiem uztvertās RNS molekulas pēc tam reversās transkripcijas procesa laikā tiek marķētas ar unikāliem molekulārajiem identifikatoriem (UMI). Šie svītrkodu punkti un UMI ļauj precīzi telpiski kartēt un kvantitatīvi noteikt gēnu ekspresiju vienas šūnas izšķirtspējā. Telpiski svītrkodu paraugu un UMI kombinācija nodrošina ģenerēto datu precizitāti un specifiskumu. Izmantojot šo telpiskās transkriptomikas tehnoloģiju, pētnieki var iegūt dziļāku izpratni par šūnu telpisko organizāciju un sarežģītajām molekulārajām mijiedarbībām, kas notiek audos, sniedzot nenovērtējamu ieskatu bioloģisko procesu pamatā esošajos mehānismos vairākās jomās, tostarp onkoloģijā, neirozinātnē, attīstības bioloģijā, imunoloģijā un botāniskajos pētījumos.
Platforma: 10X Genomics Visium un Illumina NovaSeq
-
Pilna garuma mRNS sekvencēšana - Nanopore
Lai gan uz NGS balstīta mRNS sekvencēšana ir daudzpusīgs rīks gēnu ekspresijas kvantitatīvai noteikšanai, tās paļaušanās uz īsiem nolasīšanas intervāliem ierobežo tās efektivitāti sarežģītās transkriptomiskajās analīzēs. No otras puses, nanoporu sekvencēšana izmanto garo nolasīšanas intervālu tehnoloģiju, kas ļauj sekvencēt pilna garuma mRNS transkriptus. Šī pieeja atvieglo alternatīvu splaisingu, gēnu saplūšanas, poliadenilēšanas un mRNS izoformu kvantitatīvas noteikšanas visaptverošu izpēti.
Nanoporu sekvencēšana — metode, kas balstās uz nanoporu vienas molekulas reāllaika elektriskajiem signāliem, sniedz rezultātus reāllaikā. Motoro proteīnu vadīta divpavedienu DNS saistās ar bioplēvē iestrādātiem nanoporu proteīniem, atritinoties, ejot cauri nanoporu kanālam sprieguma starpības ietekmē. Atšķirīgie elektriskie signāli, ko ģenerē dažādas DNS virknes bāzes, tiek atklāti un klasificēti reāllaikā, atvieglojot precīzu un nepārtrauktu nukleotīdu sekvencēšanu. Šī inovatīvā pieeja pārvar īsas nolasīšanas ierobežojumus un nodrošina dinamisku platformu sarežģītai genomikas analīzei, tostarp sarežģītiem transkriptomiskiem pētījumiem, ar tūlītējiem rezultātiem.
Platforma: Nanopore PromethION 48
-
Pilna garuma mRNS sekvencēšana -PacBio
Lai gan uz NGS balstīta mRNS sekvencēšana ir daudzpusīgs rīks gēnu ekspresijas kvantitatīvai noteikšanai, tās paļaušanās uz īsiem lasījumiem ierobežo tās izmantošanu sarežģītās transkriptomiskajās analīzēs. No otras puses, PacBio sekvencēšana (Iso-Seq) izmanto garo lasījumu tehnoloģiju, kas ļauj sekvencēt pilna garuma mRNS transkriptus. Šī pieeja atvieglo alternatīvu splaisingu, gēnu saplūšanas un poliadenilēšanas visaptverošu izpēti. Tomēr ir arī citas iespējas gēnu ekspresijas kvantitatīvai noteikšanai, ņemot vērā nepieciešamo datu apjomu. PacBio sekvencēšanas tehnoloģija balstās uz vienas molekulas reāllaika (SMRT) sekvencēšanu, kas sniedz ievērojamas priekšrocības pilna garuma mRNS transkriptu uztveršanā. Šī inovatīvā pieeja ietver nulles režīma viļņvadu (ZMW) un mikrofabricētu iedobju izmantošanu, kas ļauj reāllaikā novērot DNS polimerāzes aktivitāti sekvencēšanas laikā. Šajos ZMW PacBio DNS polimerāze sintezē komplementāru DNS virkni, ģenerējot garus lasījumus, kas aptver visus mRNS transkriptus. PacBio darbība cirkulārās konsensa sekvencēšanas (CCS) režīmā uzlabo precizitāti, atkārtoti sekvencējot vienu un to pašu molekulu. Ģenerētajiem HiFi nolasījumiem ir precizitāte, kas ir salīdzināma ar NGS, kas vēl vairāk veicina visaptverošu un uzticamu sarežģītu transkriptomisko pazīmju analīzi.
Platforma: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Eikariotu mRNS sekvencēšana-NGS
mRNS sekvencēšana ir metode, kas izmanto nākamās paaudzes sekvencēšanu, lai atklātu RNS molekulu klātbūtni un daudzumu bioloģiskajā paraugā, sniedzot priekšstatu par gēnu ekspresiju paraugā.
Ar plašu pielietojumu klāstu šis progresīvais rīks atklāj sarežģītus gēnu ekspresijas profilus, gēnu struktūras un molekulāros mehānismus, kas saistīti ar dažādiem bioloģiskiem procesiem.
Šī metode tiek plaši izmantota pētniecībā, klīniskajā diagnostikā un zāļu izstrādē, jo tā sniedz ieskatu šūnu dinamikas un ģenētiskās regulācijas sarežģītībā, nodrošinot stabilu pamatu, lai rosinātu ziņkāri par tās potenciālu dažādās jomās.
Pieejamās platformas: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Bez atsauces balstīta mRNS sekvencēšana-NGS
mRNS sekvencēšana nodrošina visu mRNS transkriptu visaptverošu profilēšanu šūnās noteiktos apstākļos. Šī progresīvā tehnoloģija kalpo kā spēcīgs instruments, atklājot sarežģītus gēnu ekspresijas profilus, gēnu struktūras un molekulāros mehānismus, kas saistīti ar dažādiem bioloģiskiem procesiem. Plaši izmantota fundamentālajos pētījumos, klīniskajā diagnostikā un zāļu izstrādē, mRNS sekvencēšana sniedz ieskatu šūnu dinamikas un ģenētiskās regulācijas sarežģītībā.
Platforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Garā nekodējošā sekvencēšana — Illumina
Garās nekodējošās RNS (lncRNS) ir garākas par 200 nukleotīdiem, tām ir minimāls kodēšanas potenciāls un tās ir galvenie elementi nekodējošās RNS ietvaros. Šīs RNS, kas atrodas kodolā un citoplazmā, spēlē izšķirošu lomu epigenetiskajā, transkripcijas un posttranskripcijas regulācijā, uzsverot to nozīmi šūnu un molekulāro procesu veidošanā. LncRNS sekvencēšana ir spēcīgs instruments šūnu diferenciācijā, ontoģenēzē un cilvēku slimību ārstēšanā.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Mazo RNS sekvencēšana - Illumina
Mazā RNS ir RNS molekulu grupa, kas ietver mikroRNS (miRNS), mazās interferējošās RNS (siRNS) un pivī mijiedarbojošās RNS (piRNS). Starp tām miRNS, kuru garums ir aptuveni 18–25 nukleotīdi, ir īpaši ievērojamas to svarīgo regulējošo lomu dēļ dažādos šūnu procesos. Ar audiem specifiskiem un stadijām specifiskiem ekspresijas modeļiem miRNS uzrāda augstu saglabāšanās līmeni dažādās sugās.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
CircRNA sekvencēšana - Illumina
Cirkulārās RNS sekvencēšana (circRNA-seq) profilē un analizē cirkulārās RNS, RNS molekulu klasi, kas veido slēgtas cilpas nekanonisku splaisinga notikumu dēļ, nodrošinot šai RNS paaugstinātu stabilitāti. Lai gan ir pierādīts, ka dažas cirRNS darbojas kā mikroRNS sūkļi, atdalot mikroRNS un neļaujot tām regulēt mērķa mRNS, citas cirRNS var mijiedarboties ar olbaltumvielām, modulēt gēnu ekspresiju vai piedalīties šūnu procesos. CirRNS ekspresijas analīze sniedz ieskatu šo molekulu regulējošajās lomās un to nozīmīgumā dažādos šūnu procesos, attīstības stadijās un slimību stāvokļos, veicinot dziļāku izpratni par RNS regulācijas sarežģītību gēnu ekspresijas kontekstā.
Platforma: Illumina Novaseq X
-
Pilnīgas transkriptomas sekvencēšana – Illumina
Voles transkriptoma sekvencēšana piedāvā visaptverošu pieeju dažādu RNS molekulu profilēšanai, aptverot kodējošās (mRNS) un nekodējošās RNS (lncRNS, cirRNS un miRNS). Šī metode uztver visu noteiktu šūnu transkriptomu noteiktā brīdī, ļaujot iegūt holistisku izpratni par šūnu procesiem.
Pieejamās platformas: Illumina Novaseq X
