-
Secuenciación de ARN de núcleo único
O desenvolvemento de técnicas de captura de células individuais e construción de bibliotecas personalizadas, xunto coa secuenciación de alto rendemento, revolucionou os estudos da expresión xénica a nivel celular. Este avance permite unha análise máis profunda e completa de poboacións celulares complexas, superando as limitacións asociadas coa media da expresión xénica en todas as células e preservando a verdadeira heteroxeneidade dentro destas poboacións. Aínda que a secuenciación de ARN unicelular (scRNA-seq) ten vantaxes innegables, atopa desafíos en certos tecidos onde a creación dunha suspensión unicelular resulta difícil e require mostras frescas. En BMKGene, abordamos este obstáculo ofrecendo secuenciación de ARN de núcleo único (snRNA-seq) utilizando a tecnoloxía de vangarda 10X Genomics Chromium. Esta abordaxe amplía o espectro de mostras susceptibles de análise do transcriptoma a nivel unicelular.
O illamento de núcleos realízase mediante o innovador chip 10X Genomics Chromium, que presenta un sistema microfluídico de oito canles con dobres cruces. Dentro deste sistema, as esferas de xel que incorporan códigos de barras, cebadores, encimas e un só núcleo encápsulanse en pingas de aceite do tamaño de nanolitros, formando esferas de xel en emulsión (GEM). Tras a formación do GEM, prodúcese a lise celular e a liberación do código de barras dentro de cada GEM. Posteriormente, as moléculas de ARNm sofren unha transcrición inversa en ADNc, incorporando códigos de barras 10X e identificadores moleculares únicos (UMI). Estes ADNc sométense entón á construción dunha biblioteca de secuenciación estándar, o que facilita unha exploración robusta e completa dos perfís de expresión xénica a nivel unicelular.
Plataforma: 10× Plataforma Xenómica de Cromo e Illumina NovaSeq
-
Secuenciación de ARNm de lonxitude completa: nanoporos
Aínda que a secuenciación de ARNm baseada en NGS é unha ferramenta versátil para cuantificar a expresión xénica, a súa dependencia de lecturas curtas restrinxe a súa eficacia en análises transcriptómicas complexas. Por outra banda, a secuenciación de nanoporos emprega tecnoloxía de lectura longa, o que permite a secuenciación de transcritos de ARNm de lonxitude completa. Esta estratexia facilita unha exploración exhaustiva do empalme alternativo, as fusións xénicas, a poliadenilación e a cuantificación de isoformas de ARNm.
A secuenciación de nanoporos, un método que se basea en sinais eléctricos en tempo real de nanoporos dunha soa molécula, proporciona resultados en tempo real. Guiado por proteínas motoras, o ADN bicatenario únese ás proteínas de nanoporos incrustadas nun biofilme, desenrolándose ao pasar polo canal de nanoporos baixo unha diferenza de voltaxe. Os sinais eléctricos distintivos xerados polas diferentes bases da cadea de ADN detéctanse e clasifícanse en tempo real, o que facilita unha secuenciación de nucleótidos precisa e continua. Esta innovadora estratexia supera as limitacións de lectura curta e proporciona unha plataforma dinámica para análises xenómicas complexas, incluídos estudos transcriptómicos complexos, con resultados inmediatos.
Plataforma: Nanopore PromethION 48
-
Secuenciación de ARNm de lonxitude completa -PacBio
Aínda que a secuenciación de ARNm baseada en NGS é unha ferramenta versátil para cuantificar a expresión xénica, a súa dependencia de lecturas curtas restrinxe o seu uso en análises transcriptómicas complexas. Por outra banda, a secuenciación de PacBio (Iso-Seq) emprega tecnoloxía de lectura longa, o que permite a secuenciación de transcritos de ARNm de lonxitude completa. Esta estratexia facilita unha exploración exhaustiva do empalme alternativo, as fusións xénicas e a poliadenilación. Non obstante, existen outras opcións para a cuantificación da expresión xénica debido á gran cantidade de datos necesarios. A tecnoloxía de secuenciación de PacBio baséase na secuenciación en tempo real (SMRT) dunha soa molécula, o que proporciona unha clara vantaxe na captura de transcritos de ARNm de lonxitude completa. Esta estratexia innovadora implica o uso de guías de onda de modo cero (ZMW) e pozos microfabricados que permiten a observación en tempo real da actividade da ADN polimerase durante a secuenciación. Dentro destas ZMW, a ADN polimerase de PacBio sintetiza unha cadea complementaria de ADN, xerando lecturas longas que abarcan a totalidade dos transcritos de ARNm. O funcionamento de PacBio no modo de secuenciación por consenso circular (CCS) mellora a precisión ao secuenciar repetidamente a mesma molécula. As lecturas HiFi xeradas teñen unha precisión comparable á NGS, o que contribúe aínda máis a unha análise exhaustiva e fiable de características transcriptómicas complexas.
Plataforma: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Secuenciación de ARNm eucariota-NGS
A secuenciación de ARNm é unha técnica que emprega a secuenciación de nova xeración para revelar a presenza e a cantidade de moléculas de ARN nunha mostra biolóxica, proporcionando unha instantánea da expresión xénica na mostra.
Coas súas amplas aplicacións, esta ferramenta de vangarda revela complexos perfís de expresión xénica, estruturas xénicas e mecanismos moleculares asociados a diversos procesos biolóxicos.
Esta técnica adoptouse amplamente na investigación, o diagnóstico clínico e o desenvolvemento de fármacos, xa que ofrece información sobre as complexidades da dinámica celular e a regulación xenética, proporcionando unha base sólida para espertar a curiosidade sobre o seu potencial en diferentes campos.
Plataformas dispoñibles: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Secuenciación de ARNm non baseada en referencia (NGS)
A secuenciación de ARNm permite a elaboración de perfís exhaustivos de todos os transcritos de ARNm dentro das células en condicións específicas. Esta tecnoloxía de vangarda serve como unha ferramenta potente, que revela complexos perfís de expresión xénica, estruturas xénicas e mecanismos moleculares asociados a diversos procesos biolóxicos. Amplamente adoptada na investigación fundamental, no diagnóstico clínico e no desenvolvemento de fármacos, a secuenciación de ARNm ofrece información sobre as complexidades da dinámica celular e a regulación xenética.
Plataforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Secuenciación longa non codificante: Illumina
Os ARN longos non codificantes (ARNlnc) teñen máis de 200 nucleótidos que posúen un potencial codificante mínimo e son elementos esenciais dentro do ARN non codificante. Atópanse no núcleo e no citoplasma e desempeñan papeis cruciais na regulación epixenética, transcricional e postranscricional, o que subliña a súa importancia na configuración dos procesos celulares e moleculares. A secuenciación do ARNlnc é unha ferramenta poderosa na diferenciación celular, na ontoxénese e nas enfermidades humanas.
Plataforma: Illumina NovaSeq X
-
Secuenciación de ARN pequeno: Illumina
O ARN pequeno é un grupo de moléculas de ARN que inclúe microARN (miARN), ARN interferentes pequenos (siARN) e ARN que interactúan con piwi (piARN). Entre estes, os miARN, duns 18-25 nucleótidos de lonxitude, son particularmente salientables polos seus papeis reguladores esenciais en varios procesos celulares. Cos seus patróns de expresión específicos de tecido e etapa, os miARN presentan unha alta conservación en diferentes especies.
Plataforma: Illumina NovaSeq
-
Secuenciación de CircRNA-Illumina
A secuenciación circular de ARN (circRNA-seq) perfila e analiza os ARN circulares, unha clase de moléculas de ARN que forman bucles pechados debido a eventos de empalme non canónicos, o que proporciona a este ARN unha maior estabilidade. Aínda que se demostrou que algúns circRNA actúan como esponxas de microARN, secuestrando microARN e impedindo que regulen os seus ARNm diana, outros circRNA poden interactuar con proteínas, modular a expresión xénica ou ter funcións nos procesos celulares. A análise da expresión de circRNA proporciona información sobre as funcións reguladoras destas moléculas e a súa importancia en varios procesos celulares, etapas de desenvolvemento e condicións de enfermidade, contribuíndo a unha comprensión máis profunda da complexidade da regulación do ARN no contexto da expresión xénica.
Plataforma: Illumina Novaseq X
-
Secuenciación do transcriptoma completo – Illumina
A secuenciación do transcriptoma de Wole ofrece unha abordaxe integral para a elaboración de perfís de diversas moléculas de ARN, que abrangue ARN codificantes (ARNm) e non codificantes (ARNnc, ARN circ e microARN). Esta técnica captura o transcriptoma completo de células específicas nun momento dado, o que permite unha comprensión holística dos procesos celulares.
Plataformas dispoñibles: Illumina Novaseq X
