-
ஒற்றை- கருக்கள் RNA வரிசைமுறை
ஒற்றை செல் பிடிப்பு மற்றும் தனிப்பயன் நூலக கட்டுமான நுட்பங்களின் வளர்ச்சி, உயர்-செயல்திறன் வரிசைமுறையுடன் இணைந்து, செல் மட்டத்தில் மரபணு வெளிப்பாடு ஆய்வுகளில் புரட்சியை ஏற்படுத்தியுள்ளது. இந்த முன்னேற்றம் சிக்கலான செல் மக்கள்தொகையின் ஆழமான மற்றும் விரிவான பகுப்பாய்வை அனுமதிக்கிறது, அனைத்து செல்களிலும் சராசரியாக மரபணு வெளிப்பாட்டை உருவாக்குவதோடு தொடர்புடைய வரம்புகளை கடந்து, இந்த மக்கள்தொகைக்குள் உண்மையான பன்முகத்தன்மையைப் பாதுகாக்கிறது. ஒற்றை செல் RNA வரிசைமுறை (scRNA-seq) மறுக்க முடியாத நன்மைகளைக் கொண்டிருந்தாலும், ஒற்றை செல் இடைநீக்கத்தை உருவாக்குவது கடினமாக இருக்கும் மற்றும் புதிய மாதிரிகள் தேவைப்படும் சில திசுக்களில் இது சவால்களை எதிர்கொள்கிறது. BMKGene இல், அதிநவீன 10X ஜெனோமிக்ஸ் குரோமியம் தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்தி ஒற்றை-நியூக்ளியஸ் RNA வரிசைமுறை (snRNA-seq) ஐ வழங்குவதன் மூலம் இந்த தடையை நாங்கள் நிவர்த்தி செய்கிறோம். இந்த அணுகுமுறை ஒற்றை செல் மட்டத்தில் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் பகுப்பாய்விற்கு ஏற்ற மாதிரிகளின் நிறமாலையை விரிவுபடுத்துகிறது.
இரட்டை குறுக்குவெட்டுகளுடன் எட்டு-சேனல் மைக்ரோஃப்ளூயிடிக்ஸ் அமைப்பைக் கொண்ட புதுமையான 10X ஜெனோமிக்ஸ் குரோமியம் சிப் மூலம் கருக்களின் தனிமைப்படுத்தல் நிறைவேற்றப்படுகிறது. இந்த அமைப்பிற்குள், பார்கோடுகள், ப்ரைமர்கள், என்சைம்கள் மற்றும் ஒரு ஒற்றை கருவை உள்ளடக்கிய ஜெல் மணிகள் நானோலிட்டர் அளவிலான எண்ணெய் துளிகளில் இணைக்கப்பட்டு, ஜெல் பீட்-இன்-எமல்ஷன் (GEM) ஐ உருவாக்குகின்றன. GEM உருவாக்கத்தைத் தொடர்ந்து, ஒவ்வொரு GEM-க்குள்ளும் செல் சிதைவு மற்றும் பார்கோடு வெளியீடு நிகழ்கிறது. பின்னர், mRNA மூலக்கூறுகள் cDNA-களில் தலைகீழ் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனுக்கு உட்படுகின்றன, 10X பார்கோடுகள் மற்றும் தனித்துவமான மூலக்கூறு அடையாளங்காட்டிகள் (UMI) ஆகியவற்றை இணைக்கின்றன. இந்த cDNA-கள் பின்னர் நிலையான வரிசைமுறை நூலக கட்டுமானத்திற்கு உட்படுத்தப்படுகின்றன, இது ஒற்றை-செல் மட்டத்தில் மரபணு வெளிப்பாடு சுயவிவரங்களின் வலுவான மற்றும் விரிவான ஆய்வை எளிதாக்குகிறது.
தளம்: 10× ஜீனோமிக்ஸ் குரோமியம் மற்றும் இல்லுமினா நோவாசெக் தளம்
-
10x ஜெனோமிக்ஸ் விசியம் ஸ்பேஷியல் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம்
இடஞ்சார்ந்த டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக்ஸ் என்பது ஒரு அதிநவீன தொழில்நுட்பமாகும், இது ஆராய்ச்சியாளர்கள் திசுக்களுக்குள் மரபணு வெளிப்பாடு வடிவங்களை ஆராயவும், அவற்றின் இடஞ்சார்ந்த சூழலைப் பாதுகாக்கவும் அனுமதிக்கிறது. இந்த களத்தில் ஒரு சக்திவாய்ந்த தளம் 10x ஜெனோமிக்ஸ் விசியம் மற்றும் இல்லுமினா வரிசைமுறை ஆகும். 10X விசியத்தின் கொள்கை, திசுப் பிரிவுகள் வைக்கப்பட்டுள்ள நியமிக்கப்பட்ட பிடிப்புப் பகுதியுடன் கூடிய ஒரு சிறப்பு சிப்பில் உள்ளது. இந்தப் பிடிப்புப் பகுதியில் பார்கோடு செய்யப்பட்ட புள்ளிகள் உள்ளன, ஒவ்வொன்றும் திசுக்களுக்குள் ஒரு தனித்துவமான இடஞ்சார்ந்த இடத்திற்கு ஒத்திருக்கும். திசுக்களில் இருந்து கைப்பற்றப்பட்ட RNA மூலக்கூறுகள் பின்னர் தலைகீழ் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் செயல்பாட்டின் போது தனித்துவமான மூலக்கூறு அடையாளங்காட்டிகள் (UMIs) மூலம் லேபிளிடப்படுகின்றன. இந்த பார்கோடு செய்யப்பட்ட புள்ளிகள் மற்றும் UMIகள் ஒற்றை செல் தெளிவுத்திறனில் மரபணு வெளிப்பாட்டின் துல்லியமான இடஞ்சார்ந்த மேப்பிங் மற்றும் அளவீட்டை செயல்படுத்துகின்றன. இடஞ்சார்ந்த பார்கோடு செய்யப்பட்ட மாதிரிகள் மற்றும் UMIகளின் கலவையானது உருவாக்கப்படும் தரவின் துல்லியம் மற்றும் தனித்துவத்தை உறுதி செய்கிறது. இந்த இடஞ்சார்ந்த டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக்ஸ் தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்துவதன் மூலம், ஆராய்ச்சியாளர்கள் செல்களின் இடஞ்சார்ந்த அமைப்பு மற்றும் திசுக்களுக்குள் நிகழும் சிக்கலான மூலக்கூறு தொடர்புகள் பற்றிய ஆழமான புரிதலைப் பெறலாம், இது புற்றுநோயியல், நரம்பியல், வளர்ச்சி உயிரியல், நோயெதிர்ப்பு மற்றும் தாவரவியல் ஆய்வுகள் உள்ளிட்ட பல துறைகளில் உயிரியல் செயல்முறைகளுக்கு அடிப்படையான வழிமுறைகள் பற்றிய விலைமதிப்பற்ற நுண்ணறிவுகளை வழங்குகிறது.
தளம்: 10X ஜெனோமிக்ஸ் விசியம் மற்றும் இல்லுமினா நோவாசெக்
-
முழு நீள mRNA வரிசைமுறை-நானோபோர்
NGS-அடிப்படையிலான mRNA வரிசைமுறை மரபணு வெளிப்பாட்டை அளவிடுவதற்கான ஒரு பல்துறை கருவியாக இருந்தாலும், குறுகிய வாசிப்புகளை நம்பியிருப்பது சிக்கலான டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் பகுப்பாய்வுகளில் அதன் செயல்திறனைக் கட்டுப்படுத்துகிறது. மறுபுறம், நானோபோர் வரிசைமுறை நீண்ட-வாசிப்பு தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்துகிறது, இது முழு நீள mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளின் வரிசைமுறையை செயல்படுத்துகிறது. இந்த அணுகுமுறை மாற்று பிளவுபடுத்தல், மரபணு இணைப்புகள், பாலி-அடினிலேஷன் மற்றும் mRNA ஐசோஃபார்ம்களின் அளவுப்படுத்தல் ஆகியவற்றின் விரிவான ஆய்வை எளிதாக்குகிறது.
நானோபோர் ஒற்றை-மூலக்கூறு நிகழ்நேர மின் சமிக்ஞைகளை நம்பியிருக்கும் ஒரு முறையான நானோபோர் வரிசைமுறை, நிகழ்நேரத்தில் முடிவுகளை வழங்குகிறது. மோட்டார் புரதங்களால் வழிநடத்தப்படும், இரட்டை-இழைகள் கொண்ட டிஎன்ஏ ஒரு பயோஃபிலிமில் பதிக்கப்பட்ட நானோபோர் புரதங்களுடன் பிணைக்கப்பட்டு, மின்னழுத்த வேறுபாட்டின் கீழ் நானோபோர் சேனலின் வழியாகச் செல்லும்போது அவிழ்கிறது. டிஎன்ஏ இழையில் உள்ள வெவ்வேறு தளங்களால் உருவாக்கப்படும் தனித்துவமான மின் சமிக்ஞைகள் நிகழ்நேரத்தில் கண்டறியப்பட்டு வகைப்படுத்தப்படுகின்றன, இது துல்லியமான மற்றும் தொடர்ச்சியான நியூக்ளியோடைடு வரிசைமுறையை எளிதாக்குகிறது. இந்த புதுமையான அணுகுமுறை குறுகிய-வாசிப்பு வரம்புகளைக் கடந்து, உடனடி முடிவுகளுடன் சிக்கலான டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் ஆய்வுகள் உட்பட சிக்கலான மரபணு பகுப்பாய்விற்கான ஒரு மாறும் தளத்தை வழங்குகிறது.
தளம்: நானோபோர் ப்ரோமிதியான் 48
-
முழு நீள mRNA வரிசைமுறை -PacBio
NGS-அடிப்படையிலான mRNA வரிசைமுறை மரபணு வெளிப்பாட்டை அளவிடுவதற்கான ஒரு பல்துறை கருவியாக இருந்தாலும், குறுகிய வாசிப்புகளை நம்பியிருப்பது சிக்கலான டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் பகுப்பாய்வுகளில் அதன் பயன்பாட்டை கட்டுப்படுத்துகிறது. மறுபுறம், PacBio வரிசைமுறை (Iso-Seq) நீண்ட-வாசிப்பு தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்துகிறது, இது முழு-நீள mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களின் வரிசைமுறையை செயல்படுத்துகிறது. இந்த அணுகுமுறை மாற்று பிளவு, மரபணு இணைப்புகள் மற்றும் பாலி-அடினிலேஷன் ஆகியவற்றின் விரிவான ஆய்வை எளிதாக்குகிறது. இருப்பினும், அதிக அளவு தரவு தேவைப்படுவதால் மரபணு வெளிப்பாடு அளவீட்டுக்கு வேறு தேர்வுகள் உள்ளன. PacBio வரிசைமுறை தொழில்நுட்பம் ஒற்றை-மூலக்கூறு, நிகழ்நேர (SMRT) வரிசைமுறையை நம்பியுள்ளது, இது முழு-நீள mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களைப் பிடிப்பதில் ஒரு தனித்துவமான நன்மையை வழங்குகிறது. இந்த புதுமையான அணுகுமுறை பூஜ்ஜிய-முறை அலை வழிகாட்டிகள் (ZMWs) மற்றும் மைக்ரோஃபேப்ரிகேட்டட் கிணறுகளைப் பயன்படுத்துவதை உள்ளடக்கியது, அவை வரிசைப்படுத்தலின் போது DNA பாலிமரேஸ் செயல்பாட்டை நிகழ்நேர கண்காணிப்பை செயல்படுத்துகின்றன. இந்த ZMWs-க்குள், PacBio-வின் DNA பாலிமரேஸ் DNA இன் ஒரு நிரப்பு இழையை ஒருங்கிணைக்கிறது, mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்ட்கள் முழுவதையும் உள்ளடக்கிய நீண்ட வாசிப்புகளை உருவாக்குகிறது. வட்ட ஒருமித்த வரிசைமுறை (CCS) முறையில் PacBio செயல்பாடு, ஒரே மூலக்கூறை மீண்டும் மீண்டும் வரிசைப்படுத்துவதன் மூலம் துல்லியத்தை மேம்படுத்துகிறது. உருவாக்கப்பட்ட HiFi வாசிப்புகள் NGS உடன் ஒப்பிடக்கூடிய துல்லியத்தைக் கொண்டுள்ளன, மேலும் சிக்கலான டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் அம்சங்களின் விரிவான மற்றும் நம்பகமான பகுப்பாய்விற்கு மேலும் பங்களிக்கின்றன.
இயங்குதளம்: PacBio தொடர்ச்சி II; PacBio Revio
-
யூகாரியோடிக் mRNA வரிசைமுறை-NGS
mRNA வரிசைமுறை என்பது அடுத்த தலைமுறை வரிசைமுறையைப் பயன்படுத்தி ஒரு உயிரியல் மாதிரியில் RNA மூலக்கூறுகளின் இருப்பு மற்றும் அளவை வெளிப்படுத்தும் ஒரு நுட்பமாகும், இது மாதிரியில் மரபணு வெளிப்பாட்டின் ஒரு ஸ்னாப்ஷாட்டை வழங்குகிறது.
அதன் பரந்த அளவிலான பயன்பாடுகளுடன், இந்த அதிநவீன கருவி, பல்வேறு உயிரியல் செயல்முறைகளுடன் தொடர்புடைய சிக்கலான மரபணு வெளிப்பாடு சுயவிவரங்கள், மரபணு கட்டமைப்புகள் மற்றும் மூலக்கூறு வழிமுறைகளை வெளிப்படுத்துகிறது.
இந்த நுட்பம் ஆராய்ச்சி, மருத்துவ நோயறிதல் மற்றும் மருந்து மேம்பாட்டில் பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படுகிறது, ஏனெனில் இது செல்லுலார் இயக்கவியல் மற்றும் மரபணு ஒழுங்குமுறையின் நுணுக்கங்களைப் பற்றிய நுணுக்கங்களைப் பற்றிய நுண்ணறிவுகளை வழங்குகிறது, பல்வேறு துறைகளில் அதன் ஆற்றலைப் பற்றிய ஆர்வத்தைத் தூண்டுவதற்கு ஒரு உறுதியான அடித்தளத்தை வழங்குகிறது.
கிடைக்கும் தளங்கள்: இல்லுமினா நோவாசெக் எக்ஸ்; DNBSEQ-T7
-
குறிப்பு அல்லாத mRNA வரிசைமுறை-NGS
mRNA வரிசைமுறை, குறிப்பிட்ட நிலைமைகளின் கீழ் செல்களுக்குள் உள்ள அனைத்து mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளின் விரிவான விவரக்குறிப்பை அதிகாரம் அளிக்கிறது. இந்த அதிநவீன தொழில்நுட்பம் ஒரு சக்திவாய்ந்த கருவியாக செயல்படுகிறது, சிக்கலான மரபணு வெளிப்பாடு சுயவிவரங்கள், மரபணு கட்டமைப்புகள் மற்றும் பல்வேறு உயிரியல் செயல்முறைகளுடன் தொடர்புடைய மூலக்கூறு வழிமுறைகளை வெளிப்படுத்துகிறது. அடிப்படை ஆராய்ச்சி, மருத்துவ நோயறிதல் மற்றும் மருந்து மேம்பாட்டில் பரவலாக ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்ட mRNA வரிசைமுறை, செல்லுலார் இயக்கவியல் மற்றும் மரபணு ஒழுங்குமுறையின் நுணுக்கங்களைப் பற்றிய நுண்ணறிவுகளை வழங்குகிறது.
தளம்: இல்லுமினா நோவாசெக் எக்ஸ்; DNBSEQ-T7
-
நீண்ட குறியீட்டு அல்லாத வரிசைமுறை-இல்லுமினா
நீண்ட குறியீட்டு முறையற்ற RNAக்கள் (lncRNAக்கள்) 200க்கும் மேற்பட்ட நியூக்ளியோடைடுகளைக் கொண்டுள்ளன, அவை குறைந்தபட்ச குறியீட்டு திறனைக் கொண்டுள்ளன மற்றும் குறியீட்டு முறையற்ற RNA க்குள் முக்கிய கூறுகளாகும். கரு மற்றும் சைட்டோபிளாஸில் காணப்படும் இந்த RNAக்கள், எபிஜெனெடிக், டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் மற்றும் பிந்தைய டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் ஒழுங்குமுறையில் முக்கிய பங்கு வகிக்கின்றன, செல்லுலார் மற்றும் மூலக்கூறு செயல்முறைகளை வடிவமைப்பதில் அவற்றின் முக்கியத்துவத்தை அடிக்கோடிட்டுக் காட்டுகின்றன. செல் வேறுபாடு, ஆன்டோஜெனிசிஸ் மற்றும் மனித நோய்களில் LncRNA வரிசைமுறை ஒரு சக்திவாய்ந்த கருவியாகும்.
தளம்: இல்லுமினா நோவாசெக் எக்ஸ்
-
சிறிய ஆர்.என்.ஏ வரிசைமுறை-இல்லுமினா
சிறிய ஆர்.என்.ஏ என்பது மைக்ரோஆர்.என்.ஏக்கள் (மைஆர்.என்.ஏக்கள்), சிறிய குறுக்கிடும் ஆர்.என்.ஏக்கள் (சிஆர்.என்.ஏக்கள்) மற்றும் பிவி-ஊடாடும் ஆர்.என்.ஏக்கள் (பைஆர்.என்.ஏக்கள்) ஆகியவற்றை உள்ளடக்கிய ஆர்.என்.ஏ மூலக்கூறுகளின் குழுவாகும். இவற்றில், சுமார் 18-25 நியூக்ளியோடைடுகள் நீளமுள்ள மைஆர்.என்.ஏக்கள், பல்வேறு செல்லுலார் செயல்முறைகளில் அவற்றின் முக்கிய ஒழுங்குமுறைப் பாத்திரங்களுக்கு குறிப்பாக குறிப்பிடத்தக்கவை. திசு-குறிப்பிட்ட மற்றும் நிலை-குறிப்பிட்ட வெளிப்பாடு வடிவங்களுடன், மைஆர்.என்.ஏக்கள் வெவ்வேறு இனங்கள் முழுவதும் அதிக பாதுகாப்பை வெளிப்படுத்துகின்றன.
தளம்: இல்லுமினா நோவாசெக்
-
சர்க்ஆர்என்ஏ வரிசைமுறை-இல்லுமினா
வட்ட RNA வரிசைமுறை (circRNA-seq) சுயவிவரங்கள் மற்றும் பகுப்பாய்வுகள், நியதியற்ற பிளவு நிகழ்வுகள் காரணமாக மூடிய சுழல்களை உருவாக்கும் RNA மூலக்கூறுகளின் ஒரு வகை வட்ட RNAகள், இந்த RNA ஐ அதிகரித்த நிலைத்தன்மையுடன் வழங்குகின்றன. சில circRNAகள் மைக்ரோஆர்என்ஏ கடற்பாசிகளாக செயல்படுவதாகக் காட்டப்பட்டுள்ளது, மைக்ரோஆர்என்ஏக்களை வரிசைப்படுத்தி அவற்றின் இலக்கு எம்ஆர்என்ஏக்களை ஒழுங்குபடுத்துவதைத் தடுக்கின்றன, மற்ற circRNAகள் புரதங்களுடன் தொடர்பு கொள்ளலாம், மரபணு வெளிப்பாட்டை மாற்றியமைக்கலாம் அல்லது செல்லுலார் செயல்முறைகளில் பங்கு வகிக்கலாம். circRNA வெளிப்பாடு பகுப்பாய்வு இந்த மூலக்கூறுகளின் ஒழுங்குமுறை பாத்திரங்கள் மற்றும் பல்வேறு செல்லுலார் செயல்முறைகள், வளர்ச்சி நிலைகள் மற்றும் நோய் நிலைமைகளில் அவற்றின் முக்கியத்துவம் பற்றிய நுண்ணறிவுகளை வழங்குகிறது, இது மரபணு வெளிப்பாட்டின் சூழலில் RNA ஒழுங்குமுறையின் சிக்கலான தன்மையை ஆழமாகப் புரிந்துகொள்ள பங்களிக்கிறது.
தளம்: இல்லுமினா நோவாசெக் எக்ஸ்
-
முழு டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் வரிசைமுறை - இல்லுமினா
வோல் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் வரிசைமுறை, குறியீட்டு முறை (mRNA) மற்றும் குறியீட்டு முறை அல்லாத RNAக்களை (lncRNA, circRNA, மற்றும் miRNA) உள்ளடக்கிய பல்வேறு RNA மூலக்கூறுகளை விவரக்குறிப்பு செய்வதற்கான ஒரு விரிவான அணுகுமுறையை வழங்குகிறது. இந்த நுட்பம் ஒரு குறிப்பிட்ட நேரத்தில் குறிப்பிட்ட செல்களின் முழு டிரான்ஸ்கிரிப்டோமையும் கைப்பற்றுகிறது, இது செல்லுலார் செயல்முறைகளைப் பற்றிய முழுமையான புரிதலை அனுமதிக்கிறது.
கிடைக்கும் தளங்கள்: இல்லுமினா நோவாசெக் எக்ஸ்
