-
ஒற்றை உட்கரு ஆர்.என்.ஏ வரிசைப்படுத்தல்
ஒற்றை-செல் பிடிப்பு மற்றும் தனிப்பயன் லைப்ரரி கட்டுமான நுட்பங்களின் வளர்ச்சி, உயர்-செயல்திறன் வரிசைப்படுத்தலுடன் இணைந்து, செல் மட்டத்தில் மரபணு வெளிப்பாடு ஆய்வுகளில் ஒரு புரட்சியை ஏற்படுத்தியுள்ளது. இந்த முன்னேற்றம், சிக்கலான செல் தொகுதிகளின் ஆழமான மற்றும் விரிவான பகுப்பாய்வை அனுமதிக்கிறது; இது அனைத்து செல்களிலும் மரபணு வெளிப்பாட்டைச் சராசரியாகக் கணக்கிடுவதில் உள்ள வரம்புகளைக் கடந்து, இந்தத் தொகுதிகளுக்குள் இருக்கும் உண்மையான பன்முகத்தன்மையைப் பாதுகாக்கிறது. ஒற்றை-செல் ஆர்.என்.ஏ வரிசைப்படுத்தலுக்கு (scRNA-seq) மறுக்க முடியாத நன்மைகள் இருந்தாலும், சில திசுக்களில் இது சவால்களை எதிர்கொள்கிறது; அங்கு ஒற்றை-செல் சஸ்பென்ஷனை உருவாக்குவது கடினமாக உள்ளது மற்றும் புதிய மாதிரிகள் தேவைப்படுகின்றன. BMKGene-இல், அதிநவீன 10X Genomics Chromium தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்தி ஒற்றை-நியூக்ளியஸ் ஆர்.என்.ஏ வரிசைப்படுத்தலை (snRNA-seq) வழங்குவதன் மூலம் இந்தத் தடையை நாங்கள் தீர்க்கிறோம். இந்த அணுகுமுறை, ஒற்றை-செல் மட்டத்தில் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் பகுப்பாய்வுக்கு ஏற்ற மாதிரிகளின் வரம்பை விரிவுபடுத்துகிறது.
இரட்டைக் குறுக்கீடுகளைக் கொண்ட எட்டு-சேனல் நுண் பாய்மவியல் அமைப்பைக் கொண்டுள்ள புதுமையான 10X ஜெனோமிக்ஸ் குரோமியம் சிப் மூலம் உட்கருக்கள் தனிமைப்படுத்தப்படுகின்றன. இந்த அமைப்பில், பார்கோடுகள், பிரைமர்கள், நொதிகள் மற்றும் ஒரு தனி உட்கரு ஆகியவற்றைக் கொண்ட ஜெல் மணிகள், நானோலிட்டர் அளவுள்ள எண்ணெய் துளிகளில் அடைக்கப்பட்டு, ஜெல் பீட்-இன்-எமல்ஷன் (GEM) உருவாக்கப்படுகிறது. GEM உருவானதைத் தொடர்ந்து, ஒவ்வொரு GEM-இலும் செல் சிதைவும் பார்கோடு வெளியீடும் நிகழ்கின்றன. அதைத் தொடர்ந்து, mRNA மூலக்கூறுகள் தலைகீழ் படியெடுத்தலுக்கு உட்பட்டு, 10X பார்கோடுகள் மற்றும் தனித்துவமான மூலக்கூறு அடையாளங்காட்டிகளை (UMIs) உள்ளடக்கிய cDNA-க்களாக மாறுகின்றன. இந்த cDNA-க்கள் பின்னர் வழக்கமான வரிசைப்படுத்தல் நூலக உருவாக்கத்திற்கு உட்படுத்தப்படுகின்றன, இது ஒற்றை-செல் மட்டத்தில் மரபணு வெளிப்பாட்டு விவரங்களின் வலுவான மற்றும் விரிவான ஆய்வை எளிதாக்குகிறது.
தளம்: 10× ஜெனோமிக்ஸ் குரோமியம் மற்றும் இல்லுமினா நோவாசீக் தளம்
-
முழு நீள mRNA வரிசைப்படுத்தல்-நானோபோர்
NGS அடிப்படையிலான mRNA வரிசைப்படுத்தல், மரபணு வெளிப்பாட்டை அளவிடுவதற்கான ஒரு பன்முகக் கருவியாக இருந்தாலும், அது குறுகிய வாசிப்புகளைச் சார்ந்திருப்பதால், சிக்கலான டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் பகுப்பாய்வுகளில் அதன் செயல்திறன் கட்டுப்படுத்தப்படுகிறது. மறுபுறம், நானோபோர் வரிசைப்படுத்தல் நீண்ட-வாசிப்புத் தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்துகிறது, இது முழு நீள mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளை வரிசைப்படுத்த உதவுகிறது. இந்த அணுகுமுறை, மாற்றுப் பிணைப்பு, மரபணு இணைப்புகள், பாலி-அடினைலேஷன் மற்றும் mRNA ஐசோஃபார்ம்களின் அளவீடு ஆகியவற்றின் விரிவான ஆய்வுக்கு வழிவகுக்கிறது.
நானோபோர் ஒற்றை-மூலக்கூறு நிகழ்நேர மின் சமிக்ஞைகளைச் சார்ந்திருக்கும் ஒரு முறையான நானோபோர் வரிசைப்படுத்தல், நிகழ்நேரத்தில் முடிவுகளை வழங்குகிறது. இயக்கப் புரதங்களின் வழிகாட்டுதலின்படி, இரட்டைச் சரம் கொண்ட டி.என்.ஏ, ஒரு உயிரிப்படலத்தில் பதிக்கப்பட்ட நானோபோர் புரதங்களுடன் பிணைந்து, மின்னழுத்த வேறுபாட்டின் கீழ் நானோபோர் வழித்தடத்தின் வழியாகச் செல்லும்போது அவிழ்கிறது. டி.என்.ஏ சரத்தில் உள்ள வெவ்வேறு காரங்களால் உருவாக்கப்படும் தனித்துவமான மின் சமிக்ஞைகள் நிகழ்நேரத்தில் கண்டறியப்பட்டு வகைப்படுத்தப்படுகின்றன, இது துல்லியமான மற்றும் தொடர்ச்சியான நியூக்ளியோடைடு வரிசைப்படுத்தலை எளிதாக்குகிறது. இந்த புதுமையான அணுகுமுறை, குறுகிய-வாசிப்பு வரம்புகளைக் கடந்து, சிக்கலான டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் ஆய்வுகள் உட்பட, நுணுக்கமான மரபணுப் பகுப்பாய்விற்கான ஒரு ஆற்றல்மிக்க தளத்தை உடனடி முடிவுகளுடன் வழங்குகிறது.
தளம்: நானோபோர் புரோமெத்தியோன் 48
-
முழு நீள mRNA வரிசைப்படுத்தல் - பேக்பயோ
NGS-அடிப்படையிலான mRNA வரிசைப்படுத்தல், மரபணு வெளிப்பாட்டை அளவிடுவதற்கான ஒரு பன்முகக் கருவியாக இருந்தாலும், அது குறுகிய வாசிப்புகளைச் சார்ந்திருப்பதால், சிக்கலான டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் பகுப்பாய்வுகளில் அதன் பயன்பாடு கட்டுப்படுத்தப்படுகிறது. மறுபுறம், PacBio வரிசைப்படுத்தல் (Iso-Seq) நீண்ட-வாசிப்புத் தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்துகிறது, இது முழு நீள mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளை வரிசைப்படுத்த உதவுகிறது. இந்த அணுகுமுறை, மாற்று ஸ்ப்ளைசிங், மரபணு இணைப்புகள் மற்றும் பாலி-அடினைலேஷன் ஆகியவற்றின் விரிவான ஆய்வுக்கு வழிவகுக்கிறது. இருப்பினும், அதிக அளவு தரவுகள் தேவைப்படுவதால், மரபணு வெளிப்பாட்டை அளவிடுவதற்கு வேறு தேர்வுகளும் உள்ளன. PacBio வரிசைப்படுத்தல் தொழில்நுட்பம், ஒற்றை-மூலக்கூறு, நிகழ்நேர (SMRT) வரிசைப்படுத்தலைச் சார்ந்துள்ளது, இது முழு நீள mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளைப் பெறுவதில் ஒரு தனித்துவமான நன்மையை வழங்குகிறது. இந்த புதுமையான அணுகுமுறையானது, வரிசைப்படுத்தலின் போது DNA பாலிமரேஸ் செயல்பாட்டை நிகழ்நேரத்தில் கண்காணிக்க உதவும் ஜீரோ-மோட் வேவ்கைடுகள் (ZMWs) மற்றும் மைக்ரோஃபேப்ரிகேட்டட் கிணறுகளைப் பயன்படுத்துவதை உள்ளடக்கியது. இந்த ZMW-களுக்குள், PacBio-வின் DNA பாலிமரேஸ் ஒரு நிரப்பு DNA இழையை ஒருங்கிணைத்து, mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்டுகள் முழுவதையும் உள்ளடக்கிய நீண்ட வாசிப்புகளை உருவாக்குகிறது. வட்ட ஒருமித்த வரிசைப்படுத்தல் (CCS) முறையில் PacBio செயல்படுவது, ஒரே மூலக்கூறை மீண்டும் மீண்டும் வரிசைப்படுத்துவதன் மூலம் துல்லியத்தை மேம்படுத்துகிறது. உருவாக்கப்படும் HiFi ரீடுகள், NGS-க்கு இணையான துல்லியத்தைக் கொண்டிருப்பதோடு, சிக்கலான டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் அம்சங்களின் விரிவான மற்றும் நம்பகமான பகுப்பாய்விற்கும் மேலும் பங்களிக்கின்றன.
இயங்குதளம்: PacBio தொடர்ச்சி II; PacBio Revio
-
யூக்கரியோடிக் mRNA வரிசைப்படுத்தல்-NGS
mRNA வரிசைப்படுத்தல் என்பது, ஒரு உயிரியல் மாதிரியில் உள்ள RNA மூலக்கூறுகளின் இருப்பு மற்றும் அளவை வெளிப்படுத்தவும், அந்த மாதிரியில் உள்ள மரபணு வெளிப்பாட்டின் ஒரு துணுக்குப் படத்தை வழங்கவும், அடுத்த தலைமுறை வரிசைப்படுத்தலைப் பயன்படுத்தும் ஒரு நுட்பமாகும்.
தனது பரந்த அளவிலான பயன்பாடுகளின் மூலம், இந்த அதிநவீன கருவியானது, பல்வேறு உயிரியல் செயல்முறைகளுடன் தொடர்புடைய சிக்கலான மரபணு வெளிப்பாட்டு விவரங்கள், மரபணு கட்டமைப்புகள் மற்றும் மூலக்கூறு இயக்கமுறைகளை வெளிப்படுத்துகிறது.
இந்த நுட்பம் ஆராய்ச்சி, மருத்துவ நோயறிதல் மற்றும் மருந்து உருவாக்கம் ஆகியவற்றில் பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படுகிறது, ஏனெனில் இது உயிரணு இயக்கவியல் மற்றும் மரபணு ஒழுங்குமுறையின் நுணுக்கங்கள் குறித்த நுண்ணறிவை வழங்குவதோடு, பல்வேறு துறைகளில் அதன் சாத்தியக்கூறுகள் பற்றிய ஆர்வத்தைத் தூண்டுவதற்கு ஒரு உறுதியான அடித்தளத்தையும் வழங்குகிறது.
கிடைக்கும் தளங்கள்: இல்லுமினா நோவாசீக் எக்ஸ்; டிஎன்பிஎஸ்ஈக்-டி7
-
குறிப்பு அடிப்படையற்ற mRNA வரிசைமுறைப்படுத்தல்-NGS
mRNA வரிசைப்படுத்தல், குறிப்பிட்ட சூழ்நிலைகளில் செல்களுக்குள் இருக்கும் அனைத்து mRNA படியெடுத்தல்களின் விரிவான விவரங்களை அறிய உதவுகிறது. இந்த அதிநவீன தொழில்நுட்பம், பல்வேறு உயிரியல் செயல்முறைகளுடன் தொடர்புடைய சிக்கலான மரபணு வெளிப்பாட்டு விவரங்கள், மரபணு கட்டமைப்புகள் மற்றும் மூலக்கூறு வழிமுறைகளை வெளிக்கொணரும் ஒரு சக்திவாய்ந்த கருவியாகச் செயல்படுகிறது. அடிப்படை ஆராய்ச்சி, மருத்துவ நோயறிதல் மற்றும் மருந்து மேம்பாடு ஆகியவற்றில் பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படும் mRNA வரிசைப்படுத்தல், செல் இயக்கவியல் மற்றும் மரபணு ஒழுங்குமுறையின் நுணுக்கங்கள் குறித்த நுண்ணறிவை வழங்குகிறது.
தளம்: இல்லுமினா நோவாசீக் எக்ஸ்; டிஎன்பிஎஸ்ஈக்-டி7
-
நீண்ட குறியீடற்ற வரிசைமுறை - இல்லுமினா
நீண்ட குறியீடற்ற ஆர்.என்.ஏ-க்கள் (lncRNAs) என்பவை 200 நியூக்ளியோடைடுகளை விட நீளமானவை, மிகக் குறைந்த குறியீட்டுத் திறனைக் கொண்டவை மற்றும் குறியீடற்ற ஆர்.என்.ஏ-க்களுக்குள் முக்கியக் கூறுகளாகும். உட்கரு மற்றும் சைட்டோபிளாசத்தில் காணப்படும் இந்த ஆர்.என்.ஏ-க்கள், புறமரபியல், படியெடுத்தல் மற்றும் படியெடுத்தலுக்குப் பிந்தைய ஒழுங்குமுறைகளில் முக்கியப் பங்கு வகிக்கின்றன, இது செல் மற்றும் மூலக்கூறு செயல்முறைகளை வடிவமைப்பதில் அவற்றின் முக்கியத்துவத்தை அடிக்கோடிட்டுக் காட்டுகிறது. செல் வேறுபாடு, உயிரின வளர்ச்சி மற்றும் மனித நோய்களில் lncRNA வரிசைப்படுத்துதல் ஒரு சக்திவாய்ந்த கருவியாகும்.
தளம்: இல்லுமினா நோவாசீக் எக்ஸ்
-
சிறிய ஆர்.என்.ஏ வரிசைப்படுத்தல்-இலுமினா
சிறிய ஆர்.என்.ஏ என்பது மைக்ரோஆர்.என்.ஏ-க்கள் (miRNAs), சிறிய குறுக்கீட்டு ஆர்.என்.ஏ-க்கள் (siRNAs) மற்றும் பிவி-இடைவினை ஆர்.என்.ஏ-க்கள் (piRNAs) ஆகியவற்றை உள்ளடக்கிய ஆர்.என்.ஏ மூலக்கூறுகளின் ஒரு குழுவாகும். இவற்றுள், சுமார் 18-25 நியூக்ளியோடைடுகள் நீளமுள்ள miRNAs, பல்வேறு செல் செயல்முறைகளில் அவற்றின் முக்கிய ஒழுங்குமுறைப் பங்கிற்காகக் குறிப்பாகக் குறிப்பிடத்தக்கவை. திசு சார்ந்த மற்றும் வளர்ச்சி நிலை சார்ந்த வெளிப்பாட்டு முறைகளுடன், miRNAs வெவ்வேறு இனங்களிடையே அதிகப் பாதுகாப்பைக் காட்டுகின்றன.
தளம்: இல்லுமினா நோவாசீக்
-
சர்க்ஆர்என்ஏ வரிசைப்படுத்தல்-இலுமினா
வட்ட ஆர்.என்.ஏ வரிசைமுறைப்படுத்தல் (circRNA-seq) என்பது, மரபுசாரா இணைப்பு நிகழ்வுகளால் மூடிய வளையங்களை உருவாக்கி, அதன் மூலம் ஆர்.என்.ஏ-விற்கு மேம்பட்ட நிலைத்தன்மையை வழங்கும் ஒரு வகை ஆர்.என்.ஏ மூலக்கூறுகளான வட்ட ஆர்.என்.ஏ-க்களைப் பகுப்பாய்வு செய்து அவற்றின் விவரங்களை அறிய உதவுகிறது. சில வட்ட ஆர்.என்.ஏ-க்கள், மைக்ரோஆர்.என்.ஏ-க்களைத் தடுத்து நிறுத்தி, அவற்றின் இலக்கு எம்.ஆர்.என்.ஏ-க்களை ஒழுங்குபடுத்துவதைத் தடுக்கும் மைக்ரோஆர்.என்.ஏ ஸ்பாஞ்சுகளாகச் செயல்படுவதாகக் காட்டப்பட்டுள்ள நிலையில், மற்ற சில வட்ட ஆர்.என்.ஏ-க்கள் புரதங்களுடன் தொடர்பு கொள்ளலாம், மரபணு வெளிப்பாட்டை நெறிப்படுத்தலாம் அல்லது செல் செயல்முறைகளில் பங்கு வகிக்கலாம். வட்ட ஆர்.என்.ஏ வெளிப்பாட்டுப் பகுப்பாய்வானது, இந்த மூலக்கூறுகளின் ஒழுங்குபடுத்தும் பங்குகள் மற்றும் பல்வேறு செல் செயல்முறைகள், வளர்ச்சி நிலைகள், மற்றும் நோய் நிலைகளில் அவற்றின் முக்கியத்துவம் குறித்த நுண்ணறிவை வழங்குகிறது. இது மரபணு வெளிப்பாட்டின் பின்னணியில் ஆர்.என்.ஏ ஒழுங்குமுறையின் சிக்கலான தன்மையைப் பற்றிய ஆழமான புரிதலுக்குப் பங்களிக்கிறது.
தளம்: இல்லுமினா நோவாசீக் எக்ஸ்
-
முழு டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் வரிசைப்படுத்தல் – இல்லுமினா
முழு டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் வரிசைமுறைப்படுத்தல், குறியீட்டு (mRNA) மற்றும் குறியீடற்ற RNA-க்கள் (lncRNA, circRNA, மற்றும் miRNA) உள்ளிட்ட பல்வேறு RNA மூலக்கூறுகளின் விவரங்களை அறிய ஒரு விரிவான அணுகுமுறையை வழங்குகிறது. இந்த நுட்பம், ஒரு குறிப்பிட்ட நேரத்தில் ஒரு குறிப்பிட்ட செல்லின் முழு டிரான்ஸ்கிரிப்டோமையும் படம்பிடித்து, செல்லுலார் செயல்முறைகளைப் பற்றிய ஒரு முழுமையான புரிதலை அனுமதிக்கிறது.
கிடைக்கும் தளங்கள்: இல்லுமினா நோவாசீக் எக்ஸ்
