BMKMANU S1000 fazoviy transkriptom
BMKMANU S1000 fazoviy transkriptom texnik sxemasi
Xususiyatlari
● Ruxsat: 5 µM
● Spot diametri: 2,5 µM
● Dog'lar soni: taxminan 2 million
● 3 ta mumkin boʻlgan suratga olish maydoni formatlari: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm yoki 15 mm * 20 mm
● Har bir shtrix-kodli boncuk 4 qismdan iborat astar bilan to'ldirilgan:
mRNKni tayyorlash va cDNK sintezi uchun poli(dT) dum
Noyob molekulyar identifikator (UMI) kuchaytirilishini tuzatish uchun
Fazoviy shtrix-kod
Qisman o'qilgan 1 ketma-ketlik primerining bog'lash ketma-ketligi
● H&E va bo'limlarni floresan bo'yash
● Foydalanish imkoniyatihujayra segmentatsiyasi texnologiyasi: har bir hujayraning chegaralarini aniqlash va har bir hujayraga gen ifodasini to'g'ri belgilash uchun H&E binoni, lyuminestsent bo'yash va RNK ketma-ketligi integratsiyasi.
BMKMANU S1000 ning afzalliklari
●Sub-hujayra rezolyutsiyasi: Har bir suratga olish maydonida diametri 2,5 mkm va nuqta markazlari orasidagi masofa 5 mkm bo'lgan 2 milliondan ortiq fazoviy shtrixli dog'lar mavjud bo'lib, bu hujayradan tashqari rezolyutsiya (5 mkm) bilan fazoviy transkriptomani tahlil qilish imkonini beradi.
●Ko'p darajali ruxsat tahlili:Turli to'qimalar xususiyatlarini optimal piksellar bilan hal qilish uchun 100 mkm dan 5 mkm gacha bo'lgan moslashuvchan ko'p darajali tahlil.
●“Bir slaydda uchta” hujayra segmentatsiyasi texnologiyasidan foydalanish imkoniyati:Floresan bo'yash, H&E bo'yash va RNK ketma-ketligini bitta slaydda birlashtirgan holda, bizning "uchtasi birda" tahlil algoritmimiz keyingi hujayralarga asoslangan transkriptomikalar uchun hujayra chegaralarini aniqlash imkonini beradi.
●Bir nechta ketma-ketlik platformalari bilan mos keladi: Ham NGS, ham uzoq o'qiladigan ketma-ketlik mavjud.
●1-8 faol tortishish maydonining moslashuvchan dizayni: Rasmga tushirish maydonining o'lchami moslashuvchan, 3 formatdan foydalanish mumkin (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm va 15 mm * 20 mm)
●Bir martalik xizmat: U barcha tajriba va mahoratga asoslangan qadamlarni, jumladan, kriyo-kesish, bo'yash, to'qimalarni optimallashtirish, fazoviy shtrix kodlash, kutubxona tayyorlash, ketma-ketlik va bioinformatikani birlashtiradi.
●Keng qamrovli bioinformatika va natijalarning foydalanuvchilarga qulay vizualizatsiyasi:Paket 29 ta tahlil va 100 dan ortiq yuqori sifatli raqamlarni o'z ichiga oladi, ular hujayra bo'linishi va nuqta klasterini vizualizatsiya qilish va sozlash uchun ishlab chiqilgan dasturiy ta'minotdan foydalanish bilan birgalikda.
●Moslashtirilgan ma'lumotlarni tahlil qilish va vizualizatsiya: turli tadqiqot so'rovlari uchun mavjud
●Yuqori malakali texnik jamoa: 250 dan ortiq to'qimalar turlari va 100 dan ortiq turlar, shu jumladan odam, sichqoncha, sutemizuvchilar, baliqlar va o'simliklar bo'yicha tajribaga ega.
●Butun loyiha bo'yicha real vaqtda yangilanishlar: eksperimental rivojlanishni to'liq nazorat qilish bilan.
●Yagona hujayrali mRNK ketma-ketligi bilan ixtiyoriy qo'shma tahlil
Xizmat spetsifikatsiyalari
|
Namuna Talablar
| Kutubxona |
Ketma-ketlik strategiyasi
| Ma'lumotlar tavsiya etiladi | Sifat nazorati |
| OCT-ko'milgan krio namunalari, har bir namuna uchun 3 blok | S1000 cDNA kutubxonasi | Illumina PE150 (boshqa platformalar mavjud) | 100 uM uchun 100K PE ko'rsatkichlari (60-150 Gb) | RIN>7 |
Namuna tayyorlash bo'yicha ko'rsatmalar va xizmat ko'rsatish jarayoni haqida batafsil ma'lumot olish uchun iltimos, a bilan suhbatlashingBMKGENE mutaxassisi
Xizmat ish oqimi
Namuna tayyorlash bosqichida yuqori sifatli RNKni olishni ta'minlash uchun dastlabki ommaviy RNK ekstraktsiyasi sinovi o'tkaziladi. To'qimalarni optimallashtirish bosqichida bo'limlar bo'yaladi va vizualizatsiya qilinadi va to'qimadan mRNKni chiqarish uchun o'tkazuvchanlik shartlari optimallashtiriladi. Keyinchalik optimallashtirilgan protokol kutubxonani qurishda qo'llaniladi, keyin ketma-ketlik va ma'lumotlarni tahlil qilish.
To'liq xizmat ish jarayoni loyihaning uzluksiz bajarilishini ta'minlab, javob qaytaruvchi teskari aloqa aylanishini ta'minlash uchun real vaqt rejimida yangilanishlar va mijozning tasdiqlashlarini o'z ichiga oladi.
BMKMANU S1000 tomonidan yaratilgan ma'lumotlar BMKGENE tomonidan mustaqil ravishda ishlab chiqilgan va Gen ifodasi matritsasi yaratuvchi "BSTMatrix" dasturi yordamida tahlil qilinadi. U erdan ma'lumotlar sifati nazorati, ichki namunaviy tahlil va guruhlararo tahlilni o'z ichiga olgan standart hisobot yaratiladi.
● Maʼlumotlar sifatini nazorat qilish:
Ma'lumotlar chiqishi va sifat ko'rsatkichlarini taqsimlash
Har bir nuqtada genni aniqlash
To'qimalarni qoplash
● Ichki namuna tahlili:
Gen boyligi
Spot klasterlash, shu jumladan qisqartirilgan o'lchamlarni tahlil qilish
Klasterlar orasidagi differentsial ifoda tahlili: marker genlarini identifikatsiyalash
Funktsional annotatsiya va marker genlarini boyitish
● Guruhlararo tahlil:
Ikkala namunadagi dog'larni qayta birlashtirish (masalan, kasal va nazorat) va qayta klaster
Har bir klaster uchun marker genlarini aniqlash
Funktsional annotatsiya va marker genlarini boyitish
Guruhlar orasidagi bir xil klasterning differentsial ifodasi
Bundan tashqari, BMKGENE tomonidan ishlab chiqilgan “BSTViewer” foydalanuvchiga turli ruxsatlarda genlar ifodasini va nuqta klasterini tasavvur qilish imkonini beruvchi qulay vositadir.
BMKGene foydalanuvchilarga qulay vizualizatsiya uchun dasturiy ta'minot ishlab chiqdi
Ko'p darajali ruxsatda BSTViewer nuqta klasteri
BSTCellViewer: hujayralarni avtomatik va qo'lda bo'lish
Ichki namuna tahlili
Spot klasterlash:
Marker genlarning identifikatsiyasi va fazoviy taqsimlanishi:
Guruhlararo tahlil
Ikkala guruh va qayta klasterdan ma'lumotlar kombinatsiyasi:
Yangi klasterlarning marker genlari:
Ushbu taniqli nashrda BMKManu S1000 texnologiyasi bilan BMKGene fazoviy transkriptomikasi xizmatlari tomonidan yaratilgan yutuqlarni o'rganing:
Song, X. va boshqalar. (2023) "Fazal transkriptomikasi pomidor kallusida kurtaklar regeneratsiyasini rag'batlantirishda ishtirok etadigan yorug'lik ta'siri ostida xlorenxima hujayralarini ochib beradi",Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari, 120(38), bet. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Siz, Y. va boshqalar. (2023) "Sekvensiyaga asoslangan fazoviy transkriptomik usullarni tizimli taqqoslash",bioRxiv, p. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
