-
PacBio-အပြည့်အစုံ စာသားမှတ်တမ်း (အကိုးအကားမဟုတ်)
Amplicon (16S/18S/ITS) ပလပ်ဖောင်းသည် စံပြုအခြေခံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့် ပုဂ္ဂိုလ်ရေးသီးသန့်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုပါ၀င်သည့် အဏုဇီဝကွဲပြားမှုဆိုင်ရာ ပရောဂျက်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် နှစ်ပေါင်းများစွာ အတွေ့အကြုံဖြင့် တီထွင်ထားခြင်းဖြစ်သည်- အခြေခံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် လက်ရှိအဏုဇီဝသုတေသန၏ ပင်မခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအကြောင်းအရာကို အကျုံးဝင်သည်၊ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအကြောင်းအရာသည် ကြွယ်ဝပြီး ပြည့်စုံသည်၊ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုရလဒ်များကို ပရောဂျက်အစီရင်ခံစာပုံစံဖြင့် တင်ပြပါသည်။ပုဂ္ဂိုလ်ရေးသီးသန့်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၏ အကြောင်းအရာသည် ကွဲပြားသည်။နမူနာများကို ရွေးချယ်နိုင်ပြီး ကန့်သတ်ချက်များကို အခြေခံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာချက်အစီရင်ခံစာနှင့် သုတေသနရည်ရွယ်ချက်အရ စိတ်ကြိုက်သတ်မှတ်ထားသော လိုအပ်ချက်များကို သိရှိနိုင်ရန် လိုက်လျောညီထွေဖြစ်စေရန် သတ်မှတ်နိုင်သည်။Windows လည်ပတ်မှုစနစ်သည် ရိုးရှင်းပြီး မြန်ဆန်သည်။
-
PacBio-အပြည့်အစုံ စာသားမှတ်တမ်း (အကိုးအကားမဟုတ်)
Pacific Biosciences (PacBio) Isoform sequencing data ကို ထည့်သွင်းခြင်းဖြင့်၊ ဤအက်ပ်သည် အပြည့်အစုံ စာသားမှတ်တမ်းများ (စုပေါင်းခြင်းမရှိဘဲ) ကို ရှာဖွေဖော်ထုတ်နိုင်သည်။ရည်ညွှန်းဂျီနိုမ်နှင့် ပတ်သက်သည့် အစအဆုံး အတွဲလိုက်များကို မြေပုံဆွဲခြင်းဖြင့်၊ မှတ်သားထားသော ဗီဇများ၊ စာသားမှတ်တမ်းများ၊ ကုဒ်နံပါတ်များ စသည်တို့ဖြင့် အကောင်းဆုံးဖြစ်အောင် ပြုလုပ်နိုင်ပါသည်။ ဤအခြေအနေတွင်၊ အစားထိုး ပေါင်းစပ်ခြင်းကဲ့သို့သော mRNA ဖွဲ့စည်းပုံများကို ပိုမိုတိကျစွာ ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်း စသည်ဖြင့် အောင်မြင်နိုင်ပါသည်။NGS စာသားမှတ်တမ်း စီစစ်ခြင်းဒေတာနှင့် ပူးတွဲခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းသည် ရေအောက်ပိုင်းခြားနားသောအသုံးအနှုန်းနှင့် လုပ်ငန်းဆိုင်ရာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို ကြီးမားစွာအကျိုးဖြစ်ထွန်းစေသည့် စာသားမှတ်တမ်းအဆင့်တွင် စကားရပ်များတွင် ပိုမိုပြည့်စုံသောမှတ်ချက်များနှင့် ပိုမိုတိကျသောအရေအတွက်ကို ထုတ်ပေးပါသည်။
-
ကိရိယာအစုံ
BMKCloud သည် ဆေး၊ စိုက်ပျိုးရေး၊ သဘာဝပတ်ဝန်းကျင်စသည်တို့အပါအဝင် နယ်ပယ်အသီးသီးရှိ သုတေသီများက ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် ယုံကြည်လက်ခံထားသည့် မျိုးဗီဇဆိုင်ရာ ပရိုဂရမ်များအတွက် တစ်ခုတည်းသော ရပ်တန့်ဖြေရှင်းချက်ပေးသည့် ထိပ်တန်း bioinformatic platform တစ်ခုဖြစ်သည်။ BMKCloud သည် bioinformatic analysis platforms နှင့် tools များအပါအဝင် ပေါင်းစည်းထားသော၊ ယုံကြည်စိတ်ချရပြီး ထိရောက်သော ဝန်ဆောင်မှုများကို ပံ့ပိုးပေးရန် ကတိပြုပါသည်။ ၊ ကွန်ပြူတာအရင်းအမြစ်များ၊ အများသူငှာဒေတာဘေ့စ၊ ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာအွန်လိုင်းသင်တန်းများစသည်ဖြင့် BMKCloud တွင် gene မှတ်ချက်များ၊ ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်မျိုးရိုးဗီဇကိရိယာများ၊ ncRNA၊ ဒေတာအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု၊ စုဝေးမှု၊ ချိန်ညှိမှု၊ ဒေတာထုတ်ယူမှု၊ ဗီဇပြောင်းလဲမှုများ၊ စာရင်းဇယားများ၊ ပုံထုတ်ပေးသည့်ကိရိယာများ၊ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း စသည်တို့
-
RNA အသေး
သေးငယ်သော RNA များသည် miRNA၊ siRNA နှင့် piRNA အပါအဝင် ပျမ်းမျှအရှည် 18-30 nt ရှိသော အတိုကောက်မဟုတ်သော RNA အမျိုးအစားဖြစ်သည်။ဤသေးငယ်သော RNA များသည် mRNA ပျက်စီးခြင်း၊ ဘာသာပြန်ခြင်းကို ဟန့်တားခြင်း၊ heterochromatin ဖွဲ့စည်းခြင်းစသည်ဖြင့် အမျိုးမျိုးသော ဇီဝဖြစ်စဉ်များတွင် ကြီးမားစွာပါဝင်နေကြောင်း အစီရင်ခံထားသည်။ SmallRNA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းကို တိရစ္ဆာန်/အပင်ဖွံ့ဖြိုးမှု၊ ရောဂါ၊ ဗိုင်းရပ်စ်စသည်ဖြင့် လေ့လာမှုများတွင် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် အသုံးချခဲ့သည်။ RNA အသေးများ၊ sequencing analysis platform တွင် standard analysis နှင့် advanced data mining တို့ ပါဝင်သည်။RNA-seq ဒေတာကို အခြေခံ၍ စံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းသည် miRNA ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းနှင့် ခန့်မှန်းခြင်း၊ miRNA ပစ်မှတ်မျိုးရိုးဗီဇခန့်မှန်းခြင်း၊ မှတ်ချက်ပေးခြင်းနှင့် စကားအသုံးအနှုန်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းတို့ကို ရရှိနိုင်သည်။အဆင့်မြင့်ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာချက်သည် စိတ်ကြိုက် miRNA ရှာဖွေခြင်းနှင့် ထုတ်ယူခြင်း၊ Venn ပုံကြမ်းထုတ်လုပ်ခြင်း၊ miRNA နှင့် ပစ်မှတ်မျိုးဗီဇကွန်ရက်တည်ဆောက်ခြင်းတို့ကို လုပ်ဆောင်ပေးပါသည်။
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS သည် Biomarker Technologies တွင် ကြွယ်ဝသော အတွေ့အကြုံများကို အခြေခံ၍ တီထွင်ထားသည့် ဂျီနိုမ်ပြန်လည် စီစစ်ခြင်းဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ပလတ်ဖောင်းတစ်ခုလုံးဖြစ်သည်။ဤအသုံးပြုရလွယ်ကူသောပလပ်ဖောင်းသည် Illumina ပလပ်ဖောင်းနှင့် BGI စီစစ်ခြင်းပလပ်ဖောင်းနှစ်ခုလုံးမှထုတ်ပေးသော DNA စီစစ်ခြင်းဒေတာအတွက် ကိုက်ညီသည့် အခြေခံဘောင်အနည်းငယ်ကို သတ်မှတ်ခြင်းဖြင့် ပေါင်းစပ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုလုပ်ငန်းအသွားအလာကို အမြန်တင်ပြနိုင်စေပါသည်။ဤပလပ်ဖောင်းကို အချိန်အကန့်အသတ်အတွင်း အလွန်ထိရောက်သော ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို အားကောင်းစေသည့် စွမ်းဆောင်ရည်မြင့် ကွန်ပျူတာဆာဗာတွင် အသုံးပြုထားသည်။မျိုးရိုးဗီဇမေးမြန်းမှု၊ PCR primer ဒီဇိုင်းစသည်ဖြင့် စံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအပေါ် အခြေခံ၍ ပုဂ္ဂိုလ်ရေးသီးသန့် ဒေတာတူးဖော်ခြင်းကို ရနိုင်ပါသည်။
-
mRNA(ကိုးကား)
Transcriptome သည် မျိုးရိုးဗီဇအချက်အလက်နှင့် ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာလုပ်ဆောင်မှု၏ proteome အကြားချိတ်ဆက်မှုဖြစ်သည်။ကူးယူဖော်ပြမှုအဆင့် စည်းမျဉ်းသည် အရေးကြီးဆုံးနှင့် သက်ရှိများ၏ အကျယ်ပြန့်ဆုံး လေ့လာထားသော စည်းမျဉ်းပုံစံဖြစ်သည်။စာသားမှတ်တမ်း ပေါင်းစပ်ခြင်းသည် အချိန်အခါ သို့မဟုတ် အခြေအနေတစ်ခုခုတွင် တိကျပြတ်သားမှုတစ်ခုဖြင့် မှတ်တမ်းတင်ခြင်းအား စီစဥ်နိုင်သည် နမူနာ သီးသန့် မှတ်တမ်းများ။
လက်ရှိတွင်၊ တိရိစ္ဆာန်နှင့် အပင်ဖွံ့ဖြိုးမှုဆိုင်ရာ စည်းမျဉ်း၊ ပတ်ဝန်းကျင်လိုက်လျောညီထွေဖြစ်အောင်၊ ကိုယ်ခံအားဆိုင်ရာ အပြန်အလှန်တုံ့ပြန်မှု၊ မျိုးရိုးဗီဇဒေသသတ်မှတ်မှု၊ မျိုးရိုးဗီဇဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်နှင့် အကျိတ်နှင့်မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာရောဂါရှာဖွေခြင်းအပါအဝင် အခြားသုတေသနနယ်ပယ်များတွင် မှတ်တမ်းတင်ခြင်းနည်းပညာကို ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့်အသုံးပြုခဲ့သည်။
-
Metagenomics (NGS)
ဤခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းပလပ်ဖောင်းသည် အတွေ့အကြုံနှစ်ပေါင်းများစွာကို အခြေခံ၍ သေနတ်ပစ်သေနတ်ပစ်လွှတ်မှုဆိုင်ရာ အချက်အလက်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအတွက် ဒီဇိုင်းထုတ်ထားသည်။၎င်းတွင် ဒေတာလုပ်ဆောင်ခြင်း၊ မျိုးစိတ်အဆင့်လေ့လာမှုများ၊ ဗီဇလုပ်ဆောင်မှုအဆင့်လေ့လာမှုများ၊ metagenome binning စသည်တို့အပါအဝင် အများအားဖြင့် လိုအပ်သော ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအမျိုးမျိုးပါဝင်သည့် ပေါင်းစပ်လုပ်ငန်းအသွားအလာတွင် ပါဝင်ပါသည်။ ထို့အပြင်၊ မျိုးရိုးဗီဇနှင့် မျိုးစိတ်မေးမြန်းမှုအပါအဝင် စံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုဆိုင်ရာ လုပ်ဆောင်မှုအပေါ်တွင် ရရှိနိုင်ပါသည်။ ကန့်သတ်ချက်ဆက်တင်၊ စိတ်ကြိုက်ပုံထုတ်ပေးခြင်း၊ စသည်တို့။
-
LncRNA
ရှည်လျားသော coding မဟုတ်သော RNAs (lncRNA) သည် ပရိုတင်းများကို ကုဒ်မဖော်နိုင်သော အရှည် 200 nt ထက် ပိုရှည်သော စာသားမှတ်တမ်းများ အမျိုးအစားတစ်ခုဖြစ်သည်။စုဆောင်းအထောက်အထားများအရ lncRNA အများစုသည် အလုပ်လုပ်နိုင်ဖွယ်ရှိကြောင်း အကြံပြုထားသည်။မြင့်မားသောဆင့်ကဲဆင့်ကဲနည်းပညာများနှင့် ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းကိရိယာများသည် lncRNA အတွဲလိုက်များနှင့် အချက်အလက်များကို ပိုမိုထိရောက်စွာ ဖော်ထုတ်နိုင်စေရန်နှင့် အရေးကြီးသော စည်းမျဥ်းစည်းကမ်းများနှင့်အတူ lncRNAs များကို ရှာဖွေတွေ့ရှိရန် ကျွန်ုပ်တို့အား ပို့ဆောင်ပေးပါသည်။BMKCloud သည် ကျွန်ုပ်တို့၏ဖောက်သည်များအား lncRNA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ပလပ်ဖောင်းကို မြန်ဆန်စွာ၊ ယုံကြည်စိတ်ချရပြီး လိုက်လျောညီထွေရှိသော lncRNA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို ရရှိရန်အတွက် ဂုဏ်ယူပါသည်။
-
GWAS
မျိုးရိုးဗီဇကျယ်ပြန့်သောအသင်းအဖွဲ့လေ့လာမှု (GWAS) သည် သီးခြားလက္ခဏာများ (phenotype) နှင့်ဆက်စပ်နေသော မျိုးရိုးဗီဇမျိုးကွဲများ (မျိုးရိုးဗီဇ) ကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ရန် ရည်ရွယ်သည်။GWA လေ့လာမှုများသည် လူအများအပြား၏ ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံးကို ဖြတ်ကျော်ကာ မျိုးရိုးဗီဇအမှတ်အသားများကို စူးစမ်းလေ့လာပြီး လူဦးရေအဆင့်တွင် စာရင်းအင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းဖြင့် မျိုးရိုးအမျိုးအစား-ဖီနိုအမျိုးအစား ဆက်စပ်မှုများကို ခန့်မှန်းပေးသည်။ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံးကို ပြန်ဆက်ခြင်းသည် မျိုးရိုးဗီဇမျိုးကွဲအားလုံးကို ရှာဖွေတွေ့ရှိနိုင်ချေရှိသည်။phenotypic data နှင့် ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့်၊ GWAS သည် ခေတ်မီတိရိစ္ဆာန်/အပင်များ မွေးမြူခြင်းကို ခိုင်ခိုင်မာမာ ကျောထောက်နောက်ခံပေးသည့် ဖီနိုအမျိုးအစား ဆက်စပ် SNPs၊ QTLs နှင့် ကိုယ်စားလှယ်မျိုးဗီဇများကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ရန် လုပ်ဆောင်နိုင်သည်။SLAF သည် ဂျီနိုမ်ကျယ်ပြန့်သော ဖြန့်ဝေမှုအမှတ်အသားများ၊ SNP ကို ရှာဖွေတွေ့ရှိသည့် ရိုးရှင်းသော ဂျီနိုမ်စီစီခြင်းဗျူဟာတစ်ခုဖြစ်သည်။ဤ SNPs များကို မော်လီကျူး မျိုးရိုးဗီဇ အမှတ်အသားများအဖြစ် ပစ်မှတ်ထားသော စရိုက်လက္ခဏာများနှင့် ဆက်စပ်လေ့လာမှုများအတွက် လုပ်ဆောင်နိုင်ပါသည်။၎င်းသည် မျိုးရိုးဗီဇ ကွဲပြားမှုများနှင့် ဆက်စပ်နေသော ရှုပ်ထွေးသော စရိုက်လက္ခဏာများကို ဖော်ထုတ်ရာတွင် စရိတ်သက်သာသော နည်းဗျူဟာတစ်ခုဖြစ်သည်။
-
Nanopore အပြည့်အစုံ စာသားမှတ်တမ်း
သက်ရှိများတွင် ရှုပ်ထွေးပြီး ပြောင်းလဲနိုင်သော အခြား isoforms များသည် မျိုးဗီဇဖော်ပြမှုနှင့် ပရိုတင်းကွဲပြားမှုကို ထိန်းညှိရန်အတွက် အရေးကြီးသော မျိုးဗီဇယန္တရားများဖြစ်သည်။စာသားမှတ်တမ်းဖွဲ့စည်းပုံများကို တိကျစွာဖော်ထုတ်ခြင်းသည် မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြခြင်းဆိုင်ရာ စည်းမျဉ်းပုံစံများကို အတွင်းကျကျလေ့လာမှုအတွက် အခြေခံဖြစ်သည်။Nanopore sequencing platform သည် transcriptomic study ကို isoform-level သို့ အောင်မြင်စွာ ယူဆောင်လာခဲ့ပါသည်။ဤခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုပလပ်ဖောင်းသည် ဗီဇအဆင့်နှင့် စာသားမှတ်တမ်းအဆင့်နှစ်ခုစလုံးတွင် အရည်အသွေးနှင့် အရေအတွက်ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာမှုကို ရရှိသည့် ကိုးကားဂျီနိုမ်ကိုအခြေခံ၍ Nanopore ပလပ်ဖောင်းပေါ်တွင်ထုတ်ပေးသော RNA-Seq ဒေတာကို ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာရန် ဒီဇိုင်းထုတ်ထားသည်။
