-
PacBio-Full-dhererka qoraalka qoraalka (Tixraac la'aan)
Amplicon (16S / 18S / ITS) madal waxaa la horumariyey iyadoo sano oo waayo-aragnimo ah ee falanqaynta mashruuca kala duwanaansho microbial, kaas oo ka kooban falanqaynta aasaasiga ah ee caadiga ah iyo falanqaynta shakhsiyeed: falanqaynta aasaasiga ah daboolayaa content falanqaynta caadiga ah ee cilmi microbial hadda, content falanqaynta waa qani iyo dhamaystiran. iyo natiijooyinka falanqaynta ayaa loo soo bandhigay qaab warbixinnada mashruuca;Nuxurka falanqaynta shakhsi ahaaneed waa kala duwan.Tusaalooyinka waa la dooran karaa waxaana loo dejin karaa si dabacsan iyadoo loo eegayo warbixinta falanqaynta aasaasiga ah iyo ujeedada cilmi baarista, si loo xaqiijiyo shuruudaha shakhsi ahaaneed.Nidaamka hawlgalka Windows, fudud oo degdeg ah.
-
PacBio-Full-dhererka qoraalka qoraalka (Tixraac la'aan)
Qaadashada xogta isku xigxiga ee Baasifiga (PacBio) Isoform sida galinta, Appkan waxa uu awoodaa in uu aqoonsado taxanaha qoraalka qoraalka dhererka buuxa (la'aan la kulmin).Marka la sawirayo taxanaha dhererka buuxa ee lidka ku ah genome tixraaca, qoraalada waxaa lagu hagaajin karaa hiddo-wadaha la yaqaan, qoraallada qoraalka, gobollada codeynta, iwm. Xaaladdan, aqoonsi sax ah oo ka badan qaab-dhismeedka mRNA, sida kala-bax kale, iwm, ayaa la gaari karaa.Falanqaynta wadajirka ah ee xogta isku xigxiga qoraalka ee NGS waxay awood u siinaysaa sharraxaad dhammaystiran iyo qiyaas sax ah oo cabbirka heerka qoraalka, taas oo inta badan faa'iido u leh muujinta kala duwanaanta hoose iyo falanqaynta shaqeynta.
-
Qalabka loo isticmaalo
BMKCloud waa hormuudka bioinformatic madal bixinta hal-stop xal barnaamijyada genomic, kaas oo si weyn loogu kalsoon yahay by cilmi-baarayaasha ee arena kala duwan oo ay ku jiraan caafimaadka, beeraha, deegaanka, iwm BMKCloud waxaa ka go'an in ay bixiso adeegyo isku dhafan, la isku halayn karo oo hufan oo ay ku jiraan dhufto ee falanqaynta bioinformatic iyo qalabka. BMKCloud waxay leedahay qalabyo kala duwan oo si joogto ah loo isticmaalo bioinformatic, oo ay ku jiraan sharraxaadda hidda-wadaha, aaladaha hidde-socodyada, ncRNA, kontoroolka tayada xogta, isu-ururinta, toosinta, soo saarista xogta, isbeddellada, tirakoobka, koronto-dhaliyaha, taxanaha. falanqayn iwm.
-
RNA yar
RNA-yada yaryar waa nooc RNA-ga gaaban oo aan codayn oo celcelis ahaan dhererkiisu yahay 18-30 nt, oo ay ku jiraan miRNA, siRNA iyo piRNA.RNA-yadan yaryar ayaa si weyn loo soo sheegay inay ku lug leeyihiin habab kala duwan oo bayooloji ah sida hoos u dhaca mRNA, joojinta tarjumaada, samaynta heterochromatin, iwm. Madal falanqaynta isku xigxiga waxay ka kooban tahay falanqaynta caadiga ah iyo macdan qodista xogta horumarsan.Iyada oo ku saleysan xogta RNA-seq, falanqaynta caadiga ah waxay gaari kartaa aqoonsiga iyo saadaalinta miRNA, saadaalinta hidde-sidaha miRNA, faallooyin iyo falanqaynta muujinta.Falanqaynta sare waxay awood u siinaysaa raadinta iyo soo saarista miRNA la habeeyay, jiilka jaantuska Venn, miRNA iyo dhismaha shabakada hidda-wadaha bartilmaameedka.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS waa madal falanqeyn dib-u-isku-xiran oo dhan genome, kaas oo lagu horumariyay saldhigga khibradda hodanka ah ee Tignoolajiyada Biomarker.Qalabkan fudud ee loo isticmaali karo wuxuu ogolaanayaa soo gudbinta degdega ah ee falanqaynta isku dhafan ee socodka shaqada iyada oo si fudud u dejinaysa dhawrbeeg oo aasaasi ah, taas oo ku habboon xogta isku xigxiga DNA ee laga soo saaray labadaba Illumina platform iyo BGI-da isku xigxiga.Madalkan waxa la geeyaa adeegaha xisaabinta waxqabadka sare, kaas oo awood siinaya falanqaynta xogta aad u hufan waqti aad u kooban.Macdanta shakhsi ahaaneed ayaa lagu heli karaa iyadoo lagu saleynayo falanqaynta caadiga ah, oo ay ku jirto weydiinta hidda-wadaha beddelka, naqshadaynta asaasiga ah ee PCR, iwm.
-
mRNA (Tixraac)
Transcriptome waa xidhiidhka ka dhexeeya macluumaadka hidde-sideyaasha iyo borotiinka shaqada bayoolojiga.Nidaaminta heerka qoraalka ayaa ah kan ugu muhimsan uguna balaadhisan habka nidaaminta noolaha.Isku xigxiga qoraalka transcriptome wuxuu iskuxiri karaa qoraalka waqti kasta ama xaalad kasta, iyadoo leh xallin sax ah hal nucleotide. Waxay si firfircoon uga tarjumaysaa heerka qoritaanka hidda-wadaha, isla mar ahaantaana waxay aqoonsan kartaa oo qiyaasi kartaa qoraallada dhif iyo naadir ah, oo waxay bixisaa macluumaadka qaabdhismeedka tusaale ahaan qoraalo gaar ah.
Waqtigan xaadirka ah, tignoolajiyada isku xigxiga ee transcriptome ayaa si weyn loogu isticmaalay cilmiga beeraha, daawada iyo meelaha kale ee cilmi baarista, oo ay ku jiraan xeerinta horumarinta xayawaanka iyo dhirta, la qabsiga deegaanka, isdhexgalka difaaca, deegaanaynta hidda-wadaha, horumarinta noocyada hidde-sideyaasha iyo burada iyo ogaanshaha cudurada hidde-sideyaasha.
-
Metagenomics (NGS)
Goobtan falanqaynta waxaa loogu talagalay in lagu falanqeeyo xogta metagenomic ee xabada iyadoo lagu saleynayo khibradda sanadaha.Waxay ka kooban tahay hawl-socod isku-dhafan oo ay ku jiraan falanqaynta metagenomics-ka caadiga ah ee loo baahan yahay oo ay ku jiraan habaynta xogta, daraasaadka heerka noocyada, daraasaadka heerka shaqada hidda-wadaha, metagenome binning, iwm. , dejinta halbeegga, sawir-abuur shakhsiyeed, iwm.
-
LncRNA
RNA-yada dheer ee aan codeeyn (lncRNA) waa nooc qoraal ah oo dhererkoodu ka dheer yahay 200 nt, kuwaas oo aan awoodin in ay codeeeyaan borotiinka.Caddaynta urursan waxay soo jeedinaysaa in badi lncRNA-yada ay aad ugu dhowdahay inay shaqeeyaan.Tiknoolajiyada isku xigxiga ee wax soo saarka sare leh iyo aaladaha falanqaynta bioinformatic waxay nagu xoojiyaan inaan muujino taxanaha lncRNA iyo meelaynta macluumaadka si wax ku ool ah waxayna noo horseedaan inaan ogaano lncRNAs oo leh hawlo sharciyeed oo muhiim ah.BMKCloud waxay ku faantaa inay siiso macaamiisheena madal falanqaynta taxanaha lncRNA si loo gaadho falanqeynta lncRNA degdeg ah, la isku halayn karo oo dabacsan.
-
GWAS
Daraasada ururka genome-wide (GWAS) waxay ujeedadeedu tahay in lagu aqoonsado kala duwanaanshaha hidde-sideyaasha (genotype) ee la xidhiidha sifooyin gaar ah (phenotype).Daraasadaha GWA waxay baaraan calaamadaha hidda-socodka oo ka gudba genome tiro badan oo shakhsiyaad ah waxayna saadaaliyaan ururada genotype-phenotype iyadoo la eegayo tirakoobka heerka dadweynaha.Isku soo wada duuboo-genome-ga ayaa laga yaabaa in la ogaado dhammaan noocyada hidde-sideyaasha.Isku dhafka xogta phenotypic, GWAS waxaa loo habayn karaa si loo aqoonsado phenotype ee la xidhiidha SNPs, QTLs iyo hiddo-wadaha murashaxiinta, kuwaas oo si xooggan u taageera taranta xoolaha/dhirta casriga ah.SLAF waa is-horumarisay istiraatijiyad isku xigxiga genome-ka la fududeeyay, taasoo daahfuraysa calaamadeeyayaasha qaybsan ee genom-ballaaran, SNP.SNP-yadan, sida calaamadaha hidde-sideyaasha molecular, waxaa loo habayn karaa daraasadaha ururka oo leh astaamo la beegsaday.Waa xeelad wax-ku-ool ah oo lagu aqoonsanayo sifooyin adag oo la xidhiidha kala duwanaanshaha hidde-raaca.
-
Nanopore qoraal-ku-qoris dherer buuxa ah
Kalasoocyada beddelka ah ee isku dhafan iyo kuwa doorsooma ee noolaha ayaa ah habab hidde-socod oo muhiim ah oo lagu maamulo muujinta hiddaha iyo kala duwanaanshaha borotiinka.Aqoonsiga saxda ah ee qaab-dhismeedka qoraallada ayaa saldhig u ah daraasad qoto-dheer oo ku saabsan qaababka nidaaminta muujinta hiddaha.Madal isku xigxiga Nanopore ayaa si guul leh u keentay daraasadda qoraal-ku-qoris ilaa heer- isoform.Goobtan falanqaynta waxaa loogu talagalay in lagu falanqeeyo xogta RNA-Seq ee laga soo saaray madal Nanopore oo ku saleysan genome tixraaceed, kaas oo ku guulaysta falanqaynta tayada iyo tirada ee heerka hidda-sidaha iyo heerka qoraallada labadaba.
