-
PacBio-Transkriptom pune duljine (nereferenca)
Amplicon (16S/18S/ITS) platforma je razvijena s dugogodišnjim iskustvom u analizi projekta mikrobne raznolikosti, koja sadrži standardiziranu osnovnu analizu i personaliziranu analizu: osnovna analiza pokriva glavni sadržaj analize trenutnih mikrobnih istraživanja, sadržaj analize je bogat i sveobuhvatan, a rezultati analize prezentirani su u obliku projektnih izvješća;Sadržaj personalizirane analize je raznolik.Uzorci se mogu odabrati i parametri se mogu postaviti fleksibilno prema osnovnom izvješću analize i svrsi istraživanja, kako bi se ostvarili personalizirani zahtjevi.Windows operativni sustav, jednostavan i brz.
-
PacBio-Transkriptom pune duljine (nereferenca)
Uzimajući podatke o sekvenciranju izoforma Pacific Biosciences (PacBio) kao ulaz, ova aplikacija može identificirati sekvence transkripta pune dužine (bez sklapanja).Preslikavanjem sekvenci pune duljine prema referentnom genomu, transkripti se mogu optimizirati poznatim genima, transkriptima, kodirajućim regijama, itd. U ovom slučaju, može se postići točnija identifikacija struktura mRNA, kao što je alternativno spajanje, itd.Zajednička analiza s podacima sekvenciranja transkriptoma NGS omogućuje sveobuhvatnije označavanje i točniju kvantifikaciju u ekspresiji na razini transkripta, što uvelike pogoduje diferencijalnoj ekspresiji i funkcionalnoj analizi nizvodnog toka.
-
Setovi alata
BMKCloud je vodeća bioinformatička platforma koja pruža jedno-stop rješenje za genomske programe, kojemu široko vjeruju istraživači u različitim područjima, uključujući medicinske, poljoprivredne, ekološke, itd. BMKCloud je predan pružanju integriranih, pouzdanih i učinkovitih usluga uključujući platforme i alate za bioinformatičku analizu , računalni resursi, javna baza podataka, bioinformtički online tečajevi, itd. BMKCloud ima razne često korištene bioinformatičke alate uključujući genske bilješke, evolucijske genetske alate, ncRNA, kontrolu kvalitete podataka, sastavljanje, poravnavanje, ekstrakciju podataka, mutacije, statistiku, generator slika, sekvencu analiza itd.
-
mala RNA
Male RNA su tip kratke nekodirajuće RNA prosječne duljine 18-30 nt, uključujući miRNA, siRNA i piRNA.Za ove male RNA se masovno izvještava da su uključene u različite biološke procese kao što su degradacija mRNA, inhibicija translacije, formiranje heterokromatina, itd. Analiza sekvenciranja male RNK široko se primjenjuje u studijama o razvoju životinja/biljki, bolesti, virusima itd. Mala RNA platforma za analizu sekvenciranja sastoji se od standardne analize i naprednog rudarenja podataka.Na temelju RNA-seq podataka, standardnom analizom može se postići identifikacija i predviđanje miRNA, predviđanje ciljnog gena miRNA, anotacija i analiza ekspresije.Napredna analiza omogućuje prilagođeno pretraživanje i ekstrakciju miRNA, generiranje Vennovog dijagrama, miRNA i izgradnju mreže ciljnih gena.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS je platforma za analizu ponovnog sekvenciranja cijelog genoma, koja je razvijena na temelju bogatog iskustva u Biomarker Technologies.Ova platforma laka za korištenje omogućuje brzo podnošenje integriranog tijeka rada analize jednostavnim postavljanjem nekoliko osnovnih parametara, koji odgovara podacima sekvenciranja DNK generiranih i s Illumina platforme i platforme za sekvenciranje BGI.Ova platforma je raspoređena na računalni poslužitelj visokih performansi, koji omogućuje vrlo učinkovitu analizu podataka u vrlo ograničenom vremenu.Personalizirano rudarenje podataka dostupno je na temelju standardne analize, uključujući upit mutiranog gena, dizajn PCR primera itd.
-
mRNA (referenca)
Transkriptom je veza između genomske genetske informacije i proteoma biološke funkcije.Regulacija razine transkripcije je najvažniji i najšire proučavan način regulacije organizama.Sekvenciranje transkriptoma može sekvencirati transkriptom u bilo kojem trenutku ili pod bilo kojim uvjetima, s razlučivosti točnom na jedan nukleotid. Može dinamički odražavati razinu transkripcije gena, istovremeno identificirati i kvantificirati rijetke i normalne transkripte i pružiti strukturne informacije uzorak specifičnih prijepisa.
Trenutno se tehnologija sekvenciranja transkriptoma naširoko koristi u agronomiji, medicini i drugim istraživačkim područjima, uključujući regulaciju razvoja životinja i biljaka, prilagodbu okoliša, imunološku interakciju, lokalizaciju gena, genetsku evoluciju vrsta i otkrivanje tumora i genetskih bolesti.
-
metagenomika (NGS)
Ova platforma za analizu dizajnirana je za analizu metagenomskih podataka sačmarica na temelju višegodišnjeg iskustva.Sastoji se od integriranog tijeka rada koji sadrži razne uobičajeno potrebne metagenomske analize uključujući obradu podataka, studije na razini vrste, studije na razini funkcije gena, spajanje metagenoma itd. Osim toga, prilagođeni alati za rudarenje podataka dostupni su u standardnom tijeku rada analize, uključujući upite gena i vrsta , postavljanje parametara, generiranje personaliziranih figura itd.
-
LncRNA
Duge nekodirajuće RNA (lncRNA) su vrsta transkripata duljine duže od 200 nt, koji nisu u stanju kodirati proteine.Akumulativni dokazi sugeriraju da je većina lncRNA vrlo vjerojatno funkcionalna.Tehnologije sekvenciranja visoke propusnosti i alati za bioinformatičku analizu omogućuju nam učinkovitije otkrivanje sekvenci lncRNA i informacija o pozicioniranju te nas navode na otkrivanje lncRNA s ključnim regulatornim funkcijama.BMKCloud s ponosom nudi našim klijentima platformu za analizu sekvenciranja lncRNA za postizanje brze, pouzdane i fleksibilne analize lncRNA.
-
GWAS
Studija asocijacija na cijelom genomu (GWAS) ima za cilj identificirati genetske varijante (genotip) koje su povezane sa specifičnim osobinama (fenotipom).GWA studije istražuju genetske markere koji prelaze cijeli genom velikog broja pojedinaca i predviđaju povezanost genotip-fenotip statističkom analizom na populacijskoj razini.Ponovno sekvenciranje cijelog genoma može potencijalno otkriti sve genetske varijante.Spajanjem s fenotipskim podacima, GWAS se može obraditi za identifikaciju SNP-ova, QTL-ova i gena kandidata povezanih s fenotipom, što snažno podupire moderni uzgoj životinja/biljki.SLAF je samorazvijena pojednostavljena strategija sekvenciranja genoma, koja otkriva distribuirane markere u cijelom genomu, SNP.Ovi SNP-ovi, kao molekularni genetski markeri, mogu se obraditi za studije povezanosti s ciljanim osobinama.To je isplativa strategija u identificiranju složenih osobina povezanih genetskih varijacija.
-
Nanopore Transkriptomika pune dužine
Složene i varijabilne alternativne izoforme u organizmima važni su genetski mehanizmi za reguliranje ekspresije gena i raznolikosti proteina.Točna identifikacija struktura transkripta temelj je za dubinsko proučavanje obrazaca regulacije ekspresije gena.Platforma za sekvenciranje nanopora uspješno je dovela transkriptomsku studiju na razinu izoforme.Ova platforma za analizu dizajnirana je za analizu RNA-Seq podataka generiranih na Nanopore platformi na temelju referentnog genoma, čime se postižu kvalitativne i kvantitativne analize i na razini gena i na razini transkripata.
